⑴ 核酸检测能选择用哪种方式么
目前主要使用的方法有以下六种方法:
一、核酸序列依赖性扩增法
NASBA是由一对引物介导的、连续均一的、体外特异性核苷酸序列等温扩增RNA的新技术。反应在 42 ℃进行 ,可在 2 h内将RNA模板扩增约 109倍。NASBA原理是提取病毒RNA,加入AMV逆转录酶、RNA酶H、T7RNA聚合酶和引物进行扩增。整个反应分非循环相和循环相:在非循环相中,引物I与模板RNA退火后在AMV逆转录酶的作用下合成cDNA,形成RNA:DNA杂合体,随即RNaseH降解RNA,引物Ⅱ与cDNA 退火, 在反转录酶作用下合成第2条DNA互补链。双链DNA可在T7RNA聚合酶的作用下,经其启动子序列起动而转录RNA,RNA又可在反转录酶的作用下反转录成DNA,进入循环相,对模板进行大量扩增。
二、转录介导的扩增技术
TMA技术原理与NASBA基本一致,略有不同之处是TMA利用的是MMLV逆转录酶及T7 RNA聚合酶两种酶,MMLV逆转录酶既有逆转录酶的活性又具有RNA酶H活性。反应在 41.5 ℃进行 ,可在 1 h内将RNA模板扩增约109倍。
三、连接酶酶促链式反应(LCR)
LCR是基于靶分子依赖的寡核苷酸探针相互连接的一种探针扩增技术,是继PCR后新发展的一种较有前景的体外扩增技术。它的原理就是由2段寡核苷酸单链DNA探针与目标序列杂交,当该2段DNA探针与没有发生突变的模板褪火后,如果2探针是紧邻的,中间没有核苷酸间隔,则可在连接酶作用下连接起 来,连接以后的新链又可以作为模板,引导下一周期的连接产生新的子链。若连接区段发生核苷酸的碱基突变,则连接反应不能发生,扩增反应终止。
四、多聚酶链反应检测法(PCR)
PCR技 术的基本原理类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR由变性—退火—延伸三个基本反应步骤构成。
① 模板DNA的变性:模板DNA经加热至93 ℃左右一定时间后,使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离,使之成为单链,以便它与引物结合,为下轮反应作准备。
② 模板DNA与引物的退火(复性):模板DNA经加热变性成单链后,温度降至55 ℃左右,引物与模板DNA单链的互补序列配对结合。
③ 引物的延伸:DNA模板—引物结合物在TaqDNA聚合酶的作用下,以dNTP为反应原料,靶序列为模板,按碱基配对与半保留复制原理,合成1条新的与模板DNA 链互补的半保留复制链,重复循环变性—退火—延伸三过程,就可获得更多的 “半保留复制链”,而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成1个循环需2~4 min, 2~3 h就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。检测HIVRNA,需要先利用逆转录反应将RNA转录为cDNA,继而以cDNA为模板进行PCR扩增即可,这样的反应称为RT-PCR。
五、实时荧光定量PCR技术
实时荧光定量PCR技术,是指在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号实时监测整个PCR进程,最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。
本技术的原理是使用荧光基团标记探针,5′端标记荧光基团R,3′端标记淬灭基团Q,在没有PCR扩增时,由于荧光基团和淬灭基团空间距离很近,使荧光基团被淬灭,不发荧光;而当PCR扩增时,引物与荧光标记的特异性探针同时结合在模板上,荧光标记的探针与模板的结合位置位于上下游引物之间, 利用Taq酶的5′3′外切酶活性,将荧光探针水解,荧光基团被释放出来,由于在空间上与淬灭基团分开,则发出荧光。发出的荧光可以被荧光探头检测到, 一边扩增,一边检测,这样就实现了“实时”检测。该技术不仅实现了PCR从半定量到定量的飞跃,而且与常规PCR相比,它具有特异性强、自动化程度高、有效解决了PCR污染问题等特点。
六、支链DNA检测法——bDNA
bDNA是定量检测血浆中的HIV1型RNA的一种方法。bDNA是指人工合成的带有侧链的DNA片段,在其每个侧链上都可以标记被激发的标记物。将HIV的RNA通过离心从病毒颗粒中释放出来,然后用捕获探针1将其捕获到微孔中。捕获探针2与病毒RNA的另一部分特异结合,又与预放大探针结合。后者再与放大探针即bDNA探针杂交。两套靶探针分别与病毒RNA的pol基因的不同区域特异结合。在微孔中形成HIVRNA寡核苷酸复合物。再加入1种化学发光底物孵育后可放大化学发光信号。通过发光强度来定量,因为发光强度与样品中HIVRNA含量成比例。bDNA不存在扩增物的交叉污染,这 较PCR是一大进步。bDNA有数十个覆盖整个基因组的探针,可以方便地检测HIV某些变异株,但灵敏度不及PCR,提高bDNA灵敏度是一大难点
⑵ 核酸的变性与复制名词解释
(一) 变性
在一定理化因素作用下,核酸双螺旋等空间结构中碱基之间的氢键断裂,变成单链的现象称为变性(denaturation)。引起核酸变性的常见理化因素有加热、酸、碱、尿素和甲酰胺等。在变性过程中,核酸的空间构象被破坏,理化性质发生改变。由于双螺旋分子内部的碱基暴露,其A260值会大大增加。 A260值的增加与解链程度有一定比例关系,这种关系称为增色效应(hyperchromic effect)。如果缓慢加热DNA溶液,并在不同温度测定其A260值,可得到 “S”形DNA熔化曲线(melting curve)。从DNA熔化曲线可见DNA变性作用是在一个相当窄的温度内完成的。
当A260值开始上升前DNA是双螺旋结构,在上升区域分子中的部分碱基对开始断裂,其数值随温度的升高而增加,在上部平坦的初始部分尚有少量碱基对使两条链还结合在一起,这种状态一直维持到临界温度,此时DNA分子最后一个碱基对断开,两条互补链彻底分离。通常把加热变性时DNA溶液A260升高达到最大值一半时的温度称为该DNA的熔解温度(melting temperature Tm),Tm是研究核酸变性很有用的参数。Tm一般在85~95℃之间,Tm值与DNA分子中G C含量成正比。
(二) 复性
变性DNA在适当条件下,可使两条分开的单链重新形成双螺旋DNA的过程称为复性(renaturation)。当热变性的DNA经缓慢冷却后复性称为退火(annealing)。DNA复性是非常复杂的过程,影响DNA复性速度的因素很多:DNA浓度高,复性快;DNA分子大复性慢;高温会使DNA变性,而温度过低可使误配对不能分离等等。
⑶ 核酸检测的方法
核酸检测主要是鼻拭子或咽拭子法,经由鼻孔或口腔插入取得上呼吸道分泌物标本后送实验室检测。核酸检测主要是指目前对于新型冠状病毒肺炎的一种确诊的实验手段,核酸检测一般分为鼻拭子、咽拭子或者肺泡灌洗液以及痰液,通过呼吸道的标本,我们在实验室里可以检测2019新型冠状病毒的核酸,从而作为临床诊断的一个重要的依据。那临床上目前最常采用的检测方法是鼻拭子或者是咽拭子,操作的时候由医护人员采用特制的长柄取样的棉签,经由鼻孔或者经由口腔插入到鼻腔及咽腔中,在咽喉壁或者鼻腔的粘膜上进行涂抹,取得上呼吸道分泌物标本,这个标本取出之后再送到实验室进行相关的核酸检测。在做的过程中患者不用紧张,可能会有一些轻微的不适例如恶心,相信配合好医护人员的话,能够很快完成这个检查,不会给您带来很大的影响。
⑷ 根据核酸的吸收光谱,如何判断DNA的变性和复性
DNA的变性、复性和杂交
1.变性,这是DNA最重要的一个性质。
①DNA双链之间以氢键连接,氢键是一种次级键,能量较低,易受破坏,在某些理化因素作用下,DNA分子互补碱基对之间的氢键断裂,使DNA双螺旋结构松散,变成单链,即为DNA变性。DNA变性只涉及二级结构改变,不伴随一级共价键的断裂。②监测DNA是否变性的一个最常用的指标是DNA在紫外区260nm波长处的吸收光值变化。因为DNA变性时,DNA双链发生解离,共轭双键更充分暴露,故DNA变性,DNA在260nm处的吸收光度值增加,并与解链程度有一定的比例关系,这种关系叫做DNA的增色效应。③DNA的变性从开始到解链完全,是在一个相当窄的温度内完成的,在这一范围内,紫外光吸收值增加达到最大增加值的50%时的温度叫做DNA的解链温度(Tm)。一种DNA分子的 Tm值的大小与其所含碱基中的 G+C的比例相关也与DNA分子大小及变性条件有关,G C的比例越高,DNA分子越长,溶液离子强度越高,Tm值越大。④加热、低盐及强酸、强碱均可使DNA变性。
2.复性
变性DNA在适当条件下,两条互补链可重新恢复天然的双螺旋构象,这种现象称为复性。热变性的DNA经缓慢冷却后即可复性,这一过程也叫退火,一般认为,比Tm值低 25℃ 的温度是DNA复性的最佳条件。
3.DNA复性的实际应用——杂交:通过变性DNA的复性性质,我们可知道,DNA单链之间、RNA单链之间、一条DNA和一条RNA链之间只要存在序列互补配对区域,不管是整条链互补,还是部分序列互补,即可重新形成整条双链或部分双链,这即为核酸分子杂交,这在分子生物学研究中有极大的应用,比如:可用于在基因组中对特异基因的定位及检测,PCR技术扩增目的基因等,很多分子生物学实验技术应用的都是核酸分子杂交的原理,如Southern Blot, Northern Blot,包括PCR技术等。
⑸ 核酸煮沸法中的变性与扩增时候的变性分别指什么
核酸是由许多核苷酸聚合成的生物大分子化合物,为生命的最基本物质之一。核酸广泛存在于所有动植物细胞、微生物体内,生物体内的核酸常与蛋白质结合形成核蛋白。不同的核酸,其化学组成、核苷酸排列顺序等不同。根据化学组成不同,核酸可分为核糖核酸(简称RNA)和脱氧核糖核酸(简称DNA)。DNA是储存、复制和传递遗传信息的主要物质基础。RNA在蛋白质合成过程中起着重要作用——其中转运核糖核酸,简称tRNA,起着携带和转移活化氨基酸的作用;信使核糖核酸,简称mRNA,是合成蛋白质的模板;核糖体的核糖核酸,简称rRNA,是细胞合成蛋白质的主要场所。
⑹ 核酸的相关分类
核酸(nucleic acid)是重要的生物大分子,它的构件分子是核苷酸(nucleotide)。
天然存在的核酸可分为:
⑴脱氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid,DNA)和核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)
DNA贮存细胞所有的遗传信息,是物种保持进化和世代繁衍的物质基础。
RNA中参与蛋白质合成的有三类:
转移RNA(transfer RNA,tRNA)、核糖体RNA(ribosomal RNA,rRNA)和信使RNA(messenger RNA,mRNA)
20世纪末,发现许多新的具有特殊功能的RNA,几乎涉及细胞功能的各个方面。
核苷酸可分为:核糖核苷酸(RNA的构件分子)和 脱氧核糖核苷酸(DNA构件分子)
细胞内还有各种游离的核苷酸和核苷酸衍生物,它们具有重要的生理功能。
核苷酸由 核苷(nucleoside)磷酸(Phosphonic.acid)组成
核苷由:碱基(base)和 戊糖(Pentose)组成 构成核苷酸中的碱基是含氮杂环化合物,由嘧啶(pyrimidine)和嘌呤(purine)构成。
核酸:1.嘌呤碱:腺嘌呤(A)鸟嘌呤(G)2.嘧啶碱: 胞嘧啶(C)胸腺嘧啶(T) 尿嘧啶(U)
DNA中含有4种碱基:腺嘌呤、鸟嘌呤和胞嘧啶,胸腺嘧啶主要存在于DNA中。
RNA中含也有4种碱基:腺嘌呤、鸟嘌呤和胞嘧啶,尿嘧啶主要存在于RNA中。
在某些tRNA分子中也有胸腺嘧啶,少数几种噬菌体的DNA含尿嘧啶而不是胸腺嘧啶。这五种碱基受介质pH的影响出现酮式、烯醇式互变异构体。
在DNA和RNA中,尤其是tRNA中还有一些含量甚少的碱基,称为稀有碱基(rare bases)稀有碱基种类很多,大多数是甲基化碱基。tRNA中含稀有碱基高达10%。 核苷是戊糖与碱基之间以糖苷键(glycosidic bond)相连接而成。戊糖中C-1’与嘧啶碱的N-1或者与嘌吟碱的N9相连接,戊糖与碱基间的连接键是N-C键,一般称为N-糖苷键。
RNA中含有稀有碱基,并且还存在异构化的核苷。如在tRNA和rRNA中含有少量假尿嘧啶核苷(用ψ表示),在它的结构中戊糖的C-1不是与尿嘧啶的N-1相连接,而是与尿嘧啶C-5相连接。 (一)DNA的二级结构
DNA二级结构即双螺旋结构(double helix structure)。20世纪50年代初Chargaff等人分析多种生物DNA的碱基组成发现的规则。
DNA双螺旋模型的提出不仅揭示了遗传信息稳定传递中DNA半保留复制的机制,而且是分子生物学发展的里程碑。
DNA双螺旋结构特点如下:①两条DNA互补链反向平行。②由脱氧核糖和磷酸间隔相连而成的亲水骨架在螺旋分子的外侧,而疏水的碱基对则在螺旋分子内部,碱基平面与螺旋轴垂直,螺旋旋转一周正好为10个碱基对,螺距为3.4nm,这样相邻碱基平面间隔为0.34nm并有一个36°的夹角。③DNA双螺旋的表面存在一个大沟(major groove)和一个小沟(minor groove),蛋白质分子通过这两个沟与碱基相识别。④两条DNA链依靠彼此碱基之间形成的氢键而结合在一起。根据碱基结构特征,只能形成嘌呤与嘧啶配对,即A与T相配对,形成2个氢键;G与C相配对,形成3个氢键。因此G与C之间的连接较为稳定。⑤DNA双螺旋结构比较稳定。维持这种稳定性主要靠碱基对之间的氢键以及碱基的堆集力(stacking force)。
生理条件下,DNA双螺旋大多以B型形式存在。右手双螺旋DNA除B型外还有A型、C型、D型、E型。此外还发现左手双螺旋Z型DNA。Z型DNA是1979年Rich等在研究人工合成的CGCGCG的晶体结构时发现的。Z-DNA的特点是两条反向平行的多核苷酸互补链组成的螺旋呈锯齿形,其表面只有一条深沟,每旋转一周是12个碱基对。研究表明在生物体内的DNA分子中确实存在Z-DNA区域,其功能可能与基因表达的调控有关。DNA二级结构还存在三股螺旋DNA,三股螺旋DNA中通常是一条同型寡核苷酸与寡嘧啶核苷酸-寡嘌呤核苷酸双螺旋的大沟结合,三股螺旋中的第三股可以来自分子间,也可以来自分子内。三股螺旋DNA存在于基因调控区和其他重要区域,因此具有重要生理意义。
(二)DNA三级结构——超螺旋结构
DNA三级结构是指DNA链进一步扭曲盘旋形成超螺旋结构。生物体内有些DNA是以双链环状DNA形式存在,如有些病毒DNA,某些噬菌体DNA,细菌染色体与细菌中质粒DNA,真核细胞中的线粒体DNA、叶绿体DNA都是环状的。环状DNA分子可以是共价闭合环,即环上没有缺口,也可以是缺口环,环上有一个或多个缺口。在DNA双螺旋结构基础上,共价闭合环DNA(covalently close circular DNA)可以进一步扭曲形成超螺旋形(super helical form)。根据螺旋的方向可分为正超螺旋和负超螺旋。正超螺旋使双螺旋结构更紧密,双螺旋圈数增加,而负超螺旋可以减少双螺旋的圈数。几乎所有天然DNA中都存在负超螺旋结构。
(三)DNA的四级结构——DNA与蛋白质形成复合物
在真核生物中其基因组DNA要比原核生物大得多,如原核生物大肠杆菌的DNA约为4.7×103kb,而人的基因组DNA约为3×106 kb,因此真核生物基因组DNA通常与蛋白质结合,经过多层次反复折叠,压缩近10 000倍后,以染色体形式存在于平均直径为5μm的细胞核中。线性双螺旋DNA折叠的第一层次是形成核小体(nucleosome)。犹如一串念珠,核小体由直径为11nm×5.5nm的组蛋白核心和盘绕在核心上的DNA构成。核心由组蛋白H2A、H2B、H3和H4各2分子组成,为八聚体,146 bp长的DNA以左手螺旋盘绕在组蛋白的核心1.75圈,形成核小体的核心颗粒,各核心颗粒间有一个连接区,约有60 bp双螺旋DNA和1个分子组蛋白H1构成。平均每个核小体重复单位约占DNA 200 bp。DNA组装成核小体其长度约缩短7倍。在此基础上核小体又进一步盘绕折叠,最后形成染色体。
(四)DNA结构的多态性
Watson和Crick所推导出来的DNA结构在生物学研究中有深远意义。他们是以在生理盐溶液中抽出的DNA纤维在92%相对温度下进行X-射线衍射图谱为依据进行推设的。在这一条件下得出的DNA称B构象。实际上在溶液中的DNA的确呈这一构象,这也是最常见的DNA构象。但是,研究表明DNA的结构是动态的。在以钠、钾或铯作反离子,相对温度为75%时,DNA分子的X-射线衍射图给出的是A构象。这一构象不仅出现于脱水DNA中,还出现在RNA分子中的双螺旋区域的DNA-RNA杂交分子中。如果以锂作反离子,相对温度进一步降为66%,则DNA是C构象。但是这一构象仅在实验室中观察到,还未在生物体中发现。这些DNA分子中G-C碱基对较少,这些分子将取D和E构象。这些研究表明DNA的分子结构不是一成不变的,在不同的条件下可以有所不同。但是,这些不同构象的DNA都有共同的一点,即它们都是右手双螺旋;两条反向平行的核苷酸链通过Watson-Crick碱基配对结合在一起;链的重复单位是单核苷酸;这些螺旋中都有两个螺旋沟,分为大沟与小沟,只是它们的宽窄和深浅程度有所不同。
但是,Wang和Rich等人在研究人工合成的CGCGCG单晶的X-射线衍射图谱时分别发现这种六聚体的构象与上面讲到的完全不同。它是左手双螺旋,在主链中各个磷酸根呈锯齿状排列,有如“之”字形一样,因此叫它Z构象(英文字Zigzag的第一个字母)。还有,这一构象中的重复单位是二核苷酸而不是单核苷酸;而且Z-DNA只有一个螺旋沟,它相当于B构象中的小沟,它狭而深,大沟则不复存在。
立即就有几个问题被提了出来:这种结构是怎样生成的?这一结构在天然状态下存在吗?它有什么生物学意义?
研究表明,Z-DNA的形成是DNA单链上出现嘌呤与嘧啶交替排列所成的。比如CGCGCGCG或者CACACACA。这种碱基排列方式会造成核苷酸的糖苷键的顺式和反式构象的交替存在。当碱基与糖构成反式结构时,它们之间离得远;而当它们成顺式时,就彼此接近。嘧啶糖苷键通常是反式的,而嘌呤糖苷酸键既可成顺式的也可成反式的。而在Z-DNA中,嘌呤碱是顺式的。这样,在Z-DNA中嘧啶的糖苷链离开小沟向外挑出,而嘌呤上的糖苷键则弯向小沟。嘌呤与嘧啶的交替排列就使得糖苷键也是顺式与反式交替排列,从而使Z-DNA主链呈锯齿状或“之”字形。
人们相信,并用实验证明细胞DNA分子中确实存在有Z-DNA区。而且,细胞内有一些因素可以促使B-DNA转变为Z-DNA。比如,胞嘧啶第五位碳原子的甲基化,在甲基周围形成局部的疏水区。这一区域扩伸到B-DNA的大沟中,使B-DNA不稳定而转变为Z-DNA。这种C5甲基化现象在真核生物中是常见的。因此在生物B构象的DNA中某些区段具有Z-DNA构象是可能的。DNA真是一个构象可变动态分子。
Z-DNA有会么生物学意义呢?应当指出Z-DNA的形成通常在热力学上是不利的。因为Z-DNA中带负电荷的磷酸根距离太近了,这会产物静电排斥。但是,DNA链的局部不稳定区的存在就成为潜在的解链位点。DNA解螺旋却是DNA复制和转录等过程中必要的环节,因此认为这一结构位点与基因调节有关。比如SV40增强子区中就有这种结构,又如鼠类微小病毒DNS复制区起始点附近有GC交替排列序列。此外,DNA螺旋上沟的特征在其信息表达过程中起关键作用。调控蛋白都是通过其分子上特定的氨基酸侧链与DNA双螺旋沟中的碱基对一侧的氢原子供体或受体相互作用,形成氢键从而识别DNA上的遗传信息的。大沟所带的遗传信息比小沟多。沟的宽窄和深浅也直接影响到调控蛋白质对DNA信息的识别。Z-DNA中大沟消失,小沟狭而深,使调探蛋白识别方式也发生变化。这些都暗示Z-DNA的存在不仅仅是由于DNA中出现嘌呤-啶嘧交替排列之结果,也一定是在漫漫的进化长河中对DNA序列与结构不断调整与筛选的结果,有其内在而深刻的含意,只是人们还未充分认识而已。
DNA构象的可变性,或者说DNA二级结构的多态性的发现拓宽了人们的视野。原来,生物体中最为稳定的遗传物质也可以采用不同的姿态来实现其丰富多彩的生物的奥妙,也让人们在这一领域中探索和攀越时减少疲劳和厌倦,乐而忘返,从而有更多更新的发现。
多年来,DNA结构的研究手段主要是X射线衍线技术,其结果是通过间接观测多个DNA分子有关结构参数的平均值而获得的。同时,这项技术的样品分析条件使被测DNA分子与天然状态相差甚远。因此,在反映DNA结构真实性方面这种方法存在着缺陷。1989年,应用扫描隧道显微镜(STM)研究DNA结构克服了上述技术的缺陷。这种先进的显微技术,不仅可将被测物放大500万倍,且能直接观测接近天然条件下单个DNA分子的结构细节。应该说它所取得的DNA结构资料更具有权威性。表1-6是STM测到的B-DNA结构参数及其与X射线衍线资料的比较结果。STM研究还证实了d(CG)重复序列的寡核苷酸片段为Z-DNA结构的事实。STM技术的应用是DNA结构研究中的重要进展,可望在探索DNA结构的某些未知点上展示巨大潜力。 (一)基因(gene)的现代分子生物学概念是指能编码有功能的蛋白质多肽链或合成RNA所必需的全部核酸序列,是核酸分子的功能单位。一个基因通常包括编码蛋白质多肽链或RNA的编码序列,保证转录和加工所必需的调控序列和5’端、3’端非编码序列。另外在真核生物基因中还有内含子等核酸序列。
(二)基因组(genome)是指一个细胞或病毒所有基因及间隔序列,储存了一个物种所有的遗传信息。在病毒中通常是一个核酸分子的碱基序列,单细胞原核生物是它仅有的一条染色体的碱基序列,而多细胞真核生物是一个单倍体细胞内所有的染色体。如人单倍体细胞的23条染色体的碱基序列。多细胞真核生物起源于同一个受精卵,其每个体细胞的基因组都是相同的。 病毒基因组 原核生物基因组 真核生物基因组 在高等真核生物中基因序列占整个基因组不到10%,大部分是非编码的间隔序列。人类基因组研究结果发现在人的基因组中与蛋白质合成有关的基因只占整个基因组2 %。真核生物基因组的最大的特点是出现分隔开的基因,在这类基因中有编码作用的序列称外显子(exon),没有编码作用的序列称内含子(intron),它们彼此间隔排列。 绝大部分RNA分子都是线状单链,但是RNA分子的某些区域可自身回折进行碱基互补配对,形成局部双螺旋。在RNA局部双螺旋中A与U配对、G与C配对,除此以外,还存在非标准配对,如G与U配对。RNA分子中的双螺旋与A型DNA双螺旋相似,而非互补区则膨胀形成凸出(bulge)或者环(loop),这种短的双螺旋区域和环称为发夹结构(hairpin)。发夹结构是RNA中最普通的二级结构形式,二级结构进一步折叠形成三级结构,RNA只有在具有三级结构时才能成为有活性的分子。RNA也能与蛋白质形成核蛋白复合物,RNA的四级结构是RNA与蛋白质的相互作用。
(一) tRNA的结构
tRNA约占总RNA的15%,tRNA主要的生理功能是在蛋白质生物合成中转运氨基酸和识别密码子,细胞内每种氨基酸都有其相应的一种或几种tRNA,因此tRNA的种类很多,在细菌中约有30~40种tRNA,在动物和植物中约有50~100种tRNA。1. tRNA一级结构:
tRNA是单链分子,含73~93核苷酸,分子质量为24 000~31 000,沉降系数4S。含有10%的稀有碱基。如二氢尿嘧啶(DHU)、核糖胸腺嘧啶(rT)和假尿苷(ψ)以及不少碱基被甲基化,其3’端为CCA-OH,5’端多为pG,分子中大约30%的碱基是不变的或半不变的,也就是说它们的碱基类型是保守的。
2. tRNA二级结构:tRNA二级结构为三叶草型(如右图)。配对碱基形成局部双螺旋而构成臂,不配对的单链部分则形成环。三叶草型结构由4臂4环组成。氨基酸臂由7对碱基组成,双螺旋区的3’末端为一个4个碱基的单链区-NCCA-OH 3’,腺苷酸残基的羟基可与氨基酸α羧基结合而携带氨基酸。二氢尿嘧啶环以含有2个稀有碱基二氢尿嘧啶(DHU)而得名,不同tRNA其大小并不恒定,在8~14个碱基之间变动,二氢尿嘧啶臂一般由3~4对碱基组成。反密码环由7个碱基组成,大小相对恒定,其中3个核苷酸组成反密码子(anticodon),在蛋白质生物合成时,可与mRNA上相应的密码子配对。反密码臂由5对碱基组成。额外环在不同tRNA分子中变化较大可在4~21个碱基之间变动,又称为可变环,其大小往往是tRNA分类的重要指标。TψC环含有7个碱基,大小相对恒定,几乎所有的tRNA在此环中都含TψC序列,TψC臂由5对碱基组成。
3. tRNA的三级结构:
二十世纪七十年代初科学家用X线射衍技术分析发现tRNA的三级结构为倒L形(如右图)。tRNA三级结构的特点是氨基酸臂与TψC臂构成L的一横,-CCAOH3’末端就在这一横的端点上,是结合氨基酸的部位,而二氢尿嘧啶臂与反密码臂及反密码环共同构成L的一竖,反密码环在一竖的端点上,能与mRNA上对应的密码子识别,二氢尿嘧啶环与TψC环在L的拐角上。形成三级结构的很多氢键与tRNA中不变的核苷酸密切有关,这就使得各种tRNA三级结构都呈倒L形的。在tRNA中碱基堆积力是稳定tRNA构型的主要因素。
(二)mRNA
原核生物中mRNA转录后一般不需加工,直接进行蛋白质翻译。mRNA转录和翻译不仅发生在同一细胞空间,而且这两个过程几乎是同时进行的。真核细胞成熟mRNA是由其前体核内不均一RNA(heterogeneous nuclear RNA,hnRNA)剪接并经修饰后才能进入细胞质中参与蛋白质合成。所以真核细胞mRNA的合成和表达发生在不同的空间和时间。mRNA的结构在原核生物中和真核生物中差别很大。下面分别作一介绍:
1. 原核生物mRNA结构特点
原核生物的mRNA结构简单,往往含有几个功能上相关的蛋白质的编码序列,可翻译出几种蛋白质,为多顺反子。在原核生物mRNA中编码序列之间有间隔序列,可能与核糖体的识别和结合有关。在5’端与3’端有与翻译起始和终止有关的非编码序列,原核生物mRNA中没有修饰碱基,5’端没有帽子结构,3’端没有多聚腺苷酸的尾巴(polyadenylate tail,polyA尾巴)。原核生物的mRNA的半衰期比真核生物的要短得多,转录后1min,mRNA降解就开始。
2. 真核生物mRNA结构特点
真核生物mRNA为单顺反子结构,即一个mRNA分子只包含一条多肽链的信息。在真核生物成熟的mRNA中5’端有m7GpppN的帽子结构,帽子结构可保护mRNA不被核酸外切酶水解,并且能与帽结合蛋白结合识别核糖体并与之结合,与翻译起始有关。3’端有polyA尾巴,其长度为20~250个腺苷酸,其功能可能与mRNA的稳定性有关,少数成熟mRNA没有polyA尾巴,如组蛋白mRNA,它们的半衰期通常较短。
(三)rRNA的结构
rRNA占细胞总RNA的80%左右,rRNA分子为单链,局部有双螺旋区域具有复杂的空间结构,原核生物主要的rRNA有三种,即5S、16S和23S rRNA,如大肠杆菌的这三种rRNA分别由120、1542和2904个核苷酸组成。真核生物则有4种,即5S、5.8S、18S和28S rRNA,如小鼠,它们相应含121、158、1874和4718个核苷酸。rRNA分子作为骨架与多种核糖体蛋白(ribosomal protein)装配成核糖体。
所有生物体的核糖体都由大小不同的两个亚基所组成。原核生物核糖体为70S,由50S和30S两个大小亚基组成。30S小亚基含16S的rRNA和21种蛋白质,50S大亚基含23S和5S两种rRNA及34种蛋白质。真核生物核糖体为80S,是由60S和40S两个大小亚基组成。40S的小亚基含18S rRNA及33种蛋白质,60S大亚基则由28S、5.8S和5S 3种rRNA及49种蛋白质组成。
(四)其他RNA分子
20世纪80年代以后由于新技术不断产生,人们发现RNA有许多新的功能和新的RNA基因。细胞核内小分子RNA(small nuclear RNA,snRNA)是细胞核内核蛋白颗粒(Small nuclear ribonucleoprotein particles,snRNPs)的组成成分,参与mRNA前体的剪接以及成熟的mRNA由核内向胞浆中转运的过程。核仁小分子RNA(small nucleolar RNA,snoRNA)是类新的核酸调控分子, 参与rRNA前体的加工以及核糖体亚基的装配。胞质小分子RNA(small cytosol RNA, scRNA)的种类很多,其中7S LRNA与蛋白质一起组成信号识别颗粒(signal recognition particle,SRP),SRP参与分泌性蛋白质的合成,反义RNA(antisense RNA)由于它们可以与特异的mRNA序列互补配对,阻断mRNA翻译,能调节基因表达。核酶是具有催化活性的RNA分子或RNA片段。在医学研究中已设计了针对病毒的致病基因mRNA的核酶,抑制其蛋白质的生物合成,为基因治疗开辟新的途径,核酶的发现也推动了生物起源的研究。微RNA(microRNA,miRNA)是一种具有茎环结构的非编码RNA,长度一般为20-24个核苷酸,在mRNA翻译过程中起到开关作用,它可以与靶mRNA结合,产生转录后基因沉默作用(post-transcriptional gene silencing,PTGS),在一定条件下能释放,这样mRNA又能翻译蛋白质,由于miRNA的表达具有阶段特异性和组织特异性,它们在基因表达调控和控制个体发育中起重要作用。 ①酸效应:在强酸和高温,核酸完全水解为碱基,核糖或脱氧核糖和磷酸。在浓度略稀的的无机酸中,最易水解的化学键被选择性的断裂,一般为连接嘌呤和核糖的糖苷键,从而产生脱嘌呤核酸。
②碱效应
1. DNA:当PH值超出生理范围(pH7~8)时,对DNA结构将产生更为微妙的影响。碱效应使碱基的互变异构态发生变化。这种变化影响到特定碱基间的氢键作用,结果导致DNA双链的解离,称为DNA的变性
2.RNA:PH较高时,同样的变性发生在RNA的螺旋区域中,但通常被RNA的碱性水解所掩盖。这是因为RNA存在的2`-OH参与到对磷酸脂键中磷酸分子的分子内攻击,从而导致RNA的断裂。
③化学变性:一些化学物质能够使DNA/RNA在中性PH下变性。由堆积的疏水碱基形成的核酸二级结构在能量上的稳定性被削弱,则核酸变性。 ①黏性:DNA的高轴比等性质使得其水溶液具有高黏性,很长的DNA分子又易于被机械力或超声波损伤,同时黏度下降。
② 浮力密度:可根据DNA的密度对其进行纯化和分析。在高浓度分子质量的盐溶液(CsCl)中,DNA具有与溶液大致相同的密度,将溶液高速离心,则CsCl趋于沉降于底部,从而建立密度梯度,而DNA最终沉降于其浮力密度相应的位置,形成狭带,这种技术成为平衡密度梯度离心或等密度梯度离心。
③稳定性:核酸的结构相当稳定,其主要原因有1、碱基对间的氢键2、碱基的堆积作用3、环境中的阳离子。 ①减色性:dsDNA相对于ssDNA是减色的,而ssDNA相对于dsDNA是增色的。
② DNA纯度:A260/A280。 ①热变性:dsDNA与RNA的热力学表现不同,随着温度的升高RNA中双链部分的碱基堆积会逐渐地减少,其吸光性值也逐渐地,不规则地增大。较短的碱基配对区域具有更高的热力学活性,因而与较长的区域相比变性快。而dsDNA热变性是一个协同过程。分子末端以及内部更为活跃的富含A-T的区域的变性将会使其赴京的螺旋变得不稳定,从而导致整个分子结构在解链温度下共同变性。
② 复性:DNA的热变性可通过冷却溶液的方法复原。不同核酸链之间的互补部分的复性称为杂交。 一般来说,进化程度高的生物DNA分子应越大,能贮存更多遗传信息。但进化的复杂程度与DNA大小并不完全一致,如哺乳类动物DNA约为3×109 bp,但有些两栖类动物、南美肺鱼DNA大小可达1010bp到1011bp。
常用测定DNA分子大小的方法有电泳法、离心法。凝胶电泳是当前研究核酸的最常用方法,凝胶电泳有琼脂糖(agarose)凝胶电泳和聚丙烯酰胺(polyacrylamide)凝胶电泳。 DNA和RNA中的糖苷键与磷酸酯键都能用化学法和酶法水解。在很低pH条件下DNA和RNA都会发生磷酸二酯键水解。并且碱基和核糖之间的糖苷键更易被水解,其中嘌呤碱的糖苷键比嘧啶碱的糖苷键对酸更不稳定。在高pH时,RNA的磷酸酯键易被水解,而DNA的磷酸酯键不易被水解。
水解核酸的酶有很多种,若按底物专一性分类,作用于RNA的称为核糖核酸酶(ribonuclease,RNase),作用于DNA的则称为脱氧核糖核酸酶(deoxyribonuclease,DNase)。按对底物作用方式分类,可分核酸内切酶(endonuclease)与核酸外切酶(exonuclease)。核酸内切酶的作用是在多核苷酸内部的3’,5’磷酸二酯键,有些内切酶能识别DNA双链上特异序列并水解有关的3’,5’磷酸二酯键。核酸内切酶是非常重要的工具酶,在基因工程中有广泛用途。而核酸外切酶只对核酸末端的3’,5’磷酸二酯键有作用,将核苷酸一个一个切下,可分为5’→3’外切酶,与3’→5’外切酶。 在一定理化因素作用下,核酸双螺旋等空间结构中碱基之间的氢键断裂,变成单链的现象称为变性(denaturation)。引起核酸变性的常见理化因素有加热、酸、碱、尿素和甲酰胺等。在变性过程中,核酸的空间构象被破坏,理化性质发生改变。由于双螺旋分子内部的碱基暴露,其A260值会大大增加。A260值的增加与解链程度有一定比例关系,这种关系称为增色效应(hyperchromic effect)。如果缓慢加热DNA溶液,并在不同温度测定其A260值,可得到“S”形DNA熔化曲线(melting curve)。从DNA熔化曲线可见DNA变性作用是在一个相当窄的温度内完成的。
当A260值开始上升前DNA是双螺旋结构,在上升区域分子中的部分碱基对开始断裂,其数值随温度的升高而增加,在上部平坦的初始部分尚有少量碱基对使两条链还结合在一起,这种状态一直维持到临界温度,此时DNA分子最后一个碱基对断开,两条互补链彻底分离。通常把加热变性时DNA溶液A260升高达到最大值一半时的温度称为该DNA的熔解温度(melting temperature Tm),Tm是研究核酸变性很有用的参数。Tm一般在85~95℃之间,Tm值与DNA分子中G C含量成正比。 具有互补序列的不同来源的单链核酸分子,按碱基配对原则结合在一起称为杂交(hybridization)。杂交可发生在DNA-DNA、RNA-RNA和DNA-RNA之间。杂交是分子生物学研究中常用的技术之一,利用它可以分析基因组织的结构,定位和基因表达等,常用的杂交方法有Southern印迹法,Northern印迹法和原位杂交(insitu hybridization)等。
⑺ 什么是核酸的变性
DNA的热变性是指DNA分子在加热条件下由稳定的双螺旋结构松解为无规则线性结构的现象。
特征有:DNA溶液粘度降低、DNA溶液旋光性发生改变、DNA溶液的紫外吸收作用增强(增色效应)。
DNA变性是指核酸双螺旋碱基对的氢键断裂,双链变成单链,从而使核酸的天然构象和性质发生改变。变性时维持双螺旋稳定性的氢键断裂,碱基间的堆积力遭到破坏,但不涉及到其一级结构的改变。凡能破坏双螺旋稳定性的因素,如加热、极端的pH、有机试剂甲醇、乙醇、尿素及甲酰胺等,均可引起核酸分子变性。
⑻ 实验室核酸检测最常用的方法是
你好朋友,核酸检测,现在的方法就是在鼻腔里取样品和在咽喉当中取样品,这都是非常简单的,谢谢。
⑼ 生物 核酸 种类
我回答一下:
核酸有两种;分为DNA和RNA,DNA主要分布在细胞核中,而RNA主要分布在细胞质中。
核酸多样化的原因:碱基排列顺序的多样化
核苷酸是构成核酸的单体。碱基是构成核苷酸的物质。核苷酸是由核糖、碱基、磷酸基团构成。
碱基共有8种
⑽ 什么是DNA变性使DNA变性的方法有哪些
通常是指双链解开成单链的过程,一般分为物理,化学和生物的方法,物理是通过高温,化学是强碱物质作用或变性剂,生物是使用酶类