泌尿系结石的治疗分手术与非手术两类。其中非手术疗法主要包括药物排石，腔镜取石体外震波碎石等几大类，其中体外震波碎石正逐渐成为最主要的治疗方法。
一、肾绞痛的处理
1、解痉止痛：常用药物为杜冷丁及阿托品，用阿托品0.5毫克及杜冷丁50～100毫克肌肉注射，口服颠茄片16毫克，一天三次。
2、指压止痛：用拇指压向患侧骶棘肌外缘、第三腰椎横突处，可收到止痛或缓解疼痛的效果。
3、皮肤过敏区局部封闭：先用大头针在患侧腰部试出皮肤过敏区，然后用0.5奴夫卡因20毫升作过敏区皮内及皮下浸润封闭，有时可收到明显的止痛效果。
4、针刺疗法：取穴肾俞、志室、三阴交等，采用强刺激手法，或0.5奴夫卡因2毫升作穴位内封闭。
二、非手术疗法
非手术疗法一般适合于结石直径小于1厘米、周边光滑、无明显尿流梗阻及感染者，对某些临床上不引起症状的肾内较大鹿角形结石，亦可暂行非手术处理。
1、大量饮水：大量饮用开水或磁化水，不仅增加尿量起到冲洗尿路、促进结石向下移动的作用，而且还可稀释尿液减少晶体沉淀。
2、中草药治疗：常用药物有金钱草、海金沙、瞿麦、扁畜、车前子、木通、滑石、鸡内金、石苇等可随症加减。
3、针刺方法：针刺或电针肾俞、膀胱俞、三阴交、足三里、水道、天枢等可增加肾盂、输尿管的蠕动，有利于结石的排出。
4、经常作跳跃活动，或对肾下盏内结石行倒立体位及拍击活动，也有利于结石的排出。
5、其它：对尿培养有细菌感染者，选用敏感染物积极抗感染，对体内存在代谢紊乱者，应积极治疗原发疾病以及调理尿的酸碱度等等。
三、体外冲击波碎石
自从1980年首次应用体外冲击波治疗肾结石取得成功以来，这一方法发展迅速，在上尿路结石中的治疗作用已得到普遍承认。对具体病人的治疗，应根据患者年龄、结石大小、部位等，采用相应的碎石参数及辅助措施，以获得满意效果。以往的经皮穿刺肾取石或碎石术几乎已被这一方法所取代。
四、手术疗法
结石引起尿流梗阻已影响肾功能、或经非手术疗法无效，无体外冲击波碎石条件者，应考虑手术治疗。原则上对双侧肾结石先取手术简便安全的一侧;一侧肾结石，另一侧输尿管结石，先取输尿管结石;双侧输尿管结石先取肾积水严重的一侧。对有严重梗阻、全身虚弱不宜行较复杂的取石手术者，可先行肾造瘘。
术前准备：术前必须了解双侧肾功能情况，有感染者先用抗菌素控制感染。输尿管结石患者在进手术室前或在手术台上术前摄尿路平片作结石的最后定位。
手术方式：根据结石大小、形状和部位不同，常用的有以下几种手术方式：
1、肾盂或肾窦切开取石术：切开肾盂、取出结石，鹿角状结石或肾盏结石，有时须作肾窦内肾盂肾盏切开取石。
2、肾实质切开取石术：肾结石较大，不能经肾窦切开取石者，需切开肾实质取石。
3、肾部分切除术：适用于肾一极多发性结石(多在肾下极)，或位于扩张而引流不畅的肾盏内，可将肾一极或肾盏连同结石一并切除。
4、肾切除术：一侧肾结石并有严重肾积水或肾积脓，已使肾功能严重受损或丧失功能，而对侧肾功能良好者，可行切除患肾。
5、输尿管切开取石术：输尿管结石直径大于1厘米或结石嵌顿引起尿流梗阻或感染，经非手术疗法无效者可行输尿管切开取石术。
6、套石术：输尿管中下段结石直径小于0.6厘米，可试行经膀胱镜用特制的套篮或导管套取。