分子分型检测方法

‘壹’ 丙肝的分子分型检查是什么

就是病毒的基因分慎坦型，根据基因分型能确定治疗的方法，所以这个必宽芦桐须要做，当然，如果你选择用西药的话是可以不做的，我听出国看病交流平台的丙友说，哗拦现在有个西药吉3对丙肝所有分型的病毒都有用，不知道真的假的，你可以问问他们看。

‘贰’ 基因型分型的方法

基于分子杂交→基于DNA扩增→基于DNA测序

将DNA转移到硝酸纤维素膜上，利用DNA-DNA杂交检测特定DNA片段的方法。

通过设计不同的备埋指DNA探针可实现不同等位基因类型的区分。
探针设计是Southern Blot最为重要的环节之一。

又称DNA chip/DNA微矩阵（DNA microarray）
将一系列已知序列的DNA探针分子以高密度固定于支持物上，通过与标记的DNA样品分子进行杂交实现仿配DNA的序列分析。

优点：高通量、大规模、平行液塌化、集约化。
缺点：非特异性高。

以上内容参考中国大学MOOC网站复旦大学遗传学。

‘叁’ 做基因分型检测能检查出来什么吗

基因检测是通过血液隐纯漏、其他体液或细胞对DNA进行检测的技术。基因检测可以诊断疾病，也可以用于疾病风险的预测。疾病诊断是用基因检测技术检测引起遗传性疾病的突变基因。

目前应用最广泛的基因检测是新生儿遗传性疾病的检测、遗传疾病的诊断和某些常见病的辅助诊断。目前有1000多种遗传性疾病可以通过基因检测技术做出诊断。

(3)分子分型检测方法扩展阅读：

主要方法：

1、TaqMan探针法

针对染色体裤碰上的不同SNP位点分别设计PCR引物和TaqMan探针，进行实时荧光PCR扩增。探针的5’-端和3’-端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。

当溶液中存在PCR产物时，该探针与模板退火，即产生了适合于核酸外切酶活性的底物，从而将探针5’-端连接的荧光分子从探针上切割下来，破坏两荧光分子间的PRET，发出荧光。通常用于少量SNP位点分析。

2、SNaPshot法

该技术由美国应用生物公司（ABI）开发，是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，也称小测序，主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧临多态位点5’-端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中。

引物延伸一个碱基即终止，经ABI测序仪检测后，根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点，根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得。通常用于10-30个SNP位点分析。

3、HRM法

高分辨率熔解曲线分析（HRM）是近几年兴起的SNP研究工具，它通过实时监测升温过程中双链DNA荧光染料与PCR扩增产物的结合情况，来判断是否存在SNP，而且不同SNP位点、是否是杂合子等都会影响熔解曲线的峰形，因此HRM分析能够有效区分不同SNP位点与不同基因型。

这种检测方法不受突变碱基位点与类型的局限，无需序列特异性探针，在PCR结束后直接运行高分辨率熔解，即可完成对样品基因型的分析。该方法无需设计探针，操作简便、快速，成本低，结果准确，并且实现了真正的闭管操作。

4、Mass Array法

MassARRAY分子量阵列技术是Sequenom公司推出的世界上领先的基因分析工具，通过引物延伸或切割反应与灵敏、可靠的MALDI-TOF-MS技术相结合，实现基因分型检测。基于MassARRAY平台的iPLEX GOLD技术可以设计最高达40重的PCR反应和基因型检测，分型结果准确性高。

根据应用需要，对数十到数百个SNP位点进行数百至数千份样本检测时，MassARRAY具有最佳的性价比，特别适合于对全基因组研究发现的结果进行验证，或者是有限数量的研究位点已经确定的情况。

5、Illumina BeadXpress法

采用Illumina公司的BeadXpress系统进行批量SNP位点检测，可以同时检测1-384个SNP位点，往往用于基因组芯片结果确认，适合高通量检测。

微珠芯片具有高密度、高重复性、高灵敏度、低上样量、定制灵活等特点，极高的集成密度，从而获得极高的检测筛选速度，在高通量筛选时可显着降低成本。灶烂

参考资料来源：网络-基因检测

参考资料来源：网络-基因分型

‘肆’ snp 分子标记的检测技术

基因分型：是指利用数据库中已有的SNP进行特定人群的序列和发生频率的研究，主要包括因芯片技术，Taqman技术，分子信标技术和焦磷酸测序法等。
（一）、基因芯片技术
基因芯片技术：是在固相支持介质上进行分子杂交和原位荧光检测的一种高通量SNP分析方法。
优缺点：
优点是高通量，一次可对多个SNP进行规模性筛选，被捡起始材料也很少，操作步骤简单。缺点是芯片设计成本高，由于DNA样品的复杂性，有些SNP不能被捡起。
（二）、Taqman技术
在pcr反应系统中加入2种不同荧光标记的探针，他们分别与两个等位基因完全配对。探针运用了荧光共振能量转换技术，探针的5’端和3’端分别用特殊染料标记，称为供体-受体染料对或爆-猝灭燃料对。
（三）、分子信标技术
与Taqman技术相似，分子信标技术也是在PCR反应体系种加入荧光标记的探针与靶序列杂交，通过仪器检测荧光值的变化，进行基因分型。
优缺点：
分子信法在选择荧光染料时，不必像Taqman法那样考虑染料之间光谱的重叠性，一次可以使用4种或4种以上染料，同时对多个SNP进行分析。Taqman法和分子信标法优点都是简单操作，可以自动化；缺点是不能达到高通量分析，荧光探针费用高。
（四）、焦磷酸测序法
焦磷酸测序法是一种不依赖平板胶或毛细管电泳，不依赖DNA的荧光标记/激发/检测体系的序列分析技术，适用于已知SNP的序列验证及基因分型。焦磷酸测序法主要是由4种酶催化同一反应体系中的酶级联反应，包括DNA聚合酶、硫酸化酶、荧光素酶和双磷酸酶，反应底物为adenosine5’phosphosulfate 和荧光素

‘伍’ 乳腺癌患者该做哪些分子检测

ER 、 PR 检测

ER、PR是雌、孕激素受体。如果您的乳腺癌携带激素受体细胞过多，就被称为激素受体阳性，否则为阴性。ER、PR阳性的乳腺癌一般分化较好，发展较慢，恶性程度低，缓解率好，复发少；阴性的乳腺癌一般分化较差，侵袭性强，发展较快，恶性程度高，通常易伴有淋巴结转移；ER、PR中只有一项为阳性的病人，预后也好于均阴性者。

HER-2 检测

HER-2是乳腺细胞膜内HER-2基因的受体。HER-2通过激活下游信号通路参与细胞增殖分化，这个过程会促使肿瘤的发生发展，是乳腺癌预后不良的独立危险因素。

乳腺癌检测中，如存在过多HER-2受体或基因，就被称为HER-2阳性。需指出的是，HER-2检测仅针对新诊断的浸润性乳腺癌，原位癌患雀碧搭者进行此项检测属于过度检测。另外，对初次检测为三阴性乳腺癌的患顷拿者，建议慧隐可重新复核免疫组化指标。

Ki-67 检测

Ki-67是一种核蛋白，可以提示细胞的增殖活跃程度。虽然检测可靠性较差，但仍可以用作肿瘤增殖程度的替代标志物。

综合ER、PR、HER-2、Ki-67的不同表达，目前公认的乳腺癌分子分型主要形成了四种临床分型：管腔A（LuminalA）型乳腺癌、管腔B（LuminalB）型乳腺癌、人表皮生长因子受体2（HER-2）过表达型乳腺癌和三阴性乳腺癌。根据这四种分型会产生不同的治疗方案。

‘陆’ 子宫内膜癌TCGA分子分型

我们对373例子宫内膜癌样本进行了全方位的全外显子测序，对 基因 的突变图谱进行了全方位描述，基于芯片对 肿瘤拷贝数 变化进行全方位描述，基于 RNA测序 对基因表达进行全方位描述，基于 甲基化 芯片和 蛋白质 芯片对重要的蛋白质通路进行多层次描述。

之后我们发现在突变层面上， 第一组是超高突变 ，引起超高突变的主要原因是聚合酶epsilon（POLE）突变， 第二组是由微卫星高度不稳定（MSI-H）造成的高突变组 ，另外两个类型差别在于拷贝数，一组拷贝数低，另一组拷贝数高。通过这样的一些特征，就可以把子宫内膜癌分成这样四类：

注：

1.POLE基因主要编码DNA多聚酶的主要催化和校正亚基，与核DNA的复制与修复相关。POLE亚型的主要特点是：体细胞超高突变率（233*10^6mutatuons/Mb）、POLE外切酶结构域（EDM）突变，高碱基替换（C—A）和微卫星稳定。因POLE突变型的预后较好，与组织学的侵袭性的表现不一致，因此，该突变的筛选有助于判断有生育要求保守治疗的子宫内膜癌患者。

2.微卫星不稳定性（MSI）DNA错配修复酶功能的丧失导致DNA碱基错配校正异常，从而引起具有微卫星重复序列的基因发生突变。

3.CNH是四个亚型中异质性最明显的一组，包括97%的浆液性癌、75%混合性癌、19.6%高级别子宫内膜样癌及5%G1-G2级子宫内膜样癌。扰庆银

进行这样的分组后，由于在基缓宴因表达和蛋白质通路表达层面都有非常明确的通路激活或者抑制，也就为DNA层面的分型提供了更加有利的支持。

因为TCGA分型检测费用高，术前诊断标本的结果与术中切除大体标本的诊断存在不一致性，往往以术中为准，但这无法指导手术必要性及范围，故出现经济、简便、一致性好的替代检测方案。

首先检测POLE基因（单独对POLE基因9和13号外显子进行一代测序，分析其突变状态），如果存在POLE的热点突变即属于超高突变型；若无这样的突变，则继续使用免疫组化检测错配修复蛋白（MMR），如果存在错配修复蛋白表达缺失就可以划为MSI-H型；而如果保有蛋白表达，再进行TP53的免疫组差野化检测，检测结果若是正常或者野生型的，就是低拷贝数型，如果有异常或者为突变型，就是高拷贝数型，这种类型也大致上对应于传统的浆液亚型。

2021年4月13日

‘柒’ 肺癌怎么治疗

肺癌是最常见的恶性肿瘤之一，近年来在我国发病率呈上升趋势，我国男性肿瘤患者中肺癌发病率、死亡率均居首位，女性患者中肺癌发病率占第二位。

临床肺癌发现是多属晚期，需要采取包括手术、放化疗、中医药在内的多种治疗方法综合治疗；随着近几年体检发现早期肺癌的增多，肺癌早期手术治疗比例相应增多，结合术后包括中医药治疗，也明显改善了肺癌患者的生存质量或生存时间。在肺癌治疗的多个不同阶段，中医药治疗都发挥了积极的作用。

中医辨证治疗：应以温化为法，排出浊毒之气。同时要注重调节失调的脏腑功能，使五脏六腑调达疏泄功能恢复。最终达到消瘤的目的。

‘捌’ SNP基因分型的常见方法有哪些

SNP基因分型的常见方法有如下几种：

1. TaqMan探针法针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和TaqMan探针，进行实时荧光PCR扩增。探针的5’-端和3’-端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。当溶液中存在PCR产物时，该探针与模板退火，即产生了适合于核酸外切酶活性的底物，从而将探针5’-端连接的荧光分子从探针上切割下来核清，破坏两荧光分子间的PRET，发出荧光。通常用于少量SNP位点分析。

2.SNaPshot法该技术由美国应用生物公司（ABI）开发，是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，也称小测序，主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧临多态位点5’-端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI测序仪检测后，根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点，根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系前凳来获得。通常用于10-30个SNP位点分析。

3.HRM法高分辨率熔解曲线分析（HRM）是近几年兴起的SNP研究工具，它通过实时监测升温过程中双链DNA荧光染料与PCR扩增产物的结合情况，来判断是否存在SNP，而且不同SNP位点、是否是杂合子等都会影响熔解曲线的峰形，因此HRM分析能够有效区分不同SNP位点与不同基因型。这种检测方法不受突变碱基位点与类型的局限，无需序列特异性探针，在PCR结束后直接运行高分辨率熔解，即可完成对样品基因型的分析。该方法无需设计探针，操作简便、快速，成本低，结果准确，并且实现了真正的闭管操作。

4.Mass Array法MassARRAY分子量阵列技术是Sequenom公司推出的世界上领先的基因分析工具，通过引物延伸或切割反应与灵敏、可靠的MALDI-TOF-MS技术相结合，实现基因分型检测。基于MassARRAY平台的iPLEX GOLD技术可以设计最高达40重的改悔前PCR反应和基因型检测，实验设计灵活，分型结果准确性高。根据应用需要，对数十到数百个SNP位点进行数百至数千份样本检测时，MassARRAY具有最佳的性价比，特别适合于对全基因组研究发现的结果进行验证，或者是有限数量的研究位点已经确定的情况。

5.Illumina BeadXpress法采用Illumina公司的BeadXpress系统进行批量SNP位点检测，可以同时检测1-384个SNP位点，往往用于基因组芯片结果确认，适合高通量检测。微珠芯片具有高密度、高重复性、高灵敏度、低上样量、定制灵活等特点，极高的集成密度，从而获得极高的检测筛选速度，在高通量筛选时可显着降低成本。

‘玖’ 沙门氏菌的检测标准

太多，DB标准设有列出，只列了国标和部分部标
GB/T 13091-2018 饲料中沙门氏菌的测定
GB/T 14926.1-2001 实验动物 沙门菌检测方法
GB/T 17999.8-2008 SPF鸡 微生物学监测 第8部分：SPF鸡 鸡白痢沙门氏菌检验
GB/T 22429-2008 食品中沙门氏菌、肠出血性大肠埃希氏菌O157及单核细胞增生李斯特氏菌的快速筛选检验 酶联免疫法
GB/T 28642-2012 饲料中沙门氏菌的快速检测方法 聚合酶链式反应（PCR）法
GB 4789.31-2013 食品安全国家标准 食品微生物学检验 沙门氏菌、志贺氏菌和致泻大肠埃希氏菌的肠杆菌科噬菌体诊断检验
GB 4789.4-2016 食品安全国家标准 食品微生物学检验 沙门氏菌检验
GSB 11-2275-2017 奶粉中沙门氏菌定性标准样品
GSB 11-3354-2016 肠沙门氏菌肠亚种标准样品
NY/T 550-2002 动物和动物产品沙门氏菌检测方法
SN/T 1059.6-2016 出口食品中沙门氏菌属检测方法 第6部分：垂直膜过滤法
SN/T 1059.7-2010 进出口食品中沙门氏菌检测方法 实时荧光PCR法
SN/T 1169-2002 猴沙门氏菌检验操作规程
SN/T 1382-2011 马流产沙门氏菌凝集试验方法
SN/T 2206.1-2016 化妆品微生物检验方法 第1部分：沙门氏菌
SN/T 3306.15-2018 国境口岸环介导恒温扩增（LAMP）检测方法 第15部分：沙门氏菌
SN/T 4274-2015 国境口岸沙门氏菌、志贺氏菌、大肠杆菌O157:H7的三重荧光PCR检测方法
SN/T 4525.1-2016 出口食品中致病菌的分子分型 MLST方法 第1部分：沙门氏菌
SN/T 4545.1-2016 商品化试剂盒检测方法 沙门氏菌 方法一
SN/T 4545.2-2016 商品化试剂盒检测方法 沙门氏菌 方法二
SN/T 4624.7-2016 入境环保用微生物菌剂检测方法 第7部分：沙门氏菌