(1)生物学检测法:又称生物活性检测,是根据细胞因子特定的生物活性而设计的检测法。生物活性检测法又可分为: 1、细胞增殖法; 2、靶细胞杀伤法; 3、细胞因子诱导的产物分析法; 4、细胞病变抑制法。
(2)免疫学检测法:细胞因子均为蛋白或多肽,具有较强的抗原性,可利用抗原抗体特异性反应的特性,用免疫学技术定量检测细胞因子,常用的方法包括ELlSA、RlA及免疫印迹法
(3)分子生物学方法:目前公认的细胞因子的基因均已克隆化,较容易地得到某一细胞因子cDNA探针或根据已知的核苷酸序列人工合成寡聚核苷酸探针。常使用斑点杂交、Northernblot、逆转录PCR,细胞或组织原位杂交等。具有灵敏、快速等优点,甚至从l~10个细胞中就可检出其中的特异mRNA
‘贰’ 细胞内DNA、RNA、蛋白质常用的分子生物学检测方法shi
细胞内DNA用甲基绿检测,而rna用吡罗红检测,蛋白质则用双缩脲试剂检测。
‘叁’ 细菌的分子生物学鉴定要怎么做
是的,要做PCR。
首先你要提出细菌的DNA。
方法如下:
1、液体培养及保种:从斜面上挑取菌苔于液体培养基中放摇床上震荡(转速160r/min)培养16小时。吸取菌液于1.5ml的经过灭菌的EP管中,再加甘油(30-40%)进行保种。(-80摄氏度保藏2年)
2、提取DNA(CTAB法):
(1)取1.5ml菌液于1. 5ml离心管中,12000r/min离心2min,弃上清。
(2)向沉淀物中加入350ul双蒸水,重新悬浮沉淀。
(3)加入20ul10%SDS和3ul的蛋白酶K(20mg/ml),溶菌酶3ul,混匀,于50℃温育1h。
(4)加入50ul 5mol/L NaCl溶液,充分混匀,再加入50ul CTAB/NaCl溶液,混合后再65℃温育30min。
(6)冷却后加入等体积的酚(沉淀蛋白质):氯仿:异戊醇(增强酚的作用)(25:24:1),小心上下颠倒混匀,12000r/min离心5min,将上清液转移到新的EP管,重复此步骤2-3次,直至分层界面无白色沉淀。
(7)加入等体积的氯仿:异戊醇(24:1),小心颠倒混匀,12000r/min离心5min将上清液转移到新的EP管。(纯化作用)
(8)加入0.6倍体积的异丙醇,轻轻混合直到DNA沉淀下来,12000r/min离心15min弃上清。
(9)向离心管中加入75%乙醇,12000r/min离心5min洗涤DNA沉淀,小心弃上清,重复洗涤1次,弃上清将离心管倒置于吸水纸上,晾干。
(10)加入50ul(双蒸水)/ TE Buffer溶解DNA于4℃保存。
(11)电泳检测
6、PCR扩增:(细菌的通用引物为27F和1492R)将提取得到的DNA进行PCR扩增,电泳检测扩增得到的16S rDNA(如果菌类分明,条带清晰,PCR原液可直接送去测序,双向测通,得到测序序列后到NCBI的BLAST页面比对,得出鉴定结果)
7、酶切带型分型确定操作单元:将扩增产物用HhaI和HaeIII两种限制性内切酶进行酶切,电泳检测酶切产物,酶切带型相同的分为一个操作单元。
8、连接转化:从每一个操作单元中选取一株菌的16S rDNA进行连接实验。将连接产物转入感受态细胞中,将感受态细胞涂布于含有Amp的平板上,倒置培养12-16h。
9、克隆子挑选及PCR鉴定:从上一步的平板上挑取单菌落于含有Amp的液体培养基中震荡培养12h,以培养液为模板直接进行PCR扩增鉴定(1000-2000bp)。将含有目的片段的克隆子菌液低温保存。
10、测序:将含有目的片段的克隆子菌液送去测序。
11、序列拼接:运用DNAMAN软件对测序得到的序列进行拼接。
12、建树:对拼接得到的序列用Blast进行比对,最后将比对得到的所有序列运用MEGA6建立系统发育树。
‘肆’ sne是什么分子生物学检测方法
分子生物学(molecular biology ):从分子水平上研究生命现象物质基础的学科。研究细胞成分的物理、化学的性质和变化以及这些性质和变化与生命现象的关系,如遗传信息的传递,基因的结构、复制、转录、翻译、表达调控和表达产物的生理功能,以及细胞信号的转导等。
分子生物学中最基本的技术是蛋白质的表达和纯化。首先是编码目的蛋白的DNA序列被克隆(用PCR技术和限制性内切酶)到作为表达载体的质粒中。随后构建好的质粒被引入到宿主细胞。编码序列在质粒上的特殊的启动子元件的驱动下,被宿主细胞的表达系统所表达。质粒上通常还带有抗生素抗性标签以便于质粒筛选。
质粒可以被插入到细菌或动物细胞。外源DNA被引入细菌被称为转化,可以通过电穿孔法、微注射法、正吸收和融合来实现;外源DNA被引入真核细胞,如动物细胞,被称为转染,转染技术包括磷酸钙法、脂质体法和一些有专利权的商用转染试剂。DNA也可以以病毒或病原菌为载体被带入宿主细胞;应用这种病毒或病菌的转染技术于细胞时,用术语来说就是“对细胞进行转导(transce)”。
多聚酶链式反应(PCR)是一项用于体外复制DNA的极为通用的技术。简而言之,PCR技术可以使单链DNA被复制数百万次,也允许用事先确定好的方式对被复制的DNA序列进行改动。例如,PCR技术可以用于引入限制性酶切位点,或者对特定的DNA碱基进行突变(改变)。PCR技术还可以用于从cDNA文库获得特定的DNA片断,或者从另一个角度,用于判断一个cDNA文库中是否含有特定的DNA片断。
凝胶电泳是分子生物学最主要的一项技术。其基本原理是:DNA、RNA和蛋白质可以用电场来进行分离。在琼脂糖凝胶电泳中,DNA和RNA可以被琼脂糖凝胶按其分子大小进行分离。同样,蛋白质可以被SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)按分子量大小分离;此外,蛋白质还可以由于所带电荷的不同被等电聚焦电泳分离。
‘伍’ 肺结核诊断里分子生物学检查包括哪些
肺结核生物学检查包括哪些
对于肺结核疾病可以采用的检查的手段就有直接的镜检法还有分离培养法以及是分子生物学检测,另外一个就是药物敏感试验等之类的。下面就来做一下具体的介绍。
1.管镜检查:
这一种检查的方法的话比较常用的就是利用支气管镜来通过了直视后再观察了病变的部位的状态;在通过了直视了之后就可以观察到了病变的情况,还有的及时通过了这一措施再对可疑的病变的部位来进行活检还有刷检;然后就是要观察一下在支气管镜的介导下,一些可疑的病变的区域中,再配合了支气管肺泡的灌洗术。
2.镜检查:
对于这种检查的手段的话,一般是具有了普通的胸腔镜还有电视胸腔镜的区别的,而这两个的检查的运用主要是在于用来检查患者的部位的,主要检查的是患者的胸膜中的腔内的胸膜还有的就是一种肺表面中可能会出现的病变的具体的情况的,一般是应用在了穿刺,并且是获到了组织,用来作病理的诊断,另外,这也四属于了是患者的病情的一种跟踪,是肺结核的诊断中的比较有效的手段中的其中一种。
3.
纵隔了镜检查:
这种纵隔了镜检查的方法是一种相对于其他的方法是更加的安全的一种,也是相对来说是比较的可靠的一种比较常见的检查的手段的,尤其是针对于一些诊断的时候出现了困难的一些肺结核以及是合并了纵隔淋巴结肿大的患者来说很好的一种诊断的方法。
在现在的医学中是具有很多的方法都是可以有效的对患者的病情来进行检查的,但是究竟是需要怎样来选择一个适合了患者的一种比较有效的治疗的检查的方法的话,还是需要根据患者的具体的病情之后再来做出具有针对性的选择的,建议还是在一些比较正规的医院中来进行治疗,并且进行检查的话会更加的安全、可靠。
‘陆’ 分子生物学实验方法
实验1总DNA提取
生物总DNA的提取是分子生物学实验的一个重要内容。由于不同的生物材料细胞壁的结构和组成不同,而细胞壁结构的破坏是提取总DNA的关键步骤。同时细胞内的物质也根据生物种类的不同而有差异,因此不同生物采用的提取方法也不同,一般要根据具体的情况来设计实验方法。本实验介绍采用CTAB法提取植物总DNA的技术。
[实验目的]
学习和掌握学习CTAB法提取植物总DNA的基本原理和实验技术。学习和掌握紫外光吸收法鉴定DNA的纯度和浓度。
[实验原理]
植物叶片经液氮研磨,可使细胞壁破裂,加入去污剂(如CTAB),可使核蛋白体解析,然后使蛋白和多糖杂质沉淀,DNA进入水相,再用酚、氯仿抽提纯化。本实验采用CTAB法,其主要作用是破膜。CTAB是一种非离子去污剂,能溶解膜蛋白与脂肪,也可解聚核蛋白。植物材料在CTAB的处理下,结合65℃水浴使细胞裂解、蛋白质变性、DNA被释放出来。CTAB与核酸形成复合物,此复合物在高盐(>0.7mM)浓度下可溶,并稳定存在,但在低盐浓度(0.1-0.5mMNaCl)下CTAB-核酸复合物就因溶解度降低而沉淀,而大部分的蛋白质及多糖等仍溶解于溶液中。经过氯仿/异戊醇(24:1)抽提去除蛋白质、多糖、色素等来纯化DNA,最后经异丙醇或乙醇等沉淀剂将DNA沉淀分离出来。
由于核酸、蛋白质、多糖在特定的紫外波长都有特征吸收。核酸及其衍生物的紫外吸收高峰在260nm。纯的DNA样品A260/280≈1.8,纯的RNA样品A260/280≈2.0,并且1μg/mlDNA溶液A260=0.020。
[实验器材]
1、高压灭菌锅2、冰箱3、恒温水浴锅4、高速冷冻离心机5、紫外分光光度计6、剪刀7、陶瓷研钵和杵子8、磨口锥形瓶(50ml)9、滴管10、细玻棒11、小烧杯(50ml)12、离心管(50ml)13、植物材料
[实验试剂]
1、3×CTABbuffer(pH8.0)
100mMTris
25mMEDTA
1.5MNaCl
3%CTAB
2%β-巯基乙醇
2、TE缓冲液(pH8.0)
10mmol/LTris·HCl
1mmol/LEDTA
3、氯仿-异戊醇混合液(24:1,V/V)
4、95%乙醇
5、液氮
[实验步骤]
1、称取2g新鲜的植物叶片,用蒸馏水冲洗叶面,滤纸吸干水分。
2、将叶片剪成1cm长,置预冷的研钵中,倒入液氮,尽快研磨成粉末。
3、待液氮蒸发完后,加入15mL预热(60℃)的CTAB提取缓冲液,转入一磨口锥形瓶中,
置于65℃水浴保温0.5h,不时地轻轻摇动混匀。
4、加等体积的氯仿/异戊醇,盖上瓶塞,温和摇动,使成乳状液。
5、将锥形瓶中的液体倒入50ml离心管中,在4℃下8000rpm离心10min。
6、离心管中出现3层,用滴管小心地将上层清液吸入另一干净的离心管中,弃去中间层的细胞碎片和变性蛋白以及下层的氯仿。(根据需要,上清液可用氯仿/异戊醇反复提取多次。)
7、收集上层清液,并将其倒入小烧杯。沿烧杯壁慢慢加入2倍体积预冷的95%乙醇。边加边用细玻棒沿同一方向搅动,可看到纤维状的沉淀(主要为DNA)迅速缠绕在玻棒上。
8、小心取下这些纤维状沉淀,加1~2mL70%乙醇冲洗沉淀,轻摇几分钟,除去乙醇,即为DNA粗制品。
9、将粗制品溶于TE缓冲液。
10、在分光光度计上测定该溶液在260nm/280nm紫外光波长下的光密度值。
[注意事项]
1、液氮研磨时,小心操作,以免冻伤。
2、所有操作均需温和,避免剧烈震荡。
[思考题]
CTAB、EDTA、巯基乙醇的作用分别是什么?
液氮研磨的原理是什么?
实验二质粒DNA的提取
质粒DNA是分子生物学实验中广泛应用的载体分子。质粒是细菌独立于染色体外的遗传物质,是环状的`双链DNA分子。由于质粒比较小,并且能进行独立的自我复制,常常被改造为克隆和表达的载体分子。
[实验目的]
通过本实验掌握碱裂解法提取质粒的基本原理,掌握碱裂解小量提取质粒的实验技术。
[实验原理]
碱裂解法提取质粒是根据共价闭合环状质粒DNA与线性染色体DNA在拓扑学上的差异来分离它们。在pH值介于12.0~12.5这个狭窄的范围内,线性的DNA双螺旋结构解开而被变性,尽管在这样的条件下,共价闭合环状质粒DNA的氢键会被断裂,但两条互补链彼此相互盘绕,仍会紧密地结合在一起。当加入pH4.8的乙酸钾高盐缓冲液恢复pH至中性时,共价闭合环状的质粒DNA的两条互补链仍保持在一起,因此复性迅速而准确,而线性的染色体DNA的两条互补链彼此已完全分开,复性就不会那么迅速
而准确,它们缠绕形成网状结构,通过离心,染色体DNA与不稳定的大分子RNA,蛋白质-SDS复合物等一起沉淀下来而被除去。
[实验器材]
1、恒温培养箱
2、恒温摇床
3、台式离心机
4、高压灭菌锅
5、Tip头、Eppendorg管
6、含有目的质粒的E.coli菌株
[实验试剂]
1、溶液I
50mmol/L葡萄糖
5mmol/L三羟甲基氨基甲烷(Tris)Tris·HCl
10mmol/L乙二胺四乙酸(EDTA)(pH8.0)
2、溶液II
0.4mol/LNaOH,2%SDS,用前等体积混合
3、溶液III
5mol/L乙酸钾60mL
冰乙酸11.5mL
水28.5mL
4、TE缓冲液
10mmol/LTris·HCl
1mmol/LEDTA(pH8.0)
5、70%乙醇(放-20℃冰箱中,用后即放回)
6、EcoRI及其缓冲液
7、HindIII及其缓冲液
[实验步骤]
1、将含有目的质粒的E.coli菌株接种于LB液体培养基中,37℃振荡培养过夜。
2、取1ml培养物倒入Eppendorf管中,12000r/min离心30sec。
3、吸去培养液,使细胞沉淀尽可能干燥。
4、将细菌沉淀悬浮于100μL冰预冷的溶液I中,剧烈振荡。
5、加200μL溶液II(新鲜配制),盖紧管皿,快速颠倒5次,混匀内容物,将Eppendorf管放在冰上。
6、加入150μL溶液III(冰上预冷),盖紧管口,颠倒数次使混匀,冰上放置5min。7、12000r/min,离心5min,将上清液转至另一Eppendorf管中。
8、向上清液加入等体积的饱和酚,混匀。
9、12000r/min,离心5min,将上清液转至另一Eppendorf管中。
10、向上清液加入2倍体积乙醇,混匀后,室温放置5~10min。12000r/min离心5min。倒去上清液,把Eppendorf管倒扣在吸水纸上,吸干液体。
11、1ml70%乙醇洗涤质粒DNA沉淀,振荡并离心,倒去上清液,真空抽干或空气中干燥。12、20μLTE缓冲液,使DNA完全溶解,-20℃保存。
[注意事项]
操作时,避免剧烈震荡。
[思考题]
1、实验操作中,饱和酚的作用是什么?
2、SDS和NaOH的作用是什么?
[参考文献]
《精编分子生物学实验指南》(第四版)
[美]FM奥斯伯,RE金斯顿等主编科学出版社2005
实验三总RNA提取
【目的和要求】
1.掌握样品中总RNA的提取的原理和方法。
2.熟悉RNA纯度及浓度检测方法。
3.了解RNA提取过程中的注意事项。
【实验原理】
RNA是基因表达的中间产物,存在于细胞质与核中。对RNA进行操作在分子生物学中占有重要地位。获得高纯度和完整的RNA是很多分子生物学实验所必需的,如Northern杂交、cDNA合成及体外翻译等实验的成败,在很大程度上取决于RNA的质量。由于细胞内的大部分RNA是以核蛋白复合体的形式存在,所以在提取RNA时要利用高浓度的蛋白质变性剂,迅速破坏细胞结构,使核蛋白与RNA分离,释放出RNA。再通过酚、氯仿等有机溶剂处理、离心,使RNA与其他细胞组分分离,得到纯化的总RNA。在提取的过程中要抑制内源和外源的RNase活性,保护RNA分子不被降解。因此提取必须在无RNase的环境中进行。可使用RNase抑制剂,如DEPC是RNase的强抑制剂,常用来抑制外源RNase活性。提取缓冲液中一般含SDS、酚、氯仿、胍盐等蛋白质变性剂,也能抑制RNase活性,并有助于除去非核酸成分。
【教学内容】
1.总RNA提取的基本原理和常用方法介绍
2.进行动物组织或血液样品总RNA提取。
3.对提取的RNA的进行纯度和浓度检测。
【实验器材和试剂】
超净工作台、高速冷冻离心机、电泳仪、紫外分光光度计、凝胶成像系统、振荡器、移液器、吸头、Ep管、玻璃匀浆器、试管。
玻璃器皿洗净后置180℃烘烤8h;不耐高温的器皿(如塑料制品)应用0.1%DEPC浸泡2h,70~80℃烘烤干燥,120℃高压20min,再70~80℃烘烤干燥方可使用。
细胞裂解液:异硫氰酸胍4mol/L;柠檬酸钠(pH7.0)25mmol/L;十二烷基肌氨酸钠0.5%;β-巯基乙醇0.1mol/L(称取柠檬酸钠0.64g,十二烷基肌氨酸钠0.415g,吸取β-巯基乙醇0.7ml,用无Rnase的蒸馏水溶解,定容至50ml。然后取以上配制的溶液(CBS液)33ml,异硫氰酸胍25g,混合,完全溶解后4℃保存备用)
TRIzolRNA抽提试剂、2mol醋酸钠、0.1%DEPC、平衡酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)、氯仿、无水乙醇、异丙醇、75%乙醇(用RNase-free水配制)、RNase-free的水。
【实验方法】
(一)异硫氰酸胍法(PLT)
1.取新鲜动物组织0.1~0.2g置于组织匀浆器中,加入预冷的细胞裂解液1ml,在冰浴
中迅速匀浆15~30s,以充分研碎组织。然后将细胞悬浮液吸入另一试管中。
2.加入2mol醋酸钠(pH4.0)120μl,充分混匀。
3.加入1.2ml酚:氯仿:异戊醇,充分混匀摇振10s,冰浴15min。
4.将混合物转移至1.5mlEp管中,4℃,离心10000r/min,20min.
5.移取上层水相至另一Ep管中,加入等体积的异丙醇,静置-20℃,30min沉淀RNA.
6.4℃,离心12000r/min,15min.
7.弃上清液,加入70%乙醇400μl,洗涤RNA沉淀物;如果RNA沉淀物被悬浮,则4℃离心10000r/min,10min。
8.弃上清液,自然干燥,但应避免沉淀完全干燥,否则RNA难以溶解。
9.加入100μl无RNase水重悬RNA,或加1ml无水乙醇和1/10体积3mol醋酸钠(pH4.0),-70℃保存。
(二)TrizolReagent/总RNA提取试剂
TRIzol是从细胞和组织中提取总RNA的即用型试剂,在样品裂解或匀浆过程中,TRIzol能保持RNA完整性。加入氯仿后,溶液分为水相和有机相,RNA在水相中。取出水相,用异丙醇可沉淀回收RNA。下面介绍由上海美季生物技术有限公司总RNA提取试剂推荐的操作步骤:
1.匀浆处理(Homogenization)
(1)组织中提取总RNA
①植物组织:植物叶片直接放入研钵中,加入少量液氮,迅速研磨成粉末,每50-100mg植物叶片加入1mlTRIzol。
②动物组织:按10-30mg组织加入1mlTRIzol,用电动匀浆器或者一次性研磨杵充分匀浆。
(2)培养细胞中提取总RNA
①贴壁细胞:无须胰酶消化,可直接用TRIzol进行裂解,每10平方厘米培养面积加1mlTRIzol。
②悬浮细胞:可直接离心收集、裂解,每1mlTRIzol可裂解5×106动物或酵母细胞,或107细菌细胞。
(3)血液中提取总RNA
直接取新鲜的血液,加入3倍体积红细胞裂解液,混匀后室温放置10分钟,10,000rpm离心1分钟。彻底吸弃上清,收集白细胞沉淀。每100-200μl血液收集的白细胞沉淀加入1mlTRIzol。
2.分层(PhaseSeparation)
(1)样品加入TRIzol后,室温放置5min,使样品充分裂解。
注:如不进行下一步操作,样品可放入-70℃长期保存。
‘柒’ 常用检测RNA的分子生物学技术有哪些
PCR技术。
分子生物学技术有PCR、分子克隆、核酸电泳、琼脂糖凝胶电泳测序、DNA,RNA提取、转化外源DNA、体外转录、逆转录、cDNA文库构建、原位杂交等。