① 如何鉴定上呼吸道菌群，需要详细一点的。
由于上呼吸道是多种菌群常居的场所，如何快速、准确鉴定是一项比较困难的工作，需要借助一套系统的检测方法。标本直接涂片、染色、镜检可初步了解上呼吸道标本优势菌群的种类，具有廉价、操作简便、实验要求低等优点，但敏感性、特异性较低，可为下一步检测提供参考依据；细菌培养是鉴定细菌的金标准，具有特异性强的优点，但营养要求高、耗时长；生化反应是鉴定细菌种群、型别的重要依据，不同生化反应按一定规律编排、编码，可快速有效地将细菌鉴定到种及亚种；血清学反应是利用抗原抗体反应原理鉴定细菌型别的方法，具有灵敏性高、特异性强的优点，且耗时短，实验要求不高，一些重要致病菌通常需要借助血清学鉴定，如沙门氏菌、志贺氏菌等。分子生物学是近年来鉴定细菌的新方法，可检测微量病原体，较常规方法具有更高的灵敏性、特异性。
② 感染性疾病病原检查方法有哪些
感染（infection）是病原体（pathogen）和人体在一定条件下相互作用的病理过程，感染的病原体包括各种细菌、病毒、寄生虫、真菌、支原体、衣原体、螺旋体等。病原体的来源可分为外源性和内源性感染两种类型。外源性感染是由于外界的病原体侵入人体，如志贺菌、结核分枝杆菌、人免疫缺陷病毒（HIV）等引起的感染。内源性感染是人体内经常寄生的微生物，如大肠埃希菌、肠球菌、某些真菌等在一定条件下引起的感染。感染后是否引起感染性疾病（infection diseases）与病原体的数量、毒力和人体的抵抗力有关，并决定感染的发生、发展和结局。病原体感染后机体可以出现不感染、隐性感染（covert infection）、显性感染（overt infection）、持续性感染（persistent infection）或病原体携带状态（carrier state）几种类型。感染性疾病是由于感染的病原体毒力强、数量多，超过了机体的抵御能力，定植在机体一定部位增殖、扩散或蔓延、释放毒素，引起机体免疫病理反应，导致组织、器官等损伤，生理功能紊乱，并出现一系列的临床症状和体征。感染性疾病的检查主要包括病原体的检查、感染的血清学试验等，并由此确定感染性疾病的发生和性质；通过病原体的药物敏感试验、耐药株监测和医院感染的监测报告，为临床感染性疾病的最佳治疗药物选择，采取最有效的预防措施，防止感染的传播或流行提供及时、有效的实验数据。
随着现代社会与临床医学的发展，目前感染性疾病的流行病学特点发生了明显变化，主要体现在以下几个方面：①由强毒性病原体引起感染的疾病，如鼠疫、白喉、伤寒、天花、小儿麻痹逐渐减少或绝迹，而条件致病的病原体引起的感染、医院感染逐渐增多。②由新的病原体、原有的病原体变异引起的新感染性疾病，如艾滋病（AIDS）、疯牛病、O157出血性肠炎、严重急性呼吸综合征（severe acute respiratory syndrome, SARS）等陆续出现。③以前的感染性疾病，如淋病、梅毒、结核病等又重新流行。④多重耐药株，如耐万古霉素的肠球菌（VRE）、耐苯唑西林的葡萄球菌（MRS）、耐异烟肼的结核杆菌等，导致抗感染治疗无效或低效。因此，临床感染性疾病的检查应密切结合上述新的变化趋势进行。
细菌感染所致的感染性疾病占首位；病毒性感染在人群中的发生率最高，但不一定致病；真菌感染的发病率近年来显着上升；寄生虫，如隐孢子虫、卡氏肺孢子虫、滴虫等感染开始受到普遍关注。病原体的检查是临床确诊感染性疾病的主要手段，根据需要鉴定到一定水平即可。例如，作为临床病原学诊断，细菌感染只需鉴定到种，必要时才进一步鉴定；若进行流行病学调查，细菌鉴定应达到血清型或基因型。临床病原体检查必须通过采集标本，经过各种试验后才能明确诊断。标本采集质量的好坏直接影响诊断结果，早期采集、无菌采集、适当与适量采集是确保查明病原体的前提。临床病原体检查的方法有多种，包括涂片检查、分离培养、血清学鉴定和分子生物学诊断（molecular biological diagnosis）等，可根据临床需要和标本类型进行选择。临床标本分离培养的阳性结果最具确诊意义，但阴性结果并不能完全除外病原体感染的可能。病原体抗原成分检测可早期、快速诊断感染性疾病，阳性结果表明感染病原体的存在。分子生物学诊断为病原体感染的早期、快速、敏感、特异诊断成为可能，但应排除假阳性或假阴性结果。
③ mNGS检测呼吸道病原体
文献信息：
文献：Metagenomic Sequencing Detects Respiratory Pathogens in Hematopoietic Cellular Transplant Patients
中文：宏基因组测序检测造血细胞移植患者的呼吸道病原体
杂志：American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. IF:13.204
时间：2017年7月
单位：加利福尼亚大学
摘要：
下呼吸道感染是造血细胞移植(HCT)接受者住院和死亡的主要原因。尽管如此，由于传统诊断法在预防性抗菌剂的设置中产量降低，抗体滴度降低，以及来自罕见机会微生物的感染，病因往往无法确定。mNGS可能提供更强的诊断，通过进行无需培养临床样本的微生物组成的综合检测。通过捕捉微生物和人类RNA, mNGS还允许同时通过转录组分析宿主免疫反应, 可以提供快速(< 48 h)和可行的微生物学的数据精确传染病诊断。
1 样本、常规临检：
由于HCT受者明显需要加强LRTI诊断，我们根据密歇根大学HUM00043287协议，先后纳入了22名因急性呼吸系统疾病住院的成人HCT受者，他们在2012年1月25日至2013年5月20日期间接受了支气管镜检查和BAL检查。对所有患者进行标准护理 BAL微生物学检测 ，包括 细菌、分枝杆菌、真菌和巨细胞病毒的半定量培养;曲霉半乳甘露聚糖检测;jirovecii肺孢子虫银染色;流感A/B、呼吸道合胞病毒和人偏肺病毒;和人疱疹病毒-6聚合酶链反应 ，具体方法见在线补充(4)。对血液和鼻咽部样本的补充诊断由治疗医师自行决定，具体见表1和在线补充(4)。
2 建库、测序、分析：
用250 μl BAL构建RNA和DNA测序文库，并根据已建立的方法进行双端Illumina测序。病原体检测利用定制的生物信息学管道来区分临床样本中的病原体和背景微生物污染物（参考2，3）。使用由每百万读序列(rpM)排列的核苷酸reads乘以每个属相对于无模板对照的nt和nr Z-scores之和所组成的排序分数[score = rpMnt×(Znt + Znr)]。
参考2： Actionable diagnosis of neuroleptospirosis by next-generation sequencing. N Engl J Med 2014
参考3： Illuminating uveitis: metagenomic deep sequencing identifies common and rare pathogens. Genome Med 2016
方法：sequence-based ultra-rapid pathogen identification (SURPI)
3 评估标准
微生物鉴定被归类为病原体确认，如果：1)临床试验和mNGS发现了微生物, 2) 存在致病性在肺部的文献证据, 和3) 得分至少两倍比其他相同类型的微生物(病毒、细菌或真菌)中确定病人。如果mNGS单独识别了微生物，且符合标准2和3，则认为微生物是新的潜在病原体;所有其他微生物都被认为是不太可能或不确定的病原体。结果分别由病毒PCR或细菌16S rRNA基因测序独立证实，如(参考4)所述。
4 结论：
总而言之，我们利用元基因组测序的持续改进来扩大LRTI诊断急性呼吸系统疾病HCT受者的能力。我们证明，与目前的微生物诊断相比，mNGS具有更大的检测微生物的能力，并且能够将病原体检测与宿主反应和气道微生物组同步分析相结合。
参考：
临床上那些潜藏的病原体，可以用宏基因组测序“揪出”吗？
④ 传染病监测的技术方法都有哪些
一、病原学检查
1、病原体的直接检出：许多传染病可通过显微镜或肉眼检出病原体而明确诊断，如从血液或骨髓涂片中检出疟原虫、利什曼原虫、微丝蚴、回归热螺旋体等；从大便涂片中检出各种寄生虫卵及阿米巴原虫等；从脑脊液离心沉淀的墨汁涂片中检出新型隐球菌等；肉眼观察粪便中的绦虫节片和从粪便孵出的血吸虫毛蚴等。
2、病原体分离：细菌、螺旋体和真菌可用人工培养基分离培养，如伤寒杆菌、志贺杆菌、霍乱弧菌、钩端螺旋体和新型隐球菌等。立克次体需经动物接种或细胞培养才能分离出来，如斑疹伤寒、恙虫病等。病毒分离一般需细胞培养，如登革热、脊髓灰质炎等。用以分离病原体的检材可采用血液、尿、便、脑脊液、痰、脊髓和皮疹吸出液。
3、特异性抗原检测：可较快地提供病原体存在的证据，其诊断意义较抗体检测更为可靠。常用方法有凝集试验、酶联免疫吸附试验（ELISA）、酶免疫测定（EIA）、荧光抗体技术（FAT）、放射免疫测定（RIA ）、流式细胞检测（FCM）等，必要时可作核酸定量检测、基因芯片技术检查。
4、特异性核酸检测：可用分子生物学检测方法，如放射性核素或生物素标记的探针作DNA印迹法或RNA印迹法，或用聚合酶链反应（PCR）或反转录PCR（RT-PCR）检测病原体的核酸。必要时还可作原位聚合酶链反应（PCR）。
二、特异性抗体检测
在传染病的早期，特异性抗体在血清中往往尚未出现或滴度很低，而在恢复期或后期抗体滴度有显着升高，故在急性期及恢复期双份血清检测其抗体由阴性转为阳性或滴度升高4倍以上有重要诊断意义。特异性IGM抗体的检出有助于现存或近期感染的诊断。蛋白印迹法（WB）（又称免疫印迹法）的特异性和灵敏度都很高。常用于艾滋病的确定性诊断。
⑤ 呼吸道病原体五联检测不能医保
可以报医保。呼吸道病原体五联检测，包括有肺炎衣原体、肺炎支原体、呼吸道合胞病毒、腺病毒以及柯萨奇病毒，主要是针对于五种不同的导致呼吸道感染的病原体的检测。