ncbi检索的方法是什么

㈠ 怎样在NCBI进行相似性搜索（最好有例子图片）

要做相似性搜索，需要用到blast（http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）在线比对工具。

如果有一条DNA序列，可以做blastn，blastx，tblastx比对；寻找和此DNA相似性高的DNA或蛋白质。

如果有一条蛋白质序列，可以做blastp，tblastn比对，寻找和此蛋白质相似性较高的蛋白质或DNA。

图示blastp

㈡ 怎样用NCBI在一个特定全测序基因组里面查找一个特定的基因比如在杨树基因组里面查找AP1这个基因

如果你知道编号就更好了，现在AP1 结果又245个，我对杨树不熟悉，需要你自己筛选。

首先进入http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

之后再左边有个GENE，点击它，进入基因主页http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/

然后在Find genes by...找gene name (symbol)这一项，进入按照基因名称检索界面

好运。

㈢ 怎么使用ncbi的entrez检索工具

集成信息检索：ENTREZ系统编辑本段回目录检索服务器可以对有目标的检索记录，但它主要的缺陷在于一次只能从一个数据库中检索到记录；想对一批数据库进行检索的用户必须为每一个目标数据库分别发出一次申请。很明显，这些大量的公用数据库之间存在着逻辑联系。例如，MEDLINE中的一篇论文可能描述一个基因的序列，该基因又在GenBank中出现。其核苷酸序列所编码的蛋白质的序列又存放在蛋白质数据库中。这种蛋白质的三维结构可能又是已知的，结构的数据可能出现在结构数据库中。最后，基因可能定位在某条染色体的某个区域，这类信息存放在图谱数据库中。
在这些生物学上的联系的基础上开发了一种方法；可以通过它查询所有与某一特殊的生物学实体有关的所有信息，而不必按次序查询分立的数据库。这就是一个名为Entrez的分子检索系统。它由NCBI开发和维护，Entrez在所有的主要的数据库计算机平台上均可使用，允许对PubMed（MEDINE）的记录，核苷酸和蛋白质的序列数据，三维结构信息，图谱信息进行集成的访问。全部信息只需经过一次查询。Entrez能够通过数据库之间的两种类型联系：相近性和硬连接来提供集成的信息检索。
相近性
相近性联系着一个给定的数据库之内的记录。使用者在查看MEDLINE中某条记录时可以要求Entrez"找出所有类似的论文"，类似的，使用者在查看一个序列的同时可以要求Entrez"找出所有与这个序列类似的序列"。一个数据库之内的相近性关系是建立在对相似性的统计计算上的：
BLAST 序列数据可以用基本局部对比搜索工具（Basic Local Alignment Search Tool,即BLAST）相互比较。这个算法试图找到"高度匹配的片段对"（high-scoring segment pairs,简记为HSPs），即能够无缺口的对齐且达到一定的分数的成对的序列。
VAST 几套坐标数据之间的比较采用一种名为VAST的基于向量的算法。VAST即Vector Alignment Search Tool（Madej等，1995；Gibrat等，1996）。VAST的比较有三个步骤：
1.第一，在坐标数据的基础上，标出所有的构成蛋白质的核心部分的α螺旋和β片层。然后根据这些二级结构单位的位置计算向量。以下的步骤使用这些向量来做对比而不是整个一套坐标。
2.然后，算法试图最佳的匹配这些向量，寻找类型和相对方位相同的成对的结构单位，并且在这些单位之间还要有同样的连接方式。其目标在于识别高度相似的"核心结构"，这些成对结构的匹配性要比随机的选择蛋白质相互比较得到的高得多。
3.最后，在每个残基位置上使用蒙特－卡洛方法对结构的排列进行优化。
使用这个方法有可能找到一些序列相似性不明显的蛋白质之间的结构上的关系（可能在功能上也有关系）。最后的对齐结果不一定是全局的，可能在不同的蛋白质的单独的结构域之间配对。
需要重点注意的是VAST不是确定结构相似性的最好办法，因为还可以利用三维坐标文件中的其它信息来做更进一步的修正，如考虑侧链的位置及侧链之间的相互作用的热力学特点。而把结构压缩成一列矢量必然会导致信息的丢失。然而，考虑到这个问题的数量级－即需要做的成对比较的次数－及采用更高级的方法所需要的计算能力和时间，VAST至少为结构相似性问题提供了一个简单和快速的答案。

㈣ 怎样在NCBI上搜索基因序列或者是蛋白质序列

首先打开NCBI网站首页，然后在search一栏中选择nucleotide，在框中输入你要的基因序列名称，点击search就行。然后会出来很多结果，因为很多基因是同名的，或是一个基因在不同种属中不一样，寻找你要的基因序列就行了。注意的是，要确定你的基因名称是否是统一的，我以前就是找一个基因费了很多事，之后发现是自己没有用通用的。找到基因序列，蛋白序列就很容易了，因为结果中会显示该基因的蛋白序列。你也可以在开始search的时候选protein，找到的就是蛋白序列了。多尝试就好了，其实很简单，英文不错的话，更简单。要有耐心。

㈤ 2. NCBI包含哪些数据库如何检索到所要的信息

日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构
有Entrez、Entrez Programming Utilities、MyNCBI、PubMed、PubMed Central、EntrezGene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、ElectronicPCR等共计36种检索方法
国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, 简称NCBI) 是美国国家医学图书馆(NLM)的一部分(该图书馆是美国国家卫生研究所的一部分).NCBI位于马里兰州的贝塞斯达， 建立于1988年· NCBI保管GenBank的基因测序数据和Medline的生物医学研究论文索引· 所有的这些数据库都可以通过Entrez搜索引擎在线访问·

㈥ ncbi搜索系统是什么

是一个数据库，里面可以查到已经被测出的所有DNA序列，cDNA，氨基酸等的序列，还可以查看这个数据出自哪些文章，近期研究进展等，总之很强大，很强大

㈦ NCBI是什么主要是做什么

NCBI是National Center for Biotechnology Information的缩写，指美国国家生物技术信息中心，建立于1988年。

NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。除了建有GenBank核酸序列数据库（该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库，其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构）之外，NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。

(7)ncbi检索的方法是什么扩展阅读：

NCBI提供的资源有Entrez、Entrez Programming Utilities、My NCBI、PubMed、PubMed Central、Entrez Gene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、Electronic PCR等共计36种功能，而且都可以在NCBI的主页www.ncbi.nlm.nih.gov上找到相应链接，其中多半是由BLAST功能发展而来的。

已故参议员克劳德·佩珀认识到计算机化信息处理方法对于进行生物医学研究的重要性以及赞助立法，该立法于1988年11月4日成立了国家生物技术信息中心（NCBI），作为国家医学图书馆的一个部门（NLM） ）在美国国立卫生研究院（NIH）。

㈧ 在NCBI中如何查询基因的功能

知道了名字，在搜索框里输入后可以看到相应的搜索结果，然后点击进去，有个“MIM”（在线孟德尔遗传）就可以看到它的功能。
ORF是开放阅读框，指的是mRNA上编码氨基酸的那段序列，从AUG开始，直到终止子，但是不包括终止子。ORF的数据在进入NCBI主页的右下侧一个叫ORFfinder的超链接里，点击进去后输入相应序列的mRNA序列，然后再点击ORF find就可以预测处它的ORF，但是往往会有很多结果，一般来说第一个结果是真实的，其余的都是假阳性的。
fasta格式指的就是一个大于号开头，后面跟上这段序列的描述，然后另起一行就是数列，给你个例子你就知道了，如下，这就是人类USF1 mRNA的fasta格式
>gi|46877100|ref|NM_007122.3| Homo sapiens upstream transcription factor 1 (USF1), transcript variant 1, mRNA


























AAAAAAAAAAA
这就是fasta格式，你可以以TXT的方式保存，也可以以后缀名为.fasta的方式保存，然后以文本文件打开就行了，说白了就是个文本文件呵呵。一般情况下这样就可以了，但是如果用blast2go来做GO分类的话，就必须用.fasta来保存，否则该软件不识别。详细的在NCBI上都有的，自己可以去看。