Ⅰ 真菌多样性分析ITS序列
ITS序列，即内源转录间隔区，是位于真菌18S、5.8S和28S rRNA基因之间的序列，分为ITS 1和ITS 2两部分。在真菌多样性分析中，ITS序列由于在进化过程中能容忍更多变异，展现出广泛序列多态性，且在不同物种间差异明显，有助于种属及菌株间的区分。同时，ITS序列相对较小，便于分析，目前广泛应用于真菌不同种属的系统发育研究。
高通量测序技术在真菌多样性分析中扮演重要角色。当前常用的平台包括Illumina、BGI、PacBio和Thermo Ion S5等。其中，Illumina以其长读长、短测序周期和高通量的特性，成为研究真菌ITS序列的首选平台。微基生物是国内采用Illumina-MiSeq 2×300 bp平台进行微生物生态研究的先驱，其最大读长可达550 bp，能有效覆盖ITS 1和ITS 2序列，进行深入分析。
在生物信息和统计分析阶段，高通量测序数据进行后续处理。研究团队可通过整合宏基因组学、代谢组学等多组学技术，深入解析自发发酵普洱茶微生物群落。以一项关于普洱茶微生物群落的研究为例，研究者利用Illumina MiSeq平台对V4V5和ITS 1区域进行测序，最终揭示了微生物组分及其功能，为普洱茶发酵过程的微生物多样性提供了科学依据。