孔子在长期教学实践中摸索出一套极有价值的教学方法，至今仍有一定的借鉴作用，这是他在人类教育史上做出的又一重大贡献，其数学方法有六方面：一、因材施教。孔子对学生的教诲不是盲目的，而是从学生的实际情况出发，针对智力的高下不同，采取“因材施教”的方法。孔子注意到人的才智高下有别是个客观存在，他说：“中等水平以上的人，可以告诉他高深学问；中等水平以下的人，不可以告诉他高深学问。”（《雍也》）根据这条原则，他具体地分析了每个学生的性格、才能、志趣和特点，从而进行有针对性的教育。例如他说：“高柴愚笨，曾参迟钝，颛孙师偏激，仲由鲁莽。”又说：“颛孙师做事有些过分，而子夏则有些做不到数。”（《先进》）据《论语·先进》载，弟子冉求做事好退缩，胆子小，孔子就教他凡事要抓紧，一听说就应马上去做。仲由胆大，敢作敢为，孔子怕他冒失而惹祸，就教他凡事先退一步，等请示父兄以后再去做。孔子就是用这种扬长避短的方法来对学生们因材施教的，指导他们发扬优点，克服缺点，避免片面性，做到全面发展。二、学思结合。孔子十分重视“学”，他要求弟子“博学于文”，“敏而好学”。为了求得学问，即“道”，可以“食无求饱，居无求安”（《学而》）。他自己为了“学”，也是“发愤忘食，乐而忘忧，不知老之将至”（《述而》）。孔子认为，“多闻”、“多见”是学习知识的基本途径。在《论语》一书中，“闻”知者57处，“见”知者71处。孔子处处以“闻”、“见”为最可信赖的知识源泉。他要求学生“多闻择其善者而从之，多见而识之”（《述而》）。只有这样，才能学到全面的知识。
孔子论“学”又不完全停留在“闻”知和“见”知上，而是要做到“学”与“思”相结合，要求“切问而近思”（《子张》）。就是说，孔子特别提倡独立思考，恳切地发问，多考虑当前的问题，追根求源。他说：“遇事不斟酌思考，不讲‘怎么办，怎么办’的人，我对这种人就无能为力了。”（《卫灵公》）他批评那种“饱食终日，无所用心”的思想懒汉。但是他又反对那种不认真刻苦学习，只是整天苦思空想的人。认为脱离了“学”的“思”，只会把人引导到瞎猜的歧途上，是不会有什么好处的。他曾说：“吾尝终日不食，终夜不寝，以思，无益，不如学也。”（《卫灵公》）不先“学”，就无从去“思”，这是符合人类认识规律的。
孔子在“学”与“思”的关系上，提出了“学而不思则罔，思而不学则殆”（《为政》）的精辟见解，这是符合“学”与“思”之间的辩证关系的。就是说，“学”与“思”两者不可分开，一旦分开，就会两败俱伤，不是“罔（受骗）”，就是“殆（疑惑）”的结果，都会空无所获，白费气力。当然，在这二者之间，孔子所着重强调的仍然是“学”。他甚至认为有许多好的品质的人，如果不学习，也会产生不好的后果，如说：“好仁不好学，其蔽也愚；好知不好学，其蔽也荡；好信不好学，其蔽也贼；好直不好学，其蔽也绞；好勇不好学，其蔽也乱；好刚不好学，其蔽也狂。”（《阳货》）三、举一反三。孔子在讲学时，为了取得理想的教学效果，他往往不先说出自己的见解，而是“不愤不启，不徘不发”（《述而》）。“愤者，心求通而未得之意。徘者，口欲言而未能之貌。启，为开其意。发，为达其辞。”（朱熹：《论语集注》）意思是说，要让学生独立思考，直到他们想把问题弄明白而又考虑不通时，再去开导他；直到他们想把观点表达出来而又表述不清时，再去启发他说出来。这种在求学者产生强烈求知欲的心理状态下进行教育的方法，自然会收到事半功倍的效果。他还说：“举一隅不以三隅反，则不复也。”（《述而》）意思是说，要使学生举一反三，触类旁通。如果给他指明东方，他不能由此推知其余的西、南、北三方，那就不必再勉强教下去了。这样做，也是为了避免代替学生思考，让他们自己学会由此及彼的推理判断能力，从而达到“告诸往事而知来者”（《学而》）、“闻一知二”、“闻一知十”（《公冶长》）的理解水平。这种行之有效的启发式教学方法，是孔子的首创。四、循循善诱。孔子认为一个人不仅应该知道学习的重要性，而且要善于学习和乐于学习。他说：“知之者不如好之者，好之者不如乐之者。”（《雍也》）只有培养起学习兴趣，才能树立学习的自觉性，从而产生学习的热情，以至学而不厌。孔子善于了解并注意培养学生的学习兴趣，循循善诱，通过日常生活中一些生动的事例，用形象思维的方式去诱导学生的学习志趣。《论语》中就载有孔子交互采用哲理性的比喻来教导学生的事例。例如用“岁寒然后知松柏之后凋”喻指人的节操，教导学生要有吃苦耐劳、不屈不挠的精神；用“逝者如斯夫”比喻时间一去不复返，意在勉励学生要珍惜时间，奋发图强。这样的教学方式，受到了弟子们的好评。五、联系实际。孔子是一个“家事、国事、天下事”事事关心的人，不是一个为教育而教育的人。他在教学过程中，经常联系历史上或当今的实际，通过对人物评价和时政评论，向学生阐发自己的政治观点和哲学思想，明确表示自己的是非爱憎，并以此来教育和影响学生。上自尧、舜、禹、汤、文、武、周公、伯夷、叔齐，下至春秋时期的管仲、子产等各类名人，以及他自己的弟子，孔子都评论过。他特别注意评论那些对社会、对人民有大功的人，品德高尚的人。孔子对管仲、子产，以仁许之。比如说：“桓公九合诸侯，不以兵车，管仲之力也。如其仁，如其仁。”又说：“管仲相桓公，霸诸侯，一匡天下，民到于今受其赐。微管仲，吾其被发左衽矣。”（《宪问》）当他听到“为人仁爱的人”郑国执政子产的死讯后，泪流满面地说：“古之遗爱也。”（《左传》昭公二十年）伯夷、叔齐在继承君位上互相推让，孔子称其“求仁而得仁”（《述而》）。对于那些不肖者，孔子便加以抨击。如鲁国的大夫臧文仲明知柳下惠是贤良之士，却不肯任用，孔子批评他白吃官饭，不干实事。
（见《左传》昭公二十年）
《左传》记载，鲁国贵族季氏的家臣阳虎，又名阳货，在鲁定公六年取得“陪臣执国命”的合法地位。孔子对这一事件评论说：“天下太平，制礼作乐以及出兵都决定于天子；天下昏乱，制礼作乐以及出兵便决定于诸侯。决定于诸侯，大概传到十代，很少还能继续下去；决定于大夫，传到五代，很少还能继续下去；若是大夫的家臣把持国家政权，传到三代，很少还能继续下去。天下太平，国家的最高权力就不会掌握在大夫之手，天下太平，老百姓就不会议论纷纷。”（《季氏》）这段评论反映了孔子在政治上主张国家的集中统一，这在当时是有积极意义的。孔子在自己的一生中评论过很多人和事。反映了他通过实例教育学生的理论联系实际的良好学风。六、教学相长。孔子在学术问题上，是允许学生与自己辩论的，提倡师生之间相互切磋，共同讨论，以收到教学相长的效果。《论语·学而》记载子贡听了孔子的教导后，领会了“如切如磋，如琢如磨”的道理，孔子非常高兴。有一次，颜渊和子路各自说了自己的志趣，子路要孔子也说说，孔子也很和善诚恳地满足了学生的要求，谈了自己的志趣：“使老年人得以安度晚年，使朋友们相互信任，使年轻人得到关注。”（《公冶长》）他以此让颜渊和子路与各自的志趣作比较，可说是一种正面教育的最好方法。孔子还真心诚意地欢迎学生对他提意见。子路性格直率，有时提意见不免有些鲁莽，但孔子并不介意。例如，有一次鲁国的季氏家臣公山弗扰派人请孔子，孔子准备去，子路很不客气地批评说：“难道走投无路了吗？何必要到闹叛乱的公山弗扰那里去呢？”孔子回答说：“那个叫我去的人，难道是白召我吗？假若有人用我，我将使周文王、武王之道在东方复兴。”（《阳货》）嘴上虽然这么说，但他还是接受了子路的意见没有去。又有一次，晋国范氏家臣佛肸邀请孔子，孔子也想去，子路又提出批评说：“我曾听老师说过，君子是不到做坏事的人那里去的。现在佛肸在中牟地方叛乱，老师却要去，这怎么解释呢？”孔子只得承认：“对，我是说过这话。”接着作了一番解释，最后说：“我不是地瓜，那能挂在那里不出仕食禄呢？”（《阳货》）他老实承认急于出仕食禄的心情，结果还是接受了子路的批评，打消了要去的念头。孔子是乐于接受来自学生的批评的。对不肯提意见的学生反而要责怪。颜回是孔子的得意门生，对孔子的话句句顺从，从来不提意见。孔子责怪说：“回也，非助我者也，于吾言无所不悦。”（《先进》）孔子还鼓励学生要敢于坚持正确的东西，不要迁就谬误，应该“当仁不让于师”（《卫灵公》），即在仁德面前对老师也不退让。这种讨论与辩论的方法，是孔子师徒教学相长的重要手段之一。孔子常说：“后生可畏，焉知来者之不如今也。”（《子罕》）这种后来者居上的认识论正是孔子教学相长的思想基础。七、平等民主的师生关系。孔门的师生关系，是平等民主的。孔子对学生坦率真诚，一视同仁；弟子对老师尊重敬爱，亲密无间。孔子19岁那年娶了宋国的亓官氏为妻，婚后年余生了个儿子。因当时孔子已有些名气，所以连鲁国国君鲁昭公也派人送来一条鲤鱼作为贺礼。孔子以昭公送鲤为莫大的光荣，便给儿子起名叫鲤，字伯鱼。伯鱼长大后，也与其学生一样，在孔子所办的私学里学习。有一次，孔子的学生陈亢悄悄问伯鱼：“先生单独给你教了些课程吧？”伯鱼坦率地回答说：“没有。我跟大家一起听课，父亲从来不单独教我。他曾经一个人站在庭中，我恭敬地走过，他问我，学诗没有？我说，没有。他说，不学诗就不会说话。过后，我就用功地和大家一起学诗。过了几天，他又一个人站在庭中，见了我又问，学礼了没有？我说，没有。他说，不学礼，就不能立身社会。过后，我就用功地和大家一起学礼。我从父亲那里只单独地听到这么多。”陈亢听后，很受感动，自言自语说：“我问的只是一个问题，而从伯鱼的回答中却得了三方面的教益，一是明白了学诗的重要性，二是明白了学礼的重要性，三是明白了正人君子对自己的儿子也不偏私。”（见《论语·季氏》）这件事说明了孔子在处理师生关系上，完全是平等的，连自己的儿子也不偏爱，真正做到了一视同仁。
孔子以高尚的人格和渊博的学识赢得了学生们的崇敬和爱戴。孔子在教学上与弟子虽然是师生关系，但在许多情况下，孔子总是把他们当成朋友和亲人看待的。孔子有一次对颜渊说：“有用我的，将行道于世，不用我则将藏道于身，这只有我和你能够做到啊。”（《述而》）这已不像师生间的谈话，而完全是平等的朋友之间的谈心了。孔子弟子中有一位叫冉伯牛的，因为生了恶疾不能起床，孔子亲自去问病，将要永诀时，说：“此人丧亡，这是命呀！这样好的人，为什么偏会生这样的病啊！这样好的人，为什么偏会生这样的病啊！”（《雍也》）这是真挚感情的流露，是孔子平等对待学生的真实记录。由于孔子对学生深沉真挚的爱，学生对孔子更是倍加尊敬。有人把孔子比作“太和元气”，把他的学生比作“四时之春”，充分说明了师生之间的亲密关系。仅比孔子小9岁的子路就对老师十分尊敬与佩服。尽管孔子多次批评子路好勇无谋，甚至说他“不得其死然”（《先进》），但子路却一直愿跟随孔子学习，实际上充当了孔子的卫士的角色。孔子在其兴办的私学里，毕其一生，用了长达四五十年的不懈努力，“学而不厌，诲人不倦”，不仅培养出了一大批道德高尚、学识渊博的人才，而且在办学方针、教学内容、教学方法、治学态度，以及师生关系诸方面都做出了创造性的建树，并作为丰富的文化遗产传给后世，造福于人类。
春秋后期，鲁国的三桓（鲁桓公三个儿子的后代），即季孙氏、叔孙氏和孟孙氏的势力膨胀，通过“三分公室”和“四分公室”，掌握了鲁国的实权。公元前562年，三桓“三分公室”，把公室的军队改编成三军，由一家统辖一军。过了25年，三家又进一步瓜分国君的权力，把三军改为两军，分成四股，实行“四分公室”，由季孙氏分得两股，并掌握鲁国的大权；叔孙氏和孟孙氏各得一股。这样，国君的主要权力就被瓜分了，经济上也只能靠三家的进贡来维持。由来已久的公室衰微，世卿专横，政在季氏的局面，使鲁昭公不得不想方设法削弱铲除季平子，以恢复公室的权力。
“斗鸡之变”当年的曲阜城里，有斗鸡的习俗。鲁昭公二十五年夏天，执政的季平子与另一贵族郈昭伯进行了一场激烈的斗鸡大赛。季氏给鸡穿上护甲，郈氏给鸡装上锋利的金属爪子。两鸡相斗，各不相让。时间一长，季氏的鸡渐渐不支，而邱氏的鸡仗着利爪，越斗越勇，将季氏的鸡打得狼狈逃窜。季平子恼羞成怒，破口大骂，并仗势强占了郈氏的房子。郈昭伯是鲁惠公的后裔，同季平子一样，也是鲁国公室贵胄，只不过权势不及季氏。鲁昭公早想除掉季平子这个权臣。得知斗鸡的事情，喜出望外，便召郈昭伯密谋铲除季孙，邱氏欣然赞同。联系了一些季平子的政敌，经过周密的策划后，在同年秋天出兵围困季平子。兵至季府门前，当即捉住并杀死了季平子的弟弟季竖。季平子已有准备，闭门坚守。季平子登上观台，遥拜鲁侯请求说：“君王没有调查下臣的罪过，就派官吏用武力讨伐下臣，下臣请求待在沂水边上让君王调查。”昭公不许。请求囚禁在费地，也不答应。又请求带着5辆车子逃亡池。左右劝昭公准季平子所请。昭公还是不听，郈昭伯火上加油说：“一定要杀了季平子！”孟孙氏、叔孙氏得到兵围季府的消息，深知除了一家，其余二家也难保，便一齐起兵来救季氏，昭公兵少难敌，只好带了少数亲随，出奔齐国。（见《左传》昭公二十五年）后来又逃到晋国，过了7年流亡生活，最后死于晋国乾侯。这是历史上有名的“斗鸡之变”。
“斗鸡之变”这年，孔子35岁，他耳闻目睹了这场鲁国君臣之间、各当权贵族之间的激烈争斗，感到鲁国政局的混乱，做国君的不像国君，为人臣的不像人臣，完全背弃了礼的尊尊、亲亲之义和互敬互让原则，传统的贵族共政体制所要求的君臣协调关系破坏殆尽。在孔子看来，礼徒具玉帛钟鼓的形式，甚至被僭越者所利用。按照当时的礼制规定，祭祀祖先的万舞人数：天子用八佾（一佾为一列八人），诸侯用六佾，大夫四佾，士二佾。身为大夫的季平子在举行祭祀祖先的活动时，竟把从公室调来的乐队和自家的乐队合在一起，组成八佾，演出只有天子才能享用的“八佾舞于庭”的场面（见《论语·八佾》和《左传》昭公二十五年）。而且季孙氏、孟孙氏、叔孙氏三家在祭祀撤奠时，还唱起天子用的《雍》歌（《八佾》），声势十分气派。而公室的祭祀活动，不仅规格低于三家，由于舞队被季氏调走2/3，连万舞也不能举行，显得十分冷落。以维护周礼为己任的孔子哪里能容忍这种无法无天的僭越行为，他针对季平子八佾舞于庭的做法说：“是可忍也，孰不可忍也？”（《八佾》）又针对三家祭祀以《雍》的行为评论说：“《雍》诗里有这样两句话：‘相辟维公，天子穆穆（诸侯助祭，天子庄严主祭）。’这样的语句怎么可以出现在三家大夫的庙堂里呢？”（《八佾》）孔子再也不忍目睹这种大夫违礼僭越的行为，决定留下妻儿，自己便和追随他的一班弟子驾车赴齐避乱。
“苛政猛于虎”孔子这次赴齐是在鲁昭公逃亡国外后不久，即公元前517年的深秋。车出城关，渡过泗水，便进入了西北郊遂，映入眼帘的是广袤无垠的田野，孔子师徒久日压在心头的烦闷情绪为之一扫，秋高气爽，心情也就宽松多了。又走了几天，只见峰峦重叠，山势渐高，遥望一峰，拔地耸天，弟子高兴得手舞足蹈，说是可以清楚地望见泰山山脉的主峰岱岳了。车子在山路上辚辚前行，越走山愈深，境愈幽，山限水曲的地方，林木掩映着一两椽茅舍，炊烟袅袅，正是一个避世隐居的好去处。正当孔子师徒沉寂在遐想中，饱览着这美景如画的泰山风光时，忽然不远处传来一女子的嘤嘤哭声，抽抽搭搭，时断时续，打破了山林中的幽静和谐的气氛。孔子急忙命子路停车，自己恭敬地站起身来，扶住车前横木，说：“快去寻找这位失声痛苦的女子，看看能不能帮她点忙。”子路循着哭声走去，发现在山坳一旁有一中年妇人在墓前哭祭，样子十分悲痛。子路问道：“这位大嫂，听你的哭声，好像有几层忧伤，不知为何？”妇人强抑泪水，悲切切地说：“山里猛虎为患，以前我的公公被老虎咬死了，后来我的丈夫也被老虎咬死了，现在我的儿子又被老虎咬死了。”孔子听说后，同情地问道：“山里虎患这么严重，你为什么不早点搬到山外去住呢？”妇人回答说：“这深山老林中没有苛捐杂税呀”孔子的心为之一震，如梦初醒，悲愤地对弟子们说：“你们要记住这件事，苛政猛于虎啊！”（《礼记·檀弓下》）