蛋白质序列分析的方法有哪些

⑴ 蛋白质N端和C端的测定方法是什么基本原理是什么

n端测序的原理
蛋白质和多肽n-端测序技术是以edman化学降解法为基础的，edman化学降解，其基本原理是包括通过异硫氰酸苯脂与蛋白质和多肽的n-端残基的偶联，苯氨基硫甲酰酞（ptc-肽）环化裂解，和噻唑呤酮苯氨（atz）转化为苯异硫尿氨基酸（pth-氨基酸）三个主要的化学步骤，每个循环从蛋白质与多肽裂解一个氨基酸残基，同时暴露出新的游离的氨基酸进行下一个edman降解，最后通过转移的pth-氨基酸鉴定实现蛋白质序列的测定。
蛋白质c端测序3种方法：化学法、羧肽酶法、及串联质谱法
其中后两者最近普遍应用的办法。
羧肽酶水解法：羧肽酶可以专一性地水解羧基末端氨基酸。根据酶解的专一性不同，可区分为羧肽酶a、b和c。应用羧肽酶测定末端时，需要事先进行酶的动力学实验，以便选择合适的酶浓度及反应时...n端测序的原理
蛋白质和多肽n-端测序技术是以edman化学降解法为基础的，edman化学降解，其基本原理是包括通过异硫氰酸苯脂与蛋白质和多肽的n-端残基的偶联，苯氨基硫甲酰酞（ptc-肽）环化裂解，和噻唑呤酮苯氨（atz）转化为苯异硫尿氨基酸（pth-氨基酸）三个主要的化学步骤，每个循环从蛋白质与多肽裂解一个氨基酸残基，同时暴露出新的游离的氨基酸进行下一个edman降解，最后通过转移的pth-氨基酸鉴定实现蛋白质序列的测定。
蛋白质c端测序3种方法：化学法、羧肽酶法、及串联质谱法
其中后两者最近普遍应用的办法。
羧肽酶水解法：羧肽酶可以专一性地水解羧基末端氨基酸。根据酶解的专一性不同，可区分为羧肽酶a、b和c。应用羧肽酶测定末端时，需要事先进行酶的动力学实验，以便选择合适的酶浓度及反应时间，使释放出的氨基酸主要是c末端氨基酸。
串联质谱法
串联质谱法原理：即在质谱中获得蛋白质肽段的碎片。肽段在质谱中的碎裂有一定规律，通常最容易断裂的是肽键位置，得到分别命名为b离子和y离子，得到这些离子的m/z的图谱，分析图谱得到的蛋白质的c端序列。

⑵ 核酸和蛋白质序列分析的内容和方法有哪些

核酸和蛋白质序列分析的内容和方法有哪些
蛋白质结构分析方法：X射线晶体衍射分析和核磁共振
x 射线衍射法的分辨率可达到原子的水平，使它可以测定亚基的空间结构、各亚基间的相对拓扑布局，还可清楚的描述配体存在与否对蛋白质的影响。多维核磁共振波谱技术已成为确定蛋白质和核酸等生物分子溶液三维结构的唯一有效手段。NM R技术最大的优点不在于它的分辨率，而在于它能对溶液中和非晶态的蛋白质进行测量。
蛋白质的序列结构测定:
1.到目前为止，最经典的蛋白质的氨基酸序列分析方法是，sarI等人基于Edman降解原理研制的液相蛋白质序列仪，及后来发展的固相和气相的蛋白质序列分析仪。
2.质谱：早期的质谱电离的方式主要是电子轰击电离(EI)，它要求样品的挥发性好，一般与
气相色谱联用。但使用G C／M S分析，肽的长度受到限制，只能分析小的肽段。近年来，
在离子化的技术及仪器方面取得了突破性进展，使得质谱所能测定的分子量的范围大大超
出了10k u。因此，软离子化技术、基质辅助的激光解吸／离子化(MALDI)和电喷雾离子化(E SI)显得尤为有前途。通过串联质谱技术(MS／MS)和源后衰减基质辅助的激光解吸／离子化(PSD—MAIDI—MS)，人们就可以从质谱分析中获得肽及蛋白质的结构信息。

⑶ 常用于蛋白质多肽链N端.C端测定的方法有几种

常用于蛋白质多肽链N端测定的方法：

1、二硝基氟苯法（FDNB法）

2、二甲基氨基萘磺酰氯法（DNS－Cl法）

3、异硫氰酸笨酯法（Edman法）

常用于蛋白质多肽链C端测定的方法

1、肼解法

2、还原法

3、羧肽酶法

(3)蛋白质序列分析的方法有哪些扩展阅读：

多肽合成是一个固相合成顺序，一般从N端即氨基端向C端即羧基端合成。过去的多肽合成是在溶液中进行的称为液相合成法。

液相合成基于将单个N-α保护氨基酸反复加到生长的氨基成份上，合成一步步地进行， 通常从合成链的C端氨基酸开始，接着的单个氨基酸的连接通过用DCC，混合炭酐， 或N-carboxy酐方法实现。

⑷ 蛋白质N端测序的测定蛋白质N端序列的方法

目前对蛋白N端测序主要分类两大类，其一为非质谱技术，例如经典的Edman降解法、利用反转录RT-PCR得到对应蛋白的cDNA，再来反推得到蛋白序列；其二为质谱技术。各自都有其使用的长处和制约之处，目前，市面上采用的，依然是基于经典的Edman降解法原理，利用美国ABI公司Procise491蛋白序列测序系统进行蛋白N-端测序。

⑸ 蛋白质保守序列怎么分析

可以用生物信息学的方法进行分析，例如：多序列比对~用到的软件是Bioedit或Clustalx1.

⑹ 蛋白质序列分析路线图和工具都是什么

1、蛋白质序列分析路线图是指为了对蛋白质的成分和形成原因进行分析，而沿着蛋白质的形成部位和形成过程进行跟踪的线路。

2、蛋白质序列分析工具如下：
(1) 跨膜区预测。
方法：输入待分析的蛋白序列即可。
(2) 信号肽预测。
方法：输入待分析的蛋白序列，如为原核基因选择原核训练集，否则选择真核训练集。
(3) 亚细胞定位预测。
推荐使用PSORT软件对PDCD5蛋白的细胞内定位进行预测。PSORT将动物蛋白质定位于10个细胞器：(1)细胞浆，(2)细胞骨架，(3)内质网，(4)胞外，(5)高尔基体，(6)溶酶体，(7)线粒体，(8)胞核，(9)过氧化物酶体(peroxisome)和(10)细胞膜。

蛋白质是组成人体一切细胞、组织的重要成分。机体所有重要的组成部分都需要有蛋白质的参与。一般说，蛋白质约占人体全部质量的18%，最重要的还是其与生命现象有关。蛋白质是生命的物质基础，是有机大分子，是构成细胞的基本有机物，是生命活动的主要承担者。

⑺ 蛋白质序列分析及结构预测策略包括哪些步骤

序列分析通常就是指同源性分析、保守位点分析，motif分析和功能预测等，结构预测通常又包括二级结构三级结构甚至四级结构，二级结构目前预测还是比较准确的，三级结构最简单的可以直接将蛋白序列提交swissmodel在线进行预测，也可以采用一些其他软件，如modeller和一些商业软件，主要原理是同源建模，现在也有一些其他方法可以获得结构，但准确性有待提高。

⑻ 如何分析一个不确定的蛋白质或DNA片段

这是一个很大的问题。。。
“不确定”？你是指序列未知的待测蛋白质或DNA吗？好吧，我能想到的“不确定”就是未知序列的意思了。
测定未知蛋白质或者DNA的序列一般都可以用三种方法：生物方法、化学方法和物理方法。生物学方法——酶解，一般和化学方法结合使用。
对于蛋白质的测序首先测定蛋白质分子中多肽链的数目，然后拆分多肽链并断开链内二硫键再分析每一条多肽链的序列。
由于测序分析的方法一次能测定的序列不能太长，所以要将获得的多肽链进行裂解，一般使用酶或者溴化氢、羟胺等化学试剂。获得小的多肽片段之后可以使用Edman降解法进行化学降解分析，也可以使用外肽酶进行水解，或者使用质谱等物理方法测定其序列，此外还可以根据所编码的DNA序列进行推定，但是一般这种方法准确率比较低。获得多肽片段序列之后进行肽段在多肽链中次序的决定，解决这个问题使用的是使用多种断裂方法获得不同的肽段组合，因为不同的断裂方法切口彼此错位，不同套的肽段正好相互跨过切口重叠，然后使用推理的方法，将肽段”组装“起来。现在较为常用的方法是X-ray，首先异源表达获得蛋白质晶体然后测定其三维结构，自然也就获得了蛋白质的序列。另外核磁共振也有使用，但是由于测定蛋白质分子量受限，不如X-ray使用广泛。
DNA的测序也是使用生物学方法和化学方法。
生物化方法可以使用与蛋白质测序类似的方法，先获得小片段，然后叠加，R.W.Holley首先测定酵母丙氨酸tRNA序列是使用的策略就是这样。但是一般蛋白质所含氨基酸数目从几个到几千，但是不会太多，相比之下DNA的核苷酸就是天文数字了，因此必须使用其他的办法。Sanger首先提出一种策略——”加减法“，即设计方法使得DNA末端固定为某一种核苷酸，然后通过测定DNA长度来推测其序列。
首先，在做“加法体系”和“减法体系”以前的工作。
待测DNA的单链作为模板，一个合适的引物，四种dNTP，用同位素标记。
DNA聚合酶从引物开始合成一条互补链，理想情况是，合成所产生各种长度的片段都存在。
然后除去那些未参与合成的dNTP，将剩下的合成产物，分成两部分。
一部分用于加法系统，一部分用于减法系统。

加法系统：将用于加法系统的产物再分成四小份，每一小份中仅仅将四份中的dNTP的一种加入反应体系。比如仅加入dATP。由于DNA由聚合酶具有3′→5′的外切酶活性，而反应体系中缺少另外三种必要的dNTP，合成产物就从3′→5′方向降解。然而由于存在dATP，显然遇到dA的位置降解反应就停止了。因而所有的片段都是以A结尾的。同理，可以分别制备以C、G或T结尾的另外三组片段。
四组片段在同一块凝胶板的不同样品槽中同时电泳（这类图LZ可以在书上随便找到），从放射自显图上就可以推断出碱基序列，因为从A样品槽查出的放射性区带代表A在片段中的位置，同理也可定出C、G和T的位置。
【加法系统实际就是以降解为条件，以DNA聚合酶的3′→5′的外切酶活性为基础，当降解过程遇到试剂中所富含的dNTP时，反应就停止】

按理只用一个加法系统就足以推断DNA的碱基序列了。但由于技术上的原因，只用一种方法有时不能得到完全正确的结果，因此又设计了一种减法系统。

减法系统：也是将上述酶促产物分成四小份，每一小份中只加入三种dNTP，比如缺少dATP。在这个反应体系中，DNA聚合酶能够把片段继续合成下去，但是在遇到应该是dATP参入的位置时，合成反应就停下来了。这就可以得到一个都是以A前一个位置为结尾的片段组，电泳后同样可以定出A的位置。
【减法系统实际就是以合成为条件，当合成过程缺少需要的dNTP时，反应就停止】

但此加减法并不尽如人意，由于反应速度上的差异，有些片段可能多些，另一些片段可能少些，有时可能导致漏读和重读，有时图谱上还会出现假谱线，当同样碱基排列时图谱上有时只出现一条带。因此用这个方法测定DNA片段可能有1/50的误差。目前常用的是它的改进法-双脱氧末端终止法。

剩下的就是读板的问题，可以想到，在理想情况下，比如以A结尾的各种长度的片段，出现的可能性是均等的。那么在聚丙烯酰胺凝胶电泳中，相对分子量小的片段迁移速度快。书上的图，都是一块板子，有四个列，分别是以四种不同结尾的核苷酸的电泳情况。跑在越前面的（也就是最靠近底部的），就第一个被读出来，随后的相对分子量不断增大，迁移速度慢，也就是比较大的片段，按其顺序和所处的列，就克直观读出序列。
化学法由Maxam-Gilbert在1977年发明。
一、取待测DNA片段，既可以是单链也可以是双链。
此法又叫化学切割法，或化学降解法，切割之前先对待测片段作末端标记。用放射性P32-磷酸集团标记链的末端之一。

二、将标记完的样品，分成四份。分别采用不同的化学试剂对所得样品，进行修饰进而切割【切割就是利用特异的化学试剂，修饰DNA分子中不同的碱基，使被修饰的碱基之间的连接变得不稳定，发生断裂，而产生各种长度的DNA片段。】
【四组切割的方法，在G、G+A、T+C、C处切割】
“+”就是同时切割，有点讨厌的是这点，能修饰A，使其糖苷键不稳定的甲酸，同时也会使G的不稳定，所以无奈就有了G+A并在一起，
（1）G反应，"硫酸二甲酯"，使鸟嘌呤G的N7原子甲基化，而与脱氧戊糖之间的糖苷键不稳定，可在中性环境中受热断裂，得到一系列G末端的片段。
（2）G+A反应 "甲酸",使A和G嘌呤环上的N原子质子化，糖苷键变得不稳定，可用哌啶将其断裂，得到一系列A和G混合的末端的片段。
（3）T+C反应 "肼"，使T和C的嘧啶环断裂，通过消除反应，使DNA链发生断裂，得到一系列T+C末端的片段。
（4）C反应 在NaCl存在时，只有C与肼反应，得到一系列C末端的片段。

用上面加减法一样的电泳，克得到结果，直观读出。
至于为什么（2）（3）两步，为什么是G+A、T+C？
事实上，如果有单独只断A的或只断T的修饰方法，也可以。但从书上列出的图中，可以看出，断裂的混合物G+A、T+C电泳后并不影响读结果。