A. 如何使用psipred蛋白质序列分析工作台
蛋白质结构研究方法进展
X-射线晶体学技术
核磁共振衍射技术
电子显微技术
质谱法
荧光共振能量转移技术（FRET）
同源建模预测蛋白质结构
酵母双杂交，三杂交
CO-IP
双向电泳
目前已经有许多蛋白质结构预测服务通过因特网对公众开放。由于结构预测技术本身的局限性，每种预测服务都各有得失。
三级结构预测（同源建模）：
? 瑞士生物信息研究所 SWISS-MODEL
? 丹麦技术大学生物序列分析中心 CPHmodels
? 比利时拿摩大学 ESyPred3D
? 英国癌症研究中心 3DJigsaw
二级结构预测（折叠识别）：
? 美国哥伦比亚大学 PredictProtein
? 英国瓦卫克大学 PSIpred
? 印度昌迪加尔的微生物技术研究所 APSSP
? 欧洲生物信息研究所（EBI）Jpred
? 美国加利福尼亚大学 SSpro
α－螺旋倾向性预测（从无到有）：
? 欧洲分子生物学实验室(EMBL) AGADIR
参考文献：
[1] Masatsune Kainosho1, Takuya Torizawa1, Yuki Iwashita1, Tsutomu Terauchi1, Akira Mei Ono1 and Peter
Güntert2 Optimal isotope labelling for NMR protein structure determinations Nature 440, 52-57 (2 March 2006) |
doi:10.1038/nature04525
[2] Liu D, Lepore BW, Petsko GA, Thomas PW, Stone EM, Fast W, Ringe D. Three-dimensional structure of the quorum-quenching N-acyl homoserine lactone hydrolase from Bacillus thuringiensis.Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Aug 16; 102(33):11882-7
[3]刘买利 张许叶朝辉 提高生物大分子NMR分辨率和灵敏度的有效方法：TROSY和CRINEPT 波谱学杂志2004.9 371-381
[4]李慧林,施丹,任罡,等. 生物大分子的电子显微学[M ]. 见:叶恒强,王元明编. 电子显微学进展. 北京:科学, 2003.
[5]王大能,陈勇,隋森芳. 电子显微学在结构生物学研究中的新进展. 电子显微学报, 2003, 10.
[6]Robinson A New Avenue for Mass Spectrometry 2006 February Vol .3 No 2 Nature publishing
[7]Schleifenbaum, A.; Stier, G.; Gasch, A.; et al. J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 11786.
[8]tockholm, D.; Bartoli, M.; Sillon, G.; et al. J. Mol. Biol., 2005, 346, 215.
B. 蛋白质序列分析及结构预测策略包括哪些步骤
序列分析通常就是指同源性分析、保守位点分析，motif分析和功能预测等，结构预测通常又包括二级结构三级结构甚至四级结构，二级结构目前预测还是比较准确的，三级结构最简单的可以直接将蛋白序列提交swissmodel在线进行预测，也可以采用一些其他软件，如modeller和一些商业软件，主要原理是同源建模，现在也有一些其他方法可以获得结构，但准确性有待提高。
C. 蛋白质保守序列怎么分析
可以用生物信息学的方法进行分析，例如：多序列比对~用到的软件是Bioedit或Clustalx1.
D. 为什么不同方法对比结果蛋白质序列分析和结构预测不同
蛋白质结构预测过程不同来源或者不同生物功能的蛋白质可能有相似的结构，通常实验结果为了对采用profile-profile 方法获得的目标序列和模板序列的排列结果有
E. NCBI中蛋白质序列分析
你进入Protein的Entrez，用蛋白质Accession
Number查找到蛋白质之后会给你连接的，每个蛋白质不一样
如果没有NC号，就用BLAST搜索，使用tblastn工具，最前面的一个就是相应的DNA
顺便给你一个另外的答案参考下
F. 蛋白质晶体结构分析方法有哪些
蛋白质结构分析方法：X射线晶体衍射分析和核磁共振
x 射线衍射法的分辨率可达到原子的水平，使它可以测定亚基的空间结构、各亚基间的相对拓扑布局，还可清楚的描述配体存在与否对蛋白质的影响。多维核磁共振波谱技术已成为确定蛋白质和核酸等生物分子溶液三维结构的唯一有效手段。NM R技术最大的优点不在于它的分辨率，而在于它能对溶液中和非晶态的蛋白质进行测量。
蛋白质的序列结构测定:
1.到目前为止，最经典的蛋白质的氨基酸序列分析方法是，sarI等人基于Edman降解原理研制的液相蛋白质序列仪，及后来发展的固相和气相的蛋白质序列分析仪。
2.质谱：早期的质谱电离的方式主要是电子轰击电离(EI)，它要求样品的挥发性好，一般与
气相色谱联用。但使用G C／M S分析，肽的长度受到限制，只能分析小的肽段。近年来，
在离子化的技术及仪器方面取得了突破性进展，使得质谱所能测定的分子量的范围大大超
出了10k u。因此，软离子化技术、基质辅助的激光解吸／离子化(MALDI)和电喷雾离子化(E SI)显得尤为有前途。通过串联质谱技术(MS／MS)和源后衰减基质辅助的激光解吸／离子化(PSD—MAIDI—MS)，人们就可以从质谱分析中获得肽及蛋白质的结构信息。
G. 详细介绍蛋白质一级结构序列分析
try blast
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&BLAST_PROGRAMS=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome
H. 蛋白质序列测定的原理与方法
网络"蛋白质测序"词条下有详细介绍
1肽链的拆开和分离
●2测定蛋白质分子中多肽链的数目
●3二硫键的断裂
●4测定每条多肽链的氨基酸组成，并计算出氨基酸成分的分子比
●5N端、C端的测定
●6多肽链断裂
●7测定每个肽段的氨基酸顺序。
●8确定肽段在多肽链中的次序。
●9确定原多肽链中二硫键的位置。
I. 核酸和蛋白质序列分析的内容和方法有哪些
核酸和蛋白质序列分析的内容和方法有哪些
蛋白质结构分析方法：X射线晶体衍射分析和核磁共振
x 射线衍射法的分辨率可达到原子的水平，使它可以测定亚基的空间结构、各亚基间的相对拓扑布局，还可清楚的描述配体存在与否对蛋白质的影响。多维核磁共振波谱技术已成为确定蛋白质和核酸等生物分子溶液三维结构的唯一有效手段。NM R技术最大的优点不在于它的分辨率，而在于它能对溶液中和非晶态的蛋白质进行测量。
蛋白质的序列结构测定:
1.到目前为止，最经典的蛋白质的氨基酸序列分析方法是，sarI等人基于Edman降解原理研制的液相蛋白质序列仪，及后来发展的固相和气相的蛋白质序列分析仪。
2.质谱：早期的质谱电离的方式主要是电子轰击电离(EI)，它要求样品的挥发性好，一般与
气相色谱联用。但使用G C／M S分析，肽的长度受到限制，只能分析小的肽段。近年来，
在离子化的技术及仪器方面取得了突破性进展，使得质谱所能测定的分子量的范围大大超
出了10k u。因此，软离子化技术、基质辅助的激光解吸／离子化(MALDI)和电喷雾离子化(E SI)显得尤为有前途。通过串联质谱技术(MS／MS)和源后衰减基质辅助的激光解吸／离子化(PSD—MAIDI—MS)，人们就可以从质谱分析中获得肽及蛋白质的结构信息。
J. 利用蛋白质序列分析物种进化怎么做
利用蛋白质序列分析物种进化怎么做
却不是进化关系或生物功能相近的缘故 8.3蛋白质序列的结构域及结合位点分析蛋白质的进化过程并不都是从头开始,而是利用现有材料