重庆宏基因组分析方法

① 什么是宏基因分析什么是全基因组关联分析什么是全外显子测序

宏基因组分析就是分析某一环境中所有生物的核酸信息 全基因组关联分析就是测序数据比对 分析出某种疾病与哪些基因具有相关性分析 比如说GWAS分析 外显子组测序就是通过基因芯片捕获外显子区域的序列 或者采用引物扩增的方式捕获外显子序列 利用二代测序对靶标外显子测序并分析

② 如何用宏基因组测序

宏基因组学这一概念最早是在1998年由威斯康辛大学植物病理学部门的JoHandelsman等提出的，是源于将来自环境中基因集可以在某种程度上当成一个单个基因组研究分析的想法，而宏的英文是“meta-”，具有更高层组织结构和动态变化的含义。后来伯克利分校的研究人员KevinChen和LiorPachter将宏基因组定义为“应用现代基因组学的技术直接研究自然状态下的微生物的有机群落，而不需要在实验室中分离单一的菌株”的科学。

③ 什么是宏基因组宏基因组的目的如何简述其关键技术要点。

宏基因组是指即在一个生境中所有微小生物（多指微生物）遗传物质的总和。宏基因组研究将揭示更高更复杂层次上的生命运动规律。细菌宏基因组细菌人工染色体文库筛选和基因系统学分析使研究者能更有效地开发细菌基因资源，更深入地洞察细菌多样性。 PS：欢迎您 和 非常柠檬 选择 【生科联】大家有关生物的问题可以尽管交流。

④ 宏基因组和宏病毒组的区别是什么

①.
宏基因组是研究所有微生物，病毒占比很少，在宏基因组中研究病毒组就像是大海捞针。宏病毒组的方法就像是用吸铁石，把宏基因组中病毒组部分吸出来，只看病毒就能避免宿主、细菌序列的影响。另外，宏病毒组分析流程和宏基因组有很大区别。
②.
病毒宏基因组测序又称宏病毒组，是在宏基因组学理论的基础上，结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支。 宏病毒组直接以环境中所有病毒的遗传物质为研究对象，鉴定环境中的病毒组成， 是一种发现新病毒、 病毒感染预警和控制的手段， 在病毒的起源和进化模式、遗传多样性和地理分布等研究方面也具有重要意义。
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⑤ 如何从宏基因组序列中预测出特定的基因序列

宏基因组是指特定环境中全部生物（微生物）遗传物质的总和。宏基因组测序是利用高通量测序技术对环境样品中全部微生物的基因组进行测定，以获得单个样品的饱和数据量，可进行微生物群体的基因组成及功能注释，微生物群体的物种分类，多样性分析，群落结构分析，样品间的物种或基因差异以及物种间的代谢网络研究，探索微生物与环境及宿主之间的关系，发掘和研究新的具有特定功能的基因等。与传统方法相比，基于高通量测序的宏基因组研究无需构建克隆文库，这避免了文库构建过程中利用宿主菌对样品进行克隆而引起的系统偏差，简化了实验操作，提高了测序效率。此外，宏基因组测序研究摆脱了微生物分离纯培养的限制，扩展了微生物资源的利用空间，为环境微生物群落的研究提供了有效工具。通过宏基因组深度测序可以揭示或估计环境中真实的物种多样性和遗传多样性，挖掘具有应用价值的基因资源，应用于开发新的微生物活性物质，为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。

⑥ 宏基因组测序方法

焦磷酸测序是454高通量测序平台的测序原理,宏基因组测序是高通量测序的服务项目中的一种,就是对环境样本中提取的总DNA直接进行测序,可以采用454或者Hiseq 2000 测序平台进行测序.454读长长,拼接效果比较好,但是费用比较高；Hiseq2000 读长较短,但是通量非常高,费用比较低.你可以根据自己的科研目的和经费进行选择.

⑦ 宏基因组的介绍

宏基因组 ( Metagenome)（也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组） 。是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词， 其定义为“the genomes of the total microbiota found in nature” , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因， 目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。而所谓宏基因组学 (或元基因组学， metagenomics) 就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象， 以功能基因筛选和/或测序分析为研究手段， 以微生物多样性、 种群结构、 进化关系、 功能活性、 相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的的新的微生物研究方法。一般包括从环境样品中提取基因组 DNA, 进行高通量测序分析，或克隆DNA到合适的载体，导入宿主菌体，筛选目的转化子等工作。

⑧ 宏基因组学的介绍

宏基因组学（Metagenomics）又叫微生物环境基因组学、元基因组学。它通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,构建宏基因组文库，利用基因组学的研究策略研究环境样品所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能。它是在微生物基因组学的基础上发展起来的一种研究微生物多样性、开发新的生理活性物质（或获得新基因）的新理念和新方法。其主要含义是： 对特定环境中全部微生物的总DNA（也称宏基因组，metagenomic）进行克隆，并通过构建宏基因组文库和筛选等手段获得新的生理活性物质；或者根据rDNA数据库设计引物，通过系统学分析获得该环境中微生物的遗传多样性和分子生态学信息。

⑨ 如何用ShortBRED进行宏基因组分析

宏基因组即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象, 以功能基因筛选和测序分析为研究手段, 以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的。宏基因组学技术第一次使人类得以研究占环境中99%的不可培养的微生物种群，从而成为微生物研究的最前沿领域
对环境样本进行DNA提取后进行16S或18S等区域扩增，再对扩增产物进行建库、测序，然后对所得的数据进行生物信息学分析。生物信息分析主要包括OTU的生成及rank-abundance分析、取样充足性分析、丰度和多样性分析、菌群间差异分析、假设验证分析、进化树分析等。

⑩ 如何有效地对病毒宏基因组测序的数据进行分析

得出数据之后。
用dps 或者excel加载宏都可以进行分析
你们统计学的上机操作应该学过，再翻翻
那本教材