拷贝数分析方法

A. 怎样利用实时荧光定量方法进行拷贝数变异的分析

实时荧光定量PCR即 Real time PCR(也称实时定量PCR) 定量PCR已经从基于凝胶的低通量分析发展到高通量的荧光分析技术，即实时定量PCR。

B. 半定量pcr如何分析基因拷贝数

电泳后拍照，用图像分析软件测定条带的亮度，然后与标准参照带的亮度进行比较，推算出待测带的拷贝数。

C. 如何分析基因拷贝数 blast

美国科罗拉多大学的James Sikela 等人比较了24000 多种人类及黑猩猩、大猩猩等8 种灵长类动物基因中的DNA。应用比较基因组杂交(CGH)技术，他们总共发现了4000 多种表现了种系特异性变化的基因拷贝，而且这个数量还随着进化不断增长。比较起来，人类比其他灵长类动物的这种基因要少得多--人类只有84 个这种基因，而狐猴则有1180 种。 这些具有多个拷贝的基因往往具有很特殊的作用。比如其中一个名为aquaporin 7 的基因，人类具有它的5 个拷贝，而其他灵长类动物只有两个。研究人员推测，这个基因可能与人类特有的运动性出汗及耐力跑有关。

D. 拷贝数变异的拷贝数变异的研究方法

目前, 用来进行全基因组范围的 CNV 研究的方法有: 基于芯片的比较基因组杂交技术(array-based comparative genomic hybridization, aCGH)、SNP 分型芯片技术和新一代测序技术。CNV的形成机制有多种, 并可分为DNA重组和DNA错误复制两大类。CNV可以导致呈孟德尔遗传的单基因病与罕见疾病, 同时与复杂疾病也相关。其致病的可能机制有基因剂量效应、基因断裂、基因融合和位置效应等。对 CNV的深入研究, 可以使我们对人类基因组的构成、个体间的遗传差异、以及遗传致病因素有新的认识。

E. 怎么算绝对拷贝数

有两个办法或许可以解决你的问题：
1.如果你的样本是纯度较高的DNA，
可以测定其OD（注意OD要落在线性范围内），得到每微升样品含多少ng DNA。
然后就可以进行推算。如果是人的DNA，则x ng DNA*1e-9/(二倍体基因组DNA的摩尔质量)*阿佛加德罗常数=x ng DNA的二倍体基因拷贝数。
二倍体基因组DNA的摩尔质量的计算：比如正常人的二倍体基因组=2×3e9×660( g/摩尔)。
660是一个碱基对(base pair)的大致分子量。
2.更精确的方法是：
选取基因组上的一个已知的、确切的单拷贝基因，
针对该基因，制作不同稀释度的拷贝数对照。
设计定量PCR来测定你的每个样品中该基因的拷贝数。
这样就可以得到你的每个样品的二倍体基因组拷贝数。

F. 怎样采用实时荧光PCR检测毕赤酵母中外源基因的拷贝数

怎样采用实时荧光PCR检测毕赤酵母中外源基因的拷贝数
定量PCR已经从基于凝胶的低通量分析发展到高通量的荧光分析技术，即实时定量PCR。实时荧光定量PCR技术于1996年由美国Applied Biosystems公司推出，由于该技术不仅实现了PCR从定性到定量的飞跃，而且与常规PCR相比，它具有特异性更强、有效解决PCR污染问题、自动化程度高等特点。实时定量PCR (real-time quantitative PCR)是指在PCR指数扩增期间通过连续监测荧光信号强弱的变化来即时测定特异性产物的量，并据此推断目的基因的初始量，不需要取出PCR产物进行分离。目前实时定量PCR作为一个极有效的实验方法，已被广泛地应用于分子生物学研究的各个领域。
实时荧光定量PCR 技术的主要应用：
1. DNA 或RNA 的绝对定量分析：包括病原微生物或病毒含量的检测,转基因动植物转基因拷贝数的检测，RNAi 基因失活率的检测等
2. 基因表达差异分析：例如比较经过不同处理样本之间特定基因的表达差异(如药物处理、物理处理、化学处理等 )，特定基因在不同时相的表达差异以及cDNA 芯片或差显结果的确证
3. 基因分型：例如SNP 检测，甲基化检测等
Realtime PCR 常用的两种方法分别为：Sybr green（荧光染料掺入法） 和Taqman probe （探针法）
SYBR green
在PCR反应体系中，加入过量SYBR荧光染料，SYBR荧光染料特异性地掺入DNA双链后，发射荧光信号，而不掺入链中的SYBR染料分子不会发射任何荧光信号，从而保证荧光信号的增加与PCR产物的增加完全同步。
此方法适用：
1、灵敏度高：使用SYBR可使荧光效果增强到1000倍以上
2、通用性好,不需要设计探针,方法简便,省时,价格低廉。
3、通用型方法，在国内外科研中普遍使用。
4、高通量大规模的定量PCR检测
5、专一性要求不高的定量PCR检测。

G. 如何分析全外显子拷贝数变异

基因拷贝数变异（ number variations, CNVs）是指DNA片段大小范围从kb到Mb的亚微观突变。“拷贝数变异”（CNVs）和“单核苷酸多态性”（SNPs）是人类表型变异的两个重要潜在来源。

理论上，拷贝数变异遗传也是符合孟德尔定理的，因为其实也算一种等位基因

对补充问题的回
本质是核苷酸序列的变异。当然也可能进一步对高级结构产生影响

H. 如何计算质粒的拷贝数（copies）

拷贝数计算公式：copies/ml（拷贝数）=(6.02 x 10(23)次拷贝数/摩尔) x (浓度) / (MW g/mol)。

细菌细胞中，某种特定质粒的数目。根据复制特性，质粒分严紧型和松弛型两类，前者在细胞中只含1～2个，而后者含10～15个以上。

恒定的拷贝数与质粒复制控制系统、宿主细胞遗传背景及生长条件有关。

质粒复制控制系统首先通过调节复制的起始点来控制拷贝数，调节因素包括阻遏蛋白、反义RNA和某些顺向重复序列。

有些质粒还有其他控制系统，如有分配功能的par系统和确保质粒稳定遗传的ccd系统。一旦质粒上与调控有关的基因或位点突变，可使拷贝数明显增加或减少。

(8)拷贝数分析方法扩展阅读

实时荧光定量PCR其定量的基本原理是在 PCR 反应体系中加入非特异性的荧光染料（如： SYBR GREEN I ）或特异性的荧光探针（如： Taqman 探针）。

实时检测荧光量的变化，获得不同样品达到一定的荧光信号（阈值）时所需的循环次数： CT 值（ Cycle Threshold ）；通过将已知浓度标准品的 CT 值与其浓度的对数绘制标准曲线，就可以准确定量样品的浓度。

荧光定量 PCR 技术具有简便、快捷的优点，能够有效扩增低拷贝的靶片段 DNA ，对每克样品中 20pg-10ng 的转基因成分进行有效检测。

同时，与 Southern 法相比，荧光定量 PCR 技术可对 T-DNA 的不同序列进行扩增，因此能实现对转基因品系中的基因重组的检测（ Giovanna 2002 ）。

I. 在dna水平上分析基因一级结构，拷贝数变化及在染色体上位置可以采用哪些方法

基因的一级结构是指脱氧核苷酸的排列测序，解析一级结构最精确的技术就是DNA测序，第一代测序技术为Sanger测序法（双脱氧测序法）,第二代测速技术是循环芯片测序技术，第三代测序技术是单分子测序技术；分析某种基因的种类及拷贝数，实质上就是对基因进行定性和定量分析，常用的技术包括DNA印迹技术（Southern印记）和实时定量PCR技术；基因在染色体上位置的检测可以通过荧光分子标记法。
该答案由本人查阅资料整理归纳，如有异议，欢迎批评指正。

J. 研究基因的拷贝数有什么作用现在用什么方法检测比较好

基因的拷贝数变化（CNV）可以影响产物的量，从而影响性状。而且拷贝多了对进化有利，人基因组里有很多重要的基因都是多拷贝的，比如MHC分子、TCR、抗体的基因等等。
方法主要是测序，最近开始利用荧光定量PCR来做。