（1）斜面低溫保藏。是一種最常用、最簡便的菌種保藏方法。首先將需要保藏的菌種接到斜面培養基上，在適宜的溫度條下培養，當菌絲健壯地長滿斜面時，即將此試管菌種取出，放置於4 ℃的冰箱中保藏。特點：
①簡單易行，適用於各類菇類菌種保藏，是目前生產及科研普遍採用的一種方法；②保藏時間短，需6個月轉接一次，轉管次數多菌絲變異的可能性大；③如改用橡皮塞並用石蠟扣，可保藏1年～3年。
（2）液體石蠟保藏。液體石蠟保藏也稱為礦油保藏，即用礦油覆蓋試管斜面試管保藏的方法。礦油是指無色、透明、黏稠、性質穩定、不易被微生物分解的石蠟油和液體石蠟，將其覆蓋在斜面菌種之上，可以隔絕空氣，防治培養基水分蒸發，抑制微生物的代謝活動，推遲細胞老化，從而達到長期保藏菌種的目的。特點：
①方法簡便易行，保藏條件不嚴格，保藏時間長，可作為長期保藏菌種的方法；②菌種必須垂直放，放置不方便。
（3）濾紙保藏。濾紙保藏是一種以無菌濾紙作為食用菌孢子吸附載體長期保藏菌種的方法，又稱濾紙孢子保藏法。特點：技術要求高，設備費用大，菌種不易衰老退化，菌種保藏時間長很少變異。
（4）自然基質保藏。自然基質保藏就是以不含毒性、刺激性和抑菌性而富含營養的自然生長的基質作培養基來保藏菌種的方法。自然基質很多，食用菌常用的自然基質有發酵的糞草、木屑及枝條基質等，取材方便，製作方法簡便，保藏時間也較長。使用時，只需取一塊、一粒或一條培養物放在新鮮的培養基上，並在適溫下培養即可。特點：方法簡便易行，保藏時間長。
『貳』 菌種的退化表現在哪些方面如何延緩退化
食用菌的遺傳穩定性是相對的，其變異性是絕對的，尤其退化性變異的大量存在，往往使一個優良的菌種，衰退轉化成為劣質的菌種，這是菌株的遺傳物質發生了可遺傳變化的結果。雖然食用菌菌種在適宜的環境條件下可以貯藏較長時間，但是，許多常規的保存方法可能會引起菌株衰退，不當的非專業性的設施、設備和技術操作也常引起菌種的退化和老化。在生產中表現為：
（1）長速減慢
培養期間長速緩慢，特別是在PDA培養基上更加明顯。
（2）長速不一
繼代培養時，個體間長速差異明顯，不能同時完成培養。
（3）長相不一
其繼代培養物長相不完全相同，有的菌絲不舒展、有的菌絲邊緣不整齊、有的菌絲干癟、有的菌絲稀疏、有的氣生菌絲變少或變多、有的在氣生菌絲的頂端出現黃色色素，有的色素分泌到培養基中等。
（4）似非拮抗現象的出現
當在PDA培養基上培養時，出現星星點點的小菌落，這些小菌落不能隨菌落的擴展而融為一體，而是兩者邊緣之間總有都不能逾越的「三八線」，但又不呈現典型的拮抗現象。
（5）其他不良表現
長勢弱、成活率和產量降低、菇形變小、畸形、商品性降低、抗逆性和抗雜性下降等。
菌種的退化，是在傳種繼代過程中，從量變到質變的漸變結果，也是一種病態和衰老的綜合表現。對於食用菌的同一個種，或者同一個斜面上的菌絲體來說，經移接培養後形成的菌株，在遺傳物質上存在著差異，這種差異會因環境與培養條件的不同出現表型上的變化，加之菌絲個體小，生長快，易受理化及生物因素作用的影響，所以容易引起衰退，這種衰退最初是在群體中個體上發生，如不及時發現，採取有效措施，仍繼續移接傳代，則衰退的個體在群體中的比例會不斷增加，從而使整個群體表現出嚴重的衰退。所以，我們應該一方面用妥善的保藏方法去延緩或遏制菌種迅速老化和變異；另一方面是給予適宜的環境條件，恢復原來的生活力和優良種性，達到復壯目的。採取下列措施，有助於延緩菌種的退化。
①要防止菌種混雜 在選留種菇，進行出菇試驗等工作中，均應加強品種隔離，減少品種間的天然雜交，以保證優良品種的遺傳組成在較長時間內能保持穩定。
②加強菌種保藏工作，並適當控制傳代次數 傳代是一個微生物技術術語，把培養物接種到新的培養基上，以保持該微生物原有性狀和旺盛活性的操作叫傳代。傳代次數是否引起食用菌退化是一個復雜的問題，在微生物工業中，一些優質菌菌種在三代以後的孢子即表現出明顯退化；而食用菌的情況不完全相同，次生菌絲從斜面到斜面是傳代，屬於無性繁殖，穩定性強，由於操作和外界條件的影響，有時產生變異，傳代次數多，引起基因突變和發生衰退的幾率就越高。所以在生產中，引進或分離純化得到一個優良品種後，不要立即將該原始種全部用完，而應將其妥善保藏。菌種的傳代次數一般不要超過6代。
③警惕菌種可能遭受病毒的感染 確證已感染病毒的，尤其是病毒粒子含量大，菌絲體及子實體性狀已受到嚴重影響的菌種，應及時淘汰。病毒感染程度輕的，可以進行脫毒。據許襄中（1994）初步研究，採用挑取尖端菌絲（取染毒菌落尖端3～4毫米幼嫩菌絲）及高溫培養（32～34℃）相結合的方法，有一定脫毒效果。關於人工脫毒技術的開發及效果評價，值得進一步研究。
④創造菌種生長的良好營養條件和生活環境 適宜的菌種培養基，能使菌種生長健壯，減少衰退，營養不足和過於豐富都會加快菌種衰退速度。
⑤經常改變培養基的配方成分 在菌種傳代保藏過程中，切忌連續使用某一培養基固定配方，這也是防止菌種衰退的一項重要措施。
以上措施無疑都有助於延緩菌種退化的步伐。但是，由於造成退化的因素具有相當程度的普遍性和隨機性，因此，任何一個優良菌種都不可能一勞永逸地永遠保持優良性狀。適時對菌種進行更新換代始終是實現高產穩產的一項根本措施。總的看來，我國常見栽培食用菌菌種的更新換代工作還趕不上生產迅速發展的需要，今後應進一步加強這項工作。