Ⅰ 提取基因組的方法
提取基因組DNA和細胞核DNA是不同的方法
提取細胞核要先把細胞破碎分離出細胞核,要在甘油或其他保護劑中進行
SDS十二烷基磺酸鈉:可破壞細胞膜、核膜,並使組織蛋白與DNA分離
CATB是一種抽提液,破壞細胞膜的~具體忘了~
DNA不溶於異丙醇,異丙醇可以析出DNA,產生白色絮狀沉澱,用槍頭挑出就可以了
以下是一些具體方法,希望有用
基因組DNA提取方法
制備基因組DNA是進行基因結構和功能研究的重要步驟,通常要求得到的片段的長度不小於100-200kb。在DNA提取過程中應盡量避免使DNA斷裂和降解的各種因素,以保證DNA的完整性,為後續的實驗打下基礎。主要是CTAB方法,其他的方法還有1物理方式:玻璃珠法,超聲波法,研磨法,凍融法。2化學方式:異硫氰酸胍法,鹼裂解法3生物方式:酶法。根據核酸分離純化方式的不同有:硅質材料、陰離子交換樹脂等
試驗步驟:
1、貼壁細胞用胰酶消化,離心收集。
2、細胞重懸於冰冷的PBS漂洗一次,離心收集。試驗步驟2再重新作一邊。
3、加入5mlDNA提取緩沖液,(10mmol/LTris-cl,0.1mol/LEDTA,o.5%SDS),混勻。
4、加入25ul蛋白酶K,使終濃度達到100ug/ml,混勻,50℃水浴3h,
5、用等體積的酚抽提一次,2500rpm離心收集水相,用等體積的(酚,氯仿,異戊醇)混合物抽提一次,2500r/min離心收集水相
6、用等體積的氯仿,異戊醇抽提一次。加入等體積的5mol/L的LiCL,混勻,冰浴,10min.。
7、2500rpm離心10min.轉上清於一離心管中。加入等體積的異丙醇。室溫10min。
2500rpm,離心10min。棄上清。
8、加入0.1倍體積3mol/L乙酸鈉(PH5.2)與2倍體積-20℃預冷無水乙醇。-20℃20min。
9、12000r/min,室溫離心5min。棄上清。將DNA溶於適量TE中。
外周血DNA提取技術
分離外周血白細胞提取方法:
試驗步驟:
1、取人肘靜脈血5ml,EDTA抗凝,2500rpm離心10min。
2、小心吸取上層血漿,分裝到3個0.5ml離心管中。
3、在血細胞中加入3倍體積的溶血液,搖勻,冰浴15min。
4、2500rpm離心10min,棄上清。
5、加入10ml溶血液,搖勻,冰浴15min。
6、3000rpm離心10min,棄上清。
7、倒置離心管,去掉殘液。
8、得白細胞,-80?C凍存。
試驗要求:
血至分離白細胞之間隔時間在室溫下放置不超過2h,4℃放置不超過5h,以防白細胞自溶。
氯仿法抽提外周血白細胞基因組DNA:
試驗試劑:
Ligsisbuffer:
133mMNH4ClNHCl7.12g0.9mMNH4HCO3NH4HCO30.071g0.1mMEDTA0.5mMEDTA0.2ml;最後加滅菌去離子水至1000ml,高壓滅菌。
ACD抗凝劑:檸檬酸1.68g檸檬酸鈉4.62g葡萄糖5.15g;最後加滅菌去離子水至350ml,高壓滅菌。
提取緩沖液(Extractionbuffer):
10mMTrisCl(PH=8.0)1MTris.Cl(PH=8.0)1ml0.1mMEDTA(PH=8.0)0.5mMEDTA(PH=8.0)20ml0.5%SDS10%SDS0.5ml;最後加滅菌去離子水至100ml,高壓滅菌
試驗步驟:
1、在500μl抗凝血中加入ligsisbuffer1000μl,充分顛混至清亮。以4000rpm,離心5min。棄上清液。
2、沉澱中加入ligsisbuffer1500μl,充分勻漿。以6000rpm,離心5min。
3、徹底棄去上清,加入extractionbuffer500μl(裂解細胞),混勻置於37℃,水溶1h。
4、加入8μl的蛋白酶K,顛混,37℃過夜(或55℃,3h,但是37℃效果要好些)。
5、每管加入450μl飽和酚(取溶液下層)緩慢搖晃10min,以5500rpm,離心15min。
6、取上清,每管加入250μl飽和酚和250μl氯仿-異戊醇,搖勻10min,以5500rpm,離心15min。
7、取上清,每管加入500μl氯仿-異戊醇,搖勻10min,以5500rpm,離心15min。
8、取上清,每管加50μl的3M的NaAC+,適量無水乙醇(預冷)至滿,搖勻放入-20℃保存2h以上。
9、以12000rpm,離心20min。去上清,加入70%乙醇500μl,以12000rpm,離心5min,去上清,50-60℃乾燥。
10、加入50μl滅菌去離子水,轉彈,混勻。
NaI提取法提取外周血白細胞基因組:
實驗步驟:
1、取外周抗凝血(全血)100ul於eppendorf管中,12000rpm離心12min。
2、棄上清,加雙蒸水200ul溶解,搖勻20s。
3、混勻後加6MNaI溶液200ul,搖勻20s。
4、加入氯仿/異戊醇(24:1)400ul,邊加邊搖,搖勻20s,12000rpm離心12min。
5、取上層液350ul,加入另一新eppendorf管中,加0.6倍體積異丙醇,搖勻20s,室溫放置15min,靜置後的反應體系15000rpm離心12min,使沉澱緊貼eppendorf管壁。
6、棄異丙醇,加70%乙醇1ml(不振動),以15000rpm離心12min。
7、棄乙醇,敞開eppendorf管蓋,烘乾(37℃恆溫箱)後,加1xTE溶液30ul,溶解DNA>12h以上,製成的DNA液-20℃冰箱保存備用。
常用的外周血白細胞基因提取方法:
試驗原理:
苯酚/氯仿提取DNA是利用酚是蛋白質的變性劑,反復抽提,使蛋白質變性,SDS(十二烷基磺酸鈉)將細胞膜裂解,在蛋白酶K、EDTA的存在下消化蛋白質或多肽或小肽分子,核蛋白變性降解,使DNA從核蛋白中游離出來。DNA易溶於水,不溶於有機溶劑。蛋白質分子表面帶有親水基團,也容易進行水合作用,並在表面形成一層水化層,使蛋白質分子能順利地進入到水溶液中形成穩定的膠體溶液。當有機溶液存在時,蛋白質的這種膠體穩定性遭到破壞,變性沉澱。離心後有機溶劑在試管底層(有機相),DNA存在於上層水相中,蛋白質則沉澱於兩相之間。酚-氯仿抽提的作用是除去未消化的蛋白質。氯仿的作用是有助於水相與有機相分離和除去DNA溶液中的酚。抽提後的DNA溶液用2倍體積的無水乙醇在1/103mol/LNaCl存在下沉澱DNA,回收DNA用70%乙醇洗去DNA沉澱中的鹽,真空乾燥,用TE緩沖液溶解DNA備用。
試驗步驟:
1、將1mlEDTA抗凝貯凍血液於室溫解凍後移入5ml離心管中,加入1ml磷酸緩沖鹽溶液(PBS),混勻,3500rpm離心15min,傾去含裂解紅細胞的上清。重復一次。用0.7mlDNA提取液混懸白細胞沉澱,37℃水浴溫育1h。
2、將上述DNA提取液混懸白細胞,37℃水浴溫育1h後,加入1mg/ml蛋白酶K0.2ml,至終濃度為100-200ug/ml,上下轉動混勻,液體變粘稠。50℃水浴保溫3h,裂解細胞,消化蛋白。保溫過程中,應不時上下轉動幾次,混勻反應液。
3、反應液冷卻至室溫後,加入等體積的飽和酚溶液,溫和地上下轉動離心管5-10min,直至水相與酚相混勻成乳狀液。5000rpm離心15min,用大口吸管小心吸取上層粘稠水相,移至另一離心管中。重復酚抽提一次。加等體積的氯仿:異戊醇(24:1),上下轉動混勻,5000rpm離心15min,用大口吸管小心吸取上層粘稠水相,移至另一離心管中。重復一次。
4、加入1/5體積的3mol/LNaAc及2倍體積的預冷的無水乙醇,室溫下慢慢搖動離心管,即有乳白色雲絮狀DNA出現。用玻璃棒小心挑取雲絮狀的DNA,轉入另一1.5ml離心管中,加70%乙醇0.2ml,以5000rpm離心5min。洗滌DNA,棄上清,去除殘留的鹽。重復一次。室溫揮發殘留的乙醇,但不要讓DNA完全乾燥。加TE液20ul溶解DNA,置於搖床平台緩慢搖動,DNA完全溶解通常需12-24h。製成的DNA液-20℃冰箱保存備用。
真核細胞DNA的制備
一般真核細胞基因組DNA有107-9bp,可以從新鮮組織、培養細胞或低溫保存的組織細胞中提取,常是採用在EDTA以及SDS等試劑存在下用蛋白酶K消化細胞,隨後用酚抽提而實現的。這一方法獲得的DNA不僅經酶切後可用於Southern分析,還可用於PCR的模板、文庫構建等實驗。
根據材料來源不同,採取不同的材料處理方法,而後的DNA提取方法大體類似,但都應考慮以下兩個原則:
1、防止和抑制DNase對DNA的降解。
2、盡量減少對溶液中DNA的機械剪切破壞。
試劑准備:
1、TE:10mMTris-HCl(pH7.8);1mMEDTA(pH8.0)。
2、TBS:25mMTris-HCl(pH7.4);200mMNaCl;5mMKCl。
3、裂解緩沖液:250mMSDS;使用前加入蛋白酶K至100mg/ml。
4、20%SDS
5、2mg/ml蛋白酶K
6、Tris飽和酚(pH8.0)、酚/氯仿(酚∶氯仿=1∶1)、氯仿
7、無水乙醇、75%乙醇
試驗步驟:
材料處理:
1、新鮮或冰凍組織處理:
1)取組織塊0.3-0.5cm3,剪碎,加TE0.5ml,轉移到勻漿器中勻漿。
2)將勻漿液轉移到1.5ml離心管中。
3)加20%SDS25ml,蛋白酶K(2mg/ml)25ml,混勻。
4)60°C水浴1-3hr。
2、培養細胞處理:
1)將培養細胞懸浮後,用TBS洗滌一次。
2)離心4000g×5min,去除上清液。
3)加10倍體積的裂解緩沖液。
4)50-55°C水浴1-2hr。
DNA提取:
1、加等體積飽和酚至上述樣品處理液中,溫和、充分混勻3min。
2、離心5000g×10min,取上層水相到另一1.5ml離心管中。
3、加等體積飽和酚,混勻,離心5000g×10min,取上層水相到另一管中。
4、加等體積酚/氯仿,輕輕混勻,離心5000g×10min,取上層水相到另一管中。如水相仍不澄清,可重復此步驟數次。
5、加等體積氯仿,輕輕混勻,離心5000g×10min,取上層水相到另一管中。
6、加1/10體積的3M醋酸鈉(pH5.2)和2.5倍體積的無水乙醇,輕輕倒置混勻。
7、待絮狀物出現後,離心5000g×5min,棄上清液。
8、沉澱用75%乙醇洗滌,離心5000g×3min,棄上清液。
9、室溫下揮發乙醇,待沉澱將近透明後加50-100mlTE溶解過夜。
植物組織中DNA的提取
試驗原理:
脫氧核糖核酸(deoxribonucleicacid,DNA)是一切生物細胞的重要組成成分,主要存在於細胞核中,鹽溶法是提取DNA的常規技術之一。從細胞中分離得到的DNA是與蛋白質結合的DNA,其中還含有大量RNA,即核糖核蛋白。如何有效地將這兩種核蛋白分開是技術的關鍵。DNA不溶於0.14mol/L的NaCl溶液中,而RNA則能溶於0.14mol/L的NaCl溶液之中,利用這一性質就可以將二者從破碎細胞漿液中分開。制備過程中,細胞破碎的同時就有Dnase釋放到提取液中,使DNA因被降解而影響得率,在提取緩沖液中加入適量的檸檬酸鹽和EDTA,既可抑制酶的活性又可使蛋白質變性而與核酸分離,再加入陰離子去垢劑0.15%的SDS,經過2h攪拌,或用氯仿-異醇除去蛋白,通過離心使蛋白質沉澱而除去,得到的是含有核酸的上清液。然後用95%的預冷乙醇即可把DNA從除去蛋白質的提取液中沉澱出來。
植物DNA的SDS提取法:
試驗試劑:
1、研磨緩沖液:稱取59.63gNaCl,13.25g檸檬酸三鈉,37.2gEDTA-Na分別溶解後合並為一,用0.2mol/L的NaOH調至pH7.0,並定容至1000ml。
2、10×SSC溶液:稱取87.66gNaCl和44.12g檸檬酸三鈉,分別溶解,一起定容至1000ml。
3、1×SSC溶液:用10×SSC溶液稀釋10倍。
4、0.1×SSC溶液:用1×SSC溶液稀釋10倍。
5、Rnase溶液:用0.14mol/LNaCl溶液配製成25mg/ml的酶液,用1mol/LHCl,pH至5.0,使用前經80℃水浴處理5min(以破壞可能存在的Dnase)。
6、氯仿-異戊醇:按24ml氯仿和1ml異戊醇混合。
7、5mol/L高氯酸鈉溶液:稱取NaClO4.H2O70.23g,先加入少量蒸餾水溶解再容至100ml。
8、SDS(十二烷基硫酸鈉)化學試劑的重結晶:將SDS放入無水酒精中達到飽和為止,然後在70~80℃的水浴中溶解,趁熱過濾,冷卻之後即將濾液放入冰箱,待結晶出現再置室溫下涼干待用。
9、1mol/LHCl。
10、0.2mol/LNaOH。
11、二苯胺乙醛試劑:1.5g二苯胺溶於100ml冰醋酸中,添加1.5ml濃硫酸,裝入棕色瓶,貯存暗處,使用時加0.1ml乙醛液〔濃乙醛:H2O=1:50(V/V)〕。
12、1.0mol/L高酸溶液(HClO4)。
13、0.05mol/LNaOH。
14、DNA標准液:取標准DNA25mg溶於少量0.05mol.L-1NaOH中,再用0.05mol/LNaOH定容至25ml,後用移溶管吸取此液5ml至50ml容量瓶中,加5.0ml1mol/LHClO4,混合冷卻後用0.5mol/LHClO4定容至刻度,則得100μg/ml的標准溶液。
實驗步驟:
1、稱取植物幼嫩組織10g剪碎置研缽中,加10ml預冷研磨緩沖液並加入0.1g左右的SDS,置冰浴上研磨成糊狀。
2、將勻漿無損轉入25ml刻度試管中加入等體積的氯仿-異戊醇混合液,加上塞子,劇烈振盪30s,轉入離心管,靜置片刻以脫除組織蛋白質。以4000rpm離心5min。
3、離心形成三層,小心地吸取上層清液至刻度試管中,棄去中間層的細胞碎片、變性蛋白質及下層的氯仿。
4、將試管置72℃水浴中保溫3min(不超過4min),以滅活組織的DNA酶,然後迅速取出試管置冰水浴中冷卻到室溫,加5mol/L高氯酸鈉溶液〔提取液:高氯酸鈉溶液=4:1(V/V)〕,使溶液中高氯酸鈉的最終濃度為1mol/L。
5、再次加入等體積氯仿-異戊醇混合液至大試管中,振盪1min,靜置後在室溫下離心(4000rpm)5min,取上清液置小燒杯中。
6、用滴管吸95%的預冷乙醇,慢慢地加入燒杯中上清液的表面上,直至乙醇的體積為上清液的兩倍,用玻璃棒輕輕攪動。此時核酸迅速以纖維狀沉澱纏繞在玻璃棒上。
7、然後加入0.5ml左右的10×SSC,使最終濃度為1×SSC。
8、重復第6步驟和第7步驟即得到DNA的粗製品。
9、加入已處理的Rnase溶液,使其最後的作用濃度為50~70μg/ml,並在37℃水浴中保溫30min,以除去RNA。
10、加入等體積的氯仿-異戊醇混合液,在三角瓶中振盪1min,再除去殘留蛋白質及所加Rnase蛋白,室溫下以4000rpm離心5min,收集上層水溶液。
11、再按6、7步驟處理即可得到純化的DNA液。
植物DNA的CTAB提取法:
試驗步驟:
1、稱取新鮮葉片2-3g,剪碎放入研缽中,在液氮中研磨成粉末。
2、將粉末轉移到加有7ml經預熱的15×CTAB提取緩沖液15ml離心管中,迅速混勻後置於65℃水浴中,溫育30min。
3、取出離心管,冷卻至室溫,加入氯仿/異戊醇(24:1),充分混勻,室溫下2300轉離心20min。
4、將上清轉移至另一新的15ml離心管中,加入1/10體積10%的CTAB和等體積的氯仿/異戊醇。充分混勻,2300rpm離心20min。
5、轉移上清至另一新的15ml離心管中,加入等體積1%的CTAB沉澱緩沖液,輕輕搖晃至形成DNA絮狀沉澱。1000rpm離心10min,使DNA沉澱於管底。
6、加入1.5-2ml的1mol/LNaCl及5μlRNase置於56℃水浴中過夜。
7、待DNA完全溶解後,加2-3ml4℃預冷的95%的冰乙醇使DNA沉澱,挑出DNA,置於15ml離心管中,用70%乙醇清洗30min。
8、離心機甩5s,倒出70%乙醇,再用95%乙醇浸泡5min,倒出95%乙醇,在超凈工作台上吹乾。
9、將風乾的DNA直接在4℃保存備用或溶於100μlTE溶液中於-20℃保存。
細菌DNA的提取方法
針對一些不易於提取的細菌的方法:
試驗試劑:
抽提緩沖液:2%CTAB(W/V)2%PVPK25(w/v)(去色素)100mMTris-HCl(pH8.0)
25mMEDTA(pH8.0)2.0MNaCl
10MLiCl
2MLiCl
DEPC-water(抑制RNA酶活性)
3MNaAc(pH5.2)
96%乙醇
70%乙醇
試驗步驟:
1、抽提緩沖液65℃預熱。
2、加菌體到已經預熱的緩沖液(700ul)中混勻,65℃,10min。
3、加酚/氯仿/異戊醇(25:24:1),振盪,以12,000rpm,離心10min。
4、取上清,加氯仿/異戊醇(24:1)振盪,以12,000rpm,離心10min。
5、重復再作一次步驟4。
6、加入1/10體積的3M醋酸鈉和1.5倍體積的乙醇(或加入等體積的異丙醇),-20C下沉澱。
7、以2,000rpm,離心10min。
8、棄上清,以70%乙醇條洗沉澱,也可以再用100%乙醇洗,然後溶解於100ml水中。
較為常用的細菌DNA提取方法:
實驗步驟:
1、將菌株接種於液體LB培養基,37℃震盪培養過夜。
2、取1.5ml培養物12000rpm離心2min。
3、沉澱中加入567ul的TE緩沖液,反復吹打使之重新懸浮,加入30ul10%SDS和15ul的蛋白酶K,混勻,於37℃溫育1h.
4、加入100ul5mol/LNaCl,充分混勻,再加入80ulCTAB/NaCl溶液,混勻後再65℃溫育10min。
5、加入等體積的酚/氯仿/異戊醇混勻,離心4-5min,將上清轉入一隻新管中,加入0.6-0.8倍體積的異丙醇,輕輕混合直到DNA沉澱下來,沉澱可稍加離心。
6、沉澱用1ml的70%乙醇洗滌後,離心棄乙醇.
真菌DNA提取總結的兩種方法:
第一種方法:
試驗步驟:
1、取真菌菌絲0.5g,在液氮中迅速研磨成粉。
2、加入4mL提取液,快速振盪混勻。
3、加入等體積的4mL的氯仿:異戊醇(24:1),渦旋3~5min(此處是粗提沒有加酚)。
4、以4℃,1000rpm,離心5min。
5、上清再用等體積的氯仿:異戊醇(24:1)抽提一次。以4℃,10,000rpm,離心5min。
6、取上清,加入2/3倍體積的-20℃預冷的異丙醇或2.5倍體積的無水乙醇沉澱,混勻,靜置約30min。
7、用毛細玻棒挑出絮狀沉澱,用75%乙醇反復漂洗數次,再用無水乙醇漂洗1次,吹乾,重懸於500ulTE中。
8、加入1ulRNaseA(10mg/mL),37℃下處理1h。
9、用酚(pH8.0):氯仿:異戊醇(25:24:1)和氯仿:異戊醇(24:1)各抽提1次。以4℃,10,000rpm,離心5min。
10、取上清,加入1/10倍體積的3MNaAc,2.5倍體積的無水乙醇,-70℃沉澱30min以上。
11、沉澱用75%乙醇漂洗,風干,溶於200ulTE中,-20℃保存備用。
DNA提取液:0.2MTris-HCl(pH7.5),0.5MNaCl,0.01MEDTA,1%SDS,3MNaAc。
第二種方法:
試驗步驟:
1、真菌菌絲0.5-1g,在液氮中迅速研磨成粉。
2、加入3mL65℃預熱的DNA提取緩沖液,快速振盪混勻65℃水浴30min,期間混勻2-3次。
3、加入1mL5MKAc,冰浴20min。
4、等體積的氯仿:異戊醇(24:1)抽提1次(10,000rpm,4℃離心5min)。
5、取上清,加入2/3倍體積的-20℃預冷異丙醇,混勻,靜置約30min。
6、用毛細玻棒挑出絮狀沉澱,用75%乙醇反復漂洗數次,再用無水乙醇漂洗1次,吹乾,重懸於500ulTE中。
7、加入1ulRNaseA(10mg/mL),37℃處理1h。
8、用酚(pH8.0):氯仿:異戊醇(25:24:1)和氯仿:異戊醇(24:1)各抽提1次。以4℃,10,000rpm,離心5min。
9、取上清,1/10V3MNaAc,2.5V體積的無水乙醇,-70℃沉澱30min以上。
10、沉澱用75%乙醇漂洗,風干,溶於200ulTE中,-20℃保存備用。
植物基因組提取(CATB法)
作者: 時間:2008-05-13 14:26:27 來源: 生物谷 瀏覽評論
一、實驗目的
掌握植物總DNA的抽提方法和基本原理。學習根據不同的植物和實驗要求設計和改良植物總DNA抽提方法。
二、實驗原理
通常採用機械研磨的方法破碎植物的組織和細胞,由於植物細胞勻漿含有多種酶類(尤其是氧化酶類)對DNA的抽提產生不利的影響,在抽提緩沖液中需加入抗氧化劑或強還原劑(如巰基乙醇)以降低這些酶類的活性。在液氮中研磨,材料易於破碎,並減少研磨過程中各種酶類的作用。
十二烷基肌酸鈉(sarkosyl)、十六烷基三甲基溴化銨(hexadyltrimethyl ammomum bromide,簡稱為CTAB)、十二烷基硫酸鈉(sodium dodecyl sulfate,簡稱SDS)等離子型表面活性劑,能溶解細胞膜和核膜蛋白,使核蛋白解聚,從而使DNA得以游離出來。再加入苯酚和氯仿等有機溶劑,能使蛋白質變性,並使抽提液分相,因核酸(DNA、RNA)水溶性很強,經離心後即可從抽提液中除去細胞碎片和大部分蛋白質。上清液中加入無水乙醇使DNA沉澱,沉澱DNA溶於TE溶液中,即得植物總DNA溶液。
三、實驗材料
水稻幼葉
四、主要配方
2% CTAB抽提緩沖溶液: CTAB 4g NaCl 16.364 g 1M Tris-HCl 20ml( PH8.0) 0.5M EDTA 8ml,先用70ml ddH2O溶解, 再定容至200ml滅菌, 冷卻後0.2-1% 2-巰基乙醇 (400ul) 氯仿-異戊醇(24:1):先加96ml氯仿,再加4ml異戊醇,搖勻即可。
五、實驗步驟
1. DNA的提取
(1) 2%CTAB抽提緩沖液在65℃水浴中預熱。
(2)取少量葉片(約1g)置於研缽中,用液氮磨至粉狀;
(3) 加入700ul的2%CTAB抽提緩沖液,輕輕攪動;
(4) 將磨碎液分倒入1.5 ml的滅菌中,磨碎液的高度約占管的三分之二;
(5)置於65℃的水浴槽或恆溫箱中,每隔10 min輕輕搖動,40 min後取出;
(6)冷卻2 min後,加入氯仿-異戊醇(24:1)至滿管,劇烈振盪2~3 min,使兩者混合均勻;
(7)放入離心機中10 000 rpm離心10 min,與此同時,將600 µl的異丙醇加入另一新的滅菌中;
(8) 10 000 rpm離心1 min後,移液器輕輕地吸取上清夜,轉入含有異丙醇的內,將離心管慢慢上下搖動30 sec,使異丙醇與水層充分混合至能見到DNA絮狀物;
(9)10000 rpm離心1 min後,立即倒掉液體,注意勿將白色DNA沉澱倒出,將離心管倒立於鋪開的紙巾上; (10)60 sec後,直立離心管,加入720 µl的75%乙醇及80 µl 5 M的醋酸鈉,輕輕轉動,用手指彈管尖,使沉澱與管底的DNA塊狀物浮游於液體中;
(11)放置30 min,使DNA塊狀物的不純物溶解;
(12)10000 rpm離心1 min後,倒掉液體,再加入800 µl 75%的乙醇,將DNA再洗 30 min;
(13)10000 rpm離心30 sec後,立即倒掉液體,將離心管倒立於鋪開的紙巾上;數分鍾後,直立離心管,乾燥DNA(自然風干或用風筒吹乾);
(14)加入50 µl 0.5 × TE(含RNase)緩沖液,使DNA溶解,置於37℃恆溫箱約15 h,使RNA消解;
(15)置於-20℃保存、備用。
2. DNA質量檢測
瓊脂糖電泳檢測,原理和方法見實驗二。
六、 注意事項
(1)葉片磨得越細越好。
(2)移液器的使用。
(3)由於植物細胞中含有大量的DNA酶,因此,除在抽提液中加入EDTA抑制酶的活性外,第一步的操作應迅速,以免組織解凍,導致細胞裂解,釋放出DNA酶,使DNA降解。
Ⅱ 常用酶的提取方法有哪些並解釋提取機理
血中DNA的提取血液中DNA提取的原理:如果以外周血為DNA提取材料,在外周血中提取DNA就是從有核的白細胞中提取DNA.因此,從外周血中提取DNA包括以下幾個關鍵步驟:第一,破壞紅細胞,通常利用紅細胞與白細胞膜結構的差異,先使紅細胞裂解,經離心後收集白細胞;第二,白細胞裂使膜蛋白和核蛋白變性,游離DNA,通常是採用離子型表面活性劑使蛋白質變性;第三,除去變性蛋白質:通常採用蛋白沉澱劑沉澱變性蛋白質,使DNA留在上清液中;第四,在高鹽環境下使DNA從有機溶劑如無水乙醇中析出. 取材 取外周血5ml,EDTA抗凝 1.新鮮抗凝血,離心棄去上清液; 2.取出4℃冰箱預冷的ELS裂解液,按1:6-10的比例向細胞沉澱中加入ELS裂解液(1ml細胞壓積加入6-10ml裂解液),輕輕吹打混勻;紅細胞裂解液ELS配方: NH4Cl:4.15克加雙蒸水500ml,取450ml; Tris:1.0297克加雙蒸水50ml,再加上上面的450ml,共計500ml,高壓滅菌, 用時加10-20ml 3.800-1000rpm離心5-8分鍾,離心棄去上層紅色清液; 4.收集沉澱部分,加入Hank』s液或無血清培養液離心洗2-3次; 5.如裂解不完全可重復步驟2和3; 6.重懸細胞,用於後續實驗;提取DNA,最好是於步驟4開始使用DEPC水配製的溶液進行. 酚氯仿方法提取DNA 在DNA提取過程中應盡量避免使DNA斷裂和降解的各種因素,以保證DNA的完整性,為後續的實驗打下基礎.是採用在EDTA以及SDS等試劑存在下用蛋白酶K消化細胞,隨後用酚抽提而實現的.這一方法獲得的DNA不僅經酶切後可用於Southern分析,還可用於PCR的模板、文庫構建等實驗. 原則:(1)防止和抑制DNase對DNA的降解;(2)盡量減少對溶液中DNA的機械剪切破壞. 一、試劑准備 1.TE: 10mM Tris-HCl (pH 7.8); 1mM EDTA (pH 8.0). 2.TBS: 25mM Tris-HCl (pH 7.4); 200mM NaCl; 5mM KCl. 3.裂解緩沖液:250mM SDS; 使用前加入蛋白酶K至100mg/ml. 4.20% SDS 5.2mg/ml蛋白酶K 6.Tris飽和酚(pH 8.0)、酚/氯仿(酚∶氯仿=1∶1)、氯仿 7.無水乙醇、75%乙醇二、操作步驟(一)材料處理 1.白細胞處理 ⑴ 取紅細胞裂解完全後收集的沉澱,加入0.5ml TE ⑵ 將勻漿液轉移到1.5ml離心管中. ⑶ 加20% SDS 25 μl,蛋白酶K (2mg/ml) 25 μl,混勻. ⑷ 60°C水浴1-3hr. 2.培養細胞處理: ⑴ 將培養細胞懸浮後,用TBS洗滌一次. ⑵ 離心4000g×5min,去除上清液. ⑶ 加10倍體積的裂解緩沖液. ⑷ 50-55°C水浴1-2hr. (二)DNA提取 1. 加等體積飽和酚至上述樣品處理液中,溫和、充分混勻3min. 2. 離心5000g×10min,取上層水相到另一1.5ml離心管中. 3. 加等體積飽和酚,混勻,離心5000g×10min,取上層水相到另一管中. 4. 加等體積酚/氯仿,輕輕混勻,離心5000g×10min,取上層水相到另一管中.如水相仍不澄清,可重復此步驟數次. 5. 加等體積氯仿,輕輕混勻,離心5000g×10min,取上層水相到另一管中. 6. 加1/10體積的3M醋酸鈉(pH 5.2)和2.5倍體積的無水乙醇,輕輕倒置混勻. 7. 待絮狀物出現後,離心5000g×5min,棄上清液. 8. 沉澱用75%乙醇洗滌,離心5000g×3min ,棄上清液. 9. 室溫下揮發乙醇,待沉澱將近透明後加50-100ml TE溶解過夜. (三)DNA定量和電泳檢測 1.DNA定量: DNA在260nm處有最大的吸收峰,蛋白質在280nm處有最大的吸收峰,鹽和小分子則集中在230nm處.因此,可以用260nm波長進行分光測定DNA濃度,OD值為1相當於大約50μg/ml雙鏈DNA.如用1cm光徑,用 H2O稀釋DNA樣品n倍並以H2O為空白對照,根據此時讀出的OD260值即可計算出樣品稀釋前的濃度:DNA(mg/ml)=50×OD260讀數×稀釋倍數/1000. DNA純品的OD260/OD280為1.8,故根據OD260/OD280的值可以估計DNA的純度.若比值較高說明含有RNA,比值較低說明有殘余蛋白質存在.OD230/OD260的比值應在0.4-0.5之間,若比值較高說明有殘余的鹽存在. 2.電泳檢測:取1μg基因組DNA用行0.8%瓊脂糖凝膠上電泳,檢測DNA的完整性,或多個樣品的濃度是否相同.電泳結束後在點樣孔附近應有單一的高分子量條帶. 三、注意事項 1. 所有用品均需要高溫高壓,以滅活殘余的DNA酶. 2. 所有試劑均用高壓滅菌雙蒸水配製. 3. 用大口滴管或吸頭操作,以盡量減少打斷DNA的可能性. 4. 用上述方法提取的DNA純度可以滿足一般實驗(如Southern 雜交、PCR等)目的.如要求更高,可參考有關資料進行DNA純化.
Ⅲ 提取葉綠體色素的常用方法是
(1)用紙層析法分離葉綠體的色素,用萃取法提取胡蘿卜素,水蒸氣蒸餾法是植物芳香油提取的常用方法.
(2)在DNA的粗提取與鑒定實驗中,提取較純凈的DNA利用了DNA不溶於酒精的特點;鑒定DNA可利用二苯胺試劑.
(3)從土壤中分離出尿素分解菌,平板內的固體培養基應以尿素作為唯一的氮源,培養基中加入指示劑酚紅,培養後若變紅則鑒定其中含有所需細菌.
(4)純化菌種和統計某活菌的數目,宜採用的接種方法是稀釋塗布平板法.該方法統計的菌落數比活菌的數目偏低,原因是當兩個或多個細胞連在一起時,平板上觀察到只是一個菌落.
故答案為:
(1)紙層析法 萃取法 水蒸氣蒸餾
(2)不溶於酒精 二苯胺
(3)酚紅
(4)稀釋塗布平板法 當兩個或多個細胞連在一起時,平板上觀察到只是一個菌落
Ⅳ 獲取目的基因的常用方法是哪種
..剛好學到
基因工程流程的第一步就是獲得目的DNA片段,如何獲得目的DNA片段就成為基因工程的關鍵問題。所需目的基因的來源,不外乎是分離自然存在的基因或人工合成基因。常用的方法有PCR法、化學合成法、cDNA法及建立基因文庫的方法來篩選
直接獲取
1.從基因文庫中獲取 這個沒什麼就是現成的基因儲存在受體菌上你用的時候提取出來就好了(基因組文庫法 就是原教材中的用限制性內切酶直接獲取。利用λ噬菌體載體構建基因組文庫的一般操作程序如下:① 選用特定限制性內切酶, DNA進行部分酶解,得到DNA限制性片段② 選用適當的限制性內切酶酶解λ噬菌體載體DNA。③ 經適當處理,將基因組DNA限制性片段與λ噬菌體載體進行體外重組。④ 利用體外包裝系統將重組體包裝成完整的顆粒。⑤ 以重組噬菌體顆粒侵染大腸桿菌,形成大量噬菌斑,從而形成含有整個DNA的重組DNA群體,即文庫。)經典解釋
2.cDNA文庫法(即原教材中提到的逆轉錄法)。cDNA文庫,是指匯集以某生物成熟mRNA為模板逆轉錄而成的cDNA序列的重組DNA群體。雖然可用基因組文庫法來獲取真核生物的目的基因,但是由於高等真核生物基因組DNA文庫比其cDNA文庫大得多,相關工作量同樣大得多。更為重要的是,在真核生物基因組中合有大量的間隔序列或內含子,但在大腸桿菌等原核生物中沒有類似序列的存在,所以大腸桿菌不能從真核生物基因的初級轉錄本中去除間隔序列,即不能表達真核生物DNA。而在真核生物成熟mRNA中已不存在間隔序列(已在拼接過程中被去除),所以可以以真核生物成熟mRNA為模板,逆轉錄而成的cDNA可被大腸桿菌表達。因此,在基因工程中,cDNA文庫法是從真核生物細胞中分離目的基因的常用方法。
3.直接分離基因最常用的方法是「鳥槍法」,又叫「散彈射擊法」。這種方法有如用獵槍發射的散彈打鳥,無論哪一顆彈粒擊中目標,都能把鳥打下來。鳥槍法的具體做法是:用限制酶(即限制性內切酶)將供體細胞中的DNA切成許多片段,將這些片段分別載入運載體,然後通過運載體分別轉入不同的受體細胞,讓供體細胞所提供的DNA(外源DNA)的所有片段分別在受體細胞中大量復制(在遺傳學中叫做擴增),從中找出含有目的基因的細胞,再用一定的方法吧帶有目的基因的DNA片段分離出來。如許多抗蟲,抗病毒的基因都可以用上述方法獲得。
用「鳥槍法」獲取目的基因的優點是操作簡便,缺點是工作量大,具有一定的盲目性。
人工合成
1.(主要是序列已知的基因)。主要是通過DNA自動合成儀,通過固相亞磷酸醯胺法合成,具體過程可以網上查詢,反正是可以按照已知序列將核苷酸一個一個連接上去成為核苷酸序列,一般適於分子較小而不易獲得的基因。對於大的基因一般是先用化學合成法合成引物,再利用引物獲得目的基因。
2.聚合酶鏈反應(Polymerase Chain Reaction ,PCR)是80年代中期發展起來的體外核酸擴增技術。它具有特異、敏感、產率高、快速、簡便、重復性好、易自動化等突出優點;能在一個試管內將所要研究 的目的基因或某一DNA片段於數小時內擴增至十萬乃至百萬倍,使肉眼能直接觀察和判斷;可從一根毛發、一滴血、甚至一個細胞中擴增出足量的DNA供分析研 究和檢測鑒定。過去幾天幾星期才能做到的事情,用PCR幾小時便可完成。PCR技術是生物醫學領域中的一項革命性創舉和里程碑
他只是給目的基因的擴增
好累~....
Ⅳ DNA的提取方法有多少種
DNA的提取方法有7種:酚抽提法、甲醯胺解聚法、玻璃棒纏繞法、異丙醇沉澱法、表面活性劑快速制備法、加熱法快速制備、鹼變性快速制備。
DNA的提取原則
1、保證核酸一級結構的完整性;
2、核酸樣品中不應存在對酶有抑製作用的有機溶劑和過高濃度的金屬離子;
3、其他生物大分子如蛋白質、多糖和脂類分子的污染應降低到最低程度;
4、其他核酸分子,如RNA,也應盡量去除。
提取DNA的注意事項
1、 各操作步驟要輕柔,盡量減少DNA的人為降解。
2、注意防止非核酸類成分干擾。
3、要減少DNA的降解,促進DNA與蛋白等的分相及DNA沉澱。
4、 提取DNA過程中所用到的試劑和器材要通過高壓烤乾等辦法進行無核酸酶化處理。
5、 所有試劑均用高壓滅菌雙蒸水配製。
Ⅵ DNA的提取方法有多少種
dna提取的幾種方法
(1).濃鹽法
利用rnp和dnp在電解溶液中溶解度不同,將二者分離,常用的方法是用1m
氯
納提取化鈉抽提,得到的dnp粘液與含有少量辛醇的
氯仿一起搖盪,使乳化,再離心除去蛋白質,此時蛋白質凝膠停留在水相及氯仿相中間,而dna位於上層水相中,用2倍體積95%乙醇可將dna
鈉鹽沉澱出來.
也可用0.15
mnacl液反復洗滌細胞破碎液除去rnp,再以1mnacl提取脫氧核糖蛋白,再按氯仿---異醇法除去蛋白.
兩種方法比較,後種方法使核酸降解可能少一些.
以稀鹽酸溶液提取dna
時,加入適量去污劑,如sds可有助於蛋白質與dna
的分離.在提取過程中為抑制組織中的dnase對dna
的降解作用,在氯化鈉溶液中加入檸檬酸鈉作為金屬離子的烙合劑.通常用.15mnacl,0.015m檸檬鈉,並稱ssc溶液,提取dna.
(2).陰離子去污劑法:
用sds或二甲苯酸鈉等去污劑使蛋白質變性,可以直接從生物材料中提取dna
.由於細胞中dna與蛋白質之間常借靜電引力或配位鍵結合,因為陰離子去污劑能夠破壞這種價鍵,所以常用陰離子去污劑提取dna.
(3).苯酚抽提法:
苯酚作為蛋白變性劑,同時抑制了dnase的降解作用.用苯酚處理勻漿液時,由於蛋白與dna
聯結鍵已斷,蛋白分子表面又含有很多極性基團與苯酚相似相溶.蛋白分子溶於酚相,而dna溶於水相.離心分層後取出水層,多次重復操作,再合並含dna
的水相,利用核酸不溶於醇的性質,用乙醇沉澱dna
.此時dna是十分粘稠的物質,可用玻璃漫漫繞成一團,取出.此法的特點是使提取的dna保持天然狀態
.
(
4).水抽提法:
利用核酸溶解於水的性質,將組織細胞破碎後,用低鹽溶液除去rna,然後將沉澱溶於水中,使dna充分溶解於水中,離心後收集上清液.在上清中加入固體氯化鈉調節至2.6m.加入2倍體積95%乙醇,立即用攪拌法攪出.然後分別用66%
٠80%和95%乙醇以及丙銅洗滌,最後在空氣中乾燥,既得dna樣品.此法提取的dna中蛋白質含量較高,故一般不用.為除蛋白可將此法加以改良,在提取過程中加入sds.
Ⅶ DNA提取的方法有幾種分別是什麼,哪種是現在最常用的
關於DNA的提取方法在《分子克隆》一書中有詳細介紹,其中最常用的質粒提取方法包括:
SDS鹼裂解法制備質粒DNA煮沸裂解法制備質粒DNA牙簽法小量制備質粒DNASDS裂解法提取質粒DNA
這其中SDS鹼裂解法又是最常使用的提取方法。
當然針對不同組織樣品DNA的提取方法是不同的,具體還是要參考《分子克隆》等工具書。
另外,針對不同組織的DNA樣品,就是都有很多成熟的試劑盒可以使用。如果不是大批量使用或者經費充足的話,可以考慮購買試劑盒,一般可以提取到更高質量的DNA,並且也可以節約不少自己摸索的時間。
Ⅷ 農桿菌質粒DNA常用的提取方法
一、從在含20 mg/l Kanamycin和15 mg/l Gentamycin 5-8 ml的液體LB培養基中接種Agrobacterium細胞,然後在28℃、200-220 rpm培養24 h。然後進行質粒提取。 二、新鮮配製Sol II溶液(880 l H2O, 100 l SDS 10%, 20 l 10 N NaOH),及包含 4 mg/ml溶菌酶Lysozyme 的200 l Sol I (P1)溶液。 三、對培養一晝夜的的Falcon試管在3600 rpm速度下進行離心12 min,丟棄上清。 四、用200 l 5 M NaCl重懸農桿菌細胞,利用渦旋將農桿菌細胞混勻。轉移到Eppendorf管中。 生物幫有相關問題的詳細介紹,分子生物學洗滌劑 http://proct.bio1000.com/101184/
Ⅸ DNA的提取如何進行以及最常見的方法
提取DNA主要有SDS和CTAB法,其實提取效果的好壞主要看提取的對象是什麼樣的材料,在提取之前一定要好好分析材料的特性,然後在設計實驗步驟。
一)CTAB法
CTAB是一種去污劑,可溶解細胞膜,它能與核酸形成復合物,在高鹽溶液中(0.7
mol/L
NaCl)是可溶的,當降低溶液鹽濃度到一定程度(0.3
mol/L
NaCl)時,從溶液中沉澱,通過離心就可將CTAB與核酸的復合物同蛋白質、多糖類物質分開,然後將CTAB與核酸的復合物沉澱溶解於高鹽溶液,再加入乙醇使核酸沉澱,CTAB能溶解於乙醇。
(二)SDS法
利用高濃度的SDS,在較高溫度(55—65℃)條件下裂解細胞,使染色體離析,蛋白質變性,釋放出核酸,然後採用提高鹽濃度及降低溫度的做法使蛋白質及多糖雜質沉澱(最常用的是加入5M的KAc於冰上保溫,在低溫條件下KAc與蛋白質及多糖結合成不溶物),離心除去沉澱後,上清液中的DNA用酚/氯仿抽提,反復抽提後用乙醇沉澱水相中的DNA。
以下是在提取熱帶水果DNA時設計的兩種不同方法步驟,對比起來CTAB法好,在禾本科植物效果差不多!
1、
CTAB法
1)
在所需量的CTAB抽提液中加入2-巰基乙醇,使終濃度達2%(v/v)。將此溶液預熱至65℃。
對於每克新鮮的葉組織大約需要4ml的2-ME/CTAB抽提液。
2)
用液氮(-196℃)或乾冰(-78℃)冷卻粉碎器/勻漿器,將0.5
g植物組織粉碎成細粉,然後將組織轉移到2.0
ml離心管。
3)
加入800
µl預熱的2-Me/CTAB,混合使之充分濕潤,於65℃溫育20
min,不時顛倒混勻。
4)
待冷至室溫後,加入800
µl氯仿/異戊醇(24:1),顛倒混勻至溶液呈乳濁狀----但不要振盪。25℃,10000
rpm離心10
min。
5)
上清(~700
µl)轉移至另一干凈的離心管中,加入5
µl
RNaseA貯液,37℃溫育30
min。
6)
加入700
µl氯仿/異戊醇,顛倒混勻,25℃,10000
rpm離心10
min。
7)
上清(~600
µl)轉移至另一干凈的1.5
ml離心管中,加入600
µl異丙醇,顛倒混勻,室溫或-20℃放置20
min。
8)
25℃,12000
rpm,離心10
min,收集沉澱。
9)
去上清,加1
ml70%乙醇洗滌沉澱兩次。(25℃,12000
rpm,離心10
min)
10)涼干DNA,溶於50
µl
ddH2O,4℃保存備用。
2、
SDS法
①
將0.3
g植物材料於液氮速凍,然後在研缽中將其磨碎,將粉末轉至2
ml離心管中。
②
加入1.2
ml預熱至65℃的提取緩沖液(其中加入3
μl
β—巰基乙醇,增加DNA的穩定性),置65℃水浴中放置30分鍾,不時顛倒混勻。。
③
加入0.45
ml
5M的醋酸鉀,混勻,冰浴20分鍾,在10000
rpm離心20
min。需要的話,Miracloth紗布過濾除去沉澱,上清液轉入另一離心管中。
④
加入等體積氯仿:異戊醇(24:1),輕輕顛倒混勻,12000
rpm離心15
min。
⑤
轉移上清液到另一新離心管中,加5
μl
RNaseA貯液,37℃溫育30
min。
⑥
加入等體積氯仿:異戊醇(24:1),輕輕顛倒混勻,12000
rpm離心15
min。
⑦
轉移上清液到另一新離心管中,加入0.7V異丙醇,輕輕顛倒混勻,-20℃放置30分鍾沉澱核酸。
⑧
25℃,12000
rpm,離心10
min,收集沉澱。
⑨
棄上清,70%乙醇洗兩次。
⑩
涼干DNA,溶於50
µl
ddH2O,4℃保存備用。
Ⅹ 獲取目的基因的常用方法是哪種
1.從基因文庫中獲取目的基因:將含有某種生物的許多DNA片段,導入受體菌
的群體中儲存,各個受體菌分別含有這種生物不同的基因,稱為基因文庫。
當需要某一片段時,根據目的基因的有關信息,如根據基因的核苷酸序列、基因的功能、基因
在染色體上的位置、基因的轉錄產物mRNA,以及基因的表達產物蛋白質等特性來獲取目的基
因。
2.化學合成法。已知目的基因的核苷酸序列,可用DNA合成儀直接合成。
3.用PCR技術擴增技術提取。已知目的基因引物的序列,將整個DNA放入合成儀,因為只有當
引物與模板結合後DNA熱聚合酶才能行使聚合功能,所以只有引物中間的目的基因被大量擴增,
即被提取出來。