泌尿系結石的治療分手術與非手術兩類。其中非手術療法主要包括葯物排石，腔鏡取石體外震波碎石等幾大類，其中體外震波碎石正逐漸成為最主要的治療方法。
一、腎絞痛的處理
1、解痙止痛：常用葯物為杜冷丁及阿托品，用阿托品0.5毫克及杜冷丁50～100毫克肌肉注射，口服顛茄片16毫克，一天三次。
2、指壓止痛：用拇指壓向患側骶棘肌外緣、第三腰椎橫突處，可收到止痛或緩解疼痛的效果。
3、皮膚過敏區局部封閉：先用大頭針在患側腰部試出皮膚過敏區，然後用0.5奴夫卡因20毫升作過敏區皮內及皮下浸潤封閉，有時可收到明顯的止痛效果。
4、針刺療法：取穴腎俞、志室、三陰交等，採用強刺激手法，或0.5奴夫卡因2毫升作穴位內封閉。
二、非手術療法
非手術療法一般適合於結石直徑小於1厘米、周邊光滑、無明顯尿流梗阻及感染者，對某些臨床上不引起症狀的腎內較大鹿角形結石，亦可暫行非手術處理。
1、大量飲水：大量飲用開水或磁化水，不僅增加尿量起到沖洗尿路、促進結石向下移動的作用，而且還可稀釋尿液減少晶體沉澱。
2、中草葯治療：常用葯物有金錢草、海金沙、瞿麥、扁畜、車前子、木通、滑石、雞內金、石葦等可隨症加減。
3、針刺方法：針刺或電針腎俞、膀胱俞、三陰交、足三里、水道、天樞等可增加腎盂、輸尿管的蠕動，有利於結石的排出。
4、經常作跳躍活動，或對腎下盞內結石行倒立體位及拍擊活動，也有利於結石的排出。
5、其它：對尿培養有細菌感染者，選用敏感染物積極抗感染，對體內存在代謝紊亂者，應積極治療原發疾病以及調理尿的酸鹼度等等。
三、體外沖擊波碎石
自從1980年首次應用體外沖擊波治療腎結石取得成功以來，這一方法發展迅速，在上尿路結石中的治療作用已得到普遍承認。對具體病人的治療，應根據患者年齡、結石大小、部位等，採用相應的碎石參數及輔助措施，以獲得滿意效果。以往的經皮穿刺腎取石或碎石術幾乎已被這一方法所取代。
四、手術療法
結石引起尿流梗阻已影響腎功能、或經非手術療法無效，無體外沖擊波碎石條件者，應考慮手術治療。原則上對雙側腎結石先取手術簡便安全的一側;一側腎結石，另一側輸尿管結石，先取輸尿管結石;雙側輸尿管結石先取腎積水嚴重的一側。對有嚴重梗阻、全身虛弱不宜行較復雜的取石手術者，可先行腎造瘺。
術前准備：術前必須了解雙側腎功能情況，有感染者先用抗菌素控制感染。輸尿管結石患者在進手術室前或在手術台上術前攝尿路平片作結石的最後定位。
手術方式：根據結石大小、形狀和部位不同，常用的有以下幾種手術方式：
1、腎盂或腎竇切開取石術：切開腎盂、取出結石，鹿角狀結石或腎盞結石，有時須作腎竇內腎盂腎盞切開取石。
2、腎實質切開取石術：腎結石較大，不能經腎竇切開取石者，需切開腎實質取石。
3、腎部分切除術：適用於腎一極多發性結石(多在腎下極)，或位於擴張而引流不暢的腎盞內，可將腎一極或腎盞連同結石一並切除。
4、腎切除術：一側腎結石並有嚴重腎積水或腎積膿，已使腎功能嚴重受損或喪失功能，而對側腎功能良好者，可行切除患腎。
5、輸尿管切開取石術：輸尿管結石直徑大於1厘米或結石嵌頓引起尿流梗阻或感染，經非手術療法無效者可行輸尿管切開取石術。
6、套石術：輸尿管中下段結石直徑小於0.6厘米，可試行經膀胱鏡用特製的套籃或導管套取。