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解決序列標注問題的方法

發布時間:2022-03-06 12:18:34

① premiere中的無編號標記,序列標記,素材標記有什麼區別

標記的素材類型不同罷了,只是為了輔助你的製作

怎麼在序列中標注引物位置,有沒有相應的軟體的

Gene construction Kit

如何在word文檔中,對相同的內容進行序列標記例如查找@@,按順序改為

在空白處,按下 CTRL+F9 組合鍵,鍵入「SEQ A」 ,注意中間有個空格,按下 F9,更新域,其值為1,選中1(域結果) ,剪切。
然後打開替換對話框,查找:@@,替換為:@^c@,
(如果編號全部顯示為 1,選中文檔,按 F9 更新域。)

④ 如何找出序列中短重復片段並標注

基因組中由寡核苷酸串聯,重復排列的DNA序列,構成數量可變的串聯重復序列,其中,微衛星DNA又稱為短串聯重復片列,是一種可遺傳的不穩定的且具有高度多態性的短核苷酸重復序列,具有種類多,分布廣,高度多態性等特點,這種多態性標志已廣泛用於遺傳病及親子鑒定等.
短序列比對中,一般常用的演算法主要有三個:
(1) 空位種子片段索引法,如MAQ、ELAND等,首先將讀段切分,並選取其中一段或幾段作為種子建立搜索索引,再通過查找索引、延展匹配來實現讀段定位,通過輪換種子考慮允許出現錯配(mismatch)的各種可能的位置組合;
(2) Burrows Wheeler轉換法,如Bowtie、BWA、SOAP2等,通過B-W轉換將基因組序列按一定規則壓縮並建立索引,再通過查找和回溯來定位讀段,在查找時可通過鹼基替代來實現允許的錯配;
(3) Smith-Waterman動態規劃演算法,如BFAST,SHRiMP等,利用初始條件和迭代關系式計算兩個序列的所有可能的比對分值,並將結果存放於一個矩陣中,利用動態規劃的方法回溯尋找最優的比對結果。

⑤ 怎麼用深度學習做序列標注問題的命名實體識別問題

沒有時間序列的說法,只有時間軸的說法。
時間軸大體上由圖層、幀和播放頭三部分組成,還包括添加幾個圖層,可以用來組織文檔中的插圖。圖層按照它在時間軸中出現的次序堆疊。因此,時間軸底部出現的對象在舞台上也是堆疊在底部。我們可以隱藏、顯示、鎖定或解鎖圖層。每個圖層的幀都是唯一的,但是我們可以在同一圖層上把它拖動到新位置,復制或移動到另一個圖層。
圖層就像堆疊在一起的幾張幻燈膠片一樣,每個圖層都包含一個顯示在舞台中的不同圖像。在當前圖層中繪制和編輯對象,並不會影響其它圖層上的對象。
幀是動畫中的單位時間。與膠片一樣,Flash8把時長分為幀。沒有內容的幀以空心圈顯示,有內容的幀以實心圈顯示。普通幀會延續前面關鍵幀的內容。幀頻決定每個幀佔用多長時間。
在時間軸里有一條比較細的紅線,拖動這個紅線上的紅方塊,可以觀看紅線所停留幀的詳細內容,這條紅線就是播放頭。播放頭指示到某幀,這一幀的內容就會展現到舞台上,這有助於用戶編輯這一幀的內容。
希望我能幫助你解疑釋惑。

⑥ EXCEL中重復序列號如何主動標注或改色

使用excel自帶的條件格式
設定好重復的公式後
設定提醒顏色即可

⑦ 怎麼給核酸序列標注顏色

建立個你想要的圖層,把引線標注改成這個圖層。
標題欄下面就有線型和顏色的選擇,默認是黑色,選中引線標選擇你要的顏色。
雙擊標注,裡面也有線型和顏色選擇,改成你想要的顏色</ol>

⑧ 人工智慧與機器翻譯 和 自然語言處理 哪個方向更火

一、課程介紹

斯坦福大學於2012年3月在Coursera啟動了在線自然語言處理課程,由NLP領域大牛Dan Jurafsky 和 Chirs Manning教授授課:
https://class.coursera.org/nlp/
以下是本課程的學習筆記,以課程PPT/PDF為主,其他參考資料為輔,融入個人拓展、註解,拋磚引玉,歡迎大家在「我愛公開課」上一起探討學習。
課件匯總下載地址:斯坦福大學自然語言處理公開課課件匯總

二、語言模型(Language Model)
1)N-gram介紹
在實際應用中,我們經常需要解決這樣一類問題:如何計算一個句子的概率?如:
機器翻譯:P(high winds tonite) > P(large winds tonite)
拼寫糾錯:P(about fifteen minutes from) > P(about fifteenminuets from)
語音識別:P(I saw a van) >> P(eyes awe of an)
音字轉換:P(你現在干什麼|nixianzaiganshenme) > P(你西安在干什麼|nixianzaiganshenme)
自動文摘、問答系統、... ...
以上問題的形式化表示如下:
p(S)=p(w1,w2,w3,w4,w5,…,wn)
=p(w1)p(w2|w1)p(w3|w1,w2)...p(wn|w1,w2,...,wn-1)//鏈規則
p(S)被稱為語言模型,即用來計算一個句子概率的模型。
那麼,如何計算p(wi|w1,w2,...,wi-1)呢?最簡單、直接的方法是直接計數做除法,如下:
p(wi|w1,w2,...,wi-1) = p(w1,w2,...,wi-1,wi) / p(w1,w2,...,wi-1)
但是,這裡面臨兩個重要的問題:數據稀疏嚴重;參數空間過大,無法實用。
基於馬爾科夫假設(Markov Assumption):下一個詞的出現僅依賴於它前面的一個或幾個詞。
假設下一個詞的出現依賴它前面的一個詞,則有:
p(S)=p(w1)p(w2|w1)p(w3|w1,w2)...p(wn|w1,w2,...,wn-1)
=p(w1)p(w2|w1)p(w3|w2)...p(wn|wn-1) // bigram
假設下一個詞的出現依賴它前面的兩個詞,則有:
p(S)=p(w1)p(w2|w1)p(w3|w1,w2)...p(wn|w1,w2,...,wn-1)
=p(w1)p(w2|w1)p(w3|w1,w2)...p(wn|wn-1,wn-2) // trigram
那麼,我們在面臨實際問題時,如何選擇依賴詞的個數,即n。
更大的n:對下一個詞出現的約束信息更多,具有更大的辨別力;
更小的n:在訓練語料庫中出現的次數更多,具有更可靠的統計信息,具有更高的可靠性。
理論上,n越大越好,經驗上,trigram用的最多,盡管如此,原則上,能用bigram解決,絕不使用trigram。
2)構造語言模型
通常,通過計算最大似然估計(Maximum Likelihood Estimate)構造語言模型,這是對訓練數據的最佳估計,公式如下:
p(w1|wi-1) = count(wi1-, wi) / count(wi-1)
如給定句子集「<s> I am Sam </s>
<s> Sam I am </s>
<s> I do not like green eggs and ham </s>」
部分bigram語言模型如下所示:

c(wi)如下:

c(wi-1,wi)如下:

則bigram為:

那麼,句子「<s> I want english food </s>」的概率為:
p(<s> I want english food </s>)=p(I|<s>)
× P(want|I)
× P(english|want)
× P(food|english)
× P(</s>|food)
= .000031
為了避免數據溢出、提高性能,通常會使用取log後使用加法運算替代乘法運算。
log(p1*p2*p3*p4) = log(p1) + log(p2) + log(p3) + log(p4)

推薦開源語言模型工具:
SRILM(http://www.speech.sri.com/projects/srilm/)
IRSTLM(http://hlt.fbk.eu/en/irstlm)
MITLM(http://code.google.com/p/mitlm/)
BerkeleyLM(http://code.google.com/p/berkeleylm/)

推薦開源n-gram數據集:
Google Web1T5-gram(http://googleresearch.blogspot.com/2006/08/all-our-n-gram-are-belong-to-you.html)
Total number of tokens: 1,306,807,412,486
Total number of sentences: 150,727,365,731
Total number of unigrams: 95,998,281
Total number of bigrams: 646,439,858
Total number of trigrams: 1,312,972,925
Total number of fourgrams: 1,396,154,236
Total number of fivegrams: 1,149,361,413
Total number of n-grams: 4,600,926,713
Google Book N-grams(http://books.google.com/ngrams/)
Chinese Web 5-gram(http://www.ldc.upenn.e/Catalog/catalogEntry.jsp?catalogId=LDC2010T06)

3)語言模型評價
語言模型構造完成後,如何確定好壞呢? 目前主要有兩種評價方法:
實用方法:通過查看該模型在實際應用(如拼寫檢查、機器翻譯)中的表現來評價,優點是直觀、實用,缺點是缺乏針對性、不夠客觀;
理論方法:迷惑度/困惑度/混亂度(preplexity),其基本思想是給測試集賦予較高概率值的語言模型較好,公式如下:

由公式可知,迷惑度越小,句子概率越大,語言模型越好。使用《華爾街日報》訓練數據規模為38million words構造n-gram語言模型,測試集規模為1.5million words,迷惑度如下表所示:

4)數據稀疏與平滑技術
大規模數據統計方法與有限的訓練語料之間必然產生數據稀疏問題,導致零概率問題,符合經典的zip'f定律。如IBM, Brown:366M英語語料訓練trigram,在測試語料中,有14.7%的trigram和2.2%的bigram在訓練語料中未出現。
數據稀疏問題定義:「The problem of data sparseness, also known as the zero-frequency problem arises when analyses contain configurations that never occurred in the training corpus. Then it is not possible to estimate probabilities from observed frequencies, and some other estimation scheme that can generalize (that configurations) from the training data has to be used. —— Dagan」。
人們為理論模型實用化而進行了眾多嘗試與努力,誕生了一系列經典的平滑技術,它們的基本思想是「降低已出現n-gram條件概率分布,以使未出現的n-gram條件概率分布非零」,且經數據平滑後一定保證概率和為1,詳細如下:
Add-one(Laplace) Smoothing
加一平滑法,又稱拉普拉斯定律,其保證每個n-gram在訓練語料中至少出現1次,以bigram為例,公式如下:

其中,V是所有bigram的個數。
承接上一節給的例子,經Add-one Smoothing後,c(wi-1, wi)如下所示:

則bigram為:

在V >> c(wi-1)時,即訓練語料庫中絕大部分n-gram未出現的情況(一般都是如此),Add-one Smoothing後有些「喧賓奪主」的現象,效果不佳。那麼,可以對該方法擴展以緩解此問題,如Lidstone's Law,Jeffreys-Perks Law。
Good-Turing Smoothing
其基本思想是利用頻率的類別信息對頻率進行平滑。調整出現頻率為c的n-gram頻率為c*:

但是,當nr+1或者nr > nr+1時,使得模型質量變差,如下圖所示:

直接的改進策略就是「對出現次數超過某個閾值的gram,不進行平滑,閾值一般取8~10」,其他方法請參見「Simple Good-Turing」。
Interpolation Smoothing
不管是Add-one,還是Good Turing平滑技術,對於未出現的n-gram都一視同仁,難免存在不合理(事件發生概率存在差別),所以這里再介紹一種線性插值平滑技術,其基本思想是將高階模型和低階模型作線性組合,利用低元n-gram模型對高元n-gram模型進行線性插值。因為在沒有足夠的數據對高元n-gram模型進行概率估計時,低元n-gram模型通常可以提供有用的信息。公式如下:

擴展方式(上下文相關)為:

λs可以通過EM演算法來估計,具體步驟如下:
首先,確定三種數據:Training data、Held-out data和Test data;

然後,根據Training data構造初始的語言模型,並確定初始的λs(如均為1);
最後,基於EM演算法迭代地優化λs,使得Held-out data概率(如下式)最大化。

Kneser-Ney Smoothing
Web-scale LMs
如Google N-gram語料庫,壓縮文件大小為27.9G,解壓後1T左右,面對如此龐大的語料資源,使用前一般需要先剪枝(Pruning)處理,縮小規模,如僅使用出現頻率大於threshold的n-gram,過濾高階的n-gram(如僅使用n<=3的資源),基於熵值剪枝,等等。
另外,在存儲優化方面也需要做一些優化,如使用trie數據結構存儲,藉助bloom filter輔助查詢,把string映射為int類型處理(基於huffman編碼、Varint等方法),float/double轉成int類型(如概率值精確到小數點後6位,然後乘10E6,即可將浮點數轉為整數)。
2007年Google Inc.的Brants et al.提出了針對大規模n-gram的平滑技術——「Stupid Backoff」,公式如下:

數據平滑技術是構造高魯棒性語言模型的重要手段,且數據平滑的效果與訓練語料庫的規模有關。訓練語料庫規模越小,數據平滑的效果越顯著;訓練語料庫規模越大,數據平滑的效果越不顯著,甚至可以忽略不計——錦上添花。
5)語言模型變種
Class-based N-gram Model
該方法基於詞類建立語言模型,以緩解數據稀疏問題,且可以方便融合部分語法信息。
Topic-based N-gram Model
該方法將訓練集按主題劃分成多個子集,並對每個子集分別建立N-gram語言模型,以解決語言模型的主題自適應問題。架構如下:

Cache-based N-gram Model
該方法利用cache緩存前一時刻的信息,以用於計算當前時刻概率,以解決語言模型動態自適應問題。
-People tends to use words as few as possible in the article.
-If a word has been used, it would possibly be used again in the future.
架構如下:

猜測這是目前QQ、搜狗、谷歌等智能拼音輸入法所採用策略,即針對用戶個性化輸入日誌建立基於cache的語言模型,用於對通用語言模型輸出結果的調權,實現輸入法的個性化、智能化。由於動態自適應模塊的引入,產品越用越智能,越用越好用,越用越上癮。
Skipping N-gram Model&Trigger-based N-gram Model
二者核心思想都是刻畫遠距離約束關系。
指數語言模型:最大熵模型MaxEnt、最大熵馬爾科夫模型MEMM、條件隨機域模型CRF
傳統的n-gram語言模型,只是考慮了詞形方面的特徵,而沒有詞性以及語義層面上的知識,並且數據稀疏問題嚴重,經典的平滑技術也都是從統計學角度解決,未考慮語法、語義等語言學作用。
MaxEnt、MEMM、CRF可以更好的融入多種知識源,刻畫語言序列特點,較好的用於解決序列標注問題。

⑨ cad怎麼標注12345序列

cad怎麼標注序列,操作方法如下。

設備:聯想IdeaPad

系統:Windows10

軟體:CAD2020

1、首先在cad菜單欄中選擇標注-快速標注,或者直接使用快速標注快捷鍵DLI。

⑩ 如何用 Keras 調試LSTM超參數解決時間序列預測問題

就一個abcd作為一條樣本即可,a b c d 的每一步都會計算loss的,所以拆開也沒啥用 另外你這個不是序列標注,因為你是要預測下一個,而不是給整體一個最佳序列

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