『壹』 基因表達譜分析方法
表達譜案例分析
肺癌組織的表達譜分析：選取 2 個肺癌病人（ 5T 和 10T）的組織提取總 RNA，進 行分析。
實驗目的：為了檢測兩個病人中表達差異較大的基因， 以便找出兩個病人症狀差 異的原因，並進行下一步相關的研究。
1、 數據質量的概述
通過嚴格的質量標准篩選後， 通過率達到 80%，最終得到 500 萬左右的 Tag標簽。
2、 標簽的初步分析統計
兩個樣品中有 95%的 Tag重復頻度超過 1，73%以上的 Tag重復頻度超過 50。
3、 表達譜測序飽和度分析
通過對表達譜測序飽和度的分析，通常在表達譜 Tag數目達到 200 萬時，測序 Tag接近飽和。因此，通過 Solexa 測序，僅需要 1次試驗，就可以得到足夠後 續進行表達分析的數據。
4、 樣品重復性。
5、 Tag 標簽的注釋（含 cDNA，預測基因， EST，線粒體基因組，基因組等）
本案例中，人的 2 萬 7 千個基因中有 50~60%都被 Tag所覆蓋。即一般的基因的 表達量差異被檢測出來。 為了提高 Tag同基因關聯的可信度， 我們僅僅選取了在 基因序列中唯一定位的 Tag。這部分唯一定位的 Tag佔全部 Tag數目的 50%左右。
另外，除去上述用於基因表達量統計的唯一定位 Tag，有大約 20%的 Tag 被定位 到了基因組的未注釋區域， 其中大約有 10萬個 Tag在基因組上的位置是唯 一的。 利用這些數據我們找到了許多新的轉錄本和調控區域。 同時發現了若干潛在的兩 個樣品間顯著差異的區域。為後續的實驗提供了可靠的研究目標。
6、 參考 Tag標簽的統計分析
下表顯示的人的參考 Tag 的統計信息，我們可以看到 96.53%的基因都擁有 Tag。 說明 Tag-based 新一代測序技術的方法進行表達譜分析的可行性
7、 基因表達量的分布統計
8、 樣本間表達差異基因的相關分析
通過對表達差異基因的統計和分析，我們可以選取樣品間表達存在差異的基因， 反饋給用戶； 此外一些已經報道可能相關的基因， 是這一部分研究的重點， 通過 表達差異，我們可以推測出相關基因可能發生的變化。針對此例，圖 3-3 中 2 個基因是已經報道的在 10T樣品中高表達的基因。
9、 樣本間表達差異基因的信號通路相關分析
對差異表達基因進行功能分析和信號通路分析。 結合樣本性狀差異， 鑒定與性狀 關聯的候選基因，以便通過進一步實驗驗證。
10、 根據 Tag距離 3』端的位置對 tag 和基因數目進行的統計分析
『貳』 檢測基因表達水平差異的方法有哪些
基因的表達是dna-rna-蛋白,期間有轉錄水平調控、轉錄後調控、翻譯後調控等多種調控機制影響該基因的表達.
所以蛋白水平高低的原因就可能是多方面的.蛋白表達多,可能是mrna多,也可能mrna變化不大,而是翻譯多了；蛋白表達少,原因亦然.
從2個水平檢測一個基因的表達,可以更全面地了解該基因在該組織某個時期或某種條件下的變化受到什麼水平的調控.
所謂基因表達,就是從dna到mrna再到蛋白的一個過程,基因表達水平一般是通過該基因轉錄的mrna的多少來衡量的.
每個基因轉錄產生的mrna的量,是受到時空等多種因素調控的,個體在不同的生長發育階段,或者不同的組織水平,基因轉錄出mrna的量都是不一樣的.
例如,當某種植物長期生長在高鹽的環境里,該植物體內與抗鹽相關的基因的表達量就會增加,以適應這種高鹽環境,是植物能夠生存下來,這時植物抗鹽相關的基因表達水平就相對高
檢測基因表達的方法：
轉錄水平檢測：rt-pcr，real-time pcr，northern blot
翻譯水平檢測：western blot
還有直接檢測，如報告基因、融合熒光蛋白等。
rt-pcr是反轉錄pcr，是半定量方式。real-time pcr可以精確定量。 二者不同。後者為了區別於rt-pcr，一般不縮寫。
各位觀眾老爺們大家好!我是吆五，打算從今以後不定期分享一些生物類的專業知識。
一方面供自己學習積累，另一方面也希望對大家有所幫助。
生物是很枯燥的呢
『叄』 外源基因表達的檢測是什麼
檢測外源基因是否轉化成功，首先對報告基因進行檢測，然後再進行目的外源基因的檢測。目的外源基因的表達可分轉錄和翻譯兩個水平，轉錄是以DNA為模板合成mRNA的過程，翻譯則是指以mRNA為模板翻譯成蛋白質。目的基因表達檢測亦可在兩個水平上進行，在轉錄水平上對mRNA進行檢測，在翻譯水平上對蛋白質進行檢測。
1.報告基因的酶法檢測
主要的報告基因，例如Gus基因、Cat基因、冠癭鹼合成酶基因、NptⅡ搭慶汪基因和熒光素酶基因皆可根據各自的功能，採用酶法檢測。
2.外源基因轉錄水平上的檢測。
Northern雜交（Northernblotting）以RNA為探針，檢測外源基因轉錄產物特異mRNA。Northern雜交也有斑點雜交和印跡雜交。斑點雜交只需將RNA樣品點樣在固相膜上直接與探針雜交，但只能鑒定外源基因是否轉錄；而Northern印跡雜交則需將RNA樣品進行電泳分離，然後轉移到固相膜上，再與探針雜交，可對外源基因的轉錄狀況進行較詳細的分析。Dot-Northern雜交是將總RNA提取物經多孔過濾進樣器直接轉移到雜交膜上，其餘步驟與Northern雜交相同。Northern雜交對細胞中低豐度的mRNA檢出率較低。
3.外源基因翻譯水平上的檢測
外源基因翻譯水平上的檢測通常用Western雜交（Westernblotting）。Western雜交是將蛋白質電泳、印跡、免疫測定融為一體的知仔特異蛋白質檢測方法。轉化的外源基因正常表達時，轉基因植株細胞中含有一定量的目的蛋白。從植物細胞中提取總蛋白或目的蛋白，將蛋白質樣品溶解在含去污劑和還原劑的溶液中，經SDS聚丙烯醯胺凝膠電泳使蛋白質分離開來，將分離的各蛋白質條帶原位轉移到固相膜上，膜在高濃度的蛋白質溶液中溫育，以封閉非特異性座位。然後差岩加入特異性抗體（一抗），印跡上的目的蛋白與一抗結合後，再加入能與一抗特異性結合的二抗，二抗事先已經標記，根據二抗上標記化合物的性質檢出。由檢測結果，可知目的蛋白是否已在被檢植物細胞中表達、其濃度以及大致的分子量。
『肆』 檢驗目的基因是否成功表達用什麼方法
應用分子雜交進行檢測。
分子雜交技術：不同的dna
片段之間，dna
片段與rna
片段之間，如果彼此間的核苷酸排列順序互補也可以復性，形成新的雙螺旋結構。這種按照互補鹼基配對而使不完全互補的兩條多核苷酸相互結合的過程稱為分子雜交。檢測目的基因是否進行轉錄，即有無互補rna產生，可以使用分子雜交技術。
『伍』 檢測dna上的目的基因是否表達常用的檢測方法是
A 對目的基因的檢測和表達檢測的方法混淆，不能准確應用。目的基因的檢測常採用DNA分子雜交技術，即將含有目的基因的DNA片段用放射性同位素作標記，以此作為探針，使探針與基因組DNA雜交，若出現雜交帶，則表明目的基因已插入到染色體中。DNA—RNA分子雜交與抗原——抗體雜交法是目的基因的表達檢測。目的基因是否轉錄出了相應的信使RNA分子，用DNA—RNA分子雜交法檢測。細胞內是否合成了由目的基因控制的蛋白質，使用抗原——抗體雜交法檢測。要准確區分目的基因的檢測和表達檢測使用的方法。顯微注射技術是目的基因導入受體細胞的方法。
『陸』 如何檢測基因表達水平
1 western bloting
a.將編碼目標蛋白基因通過載體進行體外重組，然後導入宿主細胞表達
b.將目標蛋白注入兔子或其他動物體內獲得一抗
c.將樣品蛋白進行聚丙烯醯胺凝膠電泳、轉移、吸附固定
d.用一抗與之雜交再用二抗檢測其是否表達
2 fluorescent real-time PCR
a.提取樣品總RNA，再通過超速離心獲得mRNA
b.用逆轉錄酶獲得cDNA
c.加入特異性探針
d.利用專門的儀器檢測熒光強度即可
3半定量 PCR
a.提取樣品總RNA，再通過超速離心獲得mRNA
b.用逆轉錄酶獲得cDNA
c.做半定量PCR
4cDNA microarray
5蛋白質 晶元
實質就是高通量的分子雜交，免疫酶連反應再運用計算機處理
『柒』 檢測受體細胞中的目的基因是否表達的方法是什麼
首先要確認目的基因已經傳入受體細胞。然後再檢測其表達情況，一般有兩種方法：一個是通過特定性狀來判斷目的基因是否表達，比如導入的目的基因是編碼某種酶的，那麼最簡便有效的方法就是經過表達後檢測有沒有相應酶的活力，同時跑蛋白膠，看有沒有預期的目的條帶，因為對於酶來說，有時候目的基因雖然表達了，但是酶沒有活力，這時就不是表達的問題了。另外一個就是利用抗原-抗體特異性結合原理，檢測目的基因是否翻譯成蛋白。