(1)生物學檢測法:又稱生物活性檢測,是根據細胞因子特定的生物活性而設計的檢測法。生物活性檢測法又可分為: 1、細胞增殖法; 2、靶細胞殺傷法; 3、細胞因子誘導的產物分析法; 4、細胞病變抑製法。
(2)免疫學檢測法:細胞因子均為蛋白或多肽,具有較強的抗原性,可利用抗原抗體特異性反應的特性,用免疫學技術定量檢測細胞因子,常用的方法包括ELlSA、RlA及免疫印跡法
(3)分子生物學方法:目前公認的細胞因子的基因均已克隆化,較容易地得到某一細胞因子cDNA探針或根據已知的核苷酸序列人工合成寡聚核苷酸探針。常使用斑點雜交、Northernblot、逆轉錄PCR,細胞或組織原位雜交等。具有靈敏、快速等優點,甚至從l~10個細胞中就可檢出其中的特異mRNA
『貳』 細胞內DNA、RNA、蛋白質常用的分子生物學檢測方法shi
細胞內DNA用甲基綠檢測,而rna用吡羅紅檢測,蛋白質則用雙縮脲試劑檢測。
『叄』 細菌的分子生物學鑒定要怎麼做
是的,要做PCR。
首先你要提出細菌的DNA。
方法如下:
1、液體培養及保種:從斜面上挑取菌苔於液體培養基中放搖床上震盪(轉速160r/min)培養16小時。吸取菌液於1.5ml的經過滅菌的EP管中,再加甘油(30-40%)進行保種。(-80攝氏度保藏2年)
2、提取DNA(CTAB法):
(1)取1.5ml菌液於1. 5ml離心管中,12000r/min離心2min,棄上清。
(2)向沉澱物中加入350ul雙蒸水,重新懸浮沉澱。
(3)加入20ul10%SDS和3ul的蛋白酶K(20mg/ml),溶菌酶3ul,混勻,於50℃溫育1h。
(4)加入50ul 5mol/L NaCl溶液,充分混勻,再加入50ul CTAB/NaCl溶液,混合後再65℃溫育30min。
(6)冷卻後加入等體積的酚(沉澱蛋白質):氯仿:異戊醇(增強酚的作用)(25:24:1),小心上下顛倒混勻,12000r/min離心5min,將上清液轉移到新的EP管,重復此步驟2-3次,直至分層界面無白色沉澱。
(7)加入等體積的氯仿:異戊醇(24:1),小心顛倒混勻,12000r/min離心5min將上清液轉移到新的EP管。(純化作用)
(8)加入0.6倍體積的異丙醇,輕輕混合直到DNA沉澱下來,12000r/min離心15min棄上清。
(9)向離心管中加入75%乙醇,12000r/min離心5min洗滌DNA沉澱,小心棄上清,重復洗滌1次,棄上清將離心管倒置於吸水紙上,晾乾。
(10)加入50ul(雙蒸水)/ TE Buffer溶解DNA於4℃保存。
(11)電泳檢測
6、PCR擴增:(細菌的通用引物為27F和1492R)將提取得到的DNA進行PCR擴增,電泳檢測擴增得到的16S rDNA(如果菌類分明,條帶清晰,PCR原液可直接送去測序,雙向測通,得到測序序列後到NCBI的BLAST頁面比對,得出鑒定結果)
7、酶切帶型分型確定操作單元:將擴增產物用HhaI和HaeIII兩種限制性內切酶進行酶切,電泳檢測酶切產物,酶切帶型相同的分為一個操作單元。
8、連接轉化:從每一個操作單元中選取一株菌的16S rDNA進行連接實驗。將連接產物轉入感受態細胞中,將感受態細胞塗布於含有Amp的平板上,倒置培養12-16h。
9、克隆子挑選及PCR鑒定:從上一步的平板上挑取單菌落於含有Amp的液體培養基中震盪培養12h,以培養液為模板直接進行PCR擴增鑒定(1000-2000bp)。將含有目的片段的克隆子菌液低溫保存。
10、測序:將含有目的片段的克隆子菌液送去測序。
11、序列拼接:運用DNAMAN軟體對測序得到的序列進行拼接。
12、建樹:對拼接得到的序列用Blast進行比對,最後將比對得到的所有序列運用MEGA6建立系統發育樹。
『肆』 sne是什麼分子生物學檢測方法
分子生物學(molecular biology ):從分子水平上研究生命現象物質基礎的學科。研究細胞成分的物理、化學的性質和變化以及這些性質和變化與生命現象的關系,如遺傳信息的傳遞,基因的結構、復制、轉錄、翻譯、表達調控和表達產物的生理功能,以及細胞信號的轉導等。
分子生物學中最基本的技術是蛋白質的表達和純化。首先是編碼目的蛋白的DNA序列被克隆(用PCR技術和限制性內切酶)到作為表達載體的質粒中。隨後構建好的質粒被引入到宿主細胞。編碼序列在質粒上的特殊的啟動子元件的驅動下,被宿主細胞的表達系統所表達。質粒上通常還帶有抗生素抗性標簽以便於質粒篩選。
質粒可以被插入到細菌或動物細胞。外源DNA被引入細菌被稱為轉化,可以通過電穿孔法、微注射法、正吸收和融合來實現;外源DNA被引入真核細胞,如動物細胞,被稱為轉染,轉染技術包括磷酸鈣法、脂質體法和一些有專利權的商用轉染試劑。DNA也可以以病毒或病原菌為載體被帶入宿主細胞;應用這種病毒或病菌的轉染技術於細胞時,用術語來說就是「對細胞進行轉導(transce)」。
多聚酶鏈式反應(PCR)是一項用於體外復制DNA的極為通用的技術。簡而言之,PCR技術可以使單鏈DNA被復制數百萬次,也允許用事先確定好的方式對被復制的DNA序列進行改動。例如,PCR技術可以用於引入限制性酶切位點,或者對特定的DNA鹼基進行突變(改變)。PCR技術還可以用於從cDNA文庫獲得特定的DNA片斷,或者從另一個角度,用於判斷一個cDNA文庫中是否含有特定的DNA片斷。
凝膠電泳是分子生物學最主要的一項技術。其基本原理是:DNA、RNA和蛋白質可以用電場來進行分離。在瓊脂糖凝膠電泳中,DNA和RNA可以被瓊脂糖凝膠按其分子大小進行分離。同樣,蛋白質可以被SDS-聚丙烯醯胺凝膠電泳(SDS-PAGE)按分子量大小分離;此外,蛋白質還可以由於所帶電荷的不同被等電聚焦電泳分離。
『伍』 肺結核診斷里分子生物學檢查包括哪些
肺結核生物學檢查包括哪些
對於肺結核疾病可以採用的檢查的手段就有直接的鏡檢法還有分離培養法以及是分子生物學檢測,另外一個就是葯物敏感試驗等之類的。下面就來做一下具體的介紹。
1.管鏡檢查:
這一種檢查的方法的話比較常用的就是利用支氣管鏡來通過了直視後再觀察了病變的部位的狀態;在通過了直視了之後就可以觀察到了病變的情況,還有的及時通過了這一措施再對可疑的病變的部位來進行活檢還有刷檢;然後就是要觀察一下在支氣管鏡的介導下,一些可疑的病變的區域中,再配合了支氣管肺泡的灌洗術。
2.鏡檢查:
對於這種檢查的手段的話,一般是具有了普通的胸腔鏡還有電視胸腔鏡的區別的,而這兩個的檢查的運用主要是在於用來檢查患者的部位的,主要檢查的是患者的胸膜中的腔內的胸膜還有的就是一種肺表面中可能會出現的病變的具體的情況的,一般是應用在了穿刺,並且是獲到了組織,用來作病理的診斷,另外,這也四屬於了是患者的病情的一種跟蹤,是肺結核的診斷中的比較有效的手段中的其中一種。
3.
縱隔了鏡檢查:
這種縱隔了鏡檢查的方法是一種相對於其他的方法是更加的安全的一種,也是相對來說是比較的可靠的一種比較常見的檢查的手段的,尤其是針對於一些診斷的時候出現了困難的一些肺結核以及是合並了縱隔淋巴結腫大的患者來說很好的一種診斷的方法。
在現在的醫學中是具有很多的方法都是可以有效的對患者的病情來進行檢查的,但是究竟是需要怎樣來選擇一個適合了患者的一種比較有效的治療的檢查的方法的話,還是需要根據患者的具體的病情之後再來做出具有針對性的選擇的,建議還是在一些比較正規的醫院中來進行治療,並且進行檢查的話會更加的安全、可靠。
『陸』 分子生物學實驗方法
實驗1總DNA提取
生物總DNA的提取是分子生物學實驗的一個重要內容。由於不同的生物材料細胞壁的結構和組成不同,而細胞壁結構的破壞是提取總DNA的關鍵步驟。同時細胞內的物質也根據生物種類的不同而有差異,因此不同生物採用的提取方法也不同,一般要根據具體的情況來設計實驗方法。本實驗介紹採用CTAB法提取植物總DNA的技術。
[實驗目的]
學習和掌握學習CTAB法提取植物總DNA的基本原理和實驗技術。學習和掌握紫外光吸收法鑒定DNA的純度和濃度。
[實驗原理]
植物葉片經液氮研磨,可使細胞壁破裂,加入去污劑(如CTAB),可使核蛋白體解析,然後使蛋白和多糖雜質沉澱,DNA進入水相,再用酚、氯仿抽提純化。本實驗採用CTAB法,其主要作用是破膜。CTAB是一種非離子去污劑,能溶解膜蛋白與脂肪,也可解聚核蛋白。植物材料在CTAB的處理下,結合65℃水浴使細胞裂解、蛋白質變性、DNA被釋放出來。CTAB與核酸形成復合物,此復合物在高鹽(>0.7mM)濃度下可溶,並穩定存在,但在低鹽濃度(0.1-0.5mMNaCl)下CTAB-核酸復合物就因溶解度降低而沉澱,而大部分的蛋白質及多糖等仍溶解於溶液中。經過氯仿/異戊醇(24:1)抽提去除蛋白質、多糖、色素等來純化DNA,最後經異丙醇或乙醇等沉澱劑將DNA沉澱分離出來。
由於核酸、蛋白質、多糖在特定的紫外波長都有特徵吸收。核酸及其衍生物的紫外吸收高峰在260nm。純的DNA樣品A260/280≈1.8,純的RNA樣品A260/280≈2.0,並且1μg/mlDNA溶液A260=0.020。
[實驗器材]
1、高壓滅菌鍋2、冰箱3、恆溫水浴鍋4、高速冷凍離心機5、紫外分光光度計6、剪刀7、陶瓷研缽和杵子8、磨口錐形瓶(50ml)9、滴管10、細玻棒11、小燒杯(50ml)12、離心管(50ml)13、植物材料
[實驗試劑]
1、3×CTABbuffer(pH8.0)
100mMTris
25mMEDTA
1.5MNaCl
3%CTAB
2%β-巰基乙醇
2、TE緩沖液(pH8.0)
10mmol/LTris·HCl
1mmol/LEDTA
3、氯仿-異戊醇混合液(24:1,V/V)
4、95%乙醇
5、液氮
[實驗步驟]
1、稱取2g新鮮的植物葉片,用蒸餾水沖洗葉面,濾紙吸干水分。
2、將葉片剪成1cm長,置預冷的研缽中,倒入液氮,盡快研磨成粉末。
3、待液氮蒸發完後,加入15mL預熱(60℃)的CTAB提取緩沖液,轉入一磨口錐形瓶中,
置於65℃水浴保溫0.5h,不時地輕輕搖動混勻。
4、加等體積的氯仿/異戊醇,蓋上瓶塞,溫和搖動,使成乳狀液。
5、將錐形瓶中的液體倒入50ml離心管中,在4℃下8000rpm離心10min。
6、離心管中出現3層,用滴管小心地將上層清液吸入另一干凈的離心管中,棄去中間層的細胞碎片和變性蛋白以及下層的氯仿。(根據需要,上清液可用氯仿/異戊醇反復提取多次。)
7、收集上層清液,並將其倒入小燒杯。沿燒杯壁慢慢加入2倍體積預冷的95%乙醇。邊加邊用細玻棒沿同一方向攪動,可看到纖維狀的沉澱(主要為DNA)迅速纏繞在玻棒上。
8、小心取下這些纖維狀沉澱,加1~2mL70%乙醇沖洗沉澱,輕搖幾分鍾,除去乙醇,即為DNA粗製品。
9、將粗製品溶於TE緩沖液。
10、在分光光度計上測定該溶液在260nm/280nm紫外光波長下的光密度值。
[注意事項]
1、液氮研磨時,小心操作,以免凍傷。
2、所有操作均需溫和,避免劇烈震盪。
[思考題]
CTAB、EDTA、巰基乙醇的作用分別是什麼?
液氮研磨的原理是什麼?
實驗二質粒DNA的提取
質粒DNA是分子生物學實驗中廣泛應用的載體分子。質粒是細菌獨立於染色體外的遺傳物質,是環狀的`雙鏈DNA分子。由於質粒比較小,並且能進行獨立的自我復制,常常被改造為克隆和表達的載體分子。
[實驗目的]
通過本實驗掌握鹼裂解法提取質粒的基本原理,掌握鹼裂解小量提取質粒的實驗技術。
[實驗原理]
鹼裂解法提取質粒是根據共價閉合環狀質粒DNA與線性染色體DNA在拓撲學上的差異來分離它們。在pH值介於12.0~12.5這個狹窄的范圍內,線性的DNA雙螺旋結構解開而被變性,盡管在這樣的條件下,共價閉合環狀質粒DNA的氫鍵會被斷裂,但兩條互補鏈彼此相互盤繞,仍會緊密地結合在一起。當加入pH4.8的乙酸鉀高鹽緩沖液恢復pH至中性時,共價閉合環狀的質粒DNA的兩條互補鏈仍保持在一起,因此復性迅速而准確,而線性的染色體DNA的兩條互補鏈彼此已完全分開,復性就不會那麼迅速
而准確,它們纏繞形成網狀結構,通過離心,染色體DNA與不穩定的大分子RNA,蛋白質-SDS復合物等一起沉澱下來而被除去。
[實驗器材]
1、恆溫培養箱
2、恆溫搖床
3、台式離心機
4、高壓滅菌鍋
5、Tip頭、Eppendorg管
6、含有目的質粒的E.coli菌株
[實驗試劑]
1、溶液I
50mmol/L葡萄糖
5mmol/L三羥甲基氨基甲烷(Tris)Tris·HCl
10mmol/L乙二胺四乙酸(EDTA)(pH8.0)
2、溶液II
0.4mol/LNaOH,2%SDS,用前等體積混合
3、溶液III
5mol/L乙酸鉀60mL
冰乙酸11.5mL
水28.5mL
4、TE緩沖液
10mmol/LTris·HCl
1mmol/LEDTA(pH8.0)
5、70%乙醇(放-20℃冰箱中,用後即放回)
6、EcoRI及其緩沖液
7、HindIII及其緩沖液
[實驗步驟]
1、將含有目的質粒的E.coli菌株接種於LB液體培養基中,37℃振盪培養過夜。
2、取1ml培養物倒入Eppendorf管中,12000r/min離心30sec。
3、吸去培養液,使細胞沉澱盡可能乾燥。
4、將細菌沉澱懸浮於100μL冰預冷的溶液I中,劇烈振盪。
5、加200μL溶液II(新鮮配製),蓋緊管皿,快速顛倒5次,混勻內容物,將Eppendorf管放在冰上。
6、加入150μL溶液III(冰上預冷),蓋緊管口,顛倒數次使混勻,冰上放置5min。7、12000r/min,離心5min,將上清液轉至另一Eppendorf管中。
8、向上清液加入等體積的飽和酚,混勻。
9、12000r/min,離心5min,將上清液轉至另一Eppendorf管中。
10、向上清液加入2倍體積乙醇,混勻後,室溫放置5~10min。12000r/min離心5min。倒去上清液,把Eppendorf管倒扣在吸水紙上,吸干液體。
11、1ml70%乙醇洗滌質粒DNA沉澱,振盪並離心,倒去上清液,真空抽干或空氣中乾燥。12、20μLTE緩沖液,使DNA完全溶解,-20℃保存。
[注意事項]
操作時,避免劇烈震盪。
[思考題]
1、實驗操作中,飽和酚的作用是什麼?
2、SDS和NaOH的作用是什麼?
[參考文獻]
《精編分子生物學實驗指南》(第四版)
[美]FM奧斯伯,RE金斯頓等主編科學出版社2005
實驗三總RNA提取
【目的和要求】
1.掌握樣品中總RNA的提取的原理和方法。
2.熟悉RNA純度及濃度檢測方法。
3.了解RNA提取過程中的注意事項。
【實驗原理】
RNA是基因表達的中間產物,存在於細胞質與核中。對RNA進行操作在分子生物學中佔有重要地位。獲得高純度和完整的RNA是很多分子生物學實驗所必需的,如Northern雜交、cDNA合成及體外翻譯等實驗的成敗,在很大程度上取決於RNA的質量。由於細胞內的大部分RNA是以核蛋白復合體的形式存在,所以在提取RNA時要利用高濃度的蛋白質變性劑,迅速破壞細胞結構,使核蛋白與RNA分離,釋放出RNA。再通過酚、氯仿等有機溶劑處理、離心,使RNA與其他細胞組分分離,得到純化的總RNA。在提取的過程中要抑制內源和外源的RNase活性,保護RNA分子不被降解。因此提取必須在無RNase的環境中進行。可使用RNase抑制劑,如DEPC是RNase的強抑制劑,常用來抑制外源RNase活性。提取緩沖液中一般含SDS、酚、氯仿、胍鹽等蛋白質變性劑,也能抑制RNase活性,並有助於除去非核酸成分。
【教學內容】
1.總RNA提取的基本原理和常用方法介紹
2.進行動物組織或血液樣品總RNA提取。
3.對提取的RNA的進行純度和濃度檢測。
【實驗器材和試劑】
超凈工作台、高速冷凍離心機、電泳儀、紫外分光光度計、凝膠成像系統、振盪器、移液器、吸頭、Ep管、玻璃勻漿器、試管。
玻璃器皿洗凈後置180℃烘烤8h;不耐高溫的器皿(如塑料製品)應用0.1%DEPC浸泡2h,70~80℃烘烤乾燥,120℃高壓20min,再70~80℃烘烤乾燥方可使用。
細胞裂解液:異硫氰酸胍4mol/L;檸檬酸鈉(pH7.0)25mmol/L;十二烷基肌氨酸鈉0.5%;β-巰基乙醇0.1mol/L(稱取檸檬酸鈉0.64g,十二烷基肌氨酸鈉0.415g,吸取β-巰基乙醇0.7ml,用無Rnase的蒸餾水溶解,定容至50ml。然後取以上配製的溶液(CBS液)33ml,異硫氰酸胍25g,混合,完全溶解後4℃保存備用)
TRIzolRNA抽提試劑、2mol醋酸鈉、0.1%DEPC、平衡酚:氯仿:異戊醇(25:24:1)、氯仿、無水乙醇、異丙醇、75%乙醇(用RNase-free水配製)、RNase-free的水。
【實驗方法】
(一)異硫氰酸胍法(PLT)
1.取新鮮動物組織0.1~0.2g置於組織勻漿器中,加入預冷的細胞裂解液1ml,在冰浴
中迅速勻漿15~30s,以充分研碎組織。然後將細胞懸浮液吸入另一試管中。
2.加入2mol醋酸鈉(pH4.0)120μl,充分混勻。
3.加入1.2ml酚:氯仿:異戊醇,充分混勻搖振10s,冰浴15min。
4.將混合物轉移至1.5mlEp管中,4℃,離心10000r/min,20min.
5.移取上層水相至另一Ep管中,加入等體積的異丙醇,靜置-20℃,30min沉澱RNA.
6.4℃,離心12000r/min,15min.
7.棄上清液,加入70%乙醇400μl,洗滌RNA沉澱物;如果RNA沉澱物被懸浮,則4℃離心10000r/min,10min。
8.棄上清液,自然乾燥,但應避免沉澱完全乾燥,否則RNA難以溶解。
9.加入100μl無RNase水重懸RNA,或加1ml無水乙醇和1/10體積3mol醋酸鈉(pH4.0),-70℃保存。
(二)TrizolReagent/總RNA提取試劑
TRIzol是從細胞和組織中提取總RNA的即用型試劑,在樣品裂解或勻漿過程中,TRIzol能保持RNA完整性。加入氯仿後,溶液分為水相和有機相,RNA在水相中。取出水相,用異丙醇可沉澱回收RNA。下面介紹由上海美季生物技術有限公司總RNA提取試劑推薦的操作步驟:
1.勻漿處理(Homogenization)
(1)組織中提取總RNA
①植物組織:植物葉片直接放入研缽中,加入少量液氮,迅速研磨成粉末,每50-100mg植物葉片加入1mlTRIzol。
②動物組織:按10-30mg組織加入1mlTRIzol,用電動勻漿器或者一次性研磨杵充分勻漿。
(2)培養細胞中提取總RNA
①貼壁細胞:無須胰酶消化,可直接用TRIzol進行裂解,每10平方厘米培養面積加1mlTRIzol。
②懸浮細胞:可直接離心收集、裂解,每1mlTRIzol可裂解5×106動物或酵母細胞,或107細菌細胞。
(3)血液中提取總RNA
直接取新鮮的血液,加入3倍體積紅細胞裂解液,混勻後室溫放置10分鍾,10,000rpm離心1分鍾。徹底吸棄上清,收集白細胞沉澱。每100-200μl血液收集的白細胞沉澱加入1mlTRIzol。
2.分層(PhaseSeparation)
(1)樣品加入TRIzol後,室溫放置5min,使樣品充分裂解。
註:如不進行下一步操作,樣品可放入-70℃長期保存。
『柒』 常用檢測RNA的分子生物學技術有哪些
PCR技術。
分子生物學技術有PCR、分子克隆、核酸電泳、瓊脂糖凝膠電泳測序、DNA,RNA提取、轉化外源DNA、體外轉錄、逆轉錄、cDNA文庫構建、原位雜交等。