① 如何鑒定上呼吸道菌群，需要詳細一點的。
由於上呼吸道是多種菌群常居的場所，如何快速、准確鑒定是一項比較困難的工作，需要藉助一套系統的檢測方法。標本直接塗片、染色、鏡檢可初步了解上呼吸道標本優勢菌群的種類，具有廉價、操作簡便、實驗要求低等優點，但敏感性、特異性較低，可為下一步檢測提供參考依據；細菌培養是鑒定細菌的金標准，具有特異性強的優點，但營養要求高、耗時長；生化反應是鑒定細菌種群、型別的重要依據，不同生化反應按一定規律編排、編碼，可快速有效地將細菌鑒定到種及亞種；血清學反應是利用抗原抗體反應原理鑒定細菌型別的方法，具有靈敏性高、特異性強的優點，且耗時短，實驗要求不高，一些重要致病菌通常需要藉助血清學鑒定，如沙門氏菌、志賀氏菌等。分子生物學是近年來鑒定細菌的新方法，可檢測微量病原體，較常規方法具有更高的靈敏性、特異性。
② 感染性疾病病原檢查方法有哪些
感染（infection）是病原體（pathogen）和人體在一定條件下相互作用的病理過程，感染的病原體包括各種細菌、病毒、寄生蟲、真菌、支原體、衣原體、螺旋體等。病原體的來源可分為外源性和內源性感染兩種類型。外源性感染是由於外界的病原體侵入人體，如志賀菌、結核分枝桿菌、人免疫缺陷病毒（HIV）等引起的感染。內源性感染是人體內經常寄生的微生物，如大腸埃希菌、腸球菌、某些真菌等在一定條件下引起的感染。感染後是否引起感染性疾病（infection diseases）與病原體的數量、毒力和人體的抵抗力有關，並決定感染的發生、發展和結局。病原體感染後機體可以出現不感染、隱性感染（covert infection）、顯性感染（overt infection）、持續性感染（persistent infection）或病原體攜帶狀態（carrier state）幾種類型。感染性疾病是由於感染的病原體毒力強、數量多，超過了機體的抵禦能力，定植在機體一定部位增殖、擴散或蔓延、釋放毒素，引起機體免疫病理反應，導致組織、器官等損傷，生理功能紊亂，並出現一系列的臨床症狀和體征。感染性疾病的檢查主要包括病原體的檢查、感染的血清學試驗等，並由此確定感染性疾病的發生和性質；通過病原體的葯物敏感試驗、耐葯株監測和醫院感染的監測報告，為臨床感染性疾病的最佳治療葯物選擇，採取最有效的預防措施，防止感染的傳播或流行提供及時、有效的實驗數據。
隨著現代社會與臨床醫學的發展，目前感染性疾病的流行病學特點發生了明顯變化，主要體現在以下幾個方面：①由強毒性病原體引起感染的疾病，如鼠疫、白喉、傷寒、天花、小兒麻痹逐漸減少或絕跡，而條件致病的病原體引起的感染、醫院感染逐漸增多。②由新的病原體、原有的病原體變異引起的新感染性疾病，如艾滋病（AIDS）、瘋牛病、O157出血性腸炎、嚴重急性呼吸綜合征（severe acute respiratory syndrome, SARS）等陸續出現。③以前的感染性疾病，如淋病、梅毒、結核病等又重新流行。④多重耐葯株，如耐萬古黴素的腸球菌（VRE）、耐苯唑西林的葡萄球菌（MRS）、耐異煙肼的結核桿菌等，導致抗感染治療無效或低效。因此，臨床感染性疾病的檢查應密切結合上述新的變化趨勢進行。
細菌感染所致的感染性疾病占首位；病毒性感染在人群中的發生率最高，但不一定致病；真菌感染的發病率近年來顯著上升；寄生蟲，如隱孢子蟲、卡氏肺孢子蟲、滴蟲等感染開始受到普遍關注。病原體的檢查是臨床確診感染性疾病的主要手段，根據需要鑒定到一定水平即可。例如，作為臨床病原學診斷，細菌感染只需鑒定到種，必要時才進一步鑒定；若進行流行病學調查，細菌鑒定應達到血清型或基因型。臨床病原體檢查必須通過採集標本，經過各種試驗後才能明確診斷。標本採集質量的好壞直接影響診斷結果，早期採集、無菌採集、適當與適量採集是確保查明病原體的前提。臨床病原體檢查的方法有多種，包括塗片檢查、分離培養、血清學鑒定和分子生物學診斷（molecular biological diagnosis）等，可根據臨床需要和標本類型進行選擇。臨床標本分離培養的陽性結果最具確診意義，但陰性結果並不能完全除外病原體感染的可能。病原體抗原成分檢測可早期、快速診斷感染性疾病，陽性結果表明感染病原體的存在。分子生物學診斷為病原體感染的早期、快速、敏感、特異診斷成為可能，但應排除假陽性或假陰性結果。
③ mNGS檢測呼吸道病原體
文獻信息：
文獻：Metagenomic Sequencing Detects Respiratory Pathogens in Hematopoietic Cellular Transplant Patients
中文：宏基因組測序檢測造血細胞移植患者的呼吸道病原體
雜志：American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. IF:13.204
時間：2017年7月
單位：加利福尼亞大學
摘要：
下呼吸道感染是造血細胞移植(HCT)接受者住院和死亡的主要原因。盡管如此，由於傳統診斷法在預防性抗菌劑的設置中產量降低，抗體滴度降低，以及來自罕見機會微生物的感染，病因往往無法確定。mNGS可能提供更強的診斷，通過進行無需培養臨床樣本的微生物組成的綜合檢測。通過捕捉微生物和人類RNA, mNGS還允許同時通過轉錄組分析宿主免疫反應, 可以提供快速(< 48 h)和可行的微生物學的數據精確傳染病診斷。
1 樣本、常規臨檢：
由於HCT受者明顯需要加強LRTI診斷，我們根據密歇根大學HUM00043287協議，先後納入了22名因急性呼吸系統疾病住院的成人HCT受者，他們在2012年1月25日至2013年5月20日期間接受了支氣管鏡檢查和BAL檢查。對所有患者進行標准護理 BAL微生物學檢測 ，包括 細菌、分枝桿菌、真菌和巨細胞病毒的半定量培養;麴黴半乳甘露聚糖檢測;jirovecii肺孢子蟲銀染色;流感A/B、呼吸道合胞病毒和人偏肺病毒;和人皰疹病毒-6聚合酶鏈反應 ，具體方法見在線補充(4)。對血液和鼻咽部樣本的補充診斷由治療醫師自行決定，具體見表1和在線補充(4)。
2 建庫、測序、分析：
用250 μl BAL構建RNA和DNA測序文庫，並根據已建立的方法進行雙端Illumina測序。病原體檢測利用定製的生物信息學管道來區分臨床樣本中的病原體和背景微生物污染物（參考2，3）。使用由每百萬讀序列(rpM)排列的核苷酸reads乘以每個屬相對於無模板對照的nt和nr Z-scores之和所組成的排序分數[score = rpMnt×(Znt + Znr)]。
參考2： Actionable diagnosis of neuroleptospirosis by next-generation sequencing. N Engl J Med 2014
參考3： Illuminating uveitis: metagenomic deep sequencing identifies common and rare pathogens. Genome Med 2016
方法：sequence-based ultra-rapid pathogen identification (SURPI)
3 評估標准
微生物鑒定被歸類為病原體確認，如果：1)臨床試驗和mNGS發現了微生物, 2) 存在致病性在肺部的文獻證據, 和3) 得分至少兩倍比其他相同類型的微生物(病毒、細菌或真菌)中確定病人。如果mNGS單獨識別了微生物，且符合標准2和3，則認為微生物是新的潛在病原體;所有其他微生物都被認為是不太可能或不確定的病原體。結果分別由病毒PCR或細菌16S rRNA基因測序獨立證實，如(參考4)所述。
4 結論：
總而言之，我們利用元基因組測序的持續改進來擴大LRTI診斷急性呼吸系統疾病HCT受者的能力。我們證明，與目前的微生物診斷相比，mNGS具有更大的檢測微生物的能力，並且能夠將病原體檢測與宿主反應和氣道微生物組同步分析相結合。
參考：
臨床上那些潛藏的病原體，可以用宏基因組測序「揪出」嗎？
④ 傳染病監測的技術方法都有哪些
一、病原學檢查
1、病原體的直接檢出：許多傳染病可通過顯微鏡或肉眼檢出病原體而明確診斷，如從血液或骨髓塗片中檢出瘧原蟲、利什曼原蟲、微絲蚴、回歸熱螺旋體等；從大便塗片中檢出各種寄生蟲卵及阿米巴原蟲等；從腦脊液離心沉澱的墨汁塗片中檢出新型隱球菌等；肉眼觀察糞便中的絛蟲節片和從糞便孵出的血吸蟲毛蚴等。
2、病原體分離：細菌、螺旋體和真菌可用人工培養基分離培養，如傷寒桿菌、志賀桿菌、霍亂弧菌、鉤端螺旋體和新型隱球菌等。立克次體需經動物接種或細胞培養才能分離出來，如斑疹傷寒、恙蟲病等。病毒分離一般需細胞培養，如登革熱、脊髓灰質炎等。用以分離病原體的檢材可採用血液、尿、便、腦脊液、痰、脊髓和皮疹吸出液。
3、特異性抗原檢測：可較快地提供病原體存在的證據，其診斷意義較抗體檢測更為可靠。常用方法有凝集試驗、酶聯免疫吸附試驗（ELISA）、酶免疫測定（EIA）、熒光抗體技術（FAT）、放射免疫測定（RIA ）、流式細胞檢測（FCM）等，必要時可作核酸定量檢測、基因晶元技術檢查。
4、特異性核酸檢測：可用分子生物學檢測方法，如放射性核素或生物素標記的探針作DNA印跡法或RNA印跡法，或用聚合酶鏈反應（PCR）或反轉錄PCR（RT-PCR）檢測病原體的核酸。必要時還可作原位聚合酶鏈反應（PCR）。
二、特異性抗體檢測
在傳染病的早期，特異性抗體在血清中往往尚未出現或滴度很低，而在恢復期或後期抗體滴度有顯著升高，故在急性期及恢復期雙份血清檢測其抗體由陰性轉為陽性或滴度升高4倍以上有重要診斷意義。特異性IGM抗體的檢出有助於現存或近期感染的診斷。蛋白印跡法（WB）（又稱免疫印跡法）的特異性和靈敏度都很高。常用於艾滋病的確定性診斷。
⑤ 呼吸道病原體五聯檢測不能醫保
可以報醫保。呼吸道病原體五聯檢測，包括有肺炎衣原體、肺炎支原體、呼吸道合胞病毒、腺病毒以及柯薩奇病毒，主要是針對於五種不同的導致呼吸道感染的病原體的檢測。