孔子在長期教學實踐中摸索出一套極有價值的教學方法，至今仍有一定的借鑒作用，這是他在人類教育史上做出的又一重大貢獻，其數學方法有六方面：一、因材施教。孔子對學生的教誨不是盲目的，而是從學生的實際情況出發，針對智力的高下不同，採取「因材施教」的方法。孔子注意到人的才智高下有別是個客觀存在，他說：「中等水平以上的人，可以告訴他高深學問；中等水平以下的人，不可以告訴他高深學問。」（《雍也》）根據這條原則，他具體地分析了每個學生的性格、才能、志趣和特點，從而進行有針對性的教育。例如他說：「高柴愚笨，曾參遲鈍，顓孫師偏激，仲由魯莽。」又說：「顓孫師做事有些過分，而子夏則有些做不到數。」（《先進》）據《論語·先進》載，弟子冉求做事好退縮，膽子小，孔子就教他凡事要抓緊，一聽說就應馬上去做。仲由膽大，敢作敢為，孔子怕他冒失而惹禍，就教他凡事先退一步，等請示父兄以後再去做。孔子就是用這種揚長避短的方法來對學生們因材施教的，指導他們發揚優點，克服缺點，避免片面性，做到全面發展。二、學思結合。孔子十分重視「學」，他要求弟子「博學於文」，「敏而好學」。為了求得學問，即「道」，可以「食無求飽，居無求安」（《學而》）。他自己為了「學」，也是「發憤忘食，樂而忘憂，不知老之將至」（《述而》）。孔子認為，「多聞」、「多見」是學習知識的基本途徑。在《論語》一書中，「聞」知者57處，「見」知者71處。孔子處處以「聞」、「見」為最可信賴的知識源泉。他要求學生「多聞擇其善者而從之，多見而識之」（《述而》）。只有這樣，才能學到全面的知識。
孔子論「學」又不完全停留在「聞」知和「見」知上，而是要做到「學」與「思」相結合，要求「切問而近思」（《子張》）。就是說，孔子特別提倡獨立思考，懇切地發問，多考慮當前的問題，追根求源。他說：「遇事不斟酌思考，不講『怎麼辦，怎麼辦』的人，我對這種人就無能為力了。」（《衛靈公》）他批評那種「飽食終日，無所用心」的思想懶漢。但是他又反對那種不認真刻苦學習，只是整天苦思空想的人。認為脫離了「學」的「思」，只會把人引導到瞎猜的歧途上，是不會有什麼好處的。他曾說：「吾嘗終日不食，終夜不寢，以思，無益，不如學也。」（《衛靈公》）不先「學」，就無從去「思」，這是符合人類認識規律的。
孔子在「學」與「思」的關繫上，提出了「學而不思則罔，思而不學則殆」（《為政》）的精闢見解，這是符合「學」與「思」之間的辯證關系的。就是說，「學」與「思」兩者不可分開，一旦分開，就會兩敗俱傷，不是「罔（受騙）」，就是「殆（疑惑）」的結果，都會空無所獲，白費氣力。當然，在這二者之間，孔子所著重強調的仍然是「學」。他甚至認為有許多好的品質的人，如果不學習，也會產生不好的後果，如說：「好仁不好學，其蔽也愚；好知不好學，其蔽也盪；好信不好學，其蔽也賊；好直不好學，其蔽也絞；好勇不好學，其蔽也亂；好剛不好學，其蔽也狂。」（《陽貨》）三、舉一反三。孔子在講學時，為了取得理想的教學效果，他往往不先說出自己的見解，而是「不憤不啟，不徘不發」（《述而》）。「憤者，心求通而未得之意。徘者，口欲言而未能之貌。啟，為開其意。發，為達其辭。」（朱熹：《論語集注》）意思是說，要讓學生獨立思考，直到他們想把問題弄明白而又考慮不通時，再去開導他；直到他們想把觀點表達出來而又表述不清時，再去啟發他說出來。這種在求學者產生強烈求知慾的心理狀態下進行教育的方法，自然會收到事半功倍的效果。他還說：「舉一隅不以三隅反，則不復也。」（《述而》）意思是說，要使學生舉一反三，觸類旁通。如果給他指明東方，他不能由此推知其餘的西、南、北三方，那就不必再勉強教下去了。這樣做，也是為了避免代替學生思考，讓他們自己學會由此及彼的推理判斷能力，從而達到「告諸往事而知來者」（《學而》）、「聞一知二」、「聞一知十」（《公冶長》）的理解水平。這種行之有效的啟發式教學方法，是孔子的首創。四、循循善誘。孔子認為一個人不僅應該知道學習的重要性，而且要善於學習和樂於學習。他說：「知之者不如好之者，好之者不如樂之者。」（《雍也》）只有培養起學習興趣，才能樹立學習的自覺性，從而產生學習的熱情，以至學而不厭。孔子善於了解並注意培養學生的學習興趣，循循善誘，通過日常生活中一些生動的事例，用形象思維的方式去誘導學生的學習志趣。《論語》中就載有孔子交互採用哲理性的比喻來教導學生的事例。例如用「歲寒然後知松柏之後凋」喻指人的節操，教導學生要有吃苦耐勞、不屈不撓的精神；用「逝者如斯夫」比喻時間一去不復返，意在勉勵學生要珍惜時間，奮發圖強。這樣的教學方式，受到了弟子們的好評。五、聯系實際。孔子是一個「家事、國事、天下事」事事關心的人，不是一個為教育而教育的人。他在教學過程中，經常聯系歷史上或當今的實際，通過對人物評價和時政評論，向學生闡發自己的政治觀點和哲學思想，明確表示自己的是非愛憎，並以此來教育和影響學生。上自堯、舜、禹、湯、文、武、周公、伯夷、叔齊，下至春秋時期的管仲、子產等各類名人，以及他自己的弟子，孔子都評論過。他特別注意評論那些對社會、對人民有大功的人，品德高尚的人。孔子對管仲、子產，以仁許之。比如說：「桓公九合諸侯，不以兵車，管仲之力也。如其仁，如其仁。」又說：「管仲相桓公，霸諸侯，一匡天下，民到於今受其賜。微管仲，吾其被發左衽矣。」（《憲問》）當他聽到「為人仁愛的人」鄭國執政子產的死訊後，淚流滿面地說：「古之遺愛也。」（《左傳》昭公二十年）伯夷、叔齊在繼承君位上互相推讓，孔子稱其「求仁而得仁」（《述而》）。對於那些不肖者，孔子便加以抨擊。如魯國的大夫臧文仲明知柳下惠是賢良之士，卻不肯任用，孔子批評他白吃官飯，不幹實事。
（見《左傳》昭公二十年）
《左傳》記載，魯國貴族季氏的家臣陽虎，又名陽貨，在魯定公六年取得「陪臣執國命」的合法地位。孔子對這一事件評論說：「天下太平，制禮作樂以及出兵都決定於天子；天下昏亂，制禮作樂以及出兵便決定於諸侯。決定於諸侯，大概傳到十代，很少還能繼續下去；決定於大夫，傳到五代，很少還能繼續下去；若是大夫的家臣把持國家政權，傳到三代，很少還能繼續下去。天下太平，國家的最高權力就不會掌握在大夫之手，天下太平，老百姓就不會議論紛紛。」（《季氏》）這段評論反映了孔子在政治上主張國家的集中統一，這在當時是有積極意義的。孔子在自己的一生中評論過很多人和事。反映了他通過實例教育學生的理論聯系實際的良好學風。六、教學相長。孔子在學術問題上，是允許學生與自己辯論的，提倡師生之間相互切磋，共同討論，以收到教學相長的效果。《論語·學而》記載子貢聽了孔子的教導後，領會了「如切如磋，如琢如磨」的道理，孔子非常高興。有一次，顏淵和子路各自說了自己的志趣，子路要孔子也說說，孔子也很和善誠懇地滿足了學生的要求，談了自己的志趣：「使老年人得以安度晚年，使朋友們相互信任，使年輕人得到關注。」（《公冶長》）他以此讓顏淵和子路與各自的志趣作比較，可說是一種正面教育的最好方法。孔子還真心誠意地歡迎學生對他提意見。子路性格直率，有時提意見不免有些魯莽，但孔子並不介意。例如，有一次魯國的季氏家臣公山弗擾派人請孔子，孔子准備去，子路很不客氣地批評說：「難道走投無路了嗎？何必要到鬧叛亂的公山弗擾那裡去呢？」孔子回答說：「那個叫我去的人，難道是白召我嗎？假若有人用我，我將使周文王、武王之道在東方復興。」（《陽貨》）嘴上雖然這么說，但他還是接受了子路的意見沒有去。又有一次，晉國范氏家臣佛肸邀請孔子，孔子也想去，子路又提出批評說：「我曾聽老師說過，君子是不到做壞事的人那裡去的。現在佛肸在中牟地方叛亂，老師卻要去，這怎麼解釋呢？」孔子只得承認：「對，我是說過這話。」接著作了一番解釋，最後說：「我不是地瓜，那能掛在那裡不出仕食祿呢？」（《陽貨》）他老實承認急於出仕食祿的心情，結果還是接受了子路的批評，打消了要去的念頭。孔子是樂於接受來自學生的批評的。對不肯提意見的學生反而要責怪。顏回是孔子的得意門生，對孔子的話句句順從，從來不提意見。孔子責怪說：「回也，非助我者也，於吾言無所不悅。」（《先進》）孔子還鼓勵學生要敢於堅持正確的東西，不要遷就謬誤，應該「當仁不讓於師」（《衛靈公》），即在仁德面前對老師也不退讓。這種討論與辯論的方法，是孔子師徒教學相長的重要手段之一。孔子常說：「後生可畏，焉知來者之不如今也。」（《子罕》）這種後來者居上的認識論正是孔子教學相長的思想基礎。七、平等民主的師生關系。孔門的師生關系，是平等民主的。孔子對學生坦率真誠，一視同仁；弟子對老師尊重敬愛，親密無間。孔子19歲那年娶了宋國的亓官氏為妻，婚後年餘生了個兒子。因當時孔子已有些名氣，所以連魯國國君魯昭公也派人送來一條鯉魚作為賀禮。孔子以昭公送鯉為莫大的光榮，便給兒子起名叫鯉，字伯魚。伯魚長大後，也與其學生一樣，在孔子所辦的私學里學習。有一次，孔子的學生陳亢悄悄問伯魚：「先生單獨給你教了些課程吧？」伯魚坦率地回答說：「沒有。我跟大家一起聽課，父親從來不單獨教我。他曾經一個人站在庭中，我恭敬地走過，他問我，學詩沒有？我說，沒有。他說，不學詩就不會說話。過後，我就用功地和大家一起學詩。過了幾天，他又一個人站在庭中，見了我又問，學禮了沒有？我說，沒有。他說，不學禮，就不能立身社會。過後，我就用功地和大家一起學禮。我從父親那裡只單獨地聽到這么多。」陳亢聽後，很受感動，自言自語說：「我問的只是一個問題，而從伯魚的回答中卻得了三方面的教益，一是明白了學詩的重要性，二是明白了學禮的重要性，三是明白了正人君子對自己的兒子也不偏私。」（見《論語·季氏》）這件事說明了孔子在處理師生關繫上，完全是平等的，連自己的兒子也不偏愛，真正做到了一視同仁。
孔子以高尚的人格和淵博的學識贏得了學生們的崇敬和愛戴。孔子在教學上與弟子雖然是師生關系，但在許多情況下，孔子總是把他們當成朋友和親人看待的。孔子有一次對顏淵說：「有用我的，將行道於世，不用我則將藏道於身，這只有我和你能夠做到啊。」（《述而》）這已不像師生間的談話，而完全是平等的朋友之間的談心了。孔子弟子中有一位叫冉伯牛的，因為生了惡疾不能起床，孔子親自去問病，將要永訣時，說：「此人喪亡，這是命呀！這樣好的人，為什麼偏會生這樣的病啊！這樣好的人，為什麼偏會生這樣的病啊！」（《雍也》）這是真摯感情的流露，是孔子平等對待學生的真實記錄。由於孔子對學生深沉真摯的愛，學生對孔子更是倍加尊敬。有人把孔子比作「太和元氣」，把他的學生比作「四時之春」，充分說明了師生之間的親密關系。僅比孔子小9歲的子路就對老師十分尊敬與佩服。盡管孔子多次批評子路好勇無謀，甚至說他「不得其死然」（《先進》），但子路卻一直願跟隨孔子學習，實際上充當了孔子的衛士的角色。孔子在其興辦的私學里，畢其一生，用了長達四五十年的不懈努力，「學而不厭，誨人不倦」，不僅培養出了一大批道德高尚、學識淵博的人才，而且在辦學方針、教學內容、教學方法、治學態度，以及師生關系諸方面都做出了創造性的建樹，並作為豐富的文化遺產傳給後世，造福於人類。
春秋後期，魯國的三桓（魯桓公三個兒子的後代），即季孫氏、叔孫氏和孟孫氏的勢力膨脹，通過「三分公室」和「四分公室」，掌握了魯國的實權。公元前562年，三桓「三分公室」，把公室的軍隊改編成三軍，由一家統轄一軍。過了25年，三家又進一步瓜分國君的權力，把三軍改為兩軍，分成四股，實行「四分公室」，由季孫氏分得兩股，並掌握魯國的大權；叔孫氏和孟孫氏各得一股。這樣，國君的主要權力就被瓜分了，經濟上也只能靠三家的進貢來維持。由來已久的公室衰微，世卿專橫，政在季氏的局面，使魯昭公不得不想方設法削弱鏟除季平子，以恢復公室的權力。
「斗雞之變」當年的曲阜城裡，有斗雞的習俗。魯昭公二十五年夏天，執政的季平子與另一貴族郈昭伯進行了一場激烈的斗雞大賽。季氏給雞穿上護甲，郈氏給雞裝上鋒利的金屬爪子。兩雞相鬥，各不相讓。時間一長，季氏的雞漸漸不支，而邱氏的雞仗著利爪，越斗越勇，將季氏的雞打得狼狽逃竄。季平子惱羞成怒，破口大罵，並仗勢強佔了郈氏的房子。郈昭伯是魯惠公的後裔，同季平子一樣，也是魯國公室貴胄，只不過權勢不及季氏。魯昭公早想除掉季平子這個權臣。得知斗雞的事情，喜出望外，便召郈昭伯密謀鏟除季孫，邱氏欣然贊同。聯系了一些季平子的政敵，經過周密的策劃後，在同年秋天出兵圍困季平子。兵至季府門前，當即捉住並殺死了季平子的弟弟季豎。季平子已有準備，閉門堅守。季平子登上觀台，遙拜魯侯請求說：「君王沒有調查下臣的罪過，就派官吏用武力討伐下臣，下臣請求待在沂水邊上讓君王調查。」昭公不許。請求囚禁在費地，也不答應。又請求帶著5輛車子逃亡池。左右勸昭公准季平子所請。昭公還是不聽，郈昭伯火上加油說：「一定要殺了季平子！」孟孫氏、叔孫氏得到兵圍季府的消息，深知除了一家，其餘二家也難保，便一齊起兵來救季氏，昭公兵少難敵，只好帶了少數親隨，出奔齊國。（見《左傳》昭公二十五年）後來又逃到晉國，過了7年流亡生活，最後死於晉國乾侯。這是歷史上有名的「斗雞之變」。
「斗雞之變」這年，孔子35歲，他耳聞目睹了這場魯國君臣之間、各當權貴族之間的激烈爭斗，感到魯國政局的混亂，做國君的不像國君，為人臣的不像人臣，完全背棄了禮的尊尊、親親之義和互敬互讓原則，傳統的貴族共政體制所要求的君臣協調關系破壞殆盡。在孔子看來，禮徒具玉帛鍾鼓的形式，甚至被僭越者所利用。按照當時的禮制規定，祭祀祖先的萬舞人數：天子用八佾（一佾為一列八人），諸侯用六佾，大夫四佾，士二佾。身為大夫的季平子在舉行祭祀祖先的活動時，竟把從公室調來的樂隊和自家的樂隊合在一起，組成八佾，演出只有天子才能享用的「八佾舞於庭」的場面（見《論語·八佾》和《左傳》昭公二十五年）。而且季孫氏、孟孫氏、叔孫氏三家在祭祀撤奠時，還唱起天子用的《雍》歌（《八佾》），聲勢十分氣派。而公室的祭祀活動，不僅規格低於三家，由於舞隊被季氏調走2/3，連萬舞也不能舉行，顯得十分冷落。以維護周禮為己任的孔子哪裡能容忍這種無法無天的僭越行為，他針對季平子八佾舞於庭的做法說：「是可忍也，孰不可忍也？」（《八佾》）又針對三家祭祀以《雍》的行為評論說：「《雍》詩里有這樣兩句話：『相辟維公，天子穆穆（諸侯助祭，天子庄嚴主祭）。』這樣的語句怎麼可以出現在三家大夫的廟堂里呢？」（《八佾》）孔子再也不忍目睹這種大夫違禮僭越的行為，決定留下妻兒，自己便和追隨他的一班弟子駕車赴齊避亂。
「苛政猛於虎」孔子這次赴齊是在魯昭公逃亡國外後不久，即公元前517年的深秋。車出城關，渡過泗水，便進入了西北郊遂，映入眼簾的是廣袤無垠的田野，孔子師徒久日壓在心頭的煩悶情緒為之一掃，秋高氣爽，心情也就寬松多了。又走了幾天，只見峰巒重疊，山勢漸高，遙望一峰，拔地聳天，弟子高興得手舞足蹈，說是可以清楚地望見泰山山脈的主峰岱嶽了。車子在山路上轔轔前行，越走山愈深，境愈幽，山限水曲的地方，林木掩映著一兩椽茅舍，炊煙裊裊，正是一個避世隱居的好去處。正當孔子師徒沉寂在遐想中，飽覽著這美景如畫的泰山風光時，忽然不遠處傳來一女子的嚶嚶哭聲，抽抽搭搭，時斷時續，打破了山林中的幽靜和諧的氣氛。孔子急忙命子路停車，自己恭敬地站起身來，扶住車前橫木，說：「快去尋找這位失聲痛苦的女子，看看能不能幫她點忙。」子路循著哭聲走去，發現在山坳一旁有一中年婦人在墓前哭祭，樣子十分悲痛。子路問道：「這位大嫂，聽你的哭聲，好像有幾層憂傷，不知為何？」婦人強抑淚水，悲切切地說：「山裡猛虎為患，以前我的公公被老虎咬死了，後來我的丈夫也被老虎咬死了，現在我的兒子又被老虎咬死了。」孔子聽說後，同情地問道：「山裡虎患這么嚴重，你為什麼不早點搬到山外去住呢？」婦人回答說：「這深山老林中沒有苛捐雜稅呀」孔子的心為之一震，如夢初醒，悲憤地對弟子們說：「你們要記住這件事，苛政猛於虎啊！」（《禮記·檀弓下》）