蛋白質序列分析的方法有哪些

⑴ 蛋白質N端和C端的測定方法是什麼基本原理是什麼

n端測序的原理
蛋白質和多肽n-端測序技術是以edman化學降解法為基礎的，edman化學降解，其基本原理是包括通過異硫氰酸苯脂與蛋白質和多肽的n-端殘基的偶聯，苯氨基硫甲醯酞（ptc-肽）環化裂解，和噻唑呤酮苯氨（atz）轉化為苯異硫尿氨基酸（pth-氨基酸）三個主要的化學步驟，每個循環從蛋白質與多肽裂解一個氨基酸殘基，同時暴露出新的游離的氨基酸進行下一個edman降解，最後通過轉移的pth-氨基酸鑒定實現蛋白質序列的測定。
蛋白質c端測序3種方法：化學法、羧肽酶法、及串聯質譜法
其中後兩者最近普遍應用的辦法。
羧肽酶水解法：羧肽酶可以專一性地水解羧基末端氨基酸。根據酶解的專一性不同，可區分為羧肽酶a、b和c。應用羧肽酶測定末端時，需要事先進行酶的動力學實驗，以便選擇合適的酶濃度及反應時...n端測序的原理
蛋白質和多肽n-端測序技術是以edman化學降解法為基礎的，edman化學降解，其基本原理是包括通過異硫氰酸苯脂與蛋白質和多肽的n-端殘基的偶聯，苯氨基硫甲醯酞（ptc-肽）環化裂解，和噻唑呤酮苯氨（atz）轉化為苯異硫尿氨基酸（pth-氨基酸）三個主要的化學步驟，每個循環從蛋白質與多肽裂解一個氨基酸殘基，同時暴露出新的游離的氨基酸進行下一個edman降解，最後通過轉移的pth-氨基酸鑒定實現蛋白質序列的測定。
蛋白質c端測序3種方法：化學法、羧肽酶法、及串聯質譜法
其中後兩者最近普遍應用的辦法。
羧肽酶水解法：羧肽酶可以專一性地水解羧基末端氨基酸。根據酶解的專一性不同，可區分為羧肽酶a、b和c。應用羧肽酶測定末端時，需要事先進行酶的動力學實驗，以便選擇合適的酶濃度及反應時間，使釋放出的氨基酸主要是c末端氨基酸。
串聯質譜法
串聯質譜法原理：即在質譜中獲得蛋白質肽段的碎片。肽段在質譜中的碎裂有一定規律，通常最容易斷裂的是肽鍵位置，得到分別命名為b離子和y離子，得到這些離子的m/z的圖譜，分析圖譜得到的蛋白質的c端序列。

⑵ 核酸和蛋白質序列分析的內容和方法有哪些

核酸和蛋白質序列分析的內容和方法有哪些
蛋白質結構分析方法：X射線晶體衍射分析和核磁共振
x 射線衍射法的解析度可達到原子的水平，使它可以測定亞基的空間結構、各亞基間的相對拓撲布局，還可清楚的描述配體存在與否對蛋白質的影響。多維核磁共振波譜技術已成為確定蛋白質和核酸等生物分子溶液三維結構的唯一有效手段。NM R技術最大的優點不在於它的解析度，而在於它能對溶液中和非晶態的蛋白質進行測量。
蛋白質的序列結構測定:
1.到目前為止，最經典的蛋白質的氨基酸序列分析方法是，sarI等人基於Edman降解原理研製的液相蛋白質序列儀，及後來發展的固相和氣相的蛋白質序列分析儀。
2.質譜：早期的質譜電離的方式主要是電子轟擊電離(EI)，它要求樣品的揮發性好，一般與
氣相色譜聯用。但使用G C／M S分析，肽的長度受到限制，只能分析小的肽段。近年來，
在離子化的技術及儀器方面取得了突破性進展，使得質譜所能測定的分子量的范圍大大超
出了10k u。因此，軟離子化技術、基質輔助的激光解吸／離子化(MALDI)和電噴霧離子化(E SI)顯得尤為有前途。通過串聯質譜技術(MS／MS)和源後衰減基質輔助的激光解吸／離子化(PSD—MAIDI—MS)，人們就可以從質譜分析中獲得肽及蛋白質的結構信息。

⑶ 常用於蛋白質多肽鏈N端.C端測定的方法有幾種

常用於蛋白質多肽鏈N端測定的方法：

1、二硝基氟苯法（FDNB法）

2、二甲基氨基萘磺醯氯法（DNS－Cl法）

3、異硫氰酸笨酯法（Edman法）

常用於蛋白質多肽鏈C端測定的方法

1、肼解法

2、還原法

3、羧肽酶法

(3)蛋白質序列分析的方法有哪些擴展閱讀：

多肽合成是一個固相合成順序，一般從N端即氨基端向C端即羧基端合成。過去的多肽合成是在溶液中進行的稱為液相合成法。

液相合成基於將單個N-α保護氨基酸反復加到生長的氨基成份上，合成一步步地進行， 通常從合成鏈的C端氨基酸開始，接著的單個氨基酸的連接通過用DCC，混合炭酐， 或N-carboxy酐方法實現。

⑷ 蛋白質N端測序的測定蛋白質N端序列的方法

目前對蛋白N端測序主要分類兩大類，其一為非質譜技術，例如經典的Edman降解法、利用反轉錄RT-PCR得到對應蛋白的cDNA，再來反推得到蛋白序列；其二為質譜技術。各自都有其使用的長處和制約之處，目前，市面上採用的，依然是基於經典的Edman降解法原理，利用美國ABI公司Procise491蛋白序列測序系統進行蛋白N-端測序。

⑸ 蛋白質保守序列怎麼分析

可以用生物信息學的方法進行分析，例如：多序列比對~用到的軟體是Bioedit或Clustalx1.

⑹ 蛋白質序列分析路線圖和工具都是什麼

1、蛋白質序列分析路線圖是指為了對蛋白質的成分和形成原因進行分析，而沿著蛋白質的形成部位和形成過程進行跟蹤的線路。

2、蛋白質序列分析工具如下：
(1) 跨膜區預測。
方法：輸入待分析的蛋白序列即可。
(2) 信號肽預測。
方法：輸入待分析的蛋白序列，如為原核基因選擇原核訓練集，否則選擇真核訓練集。
(3) 亞細胞定位預測。
推薦使用PSORT軟體對PDCD5蛋白的細胞內定位進行預測。PSORT將動物蛋白質定位於10個細胞器：(1)細胞漿，(2)細胞骨架，(3)內質網，(4)胞外，(5)高爾基體，(6)溶酶體，(7)線粒體，(8)胞核，(9)過氧化物酶體(peroxisome)和(10)細胞膜。

蛋白質是組成人體一切細胞、組織的重要成分。機體所有重要的組成部分都需要有蛋白質的參與。一般說，蛋白質約占人體全部質量的18%，最重要的還是其與生命現象有關。蛋白質是生命的物質基礎，是有機大分子，是構成細胞的基本有機物，是生命活動的主要承擔者。

⑺ 蛋白質序列分析及結構預測策略包括哪些步驟

序列分析通常就是指同源性分析、保守位點分析，motif分析和功能預測等，結構預測通常又包括二級結構三級結構甚至四級結構，二級結構目前預測還是比較准確的，三級結構最簡單的可以直接將蛋白序列提交swissmodel在線進行預測，也可以採用一些其他軟體，如modeller和一些商業軟體，主要原理是同源建模，現在也有一些其他方法可以獲得結構，但准確性有待提高。

⑻ 如何分析一個不確定的蛋白質或DNA片段

這是一個很大的問題。。。
「不確定」？你是指序列未知的待測蛋白質或DNA嗎？好吧，我能想到的「不確定」就是未知序列的意思了。
測定未知蛋白質或者DNA的序列一般都可以用三種方法：生物方法、化學方法和物理方法。生物學方法——酶解，一般和化學方法結合使用。
對於蛋白質的測序首先測定蛋白質分子中多肽鏈的數目，然後拆分多肽鏈並斷開鏈內二硫鍵再分析每一條多肽鏈的序列。
由於測序分析的方法一次能測定的序列不能太長，所以要將獲得的多肽鏈進行裂解，一般使用酶或者溴化氫、羥胺等化學試劑。獲得小的多肽片段之後可以使用Edman降解法進行化學降解分析，也可以使用外肽酶進行水解，或者使用質譜等物理方法測定其序列，此外還可以根據所編碼的DNA序列進行推定，但是一般這種方法准確率比較低。獲得多肽片段序列之後進行肽段在多肽鏈中次序的決定，解決這個問題使用的是使用多種斷裂方法獲得不同的肽段組合，因為不同的斷裂方法切口彼此錯位，不同套的肽段正好相互跨過切口重疊，然後使用推理的方法，將肽段」組裝「起來。現在較為常用的方法是X-ray，首先異源表達獲得蛋白質晶體然後測定其三維結構，自然也就獲得了蛋白質的序列。另外核磁共振也有使用，但是由於測定蛋白質分子量受限，不如X-ray使用廣泛。
DNA的測序也是使用生物學方法和化學方法。
生物化方法可以使用與蛋白質測序類似的方法，先獲得小片段，然後疊加，R.W.Holley首先測定酵母丙氨酸tRNA序列是使用的策略就是這樣。但是一般蛋白質所含氨基酸數目從幾個到幾千，但是不會太多，相比之下DNA的核苷酸就是天文數字了，因此必須使用其他的辦法。Sanger首先提出一種策略——」加減法「，即設計方法使得DNA末端固定為某一種核苷酸，然後通過測定DNA長度來推測其序列。
首先，在做「加法體系」和「減法體系」以前的工作。
待測DNA的單鏈作為模板，一個合適的引物，四種dNTP，用同位素標記。
DNA聚合酶從引物開始合成一條互補鏈，理想情況是，合成所產生各種長度的片段都存在。
然後除去那些未參與合成的dNTP，將剩下的合成產物，分成兩部分。
一部分用於加法系統，一部分用於減法系統。

加法系統：將用於加法系統的產物再分成四小份，每一小份中僅僅將四份中的dNTP的一種加入反應體系。比如僅加入dATP。由於DNA由聚合酶具有3′→5′的外切酶活性，而反應體系中缺少另外三種必要的dNTP，合成產物就從3′→5′方向降解。然而由於存在dATP，顯然遇到dA的位置降解反應就停止了。因而所有的片段都是以A結尾的。同理，可以分別制備以C、G或T結尾的另外三組片段。
四組片段在同一塊凝膠板的不同樣品槽中同時電泳（這類圖LZ可以在書上隨便找到），從放射自顯圖上就可以推斷出鹼基序列，因為從A樣品槽查出的放射性區帶代表A在片段中的位置，同理也可定出C、G和T的位置。
【加法系統實際就是以降解為條件，以DNA聚合酶的3′→5′的外切酶活性為基礎，當降解過程遇到試劑中所富含的dNTP時，反應就停止】

按理只用一個加法系統就足以推斷DNA的鹼基序列了。但由於技術上的原因，只用一種方法有時不能得到完全正確的結果，因此又設計了一種減法系統。

減法系統：也是將上述酶促產物分成四小份，每一小份中只加入三種dNTP，比如缺少dATP。在這個反應體系中，DNA聚合酶能夠把片段繼續合成下去，但是在遇到應該是dATP參入的位置時，合成反應就停下來了。這就可以得到一個都是以A前一個位置為結尾的片段組，電泳後同樣可以定出A的位置。
【減法系統實際就是以合成為條件，當合成過程缺少需要的dNTP時，反應就停止】

但此加減法並不盡如人意，由於反應速度上的差異，有些片段可能多些，另一些片段可能少些，有時可能導致漏讀和重讀，有時圖譜上還會出現假譜線，當同樣鹼基排列時圖譜上有時只出現一條帶。因此用這個方法測定DNA片段可能有1/50的誤差。目前常用的是它的改進法-雙脫氧末端終止法。

剩下的就是讀板的問題，可以想到，在理想情況下，比如以A結尾的各種長度的片段，出現的可能性是均等的。那麼在聚丙烯醯胺凝膠電泳中，相對分子量小的片段遷移速度快。書上的圖，都是一塊板子，有四個列，分別是以四種不同結尾的核苷酸的電泳情況。跑在越前面的（也就是最靠近底部的），就第一個被讀出來，隨後的相對分子量不斷增大，遷移速度慢，也就是比較大的片段，按其順序和所處的列，就克直觀讀出序列。
化學法由Maxam-Gilbert在1977年發明。
一、取待測DNA片段，既可以是單鏈也可以是雙鏈。
此法又叫化學切割法，或化學降解法，切割之前先對待測片段作末端標記。用放射性P32-磷酸集團標記鏈的末端之一。

二、將標記完的樣品，分成四份。分別採用不同的化學試劑對所得樣品，進行修飾進而切割【切割就是利用特異的化學試劑，修飾DNA分子中不同的鹼基，使被修飾的鹼基之間的連接變得不穩定，發生斷裂，而產生各種長度的DNA片段。】
【四組切割的方法，在G、G+A、T+C、C處切割】
「+」就是同時切割，有點討厭的是這點，能修飾A，使其糖苷鍵不穩定的甲酸，同時也會使G的不穩定，所以無奈就有了G+A並在一起，
（1）G反應，"硫酸二甲酯"，使鳥嘌呤G的N7原子甲基化，而與脫氧戊糖之間的糖苷鍵不穩定，可在中性環境中受熱斷裂，得到一系列G末端的片段。
（2）G+A反應 "甲酸",使A和G嘌呤環上的N原子質子化，糖苷鍵變得不穩定，可用哌啶將其斷裂，得到一系列A和G混合的末端的片段。
（3）T+C反應 "肼"，使T和C的嘧啶環斷裂，通過消除反應，使DNA鏈發生斷裂，得到一系列T+C末端的片段。
（4）C反應 在NaCl存在時，只有C與肼反應，得到一系列C末端的片段。

用上面加減法一樣的電泳，克得到結果，直觀讀出。
至於為什麼（2）（3）兩步，為什麼是G+A、T+C？
事實上，如果有單獨只斷A的或只斷T的修飾方法，也可以。但從書上列出的圖中，可以看出，斷裂的混合物G+A、T+C電泳後並不影響讀結果。