A. 如何使用psipred蛋白質序列分析工作台
蛋白質結構研究方法進展
X-射線晶體學技術
核磁共振衍射技術
電子顯微技術
質譜法
熒光共振能量轉移技術（FRET）
同源建模預測蛋白質結構
酵母雙雜交，三雜交
CO-IP
雙向電泳
目前已經有許多蛋白質結構預測服務通過網際網路對公眾開放。由於結構預測技術本身的局限性，每種預測服務都各有得失。
三級結構預測（同源建模）：
? 瑞士生物信息研究所 SWISS-MODEL
? 丹麥技術大學生物序列分析中心 CPHmodels
? 比利時拿摩大學 ESyPred3D
? 英國癌症研究中心 3DJigsaw
二級結構預測（折疊識別）：
? 美國哥倫比亞大學 PredictProtein
? 英國瓦衛克大學 PSIpred
? 印度昌迪加爾的微生物技術研究所 APSSP
? 歐洲生物信息研究所（EBI）Jpred
? 美國加利福尼亞大學 SSpro
α－螺旋傾向性預測（從無到有）：
? 歐洲分子生物學實驗室(EMBL) AGADIR
參考文獻：
[1] Masatsune Kainosho1, Takuya Torizawa1, Yuki Iwashita1, Tsutomu Terauchi1, Akira Mei Ono1 and Peter
Güntert2 Optimal isotope labelling for NMR protein structure determinations Nature 440, 52-57 (2 March 2006) |
doi:10.1038/nature04525
[2] Liu D, Lepore BW, Petsko GA, Thomas PW, Stone EM, Fast W, Ringe D. Three-dimensional structure of the quorum-quenching N-acyl homoserine lactone hydrolase from Bacillus thuringiensis.Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Aug 16; 102(33):11882-7
[3]劉買利 張許葉朝輝 提高生物大分子NMR解析度和靈敏度的有效方法：TROSY和CRINEPT 波譜學雜志2004.9 371-381
[4]李慧林,施丹,任罡,等. 生物大分子的電子顯微學[M ]. 見:葉恆強,王元明編. 電子顯微學進展. 北京:科學, 2003.
[5]王大能,陳勇,隋森芳. 電子顯微學在結構生物學研究中的新進展. 電子顯微學報, 2003, 10.
[6]Robinson A New Avenue for Mass Spectrometry 2006 February Vol .3 No 2 Nature publishing
[7]Schleifenbaum, A.; Stier, G.; Gasch, A.; et al. J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 11786.
[8]tockholm, D.; Bartoli, M.; Sillon, G.; et al. J. Mol. Biol., 2005, 346, 215.
B. 蛋白質序列分析及結構預測策略包括哪些步驟
序列分析通常就是指同源性分析、保守位點分析，motif分析和功能預測等，結構預測通常又包括二級結構三級結構甚至四級結構，二級結構目前預測還是比較准確的，三級結構最簡單的可以直接將蛋白序列提交swissmodel在線進行預測，也可以採用一些其他軟體，如modeller和一些商業軟體，主要原理是同源建模，現在也有一些其他方法可以獲得結構，但准確性有待提高。
C. 蛋白質保守序列怎麼分析
可以用生物信息學的方法進行分析，例如：多序列比對~用到的軟體是Bioedit或Clustalx1.
D. 為什麼不同方法對比結果蛋白質序列分析和結構預測不同
蛋白質結構預測過程不同來源或者不同生物功能的蛋白質可能有相似的結構，通常實驗結果為了對採用profile-profile 方法獲得的目標序列和模板序列的排列結果有
E. NCBI中蛋白質序列分析
你進入Protein的Entrez，用蛋白質Accession
Number查找到蛋白質之後會給你連接的，每個蛋白質不一樣
如果沒有NC號，就用BLAST搜索，使用tblastn工具，最前面的一個就是相應的DNA
順便給你一個另外的答案參考下
F. 蛋白質晶體結構分析方法有哪些
蛋白質結構分析方法：X射線晶體衍射分析和核磁共振
x 射線衍射法的解析度可達到原子的水平，使它可以測定亞基的空間結構、各亞基間的相對拓撲布局，還可清楚的描述配體存在與否對蛋白質的影響。多維核磁共振波譜技術已成為確定蛋白質和核酸等生物分子溶液三維結構的唯一有效手段。NM R技術最大的優點不在於它的解析度，而在於它能對溶液中和非晶態的蛋白質進行測量。
蛋白質的序列結構測定:
1.到目前為止，最經典的蛋白質的氨基酸序列分析方法是，sarI等人基於Edman降解原理研製的液相蛋白質序列儀，及後來發展的固相和氣相的蛋白質序列分析儀。
2.質譜：早期的質譜電離的方式主要是電子轟擊電離(EI)，它要求樣品的揮發性好，一般與
氣相色譜聯用。但使用G C／M S分析，肽的長度受到限制，只能分析小的肽段。近年來，
在離子化的技術及儀器方面取得了突破性進展，使得質譜所能測定的分子量的范圍大大超
出了10k u。因此，軟離子化技術、基質輔助的激光解吸／離子化(MALDI)和電噴霧離子化(E SI)顯得尤為有前途。通過串聯質譜技術(MS／MS)和源後衰減基質輔助的激光解吸／離子化(PSD—MAIDI—MS)，人們就可以從質譜分析中獲得肽及蛋白質的結構信息。
G. 詳細介紹蛋白質一級結構序列分析
try blast
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&BLAST_PROGRAMS=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome
H. 蛋白質序列測定的原理與方法
網路"蛋白質測序"詞條下有詳細介紹
1肽鏈的拆開和分離
●2測定蛋白質分子中多肽鏈的數目
●3二硫鍵的斷裂
●4測定每條多肽鏈的氨基酸組成，並計算出氨基酸成分的分子比
●5N端、C端的測定
●6多肽鏈斷裂
●7測定每個肽段的氨基酸順序。
●8確定肽段在多肽鏈中的次序。
●9確定原多肽鏈中二硫鍵的位置。
I. 核酸和蛋白質序列分析的內容和方法有哪些
核酸和蛋白質序列分析的內容和方法有哪些
蛋白質結構分析方法：X射線晶體衍射分析和核磁共振
x 射線衍射法的解析度可達到原子的水平，使它可以測定亞基的空間結構、各亞基間的相對拓撲布局，還可清楚的描述配體存在與否對蛋白質的影響。多維核磁共振波譜技術已成為確定蛋白質和核酸等生物分子溶液三維結構的唯一有效手段。NM R技術最大的優點不在於它的解析度，而在於它能對溶液中和非晶態的蛋白質進行測量。
蛋白質的序列結構測定:
1.到目前為止，最經典的蛋白質的氨基酸序列分析方法是，sarI等人基於Edman降解原理研製的液相蛋白質序列儀，及後來發展的固相和氣相的蛋白質序列分析儀。
2.質譜：早期的質譜電離的方式主要是電子轟擊電離(EI)，它要求樣品的揮發性好，一般與
氣相色譜聯用。但使用G C／M S分析，肽的長度受到限制，只能分析小的肽段。近年來，
在離子化的技術及儀器方面取得了突破性進展，使得質譜所能測定的分子量的范圍大大超
出了10k u。因此，軟離子化技術、基質輔助的激光解吸／離子化(MALDI)和電噴霧離子化(E SI)顯得尤為有前途。通過串聯質譜技術(MS／MS)和源後衰減基質輔助的激光解吸／離子化(PSD—MAIDI—MS)，人們就可以從質譜分析中獲得肽及蛋白質的結構信息。
J. 利用蛋白質序列分析物種進化怎麼做
利用蛋白質序列分析物種進化怎麼做
卻不是進化關系或生物功能相近的緣故 8.3蛋白質序列的結構域及結合位點分析蛋白質的進化過程並不都是從頭開始,而是利用現有材料