1. 多個實驗組和多個對照組PCR結果如何取比較
肯定不行的。熒光定量pcr通過以內參基因作為標准進行相對定量，即眾所周知的2–ΔΔCT 法，（前提是要求在所有測試樣本中恆定表達的已知參照基因，而且表達水平不受研究條件及處理方式的影響）。如果實驗組和對照組的目的基因ct值非常接近（前提是cDNA稀釋的倍數一致）， 說明二者的目的基因無明顯變化呀。 4.2.3.1 2–ΔΔCT (Livak) 方法進行相對基因表達分析普遍採用操作簡便的2–ΔΔCT 法，條件是目標基因和參照基因擴增效率都接近100% 且相互間效率偏差在5% 以內。使用2–ΔΔCT 法之前，必須驗證目標基因和參照基因的擴增效率。一旦確定目標基因和參照基因有相似且接近100% 的擴增效率，你就可以確定不同樣本中目標基因表達水平的相對差異，步驟如下：首先，對所有的測試樣和校準樣本，用內參基因的CT 值歸一目標基因的CT 值： ΔCT(test) = CT(target, test) – CT(ref, test) ΔCT(calibrator) = CT(target, calibrator) – CT(ref, calibrator) 其次，用校準樣本的ΔCT 值歸一試驗樣本的ΔCT 值： ΔΔCT = ΔCT(test) – ΔCT(calibrator) 最後，計算表達水平比率： 2–ΔΔCT = 表達量的比值得到的結果是通過參照基因表達水平校準的試驗樣本中目標基因相對於校準樣本的增加或減少的倍數，用參照基因校準目標基因表達的目的是彌補樣本組織量的差異。如果目標和內參基因的擴增效率不相近，可以優化或重新設計實驗，或者可以採用4.2.3.3 節中闡述的Pfaffl 法。另外，如果目標基因和參照基因有同樣的擴增效率，但是擴增效率不等於2，那麼，2–ΔΔCT 法的公式可以修正為用實際擴增效率值代替等式中的2。例如，如果目標基因和參照基因的擴增效率都為1.95，計算公式為 1.95–ΔΔCT。下邊的假定的例子告訴你如何使用2-ΔΔCT 法來決定一個目標基因（p53）在腫瘤和正常卵巢組織的表達的相對水平。例子：正常和腫瘤組織50ngRNA 得到的cDNA 用來分析p53(目標基因)和 GAPDH（參照基因）。GAPDH 用來作為參照是因為以前的研究表明這個基因在正常和腫瘤組織中沒有差異。樣品CT p53 (目標基因) CT GAPDH (參照基因) 正常(校準樣本) 15.0 16.5 腫瘤(試驗樣本) 12.0 15.9 為了用上面介紹的方法進行相對定量分析，在檢測和校準的樣品中靶基因的CT 值和內參的CT 值進行歸一化： ΔCT(正常) = 15.0 – 16.5 = –1.5 ΔCT（腫瘤）= 12.0 – 15.9 = –3.9 然後，試驗樣本的與校準樣本的ΔCT 值進行歸一化 ΔΔCT = ΔCT（腫瘤)– ΔCT（正常） = –3.9 – (–1.5) = –2.4 最後，計算表達比率： 2–ΔΔCT = 2–(–2.4) = 5.3 因此，腫瘤細胞的p53 表達水平比正常細胞高5.3 倍希望能幫上你。
2. 如何匹配對照組，使得實驗對照組具有可比性
對照是實驗所控制的手段之一，目的在於消除無關變數對實驗結果的影響，增強實驗結果的可信度。在對照試驗中涉及實驗組和對照組，至於哪個作為實驗組或對照組，滲卜在不同的對照類型中判斷依據不同。
一、實驗組： 1、接受變數處理的或人為改變條件的 2、未知結果的
二、對照組叢禪穗（作為襯托） 1、處於自然狀態或理想狀態的 2、不接受變數的或未經處理的 3、已知結果的
例如：提出問題：光對鼠婦生活有影響嗎？ 作出假設：光對鼠婦生活有（或無）影響。 制訂計劃實施計劃：10隻鼠婦，設置明亮和陰暗的對照，每隔一分鍾記錄，計十次，求十次的平均值。 結果：十分鍾記錄明亮和暗處的鼠婦量。 結論：鼠婦喜歡生活在黑暗處襲緩。
3. 實驗研究中應如何保證實驗組與對照組的可比性
要控制單一變數，且要避免偶然性因素的干擾！