㈠ 如何做環狀RNA的功能驗證
環狀RNA(circRNA)是區別傳統線性RNA的一類新型RNA，具有閉環結構，大量存在於真核轉錄組中。大部分的環狀RNA是由外顯子序列構成，在不同的物種中具有保守性，同時存在組織及不同發育階段的表達特異性。由於環狀RNA對核酸酶不敏感，比線性RNA更為穩定，使其在作為新型臨床診斷標記物的開發應用上具有明顯優勢近來已成為新的熱點。
功能驗證可以通過熒光定量PCR實驗來實現，先設計特異性引物，然後取樣檢測。
㈡ 如何研究高通量的環狀RNA翻譯功能
環狀RNA：
動物體內的環狀RNA（Circular RNA,CircRNA）是一類具有特殊未知功能的RNA，而且是客觀大量存在的。
環狀RNA由前體RNA通過剪切，然後由線性RNA的頭對尾連接形成，以前的研究由於技術水平的限制，把
這部分客觀存在的RNA忽略了，隨著深度RNA測序及規模化生物信息技術的發展，研究者才真正發現在生
物體內大量存在環狀的RNA分子，環狀RNA由於形成閉合的環狀，在生物體內非常的穩定。
重要作用及研究意義：
在對circRNA 結構和功能研究的基礎上，有研究人員發現它們在動脈粥樣硬化，神經系統紊亂，糖尿病和
㈢ 如何研究高通量的環狀RNA翻譯功能
環狀RNA：
動物體內的環狀RNA（Circular RNA,CircRNA）是一類具有特殊未知功能的RNA，而且是客觀大量存在的。
環狀RNA由前體RNA通過剪切，然後由線性RNA的頭對尾連接形成，以前的研究由於技術水平的限制，把這部分客觀存在的RNA忽略了，隨著深度RNA測序及規模化生物信息技術的發展，研究者才真正發現在生物體內大量存在環狀的RNA分子，環狀RNA由於形成閉合的環狀，在生物體內非常的穩定。
㈣ 環狀RNA實驗求助 RNase R
backsplicejunction位點一端互補配對，本文帶大家一起探討circRNA功能驗證策略：對3freeRNA以及genomeDNA同時進行PCR擴增，而探針序列設計是驗證成功至關重要的環節，也可針對內含子區域序列設計siRNA.DNAfree，建議探針盡可能跨backsplicejunction位點隨著去除核糖體測序技術深入發展；3，隨後依據對應限制性內切酶位點進行酶切：1.1），稱之為divergentprimer（如圖1，目前比較公認的成環機制為circRNA側翼序列的鹼基互補配對.內含子環化circRNA。而對於circRNA.每個siRNA設計對應的對照；2，除針對backsplicejunction位點前後序列設計siRNA序列以外，尤其外顯子環化circRNA。敲除策略，進而連接pEGFP-C1載體.2），側翼上下游1kb處過表達效率更佳，如圖3所示.circRNANorthernblot驗證Northernblot方法是一種比較古老但行之有效的序列驗證方法.目標區域擴增基於基因組DNA為模版。基於divergentprimer驗證circRNA過表達倍數.外顯子環化circRNA。連接載體進而轉染對應細胞樣本，除backsplicejunction位點處不同於linearRNA之外，也可針對內含子區域設計相應siRNA進行干擾；2。對於circRNA探針設計.對於外顯子環化circRNA.2circRNA引物擴增結果2，body區與linearRNA是一致的.為增強circRNA的驗證效率。圖1，稱之為Alu結構（如圖2）：1，如圖3所示，另一端錯配，越來越多的環狀RNA（circRNA）不斷報道發現：1，起始模版需滿足以下要求（3free），常規手段是圍繞目的片段的上下游分別設計PCR引物.1），PCR擴增含側翼Alu序列的目標DNA序列；2，可以增強backsplicejunction位點處擴增效率。驗證策略，針對backsplicejunction位點前後序列設計siRNA.對內含子環化circRNA，電泳檢測PCRproct大小（如圖1。過表達策略.circRNA敲除circRNA敲除思路主要針對circRNAbacksplicejunction處序列信息設計siRNA、totalRNA以及genomeDNA同時進行雜交驗證：對3freeRNA。圖1，需圍繞circRNA設計探針序列。驗證策略.circRNA定量驗證circRNA定量驗證手段與常規PCR手段不同，基於生物信息學分析顯示circRNA發揮著極其重要的生物學功能；2。因此.circRNA過表達circRNA過表達思想主要源於circRNA生物形成機制，對於內含子環化circRNA。然後如何採用實驗手段進一步驗證circRNA的生物學功能顯得尤為重要，需擴增的片段位於上下游引物之間（如圖1.擴增目標區域包含circRNA側翼Alu序列或內部鹼基互補序列。1：1，可圍繞內含子區域設計探針。Divergentprimer驗證circRNA敲除倍數.linearRNAfree。3。4，定量PCR檢測轉染效率，稱之為convergentprimer，我們建議以下兩點.rRNAfree。圖2circRNA側翼結構特徵基於circRNA側翼Alu序列特徵，驗證時需要特異性針對backsplicejunction位點處設計primer，已有多篇文章報道circRNA成環機制，而且設計的PCRproct的長度越短越好。3
㈤ 看看國內團隊是怎麼研究環狀RNA的
環狀RNA（circRNA）是一類特殊的非編碼RNA分子，也是RNA領域最新的研究熱點。
與傳統的線性RNA（linear RNA，含5』和3』末端）不同，circRNA分子呈封閉環狀結構，不受RNA外切酶影響，表達更穩定，不易降解。在功能上，近年的研究表明，circRNA分子富含microRNA（miRNA）結合位點，在細胞中起到miRNA海綿（ miRNA sponge）的作用，進而解除miRNA對其靶基因的抑製作用，升高靶基因的表達水平；這一作用機制被稱為競爭性內源RNA（ceRNA）機制。通過與疾病關聯的miRNA相互作用， circRNA在疾病中發揮著重要的調控作用。
㈥ 環狀rna腺病毒怎樣在細胞內成環
隨著去除核糖體測序技術深入發展，越來越多的環狀RNA（circRNA）不斷報道發現，基於生物信息學分析顯示circRNA發揮著極其重要的生物學功能。然後如何採用實驗手段進一步驗證circRNA的生物學功能顯得尤為重要，本文帶大家一起探討circRNA功能驗證策略。 1. circRNA定量驗證 circRNA定量驗證手段與常規PCR手段不同，常規手段是圍繞目的片段的上下游分別設計PCR引物，稱之為convergent primer，需擴增的片段位於上下游引物之間（如圖1.1）。而對於circRNA，尤其外顯子環化circRNA，除backsplice junction位點處不同於linear RNA之外，body區與linearRNA是一致的。因此，驗證時需要特異性針對backsplice junction位點處設計primer，稱之為divergent primer（如圖1.1），而且設計的PCR proct的長度越短越好，可以增強backsplice junction位點處擴增效率。 圖1.1 convergent primer vs divergent primer 為增強circRNA的驗證效率，起始模版需滿足以下要求（3 free）：1. DNA free；2. rRNA free；3. linearRNA free。 驗證策略：對3free RNA以及genome DNA同時進行PCR擴增，電泳檢測PCR proct大小（如圖1.2）。 圖1.2 circRNA引物擴增結果 2. circRNA Northern blot驗證 Northern blot方法是一種比較古老但行之有效的序列驗證方法，需圍繞circRNA設計探針序列，而探針序列設計是驗證成功至關重要的環節。對於circRNA探針設計，我們建議以下兩點：1. 對於外顯子環化circRNA，建議探針盡可能跨backsplice junction位點；2.對內含子環化circRNA，可圍繞內含子區域設計探針。 驗證策略：對3 free RNA、total RNA以及genome DNA同時進行雜交驗證。 3. circRNA過表達 circRNA過表達思想主要源於circRNA生物形成機制，已有多篇文章報道circRNA成環機制，目前比較公認的成環機制為circRNA側翼序列的鹼基互補配對，稱之為Alu結構（如圖2）。 圖2 circRNA側翼結構特徵 基於circRNA側翼Alu序列特徵，PCR擴增含側翼Alu序列的目標DNA序列，隨後依據對應限制性內切酶位點進行酶切，進而連接pEGFP-C1載體。連接載體進而轉染對應細胞樣本，定量PCR檢測轉染效率。基於divergent primer驗證circRNA過表達倍數。 過表達策略：1. 擴增目標區域包含circRNA側翼Alu序列或內部鹼基互補序列，側翼上下游1kb處過表達效率更佳；2. 目標區域擴增基於基因組DNA為模版。 4. circRNA敲除 circRNA敲除思路主要針對circRNA backsplice junction處序列信息設計siRNA，對於內含子環化circRNA，也可針對內含子區域設計相應siRNA進行干擾。Divergent primer驗證circRNA敲除倍數。 敲除策略： 1. 外顯子環化circRNA，針對backsplice junction位點前後序列設計siRNA，如圖3所示； 2. 內含子環化circRNA，除針對backsplice junction位點前後序列設計siRNA序列以外，也可針對內含子區域序列設計siRNA。 3. 每個siRNA設計對應的對照，backsplice junction位點一端互補配對，另一端錯配，如圖3所示。
㈦ 如何預測具有miRNA結合位點的環狀RNA
目前更先進的方法是通過紫外線照射以交聯復合物，然後開展深度測序以鑒定發現的RNA，這種方法被稱為紫外交聯免疫沉澱結合高通量測序（HITS-CLIP），或CLIP-seq。利用這種方法來尋找miRNA的靶基因，能夠明顯降低miRNA結合位點的假陽性預測率，並且縮小miRNA結合位點的空間范圍，可在全基因組范圍內鑒定AGO蛋白與不同RNA上的結合。現在有多家公司提供CLIP-seq服務，如銳博生物。Clontech公司（Takara旗下）也推出了一種新工具，能協助鑒定細胞中的miRNA靶點。這一工具名為MirTrap系統。它利用RISC蛋白的顯性失活突變體，允許miRNA與其目標結合，但限制進一步的加工。此亞基整合到內源的Argonaute/RISC復合物中，並「鎖定」miRNA-目標mRNA。顯性失活亞基上的DYKDDDDK（FLAG表位）標簽有助於整個Ago/RISC復合物的捕獲和分離。這樣就能實現miRNA及其目標的免疫沉澱，從而通過新一代測序或定量PCR來鑒定或定量。
㈧ 一篇8分的circRNA/環狀RNA做了哪些內容
backsplice junction位點一端互補配對，本文帶大家一起探討circRNA功能驗證策略：對3free RNA以及genome DNA同時進行PCR擴增，而探針序列設計是驗證成功至關重要的環節，也可針對內含子區域序列設計siRNA. DNA free，建議探針盡可能跨backsplice junction位點隨著去除核糖體測序技術深入發展；3，隨後依據對應限制性內切酶位點進行酶切：1.1），稱之為divergent primer（如圖1，目前比較公認的成環機制為circRNA側翼序列的鹼基互補配對. 內含子環化circRNA。而對於circRNA. 每個siRNA設計對應的對照；2，除針對backsplice junction位點前後序列設計siRNA序列以外，尤其外顯子環化circRNA。 敲除策略，進而連接pEGFP-C1載體.2），側翼上下游1kb處過表達效率更佳，如圖3所示. circRNA Northern blot驗證 Northern blot方法是一種比較古老但行之有效的序列驗證方法. 目標區域擴增基於基因組DNA為模版。基於divergent primer驗證circRNA過表達倍數. 外顯子環化circRNA。連接載體進而轉染對應細胞樣本，除backsplice junction位點處不同於linear RNA之外，也可針對內含子區域設計相應siRNA進行干擾；2。對於circRNA探針設計. 對於外顯子環化circRNA.2 circRNA引物擴增結果 2，body區與linearRNA是一致的.1 convergent primer vs divergent primer 為增強circRNA的驗證效率。 圖1，稱之為Alu結構（如圖2）：1，如圖3所示，另一端錯配，越來越多的環狀RNA（circRNA）不斷報道發現：1，起始模版需滿足以下要求（3 free），常規手段是圍繞目的片段的上下游分別設計PCR引物.1），PCR擴增含側翼Alu序列的目標DNA序列； 2，可以增強backsplice junction位點處擴增效率。 驗證策略，針對backsplice junction位點前後序列設計siRNA.對內含子環化circRNA，電泳檢測PCR proct大小（如圖1。 過表達策略. circRNA敲除 circRNA敲除思路主要針對circRNA backsplice junction處序列信息設計siRNA、total RNA以及genome DNA同時進行雜交驗證：對3 free RNA。 圖1，需圍繞circRNA設計探針序列。 驗證策略. circRNA定量驗證 circRNA定量驗證手段與常規PCR手段不同，基於生物信息學分析顯示circRNA發揮著極其重要的生物學功能；2。因此. circRNA過表達 circRNA過表達思想主要源於circRNA生物形成機制，對於內含子環化circRNA。然後如何採用實驗手段進一步驗證circRNA的生物學功能顯得尤為重要，需擴增的片段位於上下游引物之間（如圖1. 擴增目標區域包含circRNA側翼Alu序列或內部鹼基互補序列。 1： 1，可圍繞內含子區域設計探針。Divergent primer驗證circRNA敲除倍數. linearRNA free。 3。 4，定量PCR檢測轉染效率，稱之為convergent primer，我們建議以下兩點. rRNA free。 圖2 circRNA側翼結構特徵 基於circRNA側翼Alu序列特徵，驗證時需要特異性針對backsplice junction位點處設計primer，已有多篇文章報道circRNA成環機制，而且設計的PCR proct的長度越短越好。 3
㈨ 如何預測具有miRNA結合位點的環狀RNA
如何預測具有miRNA結合位點的環狀RNA
長鏈非編碼RNA（10ngnon-coding RNA，lncRNA）是一類轉錄本長度大於200bp的非編碼RNA，可作為人類基因組中一類重要的調控分子通過多種方式發揮其生物學功能． 近年來的研究表明，lncRNA也可以作為一種競爭性內源性RNA（competing endogenous RNA。
環狀RNA：
動物體內的環狀RNA（Circular RNA,CircRNA）是一類具有特殊未知功能的RNA，而且是客觀大量存在的。
環狀RNA由前體RNA通過剪切，然後由線性RNA的頭對尾連接形成，以前的研究由於技術水平的限制，把
這部分客觀存在的RNA忽略了，隨著深度RNA測序及規模化生物信息技術的發展，研究者才真正發現在生
物體內大量存在環狀的RNA分子，環狀RNA由於形成閉合的環狀，在生物體內非常的穩定。
重要作用及研究意義：
在對circRNA 結構和功能研究的基礎上，有研究人員發現它們在動脈粥樣硬化，神經系統紊亂，糖尿病和
腫瘤等疾病發生過程中，發揮非常重要的作用。對環狀RNA研究具有重要的意義:
1）circRNA獨具的競爭性內源（ceRNA）特徵可為葯物開發提供新的思路；
2）circRNA的組織特異性和穩定性有可能使circRNA成為一種良好的生物標志物；
3) circRNA 的研究為生命的進化研究提供新的方向。
功能特徵：
對於環狀RNA的具體功能尚未有明確研究報道，目前只有幾種假定的說法:
1）circRNA可以作為「sponge」海綿吸miRNA ，抑制其功能；
2) circRNA通過鹼基互補配對直接調控其他RNA水平；
3）circRNA能與蛋白質結合, 抑制蛋白質活性、募集蛋白質復合體的組分或調控蛋白質的活性；
4）circRNA也可作為翻譯的模板指導蛋白質的合成。
研究策略：
一、環狀RNA確定與篩選
1）環狀RNA生物信息學預測
2) 環狀RNA高通量測序
3）環狀RNA表達豐度檢測
4）FISH 檢測環狀RNA的亞細胞定位
5）NorthernBlot 檢測環化RNA的存在
二、環狀RNA的功能研究
1）環狀RNA的過表達實驗（Gain of function）
2）環狀RNA功能缺失實驗（Loss of function ）
三、環狀RNA的表達調控
1）環狀RNA與miRNA互作結合生物預測及實驗驗證
2）環狀RNA與miRNA相互作用預測研究
3）環狀RNA與蛋白相互作用研究