重慶腸道微生物測序分析方法

㈠ 腸道微生物基因組測序需要多少錢

腸道微生物基因組測序需要多少錢
全基因組測序，就是檢測出全部30億個鹼基對是怎麼排列的，從第一個到第30億個，一個都不落下。它是檢測人類所有基因組信息，不針對任何單個疾病或者因素的基因，但又囊括了之前所有單個基因檢測要用到的信息。要根據基因組的大小決定的。而且選擇測序的儀器也有區別。您如果自己購買儀器測序價格自然又有不同了。比如測一個5M的基因組，基本上用第二代測序儀器一個run即可完成，大概需要15萬RMB（含稅價格）。

㈡ 微生物群落高通量測序小白來取經求助

在人體腸道中生活著數以萬億的共生菌群，它們的種類繁多，可達上千種，數量也很驚人，是人體細胞總量的10倍以上，迄今為止，仍有80%以上的微生物不為人知。這些腸道微生物和人體存在著互利共生的關系，對於維持人類的健康發揮著重要的作用。它們在腸道中保持著一種動態的平衡，能夠合成維生素、幫助人體從食物中吸收營養、維持腸道免疫系統功能、抵擋有害微生物的侵害，但是當這種平衡因某些因素被打破致使腸道菌群發生紊亂時，人體就可能患上諸如肥胖症、糖尿病、腸炎甚至癌症等疾病。為了加深對人類疾病發生原因、葯物作用機理的理解，繼人類基因組計劃之後，科學家們又啟動了人類元基因組計劃，這使腸道菌群的研究迎來了一個新的浪潮。
在以往的腸道微生物群落多樣性研究中，人們主要採用DGGE等分子生物學方法及生物晶元對腸道菌群進行研究，但是這些方法都存在一定的缺陷。如DGGE只能檢測到環境樣品中十幾種優勢菌，但是對痕量微生物卻束手無策；電泳條帶中包含不只一種16S rDNA序列，要獲悉具體的菌種信息，還需進行克隆、測序，實驗操作繁瑣；此外，採用這種方法不能反映微生物的豐度情況。而生物晶元通過固定在晶元上的探針來獲得微生物多樣性的信息，「只能驗證已知，卻無法探索未知」，通過信號強弱判斷微生物的豐度也不是非常的准確。新一代高通量測序技術自2005年問世以來，以其數字化信號、高數據通量、高測序深度、高准確率等特點，已被廣泛的應用於腸道菌群的研究中，發表的論文達60多篇，其中不乏發表於Nature、PNAS、Genome Res、Gut、Gastroenterology等國際頂尖雜志上的文章。Roche 454測序平台由於讀長較長，達300～500bp，能跨越16S rDNA序列一個或幾個可變區，是微生物多樣性研究的最佳平台，使用該平台發表的關於腸道菌群的論文達50多篇。美吉生物擁有Roche 454測序平台，在腸道微生物群落多樣性研究方面積累了大量的成功案例。
美吉生物研究人員通過大量相關文獻的閱讀，發現高通量測序技術在腸道菌群多樣性研究中的應用主要聚焦於以下幾個方面：① 飲食、能量攝取、肥胖與腸道菌群之間的關系；② 腸道菌群與疾病發生之間的關聯；③ 抗生素治療對腸道菌群的影響；④ 不同個體腸道微生物群落結構及其受其他外界因素（壓力、致病菌感染、手術）的影響等。

㈢ 檢測腸道微生物，樣本量怎麼確定

檢測腸道微生物，樣本量怎麼確定
病原微生物種類繁多，變異迅速，快速鑒定病原微生物的檢驗技術也在不斷發展前進著。目前，應用比較廣泛的病原微生物檢測方法主要有直接塗片鏡檢、分離培養、生化反應、血清學反應、核酸分子雜交、基因晶元、多聚酶鏈反應等，該文對這些檢測技術進展做一綜述。 對人和動物具有致病性的微生物稱為病原微生物，又稱病原體，有病毒、細菌、立克次體、支原體、衣原體、螺旋體、真菌、放線菌、朊粒等。這些病原微生物可引起感染、過敏、腫瘤、痴獃等疾病，也是危害食品安全的主要因素之一。近年來出現的SARS、高致病性禽流感、西尼羅病毒感染等疾病的傳染性極強，往往造成世界性大流行，因此對病原體的檢測必須做到快速、准確。常規病原學檢測方法操作繁瑣，檢測周期長，而且對操作人員技術水平要求比較高。隨著醫學微生物學研究技術的不斷發展，病原學診斷已不再局限於病原體水平，深入到分子水平、基因水平的檢測手段不斷出現並被應用於臨床和實驗室 J。核酸分子雜交技術、PCR技術、基因晶元技術等檢測方法，自動化程度高，快速省時、無污染、結果精確，可以准確靈敏地鑒定病原微生物。1 傳統的病原微生物的檢測方法傳統的病原微生物學實驗室檢查以染色、培養、生化鑒定等為主，將標本直接塗片染色鏡檢和接種在培養基上進行分離培養是對細菌或真菌感染性疾病進行病原學診斷的常用方法。1．1 直接塗片鏡檢病原微生物體形體積微小，大多無色半透明狀，將其染色後可藉助顯微鏡觀察其大小、形態、排列等。直接塗片染色鏡檢簡便快速，對那些具有特殊形態的病原微生物感染仍然適用，例如淋球菌感染、結核分枝桿菌、螺旋體感染等的早期初步診斷。直接塗片鏡檢不需要特殊的儀器和設備，在基層實驗室里仍然是十分重要的病原微生物檢測手段。1．2 分離培養與生化反應 分離培養主要用於臨床標本(如血液、痰、糞便等)或培養物中有多種細菌時對某一種細菌的分離。細菌的生長繁殖需要一定時間，檢測周期較長，不能同時處理批量樣本。為解決這一問題，各種自動化培養和鑒定系統不斷產生，傳統鑒定方法也在逐步改進，大大加快了檢驗速度。例如Microscan WalLCAway全自動微生物分析儀，可同時做細菌鑒定和葯敏試驗，檢驗500多個菌種。苛養菌如肺炎鏈球菌、淋病奈瑟菌、流感嗜血桿菌等對營養要求比較高，常規培養陽性率低。雍剛 等將不要同比例的葡萄糖、玉米澱粉、生長因子、酵母粉、氨基酸等特殊增菌劑加入到巧克力培養基中製成了新型淋病奈瑟菌培養基，大大提高了淋病奈瑟菌的分離培養率。蘇盛通等在營養瓊脂中加人了中葯紅棗、赤小豆培養甲型鏈球菌、乙型鏈球菌、肺炎鏈球菌等細菌，生長指數明顯高於血平板。1．3 組織細胞培養 活組織細胞培養適於專營活組織細胞內生存的病原體，包括病毒、立克次體、衣原體等。不同病原體敏感的組織細胞是不一樣的，將活細胞從病原體敏感的動物組織中取出在體外進行原代培養或用病原體敏感細胞系進行傳代培養，再將病原體接種於相應的組織細胞中後，病原體可在其中繁殖增長，引起特異性的細胞病變效應。也可以將病原體直接接種於敏感動物體內，引起相應組織器官出現特異的病理學改變。往往可以根據這些特異的病變對病原體進行鑒定。2 血清學與免疫學檢測血清學檢測是通過已知的抗體或抗原來檢測病原體的抗原或抗體從而對病原體進行快速鑒定的技術，簡化了鑒定步驟，常用的方法包括血清凝集技術、乳膠凝集實驗、熒光抗體檢測技術、協同凝集試驗、酶聯免疫測試技術等。酶聯免疫技術的應用大大提高了血清學檢測的敏感性和特異性，不僅可檢測樣本中病原體抗原，也可檢測機體的抗體成分。幽門螺奸菌在我國人群感染率高達50％ ～80％ ，應用酶聯免疫吸附法(ELISA)檢測唾液中抗HP抗體來診斷HP感染，其結果滿意。乙型肝炎病毒(HBV)在我國人群中感染率極高，ELISA應用於乙型肝炎病人早期血清學診斷的效果最為明顯。臨床上致病菌往往和非致病菌混合在一起，如何從這些細菌中分離出目標菌是關鍵。免疫磁珠分離技術(IMBS)是近年來發展起來的在微生物檢測領域中一種新技術。其基本原理是將特定病原體的單抗或多抗或二抗偶聯到磁珠微球上，通過抗原抗體反應形成磁珠一目標病原體復合物或磁珠一一抗一目標病原體復合物，在外部磁場磁力的作用下，將目標病原體分離出來。目前已經開發出了針對各種病原體的免疫磁珠，如大腸埃希菌、李斯特菌、白色念珠菌、軍團菌等，廣泛應用到各級科研和實驗室 。經IMBS分離出的白色念珠菌可直接在顯微鏡下檢測，檢測時間縮短至4 h。IM—Bs還可以和其它檢測技術聯合來檢測病原菌，免疫磁珠分離得到的目標菌可繼續用於分離培養使大腸埃希菌0157最低檢測限由200 cfu·g 提高到2 cfu·g～；IMBS結合聚合酶鏈反應(IMBS—PCR)可對培養條件比較特殊的細菌如苛養菌、厭氧菌進行快速檢測，肉類中的產毒素型產氣莢膜梭菌經IMBS．PCR檢測

㈣ 大腸桿菌檢測方法國標是用什麼方法檢測的

大腸桿菌檢測方法分為三種：

1、細菌分離鑒定法

分離培養與鑒定：糞便標本直接接種腸道桿菌選擇性培養基。血液先經肉湯增菌，然後轉種血瓊脂平板。其他標本同時接種血瓊脂平板和腸道桿菌選擇性培養基。

37℃孵育18～24小時後，觀察菌落塗片染色鏡檢。腸致病性大腸桿菌須先作血清學定型試驗。必要的時候檢定腸黴毒素。

2、衛生細菌學檢查法

大腸桿菌會不斷隨糞便排出體外，污染周圍環境水源、食品等。取樣檢查時，樣品中大腸桿菌越多，則表示樣品被糞便污染的越嚴重，表明樣品中存在腸道致病菌的可能性也就越大。

大腸菌數指數：指每立升中大腸菌群數，採用乳糖發酵法檢測。中國衛生標準是每1000ml飲水中不得超過3個大腸菌群，瓶裝汽水和果汁中每100ml大腸菌群不能超過5個。

3、全自動微生物定量分析儀（TEMPO）檢測法

全自動微生物定量分析（TEMPO）儀大腸桿菌群計數檢測有TEMPOTC和TEMPOCC兩種方法。

TEMPOTC的開發是為獲得NF ISO4832標准相當性能水平。

TEMPOCC法是TEMPO儀器上根據BAM方法專門用於24h計數食品中大腸桿菌群方法。

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大腸桿菌在生物技術中的應用

這些菌株由於失去了細胞壁等重要組分，所以在自然條件下已無法生長。甚至普通的清潔劑都可以輕易地殺滅這類菌株。即便由於操作不慎導致活菌從實驗室流出，也不易導致生化危機。

生物工程用的菌株基因組都被優化過，使之帶有不同基因型（例如β半乳糖苷酶缺陷型），可以更好的用於分子克隆實驗。

真核基因在大腸桿菌中表達，必須有合適的表達載體(Vector),常用載體：pBV220,pET系統。

目的基因在大腸桿菌中表達的情況：

大腸桿菌更適合原核基因的表達，外源基因表達產量與單位體積產量是正相相關的，外源基因拷貝數和表達 產物產量之間存在動態平衡，單個細胞的產量又與外源基因拷貝數，基因表達效率，表達產物的穩定性和細胞代謝負荷等因素有關。

㈤ 大腸桿菌的檢測方法

多管發酵法。

多管發酵法是一種檢測水體中大腸桿菌的傳統方法，這種方法是在44.5℃的含有熒光底物的培養基上連續培養24h，而後能產生分解熒光底物——葡萄糖醛酸酶，從而釋放出熒光產物，進而使培養基在紫外光照射下產生特徵熒光。此方法可被用來對原樣品中的菌落數作統計學估計。

在單料或雙料乳糖膽鹽發酵管內發酵，分離培養試驗，利用伊紅美藍培養皿分離，接著是在乳糖發酵管中進行二次發酵，最後通過芽孢染色、革蘭氏染色、顯微鏡觀察等來完成。多管發酵法對試驗條件要求不高，成本低，但是檢測時間較長，容易受其他條件干擾，進而影響到測定結果的精確度。

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注意事項：

1、檢樣時注意無菌操作。

2、稀釋時採用的稀釋液可以用磷酸鹽緩沖液或生理鹽水，接種時可採用九管法，設置三個梯度，分別為0.1g/mL、0.01g/mL、0.001g/mL，每一個稀釋度的試管應充分混勻。

3、每次實驗需要有陰性對照。

4、使用小倒管培養基配製時，為排凈氣泡，滅菌時不要把試管的蓋子蓋的太緊，滅菌後注意觀察一下倒管中的氣體是否排完全、

5、高壓滅菌後等高壓滅菌鍋的壓力表達到0，取出培養基放到冰箱冷卻，效果會比較好。

㈥ 腸道菌群檢測是什麼如何檢測

腸道菌群檢測是通過對人體糞便的提取物檢測腸道菌群狀況，比例是否正常，存在哪些問題和風險。對於前述適應症疑似患者，治療前均需進行腸道菌群進行多項常規生物指標檢測，以初步判斷患者腸道菌群狀況。

在進行此基礎上，進一步對疑似患者進行腸道菌群基因檢測，並對結果進行詳盡解讀，以便給患者菌群移植治療制定個性化精準菌群移植治療方案。

㈦ 糞便DNA檢測是真的嗎可信嗎

01
可以
糞便中有腸道的脫落細胞，可以用來檢測DNA並鑒定身份，不過需要對照樣本才能確定DNA屬於誰。

理論上，此舉可行。
人類糞便中有腸道脫落細胞還有腸道菌群。用腸道菌群DNA做個體鑒別在人類身上有沒有實踐尚不清楚（這么做的一般是用在小鼠身上），但是腸道脫落細胞的DNA肯定是可以檢測出來並且用來鑒別身份的。對於流言中提到的事件，檢出那坨糞便中的DNA，測找幾個不同人之間突變比較多的位點測一下；再和丁女士家11樓-24樓之間的所有住戶的DNA檢測結果對比一下，應該可以找到完全相同的那一位。

不過如果對方拒絕提供DNA樣本的話也就沒法比較了，光靠一份DNA是無法完整的還原出個體的外貌特徵的。目前這個技術也只是能獲取一些粗略的特徵，比如膚色、發色、眼睛顏色、性別、族裔之類，臉部特徵也只是能估計一下臉型（長和寬）以及「雀斑量」；更精細一點的特徵，比如年齡和身高等，DNA就提供不出了，五官長相更別提了。

㈧ 如何採用宏基因組進行水產動物腸道微生物的研究

1，宏基因組提取；提取的樣品DNA必須可以代表特定環境中微生物的種類，除需嚴格遵循取樣規則外，取樣中應盡量避免對樣本的干擾，縮短保存和運輸的時間，使樣品盡可能代表自然狀態下的微生物原貌，獲得高質量環境樣品中的總DNA是宏基因組文庫構建的關鍵之一。要採用合適的方法，既要盡可能地完全抽提出環境樣品中的DNA，又要保持較大的片段以獲得完整的目的基因或基因簇。所以總的提取總是在最大提取量和最小剪切力之間折中。應嚴格操作，謹防污染，並且保持DNA 片段的完整和純度。為了更好地反映環境中的微生物種群並且提高陽性克隆的佔有率，需要在克隆之前通過不同的方法對感興趣的目的基因或基因組進行富集，常用的富集方法有穩定同位素探針、抑制性消減雜交、差異顯示、噬菌體展示、 親和捕獲及DNA微陣列等技術。
2，測序分析：
採用Solexa進行宏基因組 DNA測序，首先對特定環境微生物種群全基因組DNA進行提取。在提取微生物種群的DNA後制備DNA文庫，具體步驟如下：

（1）將DNA隨機打斷成200-500bp的片段；

（2）對DNA末端進行修復；

（3）將「A」鹼基加入到DNA片段的3』末端；

（4）在DNA片段的末端加上接頭；

（5）純化連接產物；

（6）PCR擴增連上接頭的DNA片段；

（7）檢測測序文庫。