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模體分析方法

發布時間:2022-07-09 18:44:29

① 利用放射性測量方法進行工程檢測時,為什麼特別需要注意安全問題

從事放射衛生防護評價與檢測機構需要具備的條件
一、機構條件
(一)具有法人資格;
(二)能獨立開展相應技術服務工作;
(三)有固定的辦公場所和從事相應技術服務的工作場所、工作條件;
(四)崗位設置合理,職責明確;
(五)通過計量認證,並具有完善的質量保證體系;
(六)具有《放射工作衛生許可證》。
二、人員要求
(一)基本條件
1、有與其申請技術服務項目相適應的管理、技術和質量控制人員。
2、熟悉相關法律、標准和文件以及本單位質量管理手冊。
3、專業技術負責人應精通本專業業務,專業人員的專業與申請的技術服務項目相一致。
4、專業技術人員必須經省級培訓並考核合格後持證上崗。
(二)有關人員具體條件
1、申請放射衛生防護檢測與評價的,應當有項目評價、放射衛生防護檢測和質量控制等方面的專業技術人員。
項目評價、放射衛生檢測和質量控制方面的技術負責人必須具有相關專業副高級以上專業技術職稱,並從事相關專業工作5年以上。衛生檢驗方面技術負責人應當具有中級以上專業技術職稱,從事相關專業工作3年以上。
中級以上技術職稱的專業人員人數不得少於專業人員總數的30%。
2、外聘(含返聘)技術人員不得超過從事該項目總人數的20%,技術負責人不得外聘。
三、儀器設備
(一)申請單位應當具有所申請的技術服務項目所必需的儀器設備:
項目名稱主要設備名稱
醫用輻射衛生防護診斷X射線機X、γ射線測量儀、環境X、γ劑量率儀、診斷X射線機(不包括CT機、DSA)質量控制X射線劑量儀、數字式X射線曝光時間測量儀、千伏(kVp)測量儀、X射線質控檢測工具
X射線CT機質量控制CT劑量儀/專用電離室、性能檢測模體、頭部劑量模體、體部劑量模體
X射線數字減影裝置(DSA)質量控制X射線劑量儀、數字式X射線曝光時間測量儀、kVp測量儀、DSA性能檢測模體、X射線質控檢測工具
放射治療裝置(鈷-60治療機、後裝治療機、醫用加速器、γ刀、深部治療機、模擬定位機)放療劑量儀/電離室、標准充水模體、熱釋光測量裝置、中子測量裝置、掃描水箱、低感光度膠片、環境X、γ劑量率儀、α、β表面污染監測儀、X、γ射線測量儀
核醫學設備(SPECT 、PET、γ照相機)X、γ射線測量儀、環境X、γ劑量率儀、α、β表面污染監測儀、風速儀、SPECT性能測試模體、PET性能測試模體
非醫用輻射的衛生防護檢測非醫用加速器(不包括中(高)能加速器) 、中子發生器、X、γ劑量率儀、熱釋光測量裝置、中子測量裝置、環境X、γ劑量率儀、工業射線探傷機、核子計、測厚儀、料位計等小型密封型放射源、X射線衍射儀X、γ劑量率議、環境X、γ劑量率議、α、β表面污染監測儀非密封型放射源應用X、γ劑量率議、環境X、γ劑量率議、α、β表面污染監測儀、空氣取樣裝置、低本底α、β測量儀
職業人員個人劑量監測X、γ射線個人劑量監測熱釋光劑量元件、熱釋光測讀裝置、退火裝置。
中子射線個人劑量監測中子測量用徑跡片、蝕刻裝置、顯微鏡或其他測讀裝置、中子測量用徑跡片、蝕刻裝置、顯微鏡或其他測讀裝置、熱釋光劑量元件、熱釋光測讀裝置、退火裝置。
β射線個人劑量監測β射線個人劑量計、β射線個人劑量測讀裝置。
人淋巴細胞染色體畸變分析光學顯微鏡、培養箱、超凈工作台
淋巴細胞微核實驗光學顯微鏡、培養箱、超凈工作台
環境與生物樣品的放射性測量環境樣品(大氣、水、土壤及其他固體,疑被污染的各類場所)空氣取樣裝置、低本底α、β測量儀、低本底α能譜儀、γ能譜儀、環境X、γ劑量率儀、灰化裝置
生物樣品(糧食、蔬菜、水果等食品,動物、人體組織和器官,毛發等)低本底α、β測量儀、低本底α能譜儀、γ能譜儀、環境X、γ劑量率儀、灰化裝置
氡(室內、外,礦山、水、土壤)氡測量儀、固體徑跡探測元件、元件測讀裝置、核設施與輻照裝置等大型設施檢測(核電站、核反應堆、輻照加工裝置、中(高)能加速器)X、γ劑量率儀、放療劑量儀、γ能譜儀、低本底α、β測量儀、低本底α能譜儀、環境X、γ劑量率儀、低本底液閃測量儀、中子測量儀
(二)儀器設備的種類、數量、性能、量程、精度應能滿足工作的需要,並能良好運行。
(三)儀器設備應定期進行計量檢定,並貼有檢定或校驗標識。無計量檢定規程的儀器設備,應有自行編制的校驗和檢驗方法並進行定期校驗。
(四)儀器設備應有完整的操作規程。
四、其他要求
(一)檢測實驗室應當有良好的內務管理,以保證實驗室整潔有序。檢測儀器放置合理,便於操作。並配有必要的防污染、防火、控制進入等安全措施。
(二)凡是檢測方法或檢測儀器有要求的,應按要求對檢測場所的溫度、濕度和放射性本底等環境條件進行有效、准確的測量並記錄。
(三)檢測方法應盡可能採用國際、國家、行業或地方規定的方法或標准。必要時應備有檢測方法細則、儀器操作規程、樣品管理程序和數據處理規則等作業指導文件。
(四)職業衛生技術服務機構應編制質量管理手冊,並嚴格開展質量控制。
(五)應當為檢驗樣品建立唯一識別系統和狀態標識。應當編制有關樣品採集、接收、流轉、保存和安全處置的書面程序。
(六)原始記錄和檢測報告應按照各自的要求,包含有足夠的信息,並且按照規定書寫、更改、審核、簽章、分發和保存。
(七)放射性檢測場所,應當符合放射衛生有關法規、規章和標準的要求。有使用放射性標准源或有證標准物質控制檢測質量的措施。有參與實驗室間檢測能力驗證活動的紀錄。
(八)開展放射衛生技術服務的機構應有與其相適應的經費保障。

② degs分析是什麼意思

differentially expressed genes差異表達基因。

利用挖掘所得的知識和信息進行線性模體相關方法學研究,並以此搭建用於域/肽識別抑制劑設計的計算平台。

以PSD-95蛋白的PDZ3結構域為具體對象,利用新收獲的理論知識和方法策略設計、合成、測試和構效研究一系列對該域具有高親和力的肽配基;並利用實驗結論反回去修正理論模型,實現干濕相濟。

線性模體是在序列局部范圍決定蛋白質特定生物學功能的氨基酸特徵排列模式;先前對其研究多在一級序列水平開展,卻無法闡釋其行使生物職能的深層次分子基礎。本項目擬利用目前豐富的蛋白質三維結構數據對線性模體在域/肽識別和相互作用中所扮演的角色進行深度探索。

目的是揭示隱藏於線性模體序列表象之下的物理化學本質,進而在結構層次發展用於其生物信息分析處理的新方法和新工具。研究內容主要包括三個依次遞進的方面。

③ 模體(motif)英文解釋是什麼

模體(motif)表示具有特定功能的或作為一個獨立結構域一部分的相鄰的二級結構的聚合體,它一般被稱為功能模體(functional motif)或結構模體(structural motif),相當於超二級結構(super-secondary structure)。模體和結構域一起組成了蛋白質的三級結構。

結構模體作為結構域的組分,介於蛋白質二級結構和三級結構之間,由相鄰的二級結構單元彼此相互作用,組合在一起,排列成規則的,在空間結構能夠辨認的二級結構組合體,並充當三級結構的構件,其基本形式有aa、bab和bbb等。多數情況下,只有非極性殘基側鏈參與這些相互作用,而親水側鏈多在分子的外表面。
常見模體:
(1)左手超螺旋——3根右手a-螺旋擰到一起形成一個左手超螺旋;
(2)右手超螺旋——3根左手螺旋擰到一起形成一個右手超螺旋,如膠原蛋白;
(3)捲曲螺旋——相鄰的2根右手a-螺旋擰到一起形成一個左手超螺旋;
(4)螺旋束——多個a-螺旋的聚合體;
(5)b-折疊-a-螺旋-b-折疊,即bab;
(6)b-發夾環——兩個反平行b-股由一個環相連;

(7)a-螺旋-b-轉角-a-螺旋,即aba;
(8)a-螺旋-環-a-螺旋(EF手相);
(9)Rossmann捲曲——也稱Rossmann折疊,它由兩個bab連在一起,形成babab結構,通常能結合輔酶I;
(10)希臘鑰匙模體——是一種全b折疊聚合體,存在於許多不同類型的蛋白質中,因在拓撲學上像古代花瓶上的希臘鑰匙而得名,清蛋白原就含有這種模體。
模體是刻畫蛋白質家族組成結構和執行功能的重要部分,但是對於通過各種生物信息學方法識別出的模體,目前沒有很好的辦法辨別真假和優劣.文中提出一種新的模體評價策略,從分類器的觀點出發,對不同方法在同一個蛋白質家族上建立的不同模體進行比較,從而推斷出最具有生物意義的模體.本文在PROSITE資料庫中選取7個細胞因子家族,採用MEME和HMMER兩種模體識別方法分別識別每個家族的模體,將每個模體看作一個分類器,通過計算同一家族的每個模體的敏感性和特異性並比較它們對應的接收機操作特性曲線,進而比較不同模體,確定真的模體和排除假的模體,從而獲得每個蛋白質家族的最佳模體的模型.這種策略可以應用於對任意蛋白質家族模體識別結果的評價.此外,還可以利用最佳模體搜索資料庫的結果預測每個家族的新成員.

④ 吸塑銅模的好壞關鍵在哪

1、吸塑局部採用銅抽芯,全銅價格太高了。
看看冰箱內膽真空成型模具設計方法.領悟吧!
模具是決定冰箱內膽真空成型質量和產量的關鍵。冰箱內膽真空成型模具的結構不同於其它塑料模具, 不同的真空成型設備, 其模具結構也有很大差別。由於成型工藝的特殊性, 使得此類模具設計更具點特色。
當然, 作為塑料模具的一種, 它也存在塑料模具設計的一些共性, 如成型模型腔設計、抽芯機構設計和冷卻系統設計等。在設計程序上與其它料模具設計基本相同, 一般按以下程序設計。
2.1、搜集、分析和消化原始資料。接受模具設計任務後, 應做下列一些工作:
1、分析製品:從製品的幾何形狀、尺寸精度、拉伸比、圓角、脫模斜度、加強筋及材質等方面分析塑料件結構是否符合真空成型工藝要求。通常, 因真空成型製品容易變形, 其幾何形狀和尺寸精度要求不能太高,理論上以拉伸比為0.5左右較合適, 但箱膽成型的拉伸比往往會大於此值, 此時可以採取吹泡預拉伸成型,否則製品壁厚不均勻, 容易被拉破, 特別要注意某些局部凸起部分不能太高,拐角處不能有銳角, 圓弧半徑不能小於板材厚度,門膽的脫模斜度一般為「0.5 °一3 °」, 但箱膽較深有的達620(如340內膽), 為了與擱架配合良好, 其脫模斜度宜小些, 最小可達0.25 °, 因此必須採用壓縮空氣輔助脫模;為了提高製品的剛性, 在適當部位應設置加強筋。塑料件結構是否合理還與所選成型材料的性能有關,如果製品結構不能滿足這些要求, 必要時還應與產品設計人員共同探討修改製品結構或另選成型材料, 以滿足製品成型質量和成本的要求。
2、分析工藝資料:
分析廠家提出的成型方法、成型設備、材料規格、生產率等要求是否合理, 能否落實。即分析採用連體模成型,冷藏室和冷凍室內膽同時成型,還是單體模成型, 用什麼類型的設備成型等.所選材料規格能否滿足成型需要.採用手工切邊還是自動切邊, 能否滿足生產率要求, 模具設計是否要考慮切邊裝置等。
3、熟悉有關參考資料和工廠實際情況:
熟悉一些設計標准和同類模具圖紙資料、成型設備說明書等。到使用部門走訪有關工藝技術人員和生產人員, 了解設備實際使用情況、操作人員技術水平、最常出現的與模具有關的成型質量問題等, 為模具設計准備更充分的第一手資料。
2.2、制定成型工藝。
通常由成型工藝人員根據製品成型要求制定成型工藝, 並提出模具設計任務書, 由模具設計人員進行模具設計, 但有時工廠往往會將這兩項工作合並起來做, 也就是說, 模具設計人員在進行模具設計之前, 還應制定合理的成型工藝, 為後面的模具設計打下基礎。此時, 應結合節中提出的問題進行綜合考慮。
2.3、熟悉成型設備技術規范:
成型工藝中僅僅對成型設備的類型、型號做出粗略的選擇, 這種選擇遠遠不能滿足模具設計的需要, 還必須熟悉設備的有關技術規范。比如, 模具安裝方式、介面尺寸、切邊裝置安裝尺寸、連體模中隔板位置與尺寸、真空室密封原理與結構、最大抽真空度、成型合模、預拉伸、脫模用壓縮空氣的工作壓力、加熱方式與加熱溫度調節、冷卻方式, 以及冷卻系統布置等。
2.4、模具設計
(1)成型體設計-凸模
成型體設計是真空成型模具設計的重點。成型體設計主要考慮塑料件的收縮、表面粗糙度、脫模斜度、抽氣孔的大小與布置、冷卻系統布置、抽芯機構的安裝與配合、成型體與模座之間的裝配關系, 以及模具材料等。
①塑料件的收縮率計算方法與注射模的收縮率計算方法相同, 但精確度可以適當降低, 因為真空成型塑料件的收縮量有50%是在脫模後產生的。不過對有公差要求的局部尺寸還是要想辦法嚴格保證。為了提高內膽表面質量, 國內大多數生產廠家都採用凸模成型, 但也有少數廠家採用凹模成型, 凹模成型的收縮量一般比凸模成型的收縮量大25%一50%,設計時應充分注意這一點。冰箱內膽成型材料一般使用ABS或HIPS板材, ABS板材的收縮率一般為0.4%一0.8%; HIPS板材的收縮率一般為0.5%一0.7%。影響塑料件收縮率的因素很多, 如板材加熱溫度、模具溫度、模具結構、塑料材質等, 可參考廠家的其它同類模具, 採用類比法確定收縮率如果要求較高, 也可先通過簡易模具試模, 測定其收縮率。
②成型體的表面粗糙度對塑料件質量和脫模有很大影響。因真空成型模具一般沒有頂出裝置, 靠壓縮空氣輔助脫模, 表面粗糙度要求太高, 對脫模不利, 且加工成本高。而表面粗糙度要求太低, 不符合塑料件質量要求, 因此, 綜合考慮, 成型面的表面粗糙度一般取Ra0.4一0.8。精加工後進行表面氧化處理。③脫模斜度應保持與塑料件設計的斜度一致。④為了便於模具製造、安裝及維修, 提高模具製造質量, 一般將模具分為成型體和模座兩部分分別進行設計、製造, 這就要求考慮好它們間的裝配關系。⑤冰箱內膽產量大、生產率高, 對成型模具要求高。因此, 成型體及模座材料一般採用ZL105, 鑄件不允許有砂眼、氣孔、縮孔、縮松等缺陷。
(2)抽芯機構設計:
冰箱內膽壁薄, 強度低, 容易被拉破, 一般不宜採用強制脫模, 而應採用抽芯脫模。抽芯的方式有直抽芯和斜抽芯兩種, 設計時應注意以下幾點:①根據抽芯部位結構特點, 靈活設計抽芯機構。直抽芯必須依靠氣缸來完成,斜抽芯既可用氣缸也可不用氣缸, 還可利用脫模力來直接實現(如350冰箱)。在利用氣缸合模與脫模的直抽芯機構設計中, 必須根據合模力及抽芯距離選擇氣缸的缸徑與行程。但在斜抽芯機構設計時, 應設法將活動塊受到的吸附力傳遞到模體上, 以減小氣缸的缸徑, 甚至省去氣缸。輔助脫模所用氣缸的缸徑及行程應根據機構運動所需動力及斜滑塊運動行程來選擇。②活動塊與模體之間分型面的選取應避免讓分型面在塑料件上留下痕跡, 因此分型面一般選取在活動塊的拐角處, 或者選取在易被其它結構件擱架遮住的部位。③活動塊與模體間的配合間隙對活動塊的運動及塑料件表面質量有很大影響。一般單邊間隙控制在0.05一0.1mm, 有時最大可達到0.2一0.25mm。活動塊與模體的成型面高度差應控制在0一0.1mm范圍內。④大型活動塊上也應設置冷卻水管, 進出口採用軟管連接。⑤為了保證活動塊復位準確、運動順暢, 應設有導向裝置和限位裝置。⑥反復承受摩擦的小活動塊應採用銅製件, 大型活動塊可採用摩擦面鑲銅邊, 以避免發生「 咬死」現象。
(3)、抽氣孔設計
為了順利實現抽真空, 成型體表面必須打抽氣孔, 且抽氣孔應開設在最後貼合成型的部位。在不影響內膽表面質量的前提下, 抽氣孔的孔徑應偏大,以提高抽真空速率, 這對提高成型質量和生產率有利。
一般在大平面上, 孔徑為0.7mm, 孔距為50--80mm.在不易抽真空的角隅處, 孔徑為1.0mm, 孔距為20一40在mm,形狀復雜的部位, 應集中布置抽氣孔。模具毛坯一般採用鑄造成型, 壁厚較大, 可以先在模具內側用Φ4mm或Φ6mm的鑽頭鑽成大孔,在距表面一處改用小鑽頭鑽透至成型表面。
(4)、模座設計:
模座設計的關鍵是要注意模座與成型體之間的裝配關系、模座在成型設備上的安裝方式及其介面尺寸, 水、氣連接方式及介面尺寸。成型設備不同,模座結構設計有很大差別, 要根據設備而定。對於箱膽連體模, 兩個內膽必須同時分別被吹泡預拉伸,兩個成型體之間有中隔板(鋼絲)。模座中隔板的位置必須與成型設備上方壓邊框的中間壓板位置相對應。兩個成型體之間的距離應根據上下內膽中間邊的大小來確定, 一般兩者相等, 即從中間劃開後不需要再切邊。有些廠家已實現兩膽聯體裝配生產, 不需要從中間劃開。
(5)、加熱和冷卻系統設計:
模具工作溫度對成型質量和生產率有很大影響。模具溫度通過埋設在其內的水道的循環水來調節, 使用ABS板材的成型模具, 其工作溫度一般要控制在72 ℃一80℃ 。
成型體內壁上必須按一定要求布滿水道。水道可以是管徑Φ12mmX1mm或Φ14mmX1mm的無縫不銹鋼管或紫銅管, 兩管之間的中心距離為80mm一100mm, 水管距模具端面的距離一般為40mm一60mm,水管表面距成型面最近處距離不小於8mm, 一般水管中心與成型面的距離為水管直徑的1一2倍,若距離太小, 容易使塑料件產生冷斑,距離太大時,傳熱效果不好。拐角處不允許過分彎曲水管, 要保證水流通暢布置水管時要注意不影響抽氣孔的開設。
對於模座, 一般在模座與成型體接合處的下方沿周向布置根水管即可。水管的埋設方法有兩種:一種是在鑄造模體毛坯時預埋,另一種是在加工模體時鑲嵌人內, 並用錫鉛合金密封。水管接好後, 應進行一壓力試驗, 檢查其氣密性。
(6)、密封結構設計:
為了抽真空, 在模具與板材之間必須形成封閉的空腔, 為此模具上必須設有相應的密封結構。成型設備不同, 密封結構有所不同, 一般是在模具的適當部位開設矩形槽, 在槽內嵌人圓截面的橡膠密封條。對於門膽模具, 有時是利用上壓框將塑料板材直接壓緊在模具邊沿上而形成密封。
(7)、切邊裝置設計:
無論是手動切邊還是機器自動切邊, 在成型過程中, 為了抽真空, 設備上方都有一個壓邊框將板材緊緊地壓在設備檯面板的下壓框或模具的邊沿上。如果是手動切邊, 則在上壓邊框的下面裝有切刀, 成型時在板料周圍壓制出一條細槽,
然後靠人工沿細槽將邊角余料切下,如果是機器自動切邊, 則在上壓邊框的下面裝有細鋸齒形的矩形截面壓邊條, 保證壓緊, 成型後將塑料件輸送到專用切邊機上切下邊角余料。因此, 要正確設計壓邊框與模具的相對位置, 確保製品外形尺寸准確。
四、結語
冰箱內膽真空成型模具設計與其它塑料成型模具設計有相同的地方, 但更有它的特點。

⑤ 請問多肽鏈中氨基酸序列分析主要特點是什麼

三、蛋白質的分子結構1.
蛋白質一級結構:概念:指多肽鏈中氨基酸的排列順序。主要化學鍵:肽鍵。2.
蛋白質的二級結構:概念:蛋白質分子中某一段肽鏈的局部空間結構,即該段肽鏈主鏈骨架原子的相對空間位置,並不涉及氨基酸殘基側鏈的構象
。主要化學鍵:氫鍵
肽單元:參與肽鍵的6個原子Ca1、C、O、N、H、Ca2位於同一平面,Ca1和Ca2在平面上所處的位置為反式(trans)構型,此同一平面上的6個原子構成了所謂的肽單元
(peptide
unit)
。四種主要結構形式(α螺旋、β折疊、β轉角、無規則捲曲)。模體:在許多蛋白質分子中,可發現二個或三個具有二級結構的肽段,在空間上相互接近,形成一個特殊的空間構象,被稱為模體(motif)。常見的有:鈣結合蛋白中結合鈣離子的模體、鋅指結構。
氨基酸殘基的側鏈對二級結構形成的影響:一段肽鏈其氨基酸殘基的側鏈適合形成a-螺旋或β-折疊,它就會出現相應的二級結構。
3.
蛋白質的三級結構:概念:整條肽鏈中全部氨基酸殘基的相對空間位置。即肽鏈中所有原子在三維空間的排布位置。主要次級鍵——疏水作用、離子鍵(鹽鍵)、氫鍵、范德華力等,結構域(domain):大分子蛋白質的三級結構常可分割成一個或數個球狀或纖維狀的區域,折疊得較為緊密,各行使其功能,稱為結構域(domain)
。分子伴侶(chaperon):通過提供一個保護環境從而加速蛋白質折疊成天然構象或形成四級結構。4.
蛋白質的四級結構:概念:蛋白質分子中各亞基的空間排布及亞基接觸部位的布局和相互作用,稱為蛋白質的四級結構。亞基:有些蛋白質分子含有二條或多條多肽鏈,每一條多肽鏈都有完整的三級結構,稱為蛋白質的亞基
(subunit)。各亞基之間的結合力:疏水作用、氫鍵、離子鍵。

⑥ 從生物化學角度比較核酸二級結構與蛋白質二級結構的特點

核酸二級結構一般是指DNA雙螺旋結構,RNA一般比較flexible,以線性存在,但在分子生物學中也經常出現RNA二聚體這樣的形式,或像tRNA這樣的也具有二級結構
蛋白質的二級結構指的是在其一級結構的基礎上進一步折疊,其中可看到的折疊形態有alpha helices, beta sheets, beta turn和一些loop結構,這些結構一起構成了蛋白質的二級結構

⑦ 關於論文前言

我是復制的,希望對樓主能有所幫助

※ Multiplexing:一種同時採用多種樣品的測序方法,能夠大大提高測序速度。
※ 突變(Mutation):DNA序列上任一種可以被遺傳的變易。
※ 核苷酸(Nucleotide):DNA和RNA的基本組成部分,通常包含一分子核糖,一分子磷酸和一分子鹼基。多個核苷酸通過磷酸二酯鍵連接成一條鏈狀。
※ 細胞核(Nucleos):真核細胞中的一種細胞器,內含遺傳物質。
癌基因(Oncogene):一種能夠導致癌症的基因。許多致癌基因都直接或間接地控制細胞的成長速度。
※ 噬菌體(phage):一種以細菌為宿主細胞的病毒。
※ 物理圖譜(Physics Map):物理圖譜描繪DNA上可以識別的標記的位置和相互之間的距離(以鹼基對的數目為衡量單位),這些可以識別的標記包括限制性內切酶的酶切位點,基因等。物理圖譜不考慮兩個標記共同遺傳的概率等信息。對於人類基因組來說,最粗的物理圖譜是染色體的條帶染色模式,最精細的圖譜是測出DNA的完整鹼基序列。
※ 質粒(Plasmid):質粒是細菌的染色體外能夠自我復制的環狀DNA分子。它能夠和細胞核中的染色體明顯地區別開來,而且並不是細胞生存的必要物質。一些質粒適宜於引入到宿主細胞中去,並利用宿主細胞的DNA大量繁殖,因此我們常常採用質粒作為外源DNA的載體,外源DNA藉助於質粒在宿主細胞中大量繁殖。
※ 多基因病(Polygenic Disorder):有多個基因位點共同決定的遺傳病(如心臟病、糖尿病、一些癌症等)。這類疾病的遺傳由多個基因位點共同控制,因而比單基因病的遺傳更為復雜。
※ 多聚酶鏈式反應(PCR):一種體外擴增DNA的方法。PCR使用一種耐熱的多聚酶,以及兩個含有20個鹼基的單鏈引物。經過高溫變性將模板DNA分離成兩條鏈,低溫退火使得引物和一條模板單鏈結合,然後是中溫延伸,反應液的游離核苷酸緊接著引物從5『端到3』端合成一條互補的新鏈。而新合成的DNA又可以繼續進行上述循環,因此DNA的數目不斷倍增。
※ 多聚酶(Polymerase):多聚酶具有催化作用,能夠加快游離的核苷酸和DNA模板結合形成新鏈的反應速度。
※ 多態性(Polymorphism):多個個體之間DNA的差異稱為多態性。DNA變異概率超過1%的變異,比較適宜作為繪制連接圖譜的證據。
※ 引物(Primer):預先制備的比較短的核苷酸鏈,在新鏈合成過程中作為引物,游離的核苷酸在引物之後按順序和模板上的鹼基結合,形成新鏈。
※ 原核生物(Prokaryote):原核生物沒有細胞膜,結構清晰的核以及其他細胞器。細菌是原核生物。
※ 探針(Probe):是一條DNA單鏈或者一條RNA鏈,具有特定的序列,並且使用放射性元素或者免疫特性物質進行標記。探針和克隆庫中的某條互補片段結合成一條雙鏈結構,我們可以藉助於探針的檢測來獲知與其互補的鏈的位置。
※ 啟動子(Promoter):DNA上的一個特定位點,RNA聚合酶在此和DNA結合,並由此開始轉錄過程。
※ 蛋白質(Protein):一種由一條或者多條肽鏈構成的大分子。每條肽鏈上核苷酸的順序是由基因外顯子部分的鹼基序列決定的。蛋白質是細胞、組織和器官的重要組成部分,每種蛋白質都具有特定的功能。酶、抗體和激素等都是蛋白質。
※ 嘌呤(Purine):一種含氮的單環結構物。是核苷酸的重要組成部分,有腺嘌呤A和鳥嘌呤G兩種。
※ 嘧啶(Pyrimidine):一種含氮的雙環結構,是核苷酸的重要組成部分。分為胞嘧啶C,胸腺嘧啶T和尿嘧啶U三種。
※ 重組克隆(Recombinant Clone):將不同來源的DNA片段合成在一個DNA分子中,這種技術稱為重組,得到的分子為重組克隆。
※ DNA重組技術(Recombinant DNA Technology):在細胞體外將兩個DNA片段連接成一個DNA分子的技術。在適宜的條件下,一個重組DNA分子能夠被引入到宿主細胞中並在宿主細胞中大量繁殖。
※ 調控序列(regulatory regions and sequence):一段控制基因表達的DNA片段。
※ 限制性內切酶(Restriction enzyme, endonuclease):這種酶能夠識別出DNA上特定的鹼基序列,並在這個位點將DNA酶切。細菌中有400中限制性內切酶,能夠識別出100中DNA序列。
※ 酶切位點(Restriction Enzyme cutting site):DNA上一段鹼基的特定序列,限制性內切酶能夠識別出這個序列並在此將DNA酶切成兩段。
※ 限制性長度多態性(Restriction fragment length polymorphsm):從不同個體制備的DNA,使用同一種限制性內切酶酶切,切得的片段長度各不相同。酶切片段的長度可以作為物理圖譜或者連接圖譜中的標記子。通常是在酶切位點處發生突變而引發的。
※ 核糖核酸RNA(Ribonucleic acid):從細胞的細胞核和細胞質部分分離出來的化學物質。在蛋白質合成和其他生化反應中起著重要作用,RNA的結構和DNA的結構類似,都是有核苷酸按照一定順序排列成的長鏈。RNA可以分為信使RNA、轉運RNA、核糖體RNA以及其他類型的RNA。
※ 核糖體RNA(Ribonsomal RNA rRNA):存在於核糖體中的RNA。
※ 核糖體(Ribonsome):細胞質中含有rRNA和相關蛋白質的細胞器,是蛋白質的合成場所。
序列位置標簽(Sequence Tagged Site, STS):一段短的DNA序列(200-500個鹼基對),這種序列在染色體上只出現一次,其位置和鹼基順序都是已知的。在PCR反應中可以檢測處STS來,STS適宜於作為人類基因組的一種地標,據此可以判定DNA的方向和特定序列的相對位置。ETS是cDNA上的STS。
※ 性染色體(Sex Chromosome):在人類細胞中是X或者Y染色體,性染色體決定了個體的性別。雌性細胞中含有兩個X染色體,而雄性細胞中含有1個X染色體和1個Y染色體。
※ 鳥槍法(Shotgun method):使用基因組中的隨機產生的片段作為模板進行克隆的方法。
※ 單基因病(Single Gene Disorder):一個基因的等位基因之間發生了突變造成的疾病。
※ 體細胞(Somatic Cells):個體中除了生殖細胞及其母細胞之外的細胞,都是體細胞。
※ 串聯重復序列(Tandem repeat sequences):在染色體上一段序列的多次重復,稱為串聯重復序列。常用來作為物理圖譜中的標記子。
※ 端粒(Telomere):是染色體的末端部分,這一特殊結構區域對於線型染色體的結構和穩定起重要作用。
※ 轉錄(Transcription):以某一DNA鏈為模板,按照鹼基互補原則形成一條新的RNA鏈的過程,是基因表達的第一步。
※ 轉運RNA(tRNA):轉運RNA具有特殊的結構,其一端包含3個特定的核苷酸序列,能和信使RNA上的密碼子按照鹼基配對原則進行結合。另一端則帶有一個氨基酸。因此轉運RNA能夠同細胞質中游離的氨基酸結合並運到核糖體上,核糖體按mRNA上的遺傳信息將氨基酸裝配成蛋白質。
※ 轉化(Transformation):將外源DNA整合到某一細胞基因組中的過程。。
※ 翻譯(Translation):mRNA上攜帶的遺傳信息指導蛋白質的合成過程,稱為翻譯。
※ 病毒(Virus):一種不具備細胞結構的生物體。只能寄生在宿主細胞中才能生存。病毒一般包含核酸以及外殼蛋白,有些動物的病毒的外面也偶爾覆蓋一層細胞膜。病毒進入宿主細胞之後,利用宿主的合成機制復制出大量的後代。。
※ 酵母菌人工合成染色體(Yeast Artificial Chromosome):一種能夠克隆長達400Kb的DNA片段的載體,含有酵母細胞中必需的端粒、著絲點和復制起始序列。
(卜東波、伍樹明翻譯整理)
生物信息名詞
§§§ BLAST (Basic Local Alignment Search Tool),基本的基於局部對準的搜索工具;一種快速查找與給定序列具有連續相同片斷的序列的技術。
§§§ Entrez 美國國家生物技術信息中心所提供的在線資源檢索器。該資源將GenBank序列與其原始文獻出處鏈接在一起。
§§§ NCBI 美國國立生物技術信息中心(National Center for Biotechnology Information),1988年設立,為美國國家醫學圖書館(NLM)和國家健康協會(NIH)下屬部門之一。提供生物醫學領域的信息學服務,如世界三大核酸資料庫之一的GenBank資料庫,PubMed醫學文獻檢索資料庫等。
§§§ Conserved sequence 保守序列。演化過程中基本上不變的DNA中的鹼基序列或蛋白質中的氨基酸序列。
§§§ Domain 功能域。蛋白質中具有某種特定功能的部分,它在序列上未必是連續的。某蛋白質中所有功能域組合其起來決定著該蛋白質的全部功能。
§§§ EBI 歐洲生物信息學研究所(European Bioinformatics Institute)。 The National Center for Biotechnology Information (NCBI) at the NationalLibrary of Medicine (NLM), National Institutes of Health (NIH)
§§§ EMBL 歐洲分子生物學實驗室(uropean Molecular Biology Laboratory)。
§§§ GenBank 由美國國家生物技術信息中心提供的核酸序列資料庫。
§§§ Gene 基因。遺傳的基本的物理和功能單位。一個基因就是位於某條染色體的某個位置上的核苷酸序列,其中蘊含著某種特定功能產物(如蛋白質或RNA分子)的編碼。
§§§ DUST A program for filtering low complexity regions from nucleic acid sequences.
§§§ Gene expression 基因表達。基因中的編碼信息被轉換成行使特定功能的結構產物的過程。
§§§ Gene family 基因家族。一組密切相關的編碼相似產物的基因。
§§§ Gene mapping 基因作圖。對DNA分子(染色體或質粒)中基因的相對位置和距離進行確定的過程。
§§§ Genetic code 遺傳密碼。以三聯體密碼子的形式編碼於mRNA中的核苷酸序列,決定著所合成蛋白質中的氨基酸序列。
Genome 基因組。某一物種的一套完整染色體組中的所有遺傳物質。其大小一般以其鹼基對總數表示。
§§§ Genomics 基因組學。從事基因組的序列測定和表徵描述,以及基因活性與細胞功能關系的研究。
§§§ HGMP 英國劍橋的人類基因組繪圖計劃(Human Genome Mapping Project)。
§§§ Informatics 信息學。研究計算機和統計學技術在信息處理中的應用的學科。在基因組計劃中,信息學的內容包括快速搜索資料庫方法的開發、DNA序列信息分析方法的開發和從DNA序列數據中預測蛋白質序列和結構方法的開發。
§§§ Physical map 物理圖譜。不考慮遺傳,DNA中可識別的界標(如限制性酶切位點和基因等)的位置圖。界標之間的距離用鹼基對度量。對人類基因組而言,最低解析度的物理圖譜是染色體上的條帶圖譜;最高解析度的物理圖譜是染色體中完整的核苷酸序列。
§§§ Promoter 啟動子。DNA中被RNA聚合酶結合並從此起始轉錄的位點。
§§§ Proteome 蛋白質組。一個基因組的全部蛋白產物及其表達情況。
§§§ Regulatory region or sequence 調控區或調控序列。控制基因表達的DNA鹼基序列。
§§§ Ribosomal RNA 核糖體RNA。簡寫為rRNA。是一組存在於核糖體中的RNA分子。
§§§ Sequence tagged site 序列示蹤位點,簡寫為STS。在人類基因組中只出現一次的位置和序列已知的長約200到500bp的短DNA序列片斷。由於可以通過PCR檢測到,STS在將來源於許多不同實驗室的基因圖譜和測序數據進行定位和定向時非常有用,並且STS在人類基因組的物理圖譜中也具有界標的作用。表達的序列標簽(ESTs)就是那些得自cDNAs的STSs。
§§§ Single-gene disorder 單基因病。由單個基因的等位基因的突變所導致的遺傳病(如杜興肌營養不良和成視網膜細胞瘤等)。
§§§ UniGene 美國國家生物技術信息中心提供的公用資料庫,該資料庫將GenBank中屬於同一條基因的所有片斷拼接成完整的基因進行收錄。
§§§ 非蛋白質編碼區(「Junk」DNA)占據了人類基因組的大部分,研究表明「Junk」是許多對生命過程富有活力的不同類型的DNA的復合體,它們至少包括以下類型的DNA成份或由其表達的RNA成分:內含子(intron)、衛星(Satellite)DNA、小衛星(minisatellite)DNA、微衛星(microsatellite)DNA、非均一核RNA(hmRNA)、短散置元(short interspersed elements)、長散置元(long interspersed elements)、偽基因(pseudogenes)等。除此之外,順式調控元件,如啟動子、增強子等也屬於非編碼序列。
雙重序列對比 兩序列間的對比分析。最常見的方法為Needle-Wunsch方法。能夠利用的軟體如BLAST、FASTA等。
§§§ Autosome 常染色體。與性別決定無關的染色體,人雙倍體染色體組含有46條染色體,其中22對常染色體,一對與性別決定有關的性染色體(X和Y染色體)。
sex chromosome. 包括序列(核酸與蛋白)搜索,結構比較,結構預測,蛋白質域,模體(Motif ),測序,發育與進化分析,雙向電泳成像分析,質譜蛋白質鑒定,三維蛋白結構模建與成像,基因組圖譜比較,基因預測,非編碼區功能位點識別,基因組重疊群集裝,後基因組功能分析,結構基因組學以及葯物基因組學等等。
在BLAST2.0,2.05新版中啟用了gapped BLAST、PSI-BLAST 和PHI-BLAST。gapped BLAST是比原BLAST 更靈敏更快的局部相似聯配(俗稱局部同源)搜索法;PSI- BLAST用迭代型的剖面打分演算法,每次迭代所費時間與前者相同,它可檢索弱同源的目標;PHI-BLAST 98年剛出台,是模體(Motif )構造與搜索軟體,是更靈敏的同源搜索軟體。例如線蟲§§§ 的CED4是apoptosis 的調控蛋白,含有涉及磷酸結合的P 環模體,在各種ATP 酶和GTP 酶中可發現。在用gapped BLAST搜索NR資料庫時,CED4僅跟人凋亡調控蛋白Apaf-1顯著同源或相似(其中含有P-loop保守區)。但PHI- BLAST搜索,另有一個顯著同源(E=0.038 )目標,是植物抗病蛋白Arabidopsis thaliana T7N9.18,證實此動物與植物蛋白確實在apoptosis 中有相似的功能。另有,按PHI- BLAST搜索在MutL DNA修復蛋白中的ATP 酶域,II型拓撲異構酶,組氨酸激酶和HS90家族蛋白,發現一個新的真核蛋白族,共有HS90型ATP 酶域。再有在古核tRNA核苷酸轉移酶中發現核苷酸轉移酶域,在細菌DNA 引物酶的古核同源體中發現螺旋酶超家族II的模體VI。用以往的搜索法這些是得不到的。
深層事項:
後基因組時期的主要任務:Data mining ,即從完全測序的基因組中預測功能。
1 、序列、結構和功能 自分子生物學產生以來,均相信序列決定結構,結構決定功能。隨著基因組學的發展,對此理解已有長足的深化。同源序列(具有共同祖先)未必具有相同的功能;相同功能未必源自同源序列。相異序列可能有相似的結構;序列與結構不相似的蛋白可能會有相似的功能。現在發現存在不相似(在序列與結構水平上)酶催化相同的生化反應。當然亦存在甚至結構水平上很相似的酶催化不同的生化反應。例如人與鼠的3?- 羥甾類脫氫酶,1AHH和1RAL;前者是Rossmann折疊,而後者是TIM-桶。肯定,這些相似酶不是共同祖先趨異的結果,而是不同祖先趨同的結果。如結構決定功能還是合理的,那麼至少在功能活性位點具有相似結構特徵(即3D- 功能模體)。屬於今後研究的課題,對了解酶催化機制與功能蛋白的小分子模擬具有很大價值。 何謂功能?功能有層次的:表型的,細胞的和分子的。 目前開始高層功能預測,分子相互作用、代謝途徑和調控網路。目前,已從結構基因組學,功能基因組學和蛋白質組學多種角度研究基因組功能。
2 、結構基因組學中的生物信息學 希望大通量地測定和模建完全測序基因組的全部蛋白三維結構。生物信息學可以發揮作用,一方面規劃好測定的對象,另一方面可靠地模建結構。
3 、功能基因組學中的生物信息學 美國HGP 已編制1998-2003 的新五年計劃。提出八項目標:其中目標7 特指生物信息學和計算生物學,其實幾乎每項目標都要生物信息學,例如目標4 功能基因組學中的非編碼區功能位點預測,基因表達分析(如DNA Chip)以及蛋白質全局分析(如蛋白質組學)。
§§§ 蛋 白 質 組 學(Proteomics)
1.蛋白質組學研究的目的和任務 20世紀中期以來,隨著DNA雙螺旋結構的提出和蛋白質空間結構的X射線解析,開始了分子生物學時代,對遺傳信息載體DNA和生命功能的主要體現者蛋白質的研究,成為生命科學研究的主要內容。90年代初期,美國生物學家提出並實施了人類基因組計劃,預計用15年的時間,30億美元的資助,對人類基因組的全部DNA序列進行測定,希望在分子水平上破譯人類所有的遺傳信息,即測定大約30億鹼基對的DNA序列和識別其中所有的基因(基因組中轉錄表達的功能單位)。經過各國科學家8年多的努力,人類基因組計劃已經取得了巨大的成績,一些低等生物的DNA全序列已被闡明,人類3%左右DNA的序列也已測定,迄今已測定的表達序列標志(EST)已大體涵蓋人類的所有基因。在這樣的形勢下,科學家們認為,生命科學已經入了後基因組時代。在後基因組時代,生物學家們的研究重心已經從解釋生命的所有遺傳信息轉移到在整體水平上對生物功能的研究。這種轉向的第一個標志就是產生了一門成為功能基因組學(Functional Genomics)的新學科。它採用一些新的技術,如SAGE、DNA晶元,對成千上萬的基因表達進行分析和比較,力圖從基因組整體水平上對基因的活動規律進行闡述。但是,由於生物功能的主要體現者是蛋白質,而蛋白質有其自身特有的活動規律,僅僅從基因的角度來研究是遠遠不夠的。例如蛋白質的修飾加工、轉運定位、結構變化、蛋白質與蛋白質的相互作用、蛋白質與其它生物分子的相互作用等活動,均無法在基因組水平上獲知。正是因為基因組學(Genomics)有這樣的局限性,於90年代中期,在人類基因組計劃研究發展及功能基因組學的基礎上,國際上萌發產生了一門在整體水平上研究細胞內蛋白質的組成及其活動規律的新興學科——蛋白質組學(Proteomics),它以蛋白質組(Proteome)為研究對象。蛋白質組是指「由一個細胞或一個組織的基因組所表達的全部相應的蛋白質」。測定一個有機體的基因組所表達的全部蛋白質的設想,萌發在1975年雙向凝膠電泳發明之時。1994年Williams正式提出了這個問題,而「蛋白質組」的名詞則是由Wilkins創造的,發表在1995年7月的Electrophoresis雜志上。蛋白質組與基因組相對應,但二者又有根本不同之處:一個有機體只有一個確定的基因組,組成該有機體的所有不同細胞斗拱享用一個確定的基因組;而蛋白質組則是一個動態的概念,她不僅在同一個機體的不同組織和細胞中不同,在同一機體的不同發育階段,在不同的生理狀態下,乃至在不同的外界環境下都是不同的。正是這種復雜的基因表達模式,表現了各種復雜的生命活動,每一種生命運動形式,都是特定蛋白質群體在不同時間和空間出現,並發揮功能的不同組合的結果。基因DNA的序列並不能提供這些信息,再加上由於基因剪接,蛋白質翻譯後修飾和蛋白質剪接,基因遺傳信息的表現規律就更加復雜,不再是經典的一個基因一個蛋白的對應關系,一個基因可以表達的蛋白質數目可能遠大於一。對細菌,可能為1.2~1.3;對酵母則為3;而對人,可高達10。後基因組和蛋白質組研究,是為闡明生命活動本質所不可缺少的基因組研究的遠為復雜的後續部分,無疑將成為21世紀生命科學研究的主要任務。

⑧ 蛋白質的超二級機構,模體,結構域有什麼區別

蛋白質的超二級機構、模體、結構域有2點不同:

一、三者的含義不同:

1、蛋白質超二級機構的含義:蛋白質超二級結構是指在多肽鏈內題序上相互鄰近的二級結構盒盒在空間新金中靠近,彼此相互作用,形成規則的二級結構聚集體。在球狀蛋白質分子的一級結構的基礎上,相鄰的二級結構單位(α螺旋β折疊等)在三維折疊中相互靠近。

2、蛋白質模體的含義:蛋白質模體指的是由2個或3個具有二級結構的肽段,在空間上相互接近,形成一個特殊的空間結構。它具有特徵性的氨基酸排列順序,並且同特定的功能相聯系。蛋白質分子中由氨基酸殘基空間排布形成具有特定生物學功能的結構模式。

3、蛋白質結構域的含義:蛋白質結構域是在較大的蛋白質分子中,由於多肽鏈上相鄰的超又變給構緊密聯系,形成兩個或多個在空間上可以明顯區別的局部區域。結構域與分子整體低價鍵超連,一般難以分離,這是它與蛋白質亞基結構的區別。

二、三者的的形式不同:

1、蛋白質超二級機構的形式:目前發現的超二級結構有三種基本形式:α螺旋組合(αα)、β折疊組合(βββ)和a螺旋-β折疊組合(βαβ)其中以βαβ組合最為常見。

2、蛋白質模體的形式:

(1)左手超螺旋:3根右手α-螺旋擰到一起形成一個左手超螺旋;

(2)右手超螺旋:3根左手螺旋擰到一起形成一個右手超螺旋,如膠原蛋白;

(3)捲曲螺旋:相鄰的2根右手α-螺旋擰到一起形成一個左手超螺旋;

(4)螺旋束:多個α-螺旋的聚合體。

3、蛋白質結構域的形式:把蛋白質結構分為四類:α型、β型、α/β型以及其它類型的結構域結構。α型結構域結構主要由α-螺旋所構成,例如肌紅蛋白的結構等。

β型結構域結構主要由反平行的卜回折所構成,通常是兩個卜回折相互包裹在一起,例如質體蘭素的結構等。α/β型結構域結構則是由α-螺旋所包裹的以平行β-鏈為主的。

(8)模體分析方法擴展閱讀:

蛋白質結構域的性質:

1、結構域在空間上具有臨近相關性即在一級結構上相互臨近的氨基酸殘基,在結構域的三維空間結構上也相互臨近,在一級結構上相互遠離的氨基酸殘基,在結構域的空間結構上也相互遠離,甚至分別屬於不同的結構域。

2、結構域與蛋白質完成生理功能有著密切的關系,有時幾個結構域共同完成一項生理功能,有時一個結構域就可以獨立完成一項生理功能,但是一個結構不完整的結構域是不可能產生生理功能的。因此結構域是蛋白質生理功能的結構基礎,但必須指出的是,雖然結構域與蛋白質的功能關系密切,但是結構域和功能域的概念並不相同。

3、結構域實質上是二級結構的組合體,充當三級結構的構件,每個結構域分別代表一種功能。

4、結構域之間常只有一段肽鏈相連,使域間容易發生相對運動,這將有利於活性中心結合底物或施加應力,有利於別構中心結合調節物和發生別構效應,以利於酶對反應的催化。

5、通過結構域容易構建具有特定三維排布的活性中心。

⑨ motif 在分子生物學中是什麼意思 怎麼翻譯

motif是在許多蛋白質分子中,由幾個具有二級結構的肽段在空間上相互接近、相互作用,所形成的折疊模樣稱為超二級結構,又稱為模體。鋅指結構是一種常見的模體。

motif在生物學中是一個基於數據的數學統計模型,典型的是一段sequence也可以是一個結構,是特定的group的序列預測,例如一個DNA sequence可以定義為轉錄因子結合位點,也就是序列傾向於被這種factor結合。

對蛋白質來說,sequence motifs可以被定義為蛋白質(蛋白質序列)屬於一個給定的蛋白質家族。一個簡單的motif可以是,例如,一個模式pattern,而這個模式被這個group中的所有成員共享。

例如WTRXEKXXY(這里,X代表任何氨基酸)。當然也有更復雜的motif模型。Motif有時和特定的功能聯系一起。

motif在生物學上翻譯成,模體,模序,基序等。

(9)模體分析方法擴展閱讀

常見模體:

1、左手超螺旋——3根右手α-螺旋擰到一起形成一個左手超螺旋;

2、右手超螺旋——3根左手螺旋擰到一起形成一個右手超螺旋,如膠原蛋白;

3、捲曲螺旋——相鄰的2根右手α-螺旋擰到一起形成一個左手超螺旋;

4、螺旋束——多個α-螺旋的聚合體;

5、β-折疊-α-螺旋β-折疊,即βαβ;

6、β-發夾環——兩個反平行β-股由一個環相連;

7、α-螺旋-β-轉角-α-螺旋,即αβα;

8、α-螺旋-環-α-螺旋(EF手相);

9、Rossmann捲曲——也稱Rossmann折疊,它由兩個βαβ連在一起,形成βαβαβ結構,通常能結合輔酶I;

10、希臘鑰匙模體——是一種全β折疊聚合體,存在於許多不同類型的蛋白質中,因在拓撲學上像古代花瓶上的希臘鑰匙而得名,清蛋白原就含有這種模體。

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