拷貝數分析方法

A. 怎樣利用實時熒光定量方法進行拷貝數變異的分析

實時熒光定量PCR即 Real time PCR(也稱實時定量PCR) 定量PCR已經從基於凝膠的低通量分析發展到高通量的熒光分析技術，即實時定量PCR。

B. 半定量pcr如何分析基因拷貝數

電泳後拍照，用圖像分析軟體測定條帶的亮度，然後與標准參照帶的亮度進行比較，推算出待測帶的拷貝數。

C. 如何分析基因拷貝數 blast

美國科羅拉多大學的James Sikela 等人比較了24000 多種人類及黑猩猩、大猩猩等8 種靈長類動物基因中的DNA。應用比較基因組雜交(CGH)技術，他們總共發現了4000 多種表現了種系特異性變化的基因拷貝，而且這個數量還隨著進化不斷增長。比較起來，人類比其他靈長類動物的這種基因要少得多--人類只有84 個這種基因，而狐猴則有1180 種。 這些具有多個拷貝的基因往往具有很特殊的作用。比如其中一個名為aquaporin 7 的基因，人類具有它的5 個拷貝，而其他靈長類動物只有兩個。研究人員推測，這個基因可能與人類特有的運動性出汗及耐力跑有關。

D. 拷貝數變異的拷貝數變異的研究方法

目前, 用來進行全基因組范圍的 CNV 研究的方法有: 基於晶元的比較基因組雜交技術(array-based comparative genomic hybridization, aCGH)、SNP 分型晶元技術和新一代測序技術。CNV的形成機制有多種, 並可分為DNA重組和DNA錯誤復制兩大類。CNV可以導致呈孟德爾遺傳的單基因病與罕見疾病, 同時與復雜疾病也相關。其致病的可能機制有基因劑量效應、基因斷裂、基因融合和位置效應等。對 CNV的深入研究, 可以使我們對人類基因組的構成、個體間的遺傳差異、以及遺傳致病因素有新的認識。

E. 怎麼算絕對拷貝數

有兩個辦法或許可以解決你的問題：
1.如果你的樣本是純度較高的DNA，
可以測定其OD（注意OD要落在線性范圍內），得到每微升樣品含多少ng DNA。
然後就可以進行推算。如果是人的DNA，則x ng DNA*1e-9/(二倍體基因組DNA的摩爾質量)*阿佛加德羅常數=x ng DNA的二倍體基因拷貝數。
二倍體基因組DNA的摩爾質量的計算：比如正常人的二倍體基因組=2×3e9×660( g/摩爾)。
660是一個鹼基對(base pair)的大致分子量。
2.更精確的方法是：
選取基因組上的一個已知的、確切的單拷貝基因，
針對該基因，製作不同稀釋度的拷貝數對照。
設計定量PCR來測定你的每個樣品中該基因的拷貝數。
這樣就可以得到你的每個樣品的二倍體基因組拷貝數。

F. 怎樣採用實時熒光PCR檢測畢赤酵母中外源基因的拷貝數

怎樣採用實時熒光PCR檢測畢赤酵母中外源基因的拷貝數
定量PCR已經從基於凝膠的低通量分析發展到高通量的熒光分析技術，即實時定量PCR。實時熒光定量PCR技術於1996年由美國Applied Biosystems公司推出，由於該技術不僅實現了PCR從定性到定量的飛躍，而且與常規PCR相比，它具有特異性更強、有效解決PCR污染問題、自動化程度高等特點。實時定量PCR (real-time quantitative PCR)是指在PCR指數擴增期間通過連續監測熒光信號強弱的變化來即時測定特異性產物的量，並據此推斷目的基因的初始量，不需要取出PCR產物進行分離。目前實時定量PCR作為一個極有效的實驗方法，已被廣泛地應用於分子生物學研究的各個領域。
實時熒光定量PCR 技術的主要應用：
1. DNA 或RNA 的絕對定量分析：包括病原微生物或病毒含量的檢測,轉基因動植物轉基因拷貝數的檢測，RNAi 基因失活率的檢測等
2. 基因表達差異分析：例如比較經過不同處理樣本之間特定基因的表達差異(如葯物處理、物理處理、化學處理等 )，特定基因在不同時相的表達差異以及cDNA 晶元或差顯結果的確證
3. 基因分型：例如SNP 檢測，甲基化檢測等
Realtime PCR 常用的兩種方法分別為：Sybr green（熒光染料摻入法） 和Taqman probe （探針法）
SYBR green
在PCR反應體系中，加入過量SYBR熒光染料，SYBR熒光染料特異性地摻入DNA雙鏈後，發射熒光信號，而不摻入鏈中的SYBR染料分子不會發射任何熒光信號，從而保證熒光信號的增加與PCR產物的增加完全同步。
此方法適用：
1、靈敏度高：使用SYBR可使熒光效果增強到1000倍以上
2、通用性好,不需要設計探針,方法簡便,省時,價格低廉。
3、通用型方法，在國內外科研中普遍使用。
4、高通量大規模的定量PCR檢測
5、專一性要求不高的定量PCR檢測。

G. 如何分析全外顯子拷貝數變異

基因拷貝數變異（ number variations, CNVs）是指DNA片段大小范圍從kb到Mb的亞微觀突變。「拷貝數變異」（CNVs）和「單核苷酸多態性」（SNPs）是人類表型變異的兩個重要潛在來源。

理論上，拷貝數變異遺傳也是符合孟德爾定理的，因為其實也算一種等位基因

對補充問題的回
本質是核苷酸序列的變異。當然也可能進一步對高級結構產生影響

H. 如何計算質粒的拷貝數（copies）

拷貝數計算公式：copies/ml（拷貝數）=(6.02 x 10(23)次拷貝數/摩爾) x (濃度) / (MW g/mol)。

細菌細胞中，某種特定質粒的數目。根據復制特性，質粒分嚴緊型和鬆弛型兩類，前者在細胞中只含1～2個，而後者含10～15個以上。

恆定的拷貝數與質粒復制控制系統、宿主細胞遺傳背景及生長條件有關。

質粒復制控制系統首先通過調節復制的起始點來控制拷貝數，調節因素包括阻遏蛋白、反義RNA和某些順向重復序列。

有些質粒還有其他控制系統，如有分配功能的par系統和確保質粒穩定遺傳的ccd系統。一旦質粒上與調控有關的基因或位點突變，可使拷貝數明顯增加或減少。

(8)拷貝數分析方法擴展閱讀

實時熒光定量PCR其定量的基本原理是在 PCR 反應體系中加入非特異性的熒光染料（如： SYBR GREEN I ）或特異性的熒光探針（如： Taqman 探針）。

實時檢測熒光量的變化，獲得不同樣品達到一定的熒光信號（閾值）時所需的循環次數： CT 值（ Cycle Threshold ）；通過將已知濃度標准品的 CT 值與其濃度的對數繪制標准曲線，就可以准確定量樣品的濃度。

熒光定量 PCR 技術具有簡便、快捷的優點，能夠有效擴增低拷貝的靶片段 DNA ，對每克樣品中 20pg-10ng 的轉基因成分進行有效檢測。

同時，與 Southern 法相比，熒光定量 PCR 技術可對 T-DNA 的不同序列進行擴增，因此能實現對轉基因品系中的基因重組的檢測（ Giovanna 2002 ）。

I. 在dna水平上分析基因一級結構，拷貝數變化及在染色體上位置可以採用哪些方法

基因的一級結構是指脫氧核苷酸的排列測序，解析一級結構最精確的技術就是DNA測序，第一代測序技術為Sanger測序法（雙脫氧測序法）,第二代測速技術是循環晶元測序技術，第三代測序技術是單分子測序技術；分析某種基因的種類及拷貝數，實質上就是對基因進行定性和定量分析，常用的技術包括DNA印跡技術（Southern印記）和實時定量PCR技術；基因在染色體上位置的檢測可以通過熒光分子標記法。
該答案由本人查閱資料整理歸納，如有異議，歡迎批評指正。

J. 研究基因的拷貝數有什麼作用現在用什麼方法檢測比較好

基因的拷貝數變化（CNV）可以影響產物的量，從而影響性狀。而且拷貝多了對進化有利，人基因組里有很多重要的基因都是多拷貝的，比如MHC分子、TCR、抗體的基因等等。
方法主要是測序，最近開始利用熒光定量PCR來做。