㈠ 微生物的菌種鑒定方法與步驟（鑒定到「株」一級）
基本上認可的方法就是隨機擴增多態性RAPD
㈡ 細菌鑒定的一般步驟
一般可以從形態和分子水平鑒定。形態觀察可以從不同的菌型鑒定是桿菌、球菌等。最好的辦法是做菌落PCR，特異性得到細菌的16s rDNA，然後通過基因測序手段得到16s rDNA序列，通過NCBI比對序列查找相似菌株，再建立系統進化樹，從而得出種屬關系。
㈢ 鑒定一種未知細菌的方法與步驟是
主要包括經典的生理、生化鑒定和遺傳學鑒定2部分。二者可同時進行，但我們一般先是做16s rRNA基因序列測定，然後去Genbank中進行比對分析，確定最可能的種類，再用生理生化的方法進行驗證。
㈣ 菌種鑒定的方法
傳統方法細菌做革蘭氏染色 運動性試驗 各種代謝 然後查伯傑氏細菌手冊；用分子做的話提總DNA，pcr擴增16srDNA全長片段，上NCBI資料庫比對，選擇近緣序列構建系統發育樹鑒定。
真菌的話主要根據形態，特別是有性型生殖形態鑒定；分子的話一般擴增ITS區域，比對，建樹鑒定。
㈤ 細菌檢測最簡單的方法
一.使用細菌總數測試片,只需要購買細菌總數測試片,再按要求使用,有說明書.
二.紅細胞計數法
首先要了解這個方法的原理.把N個紅細胞與細菌均勻混合,再數出一小塊區域內的紅細胞數n和細菌數m.因為細胞已經均均勻混合,所以,局部的細胞數比和整體的細胞數比是接近相同的.即 n/m=N/M (n為局部紅細胞數,N為總紅細胞數,m為局部細菌數,M為總細菌數）n,m已數出.N又已知.所以總細菌數N就可以算出來.再取幾個局部,算平均值,就能得到較精確的細菌數目.
如果這樣做,只要數出一小塊區域內的細菌數就可以知道總細菌數.如果不加紅細胞,一個一個數,用要數到何年何月啊!細菌可是對數增長.加入紅細胞的作用就像比例尺一樣,地圖上總有1：XXX的比例尺,你在顯微鏡的一個是視野里看到的紅細胞數目就像地圖上你測得的距離,數清一個是視野的菌數後,乘以相應分散度就可以了,分散度時用紅細胞算的,具體的教材上應該有.不用也可以,不過要換成相應大小別的東西代替,總之用光學顯微鏡差菌數,這是不可缺少的.
這里運用了樣方法,就是在若干樣方中計數全部個體,然後將其平均數推廣,來估計種群總體數量的方法.樣方法相關知識：
①樣 方：樣方也叫樣本,從研究對象的總體中抽取出來的部分個體的集合,叫做樣方.
②隨機取樣：在抽樣時如果總體中每一個個體被抽選的機會均等,且每一個個體被選與其他個體間無任何牽連,那麼,這種既滿足隨機性,又滿足獨立性的抽樣,就叫做隨機取樣(或叫做簡單隨機取樣).隨機取樣不允許摻入任何主觀性,否則,就難以避免調查人員想獲得調查屬性的心理作用,往往使調查結果偏大.
③適用范圍：植物種群密度,昆蟲卵的密度 ,蚜蟲、跳蝻的密度,細菌數量測量等.
樣方法取樣方法
①點狀取樣法點狀取樣法中常用的為五點取樣法,如圖A,當調查的總體為非長條形時,可用此法取樣.在總體中按梅花形取5個樣方,每個樣方的長和寬要求一致.這種方法適用於調查植物個體分布比較均勻的情況.
②等距取樣法當調查的總體為長條形時,可用等距取樣法,如圖B,先將調查總體分成若乾等份,由抽樣比率決定距離或間隔,然後按這一相等的距離或間隔抽取樣方的方法,叫做等距取樣法.例如,長條形的總體為100 m長,如果要等距抽取10樣方,那麼抽樣的比率為1/10,抽樣距離為10 m,然後可再按需要在每10 m的前1 m內進行取樣,樣方大小要求一致.
樣方法的兩種邊角統計方式如下圖（紅色為需統計邊線）
樣方法具體步驟如下：
①確定調查對象；
②選取樣方：必須選擇一個該種群分布較均勻的地塊,使其具良好的代表性；
③計數：計數每個樣方內該種群數量；
樣方法的兩種邊角統計方式
④計算：取各樣方平均數.
㈥ 請問一下菌種鑒定的方法和實驗步驟
實驗步驟：菌種鑒定工作是各類微生物學實驗室都經常遇到的基礎性工作。不論鑒定對象屬哪一類，其工作步驟都離不開以下三步：①獲得該微生物的純種培養物；②測定一系例必要的鑒定指標；③查找權威性的鑒定手冊。 一、經典分類鑒定方法 群體：菌落形態，在半固體或液體培養基中的生長狀態等
* 形態 個體：細胞形態，染色反應，各種特殊構造等
* 營養要求：能源，碳源，氮源，生長因子等
* 生理、生化反應 酶；產酶種類和反應物性等
* 代謝產物：種類，產量，顯色反應等
* 經典指標 生態特性：生長溫度，對氧的需要，宿主種類等
* 生活史特點
* 血清學反應
* 噬菌體的敏感性
* 其它
經典分類法
經典分類法是一百多年來進行微生物分類的傳統方法。其特點是人為地選擇幾種形態生理生化特徵進行分類，並在分類中將表型特徵分為主、次。一般在科以上分類單位以形態特徵、科以下分類單位以形態結合生理生化特徵加以區分。 * A. 能在 60 o C 以上生長
* B. 細胞大，寬度 1.3~1.8mm ………………… 1. 熱微菌屬 ( Thermomicrobium )
* B. 細胞小，寬度 0.4~0.8mm
* C. 能以葡萄糖為碳源生長
* D. 能在 pH4.5 生長 …………………………… 2. 熱酸菌屬 ( Acidothermus )
* DD. 不能在 pH4.5 生長 …………………………………… 3. 棲熱菌屬 ( Thermus )
* CC. 不能以葡萄糖為唯一碳源 ……………… 4. 棲熱嗜油菌屬 ( 棲熱嗜獅菌屬 Thermoleophilum )
* AA. 不能在 60 o C 以上生長
二、現代分類鑒定方法
* 近年來，隨著分子生物學的發展和各項新技術的廣泛應用，促使微生物分類鑒定工作有了飛速發展。對微生物鑒定工作來說，已從經典的表型特徵的鑒定深入到現代的遺傳學特性的鑒定、細胞化學組分的精確分析以及利用電子計算機進行數值分類研究等新的層次上。
* （一）微生物遺傳型的鑒定
* DNA是除少數RNA病毒以外的一切微生物的遺傳信息載體。每一種微生物均有其自己特有的、穩定的DNA成分和結構，不同微生物間DNA成分和結構的差異程度代表著它們間新緣關系的遠近。因此，測定每種微生物DNA的若乾重要數據，是微生物鑒定中極其重要的指標：
1. DNA的鹼基組成(G+Cmol%)* 每一個微生物種的 DNA 中 GC mol% 的數值是恆定的，不會隨著環境條件、培養條件等的變化而變化，而且在同一個屬不同種之間， DNA 中 GCmol% 的數值不會差異太大，可以某個數值為中心成簇分布，顯示同屬微生物種的 GC mol% 范圍。 DNA 中 GC mol% 分析主要用於區分細菌的屬和種，因為細菌 DNA 中 GC 含量的變化范圍一般在 25 ％～ 75 ％；而放線菌 DNA 中的 GC 比例范圍非常窄 (37 ％～ 51%) 。一般認為任何兩種微生物在 GC 含量上的差別超過了 10 ％，這兩種微生物就肯定不是同一個種。因此可利用 G+C mol ％來鑒別各種微生物種屬間的親緣關系及其遠近程度。值得注意的是，親緣關系相近的菌，其 G+C mol ％含量相同或者近似，但 G+C mol ％相同或近似的細菌，其親緣關系並不一定相似，這是因為這一數據還不能反映出鹼基對的排列序列，而且如放線菌的 DNA 的 GC mol% 在 37 ～ 51 之間，企圖在這么小的范圍內區分放線菌的幾十個屬顯然是不現實的。要比較兩種細菌的 DNA 鹼基對排列序列是否相同，以及相同的程度如何，就需做核酸雜交試驗。
1. DNA的鹼基組成(G+Cmol%)* 1）每個生物種都有特定的GC%范圍，因此後者可以作為分類鑒定的指標。細菌的GC%范圍為25--75%，變化范圍最大，因此更適合於細菌的分類鑒定。
* 2）GC%測定主要用於對表型特徵難區分的細菌作出鑒定，並可檢驗表型特徵分類的合理性，從分子水平上判斷物種的親緣關系。
* 3）使用原則：
* G+C含量的比較主要用於分類鑒定中的否定每一種生物都有一定的鹼基組成，親緣關系近的生物，它們應該具有相似的G+C含量，若不同生物之間G+C含量差別大表明它們關系遠。但具有相似G+C含量的生物並不一定表明它們之間具有近的親緣關系。
1. DNA的鹼基組成(G+Cmol%)* 同一個種內的不同菌株G+C含量差別應在4～5%以下；同屬不同種的差別應低於10～15%。所以G+C含量已經作為建立新的微生物分類單元的一項基本特徵，它對於種、屬甚至科的分類鑒定有重要意義。
* 若二個在形態及生理生化特性方面及其相似的菌株，如果其G+C含量的差別大於5%，則肯定不是同一個種，大於15%則肯定不是同一個屬。
* 在疑難菌株鑒定、新種命名、建立一個新的分類單位時，G+C含量是一項重要的，必不可少的鑒定指標。其分類學意義主要是作為建立新分類單元的一項基本特徵和把那些G+C含量差別大的種類排除出某一分類單元。
2.核酸的鹼基組成和分子雜交：* 與形態及生理生化特性的比較不同，對DNA的鹼基組成的比較和進行核酸分子雜交是直接比較不同微生物之間基因組的差異，因此結果更加可信。
DNA-DNA 雜交
* DNA 雜交法的基本原理是用 DNA 解鏈的可逆性和鹼基配對的專一性，將不同來源的 DNA 在體外加熱解鏈，並在合適的條件下，使互補的鹼基重新配對結合成雙鏈 DNA ，然後根據能生成雙鏈的情況，檢測雜合百分數。如果兩條單鏈 DNA 的鹼基順序全部相同，則它們能生成完整的雙鏈，即雜合率為 100% 。如果兩條單鏈 DNA 的鹼基序列只有部分相同，則它們能生成的「雙鏈」僅含有局部單鏈，其雜合率小於 100% 。由此；雜合率越高，表示兩個 DNA 之間鹼基序列的相似性越高，它們之間的親緣關系也就越近。如兩株大腸埃希氏菌的 DNA 雜合率可高達 100 ％，而大腸埃希氏菌與沙門氏菌的 DNA 雜合率較低，約有 70 ％。 G+Cmol ％的測定和 DNA 雜交實驗為細菌種和屬的分類研究開辟了新的途徑，解決了以表觀特徵為依據所無法解決的一些疑難問題，但對於許多屬以上分類單元間的親緣關系及細菌的進化問題仍不能解決。
DNA — rRNA 雜交
* 目前研究 RNA 鹼基序列的方法有兩種。一是 DNA 與 rRNA 雜交，二是 16S rRNA 寡核苷酸的序列分析。 DNA 與 rRNA 雜交的基本原理、實驗方法同 DNA 雜交一樣，不同的是① 是 DNA 雜交中同位素標記的部分是 DNA ，而 DNA 與 rRNA 雜交中同位素標記的部分是 rRNA 。② DNA 雜交結果用同源性百分數表示，而 DNA 與 rRNA 雜交結果用 Tm(e) 和 RNA 結合數表示。 Tm(e) 值是 DNA 與 rRNA 雜交物解鏈一半時所需要的溫度。 RNA 結合數是 100 m gDNA 所結合的 rRNA 的 m g 數。根據這個參數可以作出 RNA 相似性圖。在 rRNA 相似性圖上，關系較近的菌就集中到一起。關系較遠的菌在圖上占據不同的位置。用 rRNA 同性試驗和 16SrRNA 寡核苷酸編目的相似性比較 rRNA 順反子的實驗數據可得到屬以上細菌分類單元的較一致的系統發育概念，並導致了古細菌的建立。
3.建立16 S r RNA系統發育樹
* a）使生物進化的研究范圍真正覆蓋所有生物類群；
* 傳統的生物進化研究，主要基於復雜的形態學和化石記載，因此多限於研究後生生物（metazoa），而後者僅占整個生物進化歷程的1/5
* b）提出了一種全新的正確衡量生物間系統發育關系的方法；
* c）對探索生命起源及原始生命的發育進程提供了線索和理論依據；
* d）突破了細菌分類僅靠形態學和生理生化特性的限制，建立了全新的微生物分類、鑒定理論；
* e）為微生物生物多樣性和微生物生態學研究建立了全新的研究理論和研究方法，特別是不經培養直接對生態環境中的微生物進行研究。
3、 16S rRNA(16S rDNA) 寡核苷酸的序列分析
* 首先， 16S rRNA 普遍存在於原核生物（真核生物中其同源分子是 18S rRNA ）中。 rRNA 參與生物蛋白質的合成過程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物進化的漫長歷程中保持不變，可看作為生物演變的時間鍾。其次，在 16S rRNA 分子中，既含有高度保守的序列區域，又有中度保守和高度變化的序列區域，因而它適用於進化距離不同的各類生物親緣關系的研究。第三， 16S rRNA 的相對分子量大小適中，約 1 540 個核苷酸，便於序列分析。因此，它可以作為測量各類生物進化和親緣關系的良好工具。
分離菌株 16S rRNA 基因
* 。從平板中直接挑取一環分離菌株細胞 , 加入 100μL 無菌重蒸 H 2 O 中 , 旋渦混勻後 , 沸水浴 2min, 12 000r min -1 離心 5min, 上清液中即含 16S rRNA 基因，可直接用於 PCR 擴增。分離菌株 16S rRNA 基因的 PCR 擴增和序列測定的一般步驟為： 16S rRNA 基因的 PCR 引物： 5'-AGAGT TTGAT CCTGG CTCAG-3' ； 5'-AAGGA GGTGA TCCAG CCGCA-3' 。擴增反應體積 50 m L ，反應條件為 95 ℃預變性 5min ， 94 ℃變性 1min ， 55 ℃退火 1min ， 72 ℃延伸 2min ，共進行 29 個循環， PCR 反應在 PTC-200 型熱循環儀上進行。取 5 m L 反應液在 10g L -1 的瓊脂糖凝膠上進行電泳檢測。 PCR 產物測序可由專門技術公司完成。
比對分析
* 測序得到 分離菌株 16S rDNA 部分序列，此序列一般以 *.f.seq 形式保存，可以用寫字板或 Editsequence 軟體打開，將所得序列通過 Blast 程序與 GenBank 中核酸數據進行比對分析 ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast ) ，具體步驟如下：點擊網站中 Nucleotide BLAST 下 Nucleotide-nucleotide BLAST [blastn] 選項，將測序所得序列粘貼在「 search 」網頁空白處，或輸入測序結果所在文件夾目錄，點擊核酸比對選項，即「 blast 」，然後點擊「 format 」，計算機自動開始搜索核苷酸資料庫中序列並進行序列比較，根據同源性高低列出相近序列及其所屬種或屬，以及菌株相關信息，從而初步判斷 16S rDNA 鑒定結果。
比對分析
* 遺傳距離矩陣與系統發育樹構建，可採用 DNAStar 軟體包中的 MegAlign 程序計算樣本間的遺傳距離。由 GenBank 中得到相關菌株的序列，與本研究分離菌株所測得序列一起輸入 Clustalx1.8 程序進行 DNA 同源序列排列，並經人工仔細核查。在此基礎上，序列輸入 Phylip3.6 軟體包，以簡約法構建系統發育樹。使用 Kimura 2-parameter 法，系統樹各分枝的置信度經重抽樣法（ Bootstrap ） 500 次重復檢測， DNA 序列變異中的轉換和顛換賦於相同的加權值。
（二）細胞化學成分的鑒定* 除上述核酸成分外的其它化學成分的測定，是微生物化學分類法的重要內容，主要包括：1.細胞壁的化學成分。2.全細胞水解液的糖型。3.磷酸類脂成分的分析。4.枝菌酸的分析。5. 醌類的分析。6.氣相色譜技術的應用。
（二）細胞化學成分的鑒定
* 微生物分類中，根據微生物細胞的特徵性化學組分對微生物進行分類的方法稱化學分類法 (chemotaxonomy) 。在近二十多年中，採用化學和物理技術采研究細菌細胞的化學組成，已獲得很有價值的分類和鑒定資料，各種化學組分在原核微生物分類中的意義見表
細菌的化學組分分析及其在分類水平上的應用
細胞化學成分鑒定的意義
* 隨著分子生物學的發展，細胞化學組分分析用於微生物分類日趨顯示出重要性。細胞壁的氨基酸種類和數量現己被接受為細菌屬的水平的重要分類學標准。在放線菌分類中，細胞壁成分和細胞特徵性糖的分析作為分屬的依據，已被廣泛應用。脂質是區別細菌還是古菌的標准之一，細菌具有醯基脂 ( 脂鍵 ) ，而古菌具有醚鍵脂，因此醚鍵脂的存在可用以區分古菌。黴菌酸的分析測定己成為諾卡氏菌形放線菌分類鑒定中的常規方法之一。鞘氨醇單胞菌和鞘氨醇桿菌等細胞膜都含有鞘氨醇，因此鞘氨醇的有無可作為此類細菌的一個重要標志。此外某些細菌原生質膜中的異戊間二烯醌，細胞色素，以及紅外光譜等分析對於細菌、放線菌中某些科、屬、種的鑒定也都十分有價值。
（三）數值分類法
* 數值分類法亦稱統計分類法，是在約200年前與林奈同代人M.Adanson (1727 ~1806，法國植物學家)發展的分類原理基礎上藉助於現代的電子計算機技術而發展起來的。數值分類的基本步驟為：（1）計算兩菌株間的相似系數；（2）列出相似度矩陣；（3）將矩陣圖轉換成樹狀譜。
數值分類的基本步驟
數值分類法
* 又稱阿德遜氏分類法 。它的特點是根據較多的特徵進行分類，一般為 50 ～ 60 個，多者可達 100 個以上，在分類上，每一個特性的地位都是均等重要。通常是以形態、生理生化特徵，對環境的反應和忍受性以及生態特性為依據。最後，將所測菌株兩兩進行比較，並借用電子計算機計算出菌株間的總相似值，列出相似值矩陣 ( 圖 14-5) 。為便於觀察，應將矩陣重新安排，使相似度高的菌株列在一起，然後將矩陣圖轉換成樹狀譜 (dendrogram) ，再結合主觀上的判斷 ( 如劃分類似程度大於 85 ％者為同種，大於 65 ％者為同屬等 ) ，排列出—個個分類群。
數值分類法的優越性
* 數值分類法的優越性在於它是以分析大量分類特徵為基礎，對於類群的劃分比較客觀和穩定；而且促進對細菌類群的全面考查和觀察，為細菌的分類鑒定積累大量資料。但在使用數值分類法對細菌菌株分群歸類定種或定屬時，還應做有關菌株的 DNA 鹼基的 G + Cmol% 和 DNA 雜交，以進一步加以確證。
㈦ 細菌分子鑒定的方法有哪些
一般從DNA、RNA和蛋白質這三個方面鑒定。將三種物質分別提取出來，各自進行鑒定。鑒定的方法可以用你提到的這些。
1.核酸雜交：簡單的說，就是將需檢測的核酸與標記的分子結合使得未知核酸可以被檢測到。
2.脈沖場凝膠電泳：利用電場讓不同大小的帶電DNA分子以不同的速度移動，從而將不同大小的分子分開。可分離10kb--10mb的DNA分子。
3.16S rRNA :16S rRNA所對應的 16S rDNA基因在微生物基因組中具有高度保守性；對16S rDNA而言，如果出現3個鹼基以上的差異就可以斷定細菌不屬於同一種屬。它具有高度的靈敏性，而且不需要培養，檢測指標也很單一。可以快速檢測未知微生物或致病微生物。
4.RAPD：對整個未知序列的基因組進行多態性分析的分子技術。先進行PCR擴增，然後電泳分離染色，在紫外透視儀上檢測多態性。
5.質粒質譜分析法：我只了解過蛋白質的質譜分析技術，質粒的沒有了解過。
蛋白質：將蛋白質酶解成小肽段並混合基質，用激光將呈離子化氣體狀態的待測物噴射，經電場到達檢測器，根據到達的時間分析肽段的分子質量。
㈧ 細菌的鑒定方法--微生物學
一澱粉水解試驗:
細菌對大分子的澱粉、蛋白質和脂肪不能直接利用，必須靠產生的胞外酶，如澱粉酶、蛋白酶和脂肪酶將大分子物質分解。胞外酶能分泌擴散到細胞外，將物質分解成小單位如糖、氨基酸、甘油與脂肪酸。這些小單位的物質能被細菌吸收和利用。水解過程可通過底物的變化來證明，如細菌水解澱粉的區域，用碘測定不再產生藍色；水解明膠可觀察到明膠被液化；脂肪水解後產生脂肪酸改變培養基的pH，其中的中性紅指示劑使培養基從淡紅色變為深紅色。
二糖發酵試驗:
單糖發酵是將葡萄糖，乳糖或麥芽糖等分別加入蛋白腖水培養基內，使其最終濃度為0.75-1％。並加入一定量酚紅指示劑及小倒管，製成單糖發酵管，接種細菌經37℃培養18-24小時，若能分解糖產酸則酚紅指示劑由紅變黃，若能分解甲酸有CO2和H2等氣體形成，小倒管內則聚集有氣泡；不分解，則指示劑不變色。
三甲基紅（M.R）試驗:
某些細菌如大腸桿菌等分解葡萄糖產生丙酮酸，繼而分解為甲酸、乙酸、乳酸等，使培養基pH值降至4.5以下，加入甲基紅指示劑呈紅色，此為陽性反應；若產酸量少或產生的酸進一步轉化為醇、醛、氣體和水等，則培養基的酸鹼度仍在pH 6.2以上，加入甲基紅指示劑呈現黃色，為陰性反應。
四產吲哚（indole）試驗等等，
這要你鑒定的細菌是什麼分類了。
請採納！
㈨ 細菌鑒定辦法有哪些，詳細些哦~~
我剛剛參加了這方面的培訓呢，呵呵。
一般細菌的常見生理生化鑒定實驗有：糖(醇)類發酵試驗、甲基紅(Methyl red)試驗、V.P試驗、吲哚試驗、檸檬酸鹽利用試驗、靛基質(吲哚)試驗、硫化氫試驗、澱粉水解試驗。這樣的資料很多的，你每個實驗都網路下就可以了。我這里都拷出來是不實際的。