1. RNA的測序原理及方法!^~^
細胞中的RNA可以分為信使RNA、轉運RNA和核糖體RNA三大類,不同組織總RNA提取的實質就是將細胞裂解,釋放出RNA,並通過不同方式去除蛋白,DNA等雜質,最終獲得高純度RNA產物的過程。
RNA 提取流程
1. 樣品處理
從各種不同來源樣品(如細菌、酵母、血液、動物組織、植物組織和培養細胞),或同一來源樣品的不同組織(如植物幼嫩葉片、成熟根、莖等)中提取高質量的RNA,因細胞結構及所含的成分不同,樣品預處理的方式也各有差異。
樣品的要求:
最好使用新鮮的樣品或取樣後立即在低溫(-20℃或-70℃)冷凍保存的樣品,避免反復凍融,因為這會導致提取的RNA降解和提取量下降。
樣品預處理方式:
植物材料-液氮研磨
動物材料-勻漿、液氮研磨
細菌-溶菌酶破壁
酵母-液氮研磨、玻璃珠處理、混合酶破壁
2. 細胞裂解
異硫氰酸胍/苯酚法(TRIZOL)
這是一種傳統的RNA提取方法,適用於大部分動植物材料,但對於次生代謝產物較多的植物材料提取RNA效果較差。異硫氰酸胍能使核蛋白復合體解離,並將RNA釋放到溶液中,採用酸性酚-氯仿混合液抽提,低PH值的酚將使RNA進入水相,而蛋白質和DNA仍留在有機相,從而可以完成RNA的提取工作。
該法應用非常廣泛,適用於包括動物組織、微生物、培養細胞等在內的各類動物性材料,同時還適用於次生代謝物較少的植物性材料,如幼苗、幼葉等。該法主要應用在動物組織和培養細胞的RNA提取中。
胍鹽/ β- 巰基乙醇法:
適用於各種不同動物材料和次生代謝物少的植物材料。
在這種方法中,胍鹽使細胞充分裂解,β-巰基乙醇作為蛋白的變性劑在實驗全程中可以抑制RNaseA的活性,保護RNA不被降解。
我公司的「GREEN 」系列總RNA 提取試劑盒是基於這種方法開發的產品,分別適用於各類不同的材料。此系列產品的具體實驗步驟和適用范圍在實驗技術手冊中有詳細介紹,實驗者可根據自己的需要進行選擇。
其它方法:
有些植物材料多糖多酚含量較高,如植物果實,番茄的葉子等,有些植物木質化程度較高,如根莖等組織。針對這類材料本公司推出了一種全新的植物總RNA提取試劑,該試劑特別適合於從富含多糖、多酚、澱粉的材料中提取純度高、完整性好的總RNA,有關的具體步驟將在分論中詳細介紹,實驗者可根據自己的需要進行選擇。
3. RNA 純化及獲得
純化要求
RNA樣品中不應存在對酶(如逆轉錄酶)有抑製作用的有機溶劑和過高濃度的金屬離子。避免其它生物大分子如蛋白質、多糖和脂類分子的污染。排除DNA分子的污染。
純化方法及沉澱
方法一:有機溶劑抽提法
氯仿抽提
在使用RNA提取試劑進行RNA提取時,常使用氯仿進行抽提,以去除蔗糖、蛋白等雜質,並促進水相與有機相的分離,從而達到純化RNA的方法。在本公司的提取RNA的產品中,與TRIzol同型試劑法及其衍生試劑盒。
沉澱
氯仿抽提RNA後,一般採用了異丙醇或乙醇來沉澱水相RNA。加入0.6倍水相體積的異丙醇或與水相等體積的異丙醇,室溫沉澱20-30分鍾,高速離心,可獲得RNA沉澱。
洗滌沉澱
加入無RNase的75%乙醇,將RNA沉澱振盪懸浮,使RNA沉澱中的鹽離子被充分溶解。然後再離心10-30分鍾。再次沉澱RNA。離心後,小心倒掉上清(注意不要倒出RNA沉澱),隨後快速離心1-2秒,將殘留在管壁上的乙醇手機到管底後,用小槍頭吸凈,超靜台中風干1-2分鍾(注意不要晾得太干,否則RNA沉澱不易溶解)。
溶解沉澱
加入適量RNase-free ddH2O溶解RNA沉澱。
方法二:硅基質吸附法
隨著實驗方法的改進,現已發展出一種採用吸附材料純化核酸的方法。目前較常見的有:硅基質吸附材料、陰離子交換樹脂和磁珠等。硅基質吸附材料因其具有可特異吸附核酸,使用方便、快捷、不使用有毒溶劑如苯酚、氯仿等優點,成為核酸純化的首選。
本公司生產的總RNA提取試劑盒(ZP403-ZP407)和GREENspin系列總RNA提取試劑盒即採用硅基質吸附達到RNA分離純化目的,通過專一結合RNA的離心吸附柱和獨特的緩沖液系統,使樣品在高鹽條件下與硅膠膜特異結合,而蛋白、有機溶劑等雜質不能結合到膜上而被洗脫,鹽類則被含有乙醇的漂洗液洗滌,最後用RNase-free ddH2O將RNA從硅膠膜上洗脫下來。
您好!檢測DNA的方法有:1.光密度測定。2.瓊脂糖電泳凝膠檢測法。3。二苯胺法。
檢測RNA的方法有:1.光密度測定。2.苔黒酚法。
主要的嘧啶和嘌呤具有共軛雙鍵,使鹼基,核苷,核苷酸和核酸在240-290nm的紫外波段有一段強烈的吸收峰,因此核酸具有紫外吸收特性,在260nm,處是最大的紫外光吸收值,根據朗波-比爾光吸收定律來計算出核酸含量。
3. RNA的提取方法
1、酚抽提法:先用蛋酶K、SDS破碎細胞,消化蛋白,然後用酚和酚-氯萃取,高速離心後取上清,所得DNA大小為100-150kb
2、甲醯胺解聚法:破碎細胞同上,然後用高濃度甲醯胺解聚蛋白質與DNA的結合,再透析獲得DNA可得DNA200kb左右。
3、玻璃棒纏繞法:用鹽酸胍裂解細胞,將裂解物鋪於乙醇上,然後用帶鉤或U型玻璃棒在界面輕攪,DNA沉澱液繞於玻棒。生成DNA約80kb。
4、異丙醇沉澱法:基本同1法,僅用二倍容積異丙醇替代乙醇,可去除小分子RNA(在異丙醇中可溶狀態)
5、表面活性劑快速制備法:用Triton X-100A或NP40表面活性劑破碎細胞,然後用蛋白酶K或酚去除蛋白,乙醇沉澱或透析。
6、加熱法快速制備:加熱96℃-100℃,五分鍾,然後離心後取上清,可用於PCR反應。
7、鹼變性快速制備:先用NaOH作用20分鍾,再加HCI中和,離心後取上清,含少量DNA。
(3)rna含量測量方法擴展閱讀:
DNA提取原則:
1、保證核酸一級結構的完整性;
2、核酸樣品中不應存在對酶有抑製作用的有機溶劑和過高濃度的金屬離子;
3、其他生物大分子如蛋白質、多糖和脂類分子的污染應降低到最低程度;
4、其他核酸分子,如RNA,也應盡量去除。
4. RNA提取和定量測定的原理和方法
動物細胞的RNA提取一般使用Trizol,你可以到網上找它的使用說明
測定的方法的話可以有:
紫外分光光度計:通過測定OD260、280和230來檢測RNA是否被雜質污染
瓊脂糖凝膠電泳:檢測RNA是否發生降解
RT-PCR:將其反轉錄成cDNA,通過熒光定量PCR檢測各mRNA的表達量
5. 酵母rna含量測定的方法有幾種
酵母rna含量測定的方法有幾種
(1) 取潔凈的血球計數板一塊,在計數室上蓋上一塊蓋玻片。
(2) 將酵母菌液搖勻,用滴管吸取少許,從計數板中間平台兩側的溝槽內沿蓋玻片的下邊緣滴入一小滴(不宜過多),使菌液沿兩玻片間自行滲入計數室,勿使產生氣泡,並用吸水紙吸去溝槽中流出的多餘菌液。也可以將菌液直接滴加在計數室上,然後加蓋蓋玻片(勿使產生氣泡)。
(3) 靜置約5分鍾,先在低倍鏡下找到計數室後,再轉換高倍鏡觀察計數。
(4) 計數時用16中格的計數板,要按對角線方位,取左上、左下、右上、右下的4個中格(即100小格)的酵母菌數。如果是25中格計數板。除數上述四格外,還需數中央1中格的酵母菌數(即80小格)。由於菌體在計數室中處於不同的空間位置,要在不同的焦距下才能看到,因而觀察時必須不斷調節微調螺旋,方能數到全部菌體,防止遺漏。如菌體位於中格的雙線上,計數時則數上線不數下線,數左線不數右線,以減少誤差。
(5) 凡酵母菌的芽體達到母細胞大小一半時,即可作為兩個菌體計算。每個樣品重復分數2-3次(每次數值不應招差過大,否則應重新操作),取其平均值,按下述公式計算出每毫升菌液所含酵母菌細胞數。 每毫升菌液含菌數=每小格酵母細胞數×4000×1000×稀釋倍數 。
(6) 血球計數板用後,在水龍頭上用水柱沖洗干凈,切勿用硬物洗刷或抹擦,以免損壞網格刻度。洗凈後自行晾乾或吹風機吹乾。
6. 核酸含量的測定方法及原理都有哪些
核酸定量常用方法及原理如下:
1、光吸收法:核酸中鹼基共軛結構在近紫外光波長260nm處有最大吸收,吸收強度與核酸濃度成正比,因此可以用於核酸定量。
2、定P法:核酸中P含量約為9.5%,因此可以通過測定樣品中的有機P量來進行核酸定量。
核酸是由許多核苷酸聚合成的生物大分子化合物,為生命的最基本物質之一。
核酸廣泛存在於所有動植物細胞、微生物體內,生物體內的核酸常與蛋白質結合形成核蛋白。不同的核酸,其化學組成、核苷酸排列順序等不同。根據化學組成不同,核酸可分為核糖核酸(簡稱RNA)和脫氧核糖核酸(簡稱DNA)。
7. 如何測量RNA的純度和含量
RNA膠(凝膠成像)檢測。例如:原核生物的核糖體所含的rRNA有5S、16S及23S三種。在膠上就有三條明顯大小不一的條帶。
凝膠遷移分析。可以用來研究RNA-蛋白相互作用。基本原理是:結合了蛋白的RNA在凝膠中的遷移速率更慢,因而可以區分出結合蛋白與未結合蛋白的RNA條帶。RNA-seq即轉錄組測序技術,把mRNA,smallRNA等用高通量測序技術把RNA的序列測出來。反映出RNA的表達水平。
RNA純度:RNA在純化過程中容易受到DNA、蛋白質及有機溶劑的影響,這些殘存物將會影響以後的操作。光譜分析(NANODROP)利用物質對不同波長光的吸收度的不同,可以鑒別出溶液純度及濃度。
組成結構
RNA和DNA一樣,也是由各種核苷酸通過3′,5′-磷酸二酯鍵連接構成的多核苷酸鏈,但與DNA有一系列差異。
在化學組成方面,RNA含核糖而不含脫氧核糖。含尿嘧啶而不含胸腺密啶。例外的是,每個tNA分子含有一個胸腺嘧啶,這是在RNA鏈合成後由尿嘧啶甲基化生的,此外,前面已提到,少數DNA含有少量核糖,但這些個別的例外並不能以此否定兩類核酸組成上的差異。
以上內容參考:網路-核糖核酸
8. 如何測定RNA濃度
一般按照1OD=40µg/ml計算RNA濃度。你將2µl樣品稀釋到200µl,稀釋倍數就是100倍,所以你提取的RNA濃度=0.154×100×40µg/ml=616µg/ml。因為你RNA的量是50µl,所以你提取的RNA總量=616µg/ml×50/1000ml=30.8µg。
9. RNA定量分析的方法有哪些
核酸總含量可用紫外吸收法和定磷法測定,用地衣酚顯色法測定RNA含量,二苯胺顯色法測定DNA含量。
如果樣品較純,直接用紫外吸收測定就行。
real-time RT-PCR需要設計引物......
10. 如何用酶標儀測定RNA濃度
換濾光片,340、280、260、230
石英的96孔板,每個孔的體積為200ul,空白直接200ulDEPC水,實驗組196ulPEPC水+4ulRNA
如果換了濾光片了,測試步驟與MTT測試步驟差不多,主要就是設置吸光度,點擊四次吸光度,設置為340、280、260、230。
1、進板後確定板類型和板孔
2、設置吸光度,點擊四次吸光度,分別設置為340、280、260、230。
3、開始
酶標儀即酶聯免疫檢測儀是酶聯免疫吸附試驗的專用儀器又稱微孔板檢測器。可簡單地分為半自動和全自動2大類,但其工作原理基本上都是一致的,其核心都是一個比色計,即用比色法來進行分析。 測定一般要求測試液的最終體積在250μL以下,用一般光電比色計無法完成測試,因此對酶標儀中的光電比色計有特殊要求。